# TARGET T0564 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38.4637 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.477 0.147 0.057 0.112 0.060 0.049 0.036 0.026 0.019 0.012 0.005 2 A 0.287 0.155 0.042 0.091 0.075 0.075 0.094 0.071 0.057 0.038 0.015 3 P 0.296 0.245 0.084 0.175 0.093 0.045 0.032 0.016 0.009 0.003 0.001 4 L 0.355 0.121 0.040 0.089 0.092 0.073 0.078 0.059 0.049 0.030 0.014 5 Q 0.117 0.126 0.145 0.270 0.162 0.088 0.057 0.020 0.009 0.004 0.002 6 Q 0.135 0.103 0.134 0.254 0.146 0.083 0.066 0.037 0.023 0.013 0.006 7 K 0.074 0.076 0.106 0.219 0.163 0.146 0.129 0.054 0.023 0.008 0.002 8 Q 0.070 0.181 0.221 0.361 0.118 0.036 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 9 V 0.002 0.003 0.008 0.007 0.009 0.018 0.090 0.145 0.262 0.259 0.195 10 V 0.012 0.127 0.200 0.428 0.182 0.040 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 11 V 0.002 0.005 0.005 0.008 0.010 0.016 0.077 0.135 0.263 0.261 0.218 12 S 0.030 0.091 0.118 0.325 0.227 0.125 0.059 0.015 0.007 0.002 0.001 13 N 0.191 0.225 0.064 0.159 0.137 0.083 0.077 0.034 0.020 0.008 0.003 14 K 0.028 0.048 0.030 0.124 0.120 0.128 0.162 0.127 0.106 0.081 0.047 15 R 0.079 0.100 0.091 0.175 0.160 0.123 0.128 0.063 0.043 0.024 0.013 16 E 0.119 0.112 0.076 0.194 0.150 0.107 0.116 0.063 0.037 0.019 0.007 17 K 0.152 0.170 0.081 0.177 0.125 0.096 0.085 0.053 0.035 0.021 0.007 18 P 0.313 0.122 0.060 0.098 0.070 0.062 0.081 0.058 0.058 0.048 0.029 19 V 0.223 0.148 0.065 0.115 0.086 0.077 0.110 0.068 0.055 0.036 0.016 20 N 0.328 0.199 0.076 0.151 0.088 0.054 0.044 0.025 0.019 0.011 0.005 21 D 0.303 0.156 0.058 0.146 0.097 0.072 0.067 0.040 0.032 0.019 0.010 22 R 0.192 0.114 0.068 0.121 0.096 0.095 0.111 0.076 0.063 0.042 0.022 23 R 0.067 0.072 0.054 0.135 0.145 0.141 0.148 0.101 0.076 0.044 0.018 24 S 0.132 0.139 0.091 0.145 0.116 0.091 0.099 0.074 0.056 0.036 0.021 25 R 0.105 0.096 0.103 0.168 0.145 0.116 0.114 0.067 0.046 0.027 0.015 26 Q 0.069 0.057 0.061 0.112 0.107 0.107 0.150 0.117 0.101 0.074 0.046 27 Q 0.061 0.069 0.090 0.174 0.149 0.125 0.134 0.085 0.061 0.035 0.017 28 E 0.166 0.100 0.113 0.132 0.096 0.092 0.119 0.071 0.056 0.035 0.019 29 V 0.086 0.064 0.058 0.093 0.076 0.081 0.139 0.114 0.121 0.102 0.066 30 S 0.083 0.069 0.027 0.068 0.066 0.077 0.130 0.128 0.149 0.123 0.079 31 P 0.188 0.122 0.048 0.111 0.085 0.082 0.096 0.075 0.081 0.064 0.048 32 A 0.215 0.095 0.033 0.091 0.079 0.087 0.113 0.086 0.083 0.067 0.049 33 G 0.349 0.159 0.052 0.115 0.084 0.066 0.061 0.040 0.036 0.023 0.013 34 T 0.320 0.155 0.085 0.173 0.089 0.067 0.052 0.025 0.018 0.010 0.006 35 S 0.148 0.140 0.101 0.167 0.126 0.099 0.092 0.048 0.040 0.024 0.014 36 M 0.029 0.032 0.036 0.115 0.122 0.144 0.233 0.151 0.082 0.040 0.016 37 R 0.011 0.046 0.082 0.280 0.260 0.175 0.092 0.032 0.014 0.006 0.003 38 Y 0.001 0.001 0.002 0.005 0.009 0.022 0.122 0.218 0.268 0.227 0.125 39 E 0.002 0.011 0.018 0.219 0.290 0.208 0.135 0.067 0.030 0.015 0.006 40 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.049 0.115 0.271 0.317 0.232 41 S 0.006 0.026 0.030 0.288 0.282 0.160 0.128 0.047 0.023 0.007 0.003 42 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.013 0.075 0.147 0.283 0.293 0.178 43 K 0.053 0.155 0.076 0.383 0.213 0.067 0.033 0.012 0.005 0.002 0.001 44 P 0.054 0.098 0.029 0.133 0.154 0.158 0.199 0.097 0.051 0.021 0.005 45 L 0.060 0.060 0.031 0.155 0.142 0.120 0.139 0.112 0.090 0.060 0.030 46 N 0.314 0.304 0.066 0.154 0.075 0.039 0.027 0.010 0.006 0.003 0.001 47 G 0.452 0.194 0.052 0.124 0.064 0.044 0.036 0.018 0.010 0.005 0.002 48 G 0.515 0.206 0.041 0.072 0.048 0.035 0.035 0.020 0.015 0.010 0.005 49 L 0.236 0.290 0.089 0.187 0.083 0.054 0.038 0.013 0.007 0.003 0.001 50 E 0.099 0.136 0.102 0.297 0.212 0.089 0.041 0.014 0.007 0.002 0.001 51 K 0.108 0.058 0.074 0.151 0.132 0.159 0.175 0.079 0.039 0.016 0.008 52 T 0.011 0.036 0.094 0.356 0.288 0.130 0.058 0.018 0.006 0.002 0.001 53 F 0.003 0.003 0.008 0.009 0.014 0.035 0.153 0.215 0.259 0.199 0.101 54 R 0.012 0.055 0.145 0.437 0.232 0.082 0.027 0.007 0.002 0.001 0.001 55 L 0.001 0.002 0.004 0.003 0.006 0.012 0.063 0.111 0.240 0.300 0.258 56 Q 0.030 0.193 0.225 0.332 0.137 0.049 0.025 0.006 0.002 0.001 0.001 57 A 0.108 0.106 0.073 0.142 0.140 0.122 0.180 0.067 0.040 0.017 0.006 58 Q 0.369 0.167 0.157 0.179 0.070 0.033 0.014 0.005 0.003 0.002 0.001 59 Q 0.026 0.070 0.116 0.202 0.189 0.161 0.142 0.050 0.029 0.010 0.005 60 Y 0.024 0.018 0.034 0.050 0.056 0.076 0.168 0.187 0.171 0.126 0.090 61 H 0.067 0.096 0.191 0.244 0.182 0.114 0.067 0.021 0.010 0.005 0.002 62 A 0.059 0.129 0.205 0.210 0.158 0.104 0.079 0.028 0.018 0.009 0.004 63 L 0.005 0.005 0.006 0.012 0.015 0.023 0.066 0.096 0.185 0.239 0.350 64 T 0.129 0.218 0.182 0.178 0.114 0.080 0.063 0.019 0.011 0.004 0.002 65 V 0.310 0.215 0.129 0.194 0.075 0.039 0.023 0.008 0.004 0.002 0.001 66 G 0.529 0.183 0.076 0.093 0.055 0.028 0.019 0.008 0.005 0.003 0.002 67 D 0.038 0.078 0.061 0.165 0.139 0.167 0.177 0.085 0.050 0.024 0.015 68 Q 0.059 0.160 0.136 0.263 0.196 0.098 0.057 0.016 0.009 0.004 0.002 69 G 0.123 0.022 0.021 0.041 0.044 0.083 0.234 0.176 0.135 0.077 0.045 70 T 0.018 0.082 0.134 0.459 0.213 0.067 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 71 L 0.005 0.005 0.012 0.009 0.008 0.015 0.074 0.135 0.248 0.262 0.227 72 S 0.007 0.036 0.091 0.488 0.268 0.081 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 73 Y 0.007 0.017 0.041 0.029 0.049 0.085 0.239 0.186 0.181 0.108 0.056 74 K 0.022 0.086 0.174 0.411 0.192 0.070 0.032 0.009 0.004 0.001 0.001 75 G 0.051 0.043 0.031 0.042 0.053 0.068 0.215 0.162 0.163 0.114 0.060 76 T 0.052 0.176 0.156 0.397 0.151 0.043 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 77 R 0.063 0.093 0.054 0.111 0.138 0.134 0.199 0.095 0.068 0.033 0.014 78 F 0.019 0.031 0.035 0.135 0.133 0.128 0.157 0.128 0.108 0.075 0.050 79 V 0.017 0.033 0.030 0.076 0.103 0.134 0.226 0.152 0.126 0.074 0.028 80 G 0.054 0.096 0.079 0.264 0.187 0.127 0.092 0.050 0.030 0.014 0.006 81 F 0.008 0.011 0.012 0.020 0.029 0.047 0.119 0.149 0.217 0.226 0.161 82 V 0.048 0.164 0.109 0.297 0.200 0.083 0.058 0.022 0.011 0.005 0.003 83 S 0.054 0.065 0.035 0.106 0.120 0.110 0.177 0.125 0.103 0.070 0.035 84 R 0.150 0.178 0.114 0.255 0.147 0.074 0.046 0.018 0.009 0.005 0.002 85 T 0.186 0.228 0.064 0.164 0.117 0.075 0.081 0.039 0.025 0.015 0.006 86 P 0.362 0.128 0.056 0.118 0.088 0.071 0.072 0.042 0.031 0.022 0.011 87 D 0.568 0.222 0.052 0.076 0.034 0.018 0.014 0.006 0.005 0.003 0.001 88 N 0.431 0.221 0.068 0.122 0.062 0.038 0.028 0.012 0.010 0.005 0.003 89 E 0.580 0.159 0.036 0.080 0.049 0.030 0.025 0.015 0.012 0.008 0.005