# TARGET T0564 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38.4637 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.002 0.001 0.007 0.015 0.006 0.955 2 A 0.062 0.021 0.001 0.003 0.011 0.004 0.898 3 P 0.170 0.017 0.007 0.006 0.057 0.012 0.732 4 L 0.290 0.006 0.030 0.012 0.151 0.022 0.489 5 Q 0.596 0.010 0.022 0.009 0.075 0.020 0.267 6 Q 0.836 0.007 0.005 0.004 0.021 0.008 0.119 7 K 0.913 0.004 0.001 0.003 0.011 0.005 0.063 8 Q 0.923 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.065 9 V 0.930 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.063 10 V 0.986 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 11 V 0.978 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 12 S 0.926 0.002 0.001 0.003 0.013 0.007 0.048 13 N 0.781 0.003 0.003 0.006 0.059 0.022 0.127 14 K 0.576 0.007 0.023 0.018 0.104 0.075 0.197 15 R 0.601 0.014 0.017 0.015 0.100 0.042 0.211 16 E 0.512 0.019 0.018 0.016 0.107 0.029 0.299 17 K 0.373 0.017 0.004 0.006 0.154 0.007 0.439 18 P 0.214 0.015 0.007 0.008 0.049 0.024 0.683 19 V 0.151 0.047 0.026 0.018 0.110 0.086 0.562 20 N 0.089 0.027 0.039 0.035 0.184 0.198 0.428 21 D 0.066 0.017 0.066 0.035 0.248 0.171 0.396 22 R 0.074 0.022 0.086 0.077 0.222 0.222 0.297 23 R 0.070 0.031 0.095 0.064 0.228 0.176 0.336 24 S 0.068 0.033 0.114 0.058 0.181 0.275 0.272 25 R 0.065 0.025 0.098 0.058 0.148 0.354 0.251 26 Q 0.090 0.029 0.126 0.076 0.168 0.192 0.319 27 Q 0.141 0.030 0.145 0.061 0.157 0.153 0.312 28 E 0.236 0.037 0.092 0.046 0.158 0.115 0.316 29 V 0.346 0.077 0.067 0.030 0.118 0.093 0.268 30 S 0.244 0.030 0.036 0.016 0.168 0.062 0.444 31 P 0.200 0.019 0.053 0.013 0.124 0.177 0.414 32 A 0.100 0.023 0.052 0.007 0.158 0.415 0.244 33 G 0.083 0.009 0.046 0.003 0.262 0.312 0.286 34 T 0.115 0.012 0.025 0.001 0.353 0.153 0.342 35 S 0.251 0.009 0.014 0.001 0.164 0.115 0.447 36 M 0.556 0.011 0.003 0.001 0.130 0.010 0.289 37 R 0.863 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 0.123 38 Y 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 39 E 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 40 A 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 41 S 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 42 F 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 43 K 0.980 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 44 P 0.856 0.008 0.001 0.001 0.004 0.002 0.129 45 L 0.233 0.004 0.006 0.001 0.128 0.120 0.509 46 N 0.083 0.009 0.015 0.001 0.232 0.507 0.153 47 G 0.037 0.005 0.022 0.001 0.412 0.326 0.196 48 G 0.047 0.004 0.021 0.001 0.435 0.150 0.342 49 L 0.247 0.028 0.034 0.001 0.251 0.156 0.283 50 E 0.748 0.029 0.010 0.001 0.044 0.023 0.146 51 K 0.841 0.003 0.003 0.001 0.036 0.006 0.110 52 T 0.958 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.033 53 F 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 54 R 0.991 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 55 L 0.935 0.003 0.001 0.003 0.002 0.002 0.055 56 Q 0.527 0.003 0.001 0.007 0.050 0.012 0.401 57 A 0.118 0.001 0.027 0.456 0.060 0.296 0.043 58 Q 0.149 0.004 0.066 0.525 0.055 0.165 0.036 59 Q 0.239 0.013 0.133 0.367 0.062 0.065 0.120 60 Y 0.226 0.019 0.198 0.304 0.055 0.087 0.110 61 H 0.194 0.005 0.117 0.236 0.109 0.238 0.100 62 A 0.242 0.015 0.095 0.182 0.107 0.181 0.178 63 L 0.260 0.032 0.012 0.067 0.202 0.023 0.405 64 T 0.292 0.028 0.013 0.032 0.041 0.021 0.573 65 V 0.053 0.017 0.126 0.078 0.055 0.639 0.030 66 G 0.030 0.002 0.113 0.013 0.044 0.741 0.057 67 D 0.167 0.027 0.129 0.005 0.182 0.166 0.325 68 Q 0.202 0.024 0.031 0.001 0.189 0.239 0.314 69 G 0.426 0.005 0.018 0.001 0.227 0.100 0.224 70 T 0.845 0.015 0.006 0.001 0.029 0.009 0.096 71 L 0.958 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.029 72 S 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 73 Y 0.964 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.025 74 K 0.807 0.003 0.001 0.001 0.026 0.099 0.063 75 G 0.558 0.001 0.002 0.001 0.114 0.234 0.090 76 T 0.778 0.007 0.002 0.001 0.063 0.030 0.119 77 R 0.902 0.003 0.002 0.001 0.039 0.015 0.037 78 F 0.955 0.003 0.002 0.001 0.008 0.005 0.027 79 V 0.937 0.003 0.001 0.001 0.008 0.003 0.047 80 G 0.911 0.002 0.003 0.001 0.019 0.006 0.057 81 F 0.868 0.006 0.004 0.003 0.009 0.010 0.100 82 V 0.834 0.019 0.008 0.005 0.020 0.011 0.103 83 S 0.631 0.013 0.015 0.007 0.056 0.032 0.246 84 R 0.294 0.024 0.026 0.009 0.175 0.097 0.375 85 T 0.094 0.010 0.008 0.005 0.268 0.024 0.592 86 P 0.046 0.010 0.043 0.013 0.150 0.195 0.542 87 D 0.028 0.017 0.054 0.013 0.271 0.357 0.260 88 N 0.040 0.011 0.041 0.014 0.279 0.156 0.460 89 E 0.024 0.005 0.011 0.007 0.052 0.015 0.887