# TARGET T0564 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0564.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38.4637 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.081 0.133 0.096 0.047 0.123 0.024 0.066 0.090 0.086 0.182 0.071 2 A 0.083 0.395 0.186 0.009 0.243 0.004 0.010 0.027 0.013 0.010 0.020 3 P 0.058 0.415 0.081 0.004 0.262 0.005 0.011 0.069 0.061 0.022 0.011 4 L 0.342 0.110 0.020 0.003 0.298 0.008 0.025 0.040 0.036 0.046 0.073 5 Q 0.101 0.293 0.077 0.012 0.442 0.010 0.017 0.018 0.007 0.009 0.013 6 Q 0.379 0.065 0.020 0.007 0.342 0.012 0.033 0.023 0.017 0.033 0.070 7 K 0.063 0.440 0.078 0.008 0.366 0.008 0.006 0.010 0.003 0.005 0.012 8 Q 0.482 0.027 0.002 0.001 0.312 0.001 0.003 0.002 0.002 0.020 0.148 9 V 0.132 0.190 0.013 0.001 0.653 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 10 V 0.088 0.215 0.009 0.001 0.679 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 11 V 0.615 0.019 0.005 0.001 0.255 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.096 12 S 0.031 0.066 0.034 0.116 0.094 0.286 0.276 0.038 0.017 0.022 0.018 13 N 0.173 0.258 0.130 0.006 0.362 0.002 0.002 0.006 0.006 0.016 0.039 14 K 0.151 0.141 0.032 0.023 0.266 0.032 0.022 0.109 0.094 0.068 0.061 15 R 0.120 0.168 0.114 0.060 0.282 0.027 0.034 0.060 0.039 0.058 0.039 16 E 0.116 0.279 0.091 0.020 0.247 0.017 0.051 0.055 0.030 0.048 0.047 17 K 0.047 0.463 0.229 0.007 0.213 0.003 0.006 0.014 0.004 0.005 0.008 18 P 0.115 0.327 0.124 0.007 0.260 0.009 0.020 0.061 0.026 0.018 0.031 19 V 0.068 0.274 0.138 0.033 0.199 0.035 0.050 0.089 0.044 0.044 0.026 20 N 0.072 0.133 0.077 0.033 0.144 0.044 0.078 0.151 0.091 0.124 0.054 21 D 0.144 0.101 0.068 0.011 0.236 0.007 0.017 0.092 0.076 0.176 0.072 22 R 0.081 0.125 0.040 0.006 0.130 0.007 0.026 0.274 0.160 0.119 0.032 23 R 0.066 0.182 0.123 0.022 0.146 0.017 0.044 0.209 0.078 0.081 0.032 24 S 0.057 0.167 0.069 0.030 0.131 0.042 0.080 0.279 0.070 0.048 0.028 25 R 0.063 0.089 0.075 0.022 0.077 0.015 0.021 0.243 0.145 0.197 0.054 26 Q 0.065 0.098 0.039 0.022 0.115 0.025 0.050 0.291 0.155 0.107 0.032 27 Q 0.059 0.226 0.072 0.028 0.159 0.018 0.028 0.149 0.111 0.116 0.034 28 E 0.161 0.097 0.046 0.012 0.214 0.011 0.044 0.115 0.066 0.135 0.101 29 V 0.165 0.179 0.058 0.014 0.252 0.014 0.032 0.068 0.061 0.100 0.057 30 S 0.090 0.306 0.220 0.037 0.205 0.014 0.024 0.041 0.021 0.020 0.024 31 P 0.052 0.280 0.265 0.048 0.126 0.025 0.019 0.062 0.050 0.053 0.020 32 A 0.066 0.147 0.075 0.056 0.110 0.058 0.109 0.143 0.124 0.072 0.039 33 G 0.076 0.115 0.111 0.087 0.101 0.047 0.026 0.061 0.090 0.193 0.093 34 T 0.082 0.125 0.039 0.018 0.160 0.023 0.100 0.154 0.158 0.106 0.035 35 S 0.253 0.107 0.027 0.006 0.295 0.008 0.015 0.026 0.048 0.122 0.093 36 M 0.214 0.203 0.032 0.004 0.480 0.004 0.005 0.005 0.007 0.019 0.027 37 R 0.412 0.047 0.008 0.005 0.431 0.008 0.015 0.002 0.002 0.009 0.059 38 Y 0.165 0.141 0.008 0.002 0.668 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 39 E 0.265 0.043 0.003 0.001 0.671 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 40 A 0.343 0.075 0.006 0.001 0.539 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 41 S 0.276 0.095 0.015 0.003 0.507 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.090 42 F 0.278 0.158 0.108 0.048 0.260 0.020 0.011 0.004 0.007 0.031 0.073 43 K 0.005 0.596 0.277 0.014 0.091 0.005 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 44 P 0.313 0.182 0.037 0.001 0.390 0.001 0.004 0.004 0.003 0.008 0.057 45 L 0.113 0.075 0.031 0.062 0.156 0.175 0.134 0.070 0.075 0.050 0.059 46 N 0.051 0.059 0.153 0.325 0.064 0.185 0.051 0.032 0.027 0.038 0.017 47 G 0.021 0.046 0.060 0.402 0.025 0.065 0.100 0.078 0.052 0.121 0.030 48 G 0.007 0.044 0.115 0.415 0.013 0.081 0.013 0.025 0.037 0.230 0.020 49 L 0.115 0.245 0.045 0.010 0.331 0.011 0.028 0.061 0.061 0.065 0.029 50 E 0.364 0.070 0.012 0.006 0.326 0.017 0.026 0.023 0.020 0.045 0.091 51 K 0.172 0.174 0.029 0.013 0.553 0.010 0.008 0.005 0.003 0.011 0.023 52 T 0.301 0.082 0.008 0.003 0.551 0.003 0.007 0.006 0.003 0.008 0.028 53 F 0.162 0.185 0.011 0.001 0.617 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.017 54 R 0.290 0.102 0.009 0.001 0.494 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 0.083 55 L 0.192 0.285 0.062 0.008 0.382 0.004 0.004 0.005 0.002 0.008 0.048 56 Q 0.037 0.461 0.302 0.022 0.124 0.005 0.006 0.015 0.006 0.013 0.009 57 A 0.028 0.036 0.015 0.006 0.041 0.005 0.009 0.383 0.402 0.055 0.019 58 Q 0.014 0.041 0.015 0.006 0.032 0.010 0.027 0.630 0.193 0.027 0.007 59 Q 0.030 0.022 0.007 0.006 0.039 0.008 0.034 0.450 0.163 0.227 0.015 60 Y 0.087 0.045 0.011 0.009 0.123 0.011 0.020 0.424 0.145 0.086 0.040 61 H 0.014 0.022 0.008 0.016 0.026 0.049 0.095 0.403 0.214 0.131 0.020 62 A 0.080 0.111 0.036 0.004 0.175 0.004 0.030 0.174 0.120 0.235 0.031 63 L 0.291 0.128 0.017 0.004 0.295 0.005 0.013 0.061 0.046 0.057 0.082 64 T 0.043 0.304 0.300 0.059 0.174 0.015 0.011 0.030 0.020 0.028 0.016 65 V 0.017 0.024 0.012 0.044 0.016 0.098 0.314 0.303 0.121 0.034 0.017 66 G 0.057 0.056 0.095 0.120 0.057 0.034 0.019 0.044 0.074 0.354 0.090 67 D 0.135 0.124 0.022 0.009 0.209 0.019 0.036 0.150 0.116 0.150 0.030 68 Q 0.142 0.066 0.039 0.071 0.112 0.029 0.090 0.074 0.078 0.202 0.098 69 G 0.031 0.150 0.132 0.377 0.103 0.132 0.011 0.008 0.008 0.032 0.014 70 T 0.139 0.152 0.009 0.002 0.648 0.001 0.005 0.010 0.007 0.011 0.015 71 L 0.458 0.055 0.007 0.001 0.408 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.061 72 S 0.263 0.079 0.011 0.013 0.462 0.023 0.035 0.013 0.007 0.028 0.066 73 Y 0.352 0.086 0.075 0.030 0.288 0.017 0.008 0.010 0.009 0.037 0.087 74 K 0.056 0.076 0.059 0.197 0.075 0.097 0.109 0.081 0.057 0.131 0.062 75 G 0.075 0.113 0.122 0.213 0.114 0.050 0.013 0.025 0.046 0.160 0.069 76 T 0.090 0.207 0.059 0.024 0.283 0.030 0.050 0.077 0.083 0.062 0.034 77 R 0.216 0.183 0.049 0.007 0.406 0.007 0.013 0.023 0.016 0.034 0.045 78 F 0.357 0.079 0.019 0.012 0.398 0.011 0.010 0.017 0.010 0.019 0.067 79 V 0.174 0.088 0.027 0.048 0.249 0.097 0.094 0.080 0.042 0.047 0.054 80 G 0.199 0.179 0.078 0.018 0.335 0.009 0.012 0.028 0.017 0.050 0.074 81 F 0.230 0.113 0.037 0.019 0.284 0.015 0.018 0.055 0.042 0.105 0.081 82 V 0.115 0.290 0.099 0.014 0.331 0.010 0.017 0.052 0.026 0.021 0.025 83 S 0.116 0.243 0.076 0.014 0.280 0.018 0.038 0.084 0.046 0.043 0.042 84 R 0.106 0.133 0.096 0.030 0.179 0.032 0.084 0.080 0.070 0.131 0.058 85 T 0.081 0.342 0.250 0.014 0.225 0.005 0.010 0.028 0.013 0.012 0.021 86 P 0.043 0.261 0.128 0.024 0.124 0.022 0.033 0.171 0.122 0.051 0.021 87 D 0.032 0.116 0.056 0.024 0.073 0.045 0.158 0.242 0.153 0.077 0.024 88 N 0.067 0.097 0.068 0.030 0.093 0.018 0.023 0.133 0.129 0.264 0.080 89 E 0.069 0.140 0.060 0.016 0.133 0.018 0.045 0.241 0.138 0.106 0.032