# TARGET T0561 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0561.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.81437 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.011 0.012 0.227 0.006 0.022 0.547 0.001 0.001 0.008 0.039 0.025 0.065 0.038 2 E 0.006 0.007 0.189 0.007 0.024 0.628 0.001 0.001 0.004 0.024 0.047 0.013 0.049 3 K 0.003 0.003 0.047 0.002 0.038 0.846 0.001 0.001 0.002 0.012 0.022 0.011 0.014 4 K 0.004 0.002 0.036 0.004 0.056 0.823 0.001 0.001 0.002 0.012 0.033 0.007 0.022 5 K 0.004 0.003 0.038 0.002 0.074 0.765 0.001 0.001 0.002 0.013 0.070 0.015 0.012 6 Y 0.002 0.004 0.033 0.001 0.032 0.832 0.001 0.001 0.003 0.013 0.060 0.003 0.016 7 L 0.002 0.006 0.078 0.002 0.025 0.751 0.001 0.001 0.002 0.041 0.070 0.011 0.010 8 D 0.001 0.004 0.133 0.002 0.032 0.711 0.001 0.001 0.002 0.035 0.065 0.003 0.011 9 S 0.001 0.001 0.017 0.001 0.040 0.910 0.001 0.001 0.001 0.009 0.020 0.001 0.001 10 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.040 0.928 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.001 0.001 11 F 0.001 0.001 0.007 0.001 0.042 0.924 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.022 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.040 0.908 0.001 0.001 0.001 0.003 0.043 0.001 0.001 14 H 0.001 0.001 0.003 0.001 0.041 0.904 0.001 0.001 0.001 0.003 0.048 0.001 0.001 15 C 0.001 0.001 0.006 0.001 0.022 0.923 0.001 0.001 0.001 0.008 0.038 0.001 0.001 16 I 0.001 0.003 0.039 0.001 0.012 0.868 0.001 0.001 0.001 0.031 0.043 0.001 0.002 17 S 0.001 0.002 0.090 0.001 0.013 0.844 0.001 0.001 0.001 0.019 0.029 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 19 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 21 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 22 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 23 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 24 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 25 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 26 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 27 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.001 0.001 28 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.962 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.001 0.001 29 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.961 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.001 0.002 30 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.963 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.001 0.001 31 W 0.002 0.001 0.004 0.001 0.005 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.006 32 L 0.006 0.001 0.007 0.002 0.009 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.004 0.004 33 E 0.007 0.001 0.003 0.001 0.011 0.953 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.004 0.003 34 L 0.008 0.001 0.006 0.001 0.016 0.914 0.001 0.001 0.001 0.005 0.035 0.003 0.010 35 V 0.007 0.001 0.019 0.003 0.016 0.855 0.001 0.001 0.001 0.014 0.070 0.005 0.008 36 G 0.004 0.002 0.061 0.002 0.013 0.777 0.001 0.001 0.001 0.036 0.084 0.007 0.012 37 K 0.002 0.002 0.062 0.001 0.014 0.813 0.001 0.001 0.001 0.035 0.054 0.007 0.009 38 E 0.001 0.001 0.040 0.001 0.016 0.874 0.001 0.001 0.001 0.017 0.044 0.002 0.004 39 W 0.001 0.001 0.007 0.001 0.012 0.965 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 40 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.017 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 41 H 0.002 0.001 0.009 0.001 0.032 0.916 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.002 0.004 42 M 0.003 0.001 0.014 0.001 0.043 0.879 0.001 0.001 0.001 0.005 0.041 0.002 0.009 43 L 0.005 0.002 0.034 0.002 0.043 0.786 0.001 0.001 0.001 0.013 0.098 0.007 0.009 44 A 0.006 0.008 0.087 0.002 0.063 0.500 0.001 0.001 0.002 0.029 0.267 0.016 0.020 45 L 0.005 0.022 0.172 0.003 0.039 0.331 0.001 0.001 0.005 0.178 0.192 0.011 0.042 46 N 0.001 0.004 0.711 0.001 0.005 0.035 0.001 0.001 0.002 0.191 0.031 0.013 0.007 47 P 0.001 0.004 0.147 0.003 0.130 0.126 0.001 0.001 0.002 0.053 0.523 0.002 0.009 48 E 0.001 0.009 0.098 0.003 0.105 0.097 0.001 0.001 0.003 0.083 0.590 0.007 0.004 49 R 0.003 0.015 0.393 0.005 0.158 0.149 0.001 0.001 0.013 0.134 0.078 0.010 0.039 50 K 0.010 0.028 0.320 0.025 0.100 0.207 0.002 0.002 0.025 0.103 0.092 0.036 0.051 51 D 0.026 0.031 0.168 0.040 0.096 0.182 0.007 0.005 0.035 0.102 0.156 0.075 0.079 52 F 0.064 0.022 0.155 0.017 0.054 0.161 0.016 0.017 0.064 0.058 0.071 0.063 0.237 53 L 0.093 0.023 0.176 0.027 0.039 0.174 0.026 0.012 0.062 0.052 0.058 0.147 0.113 54 W 0.051 0.031 0.253 0.011 0.038 0.137 0.010 0.008 0.050 0.066 0.089 0.100 0.156 55 K 0.016 0.022 0.278 0.017 0.037 0.136 0.004 0.002 0.019 0.167 0.178 0.054 0.069 56 N 0.003 0.012 0.332 0.005 0.018 0.064 0.001 0.001 0.007 0.316 0.185 0.018 0.038 57 Q 0.001 0.010 0.252 0.003 0.042 0.211 0.001 0.001 0.003 0.247 0.206 0.008 0.015 58 S 0.002 0.014 0.191 0.003 0.113 0.364 0.001 0.001 0.003 0.105 0.184 0.010 0.011 59 E 0.001 0.011 0.096 0.002 0.119 0.527 0.001 0.001 0.002 0.077 0.148 0.004 0.011 60 M 0.003 0.012 0.150 0.006 0.098 0.527 0.001 0.001 0.003 0.080 0.103 0.005 0.010 61 N 0.006 0.008 0.162 0.012 0.109 0.487 0.001 0.001 0.004 0.092 0.091 0.010 0.018 62 S 0.016 0.004 0.052 0.015 0.136 0.606 0.003 0.003 0.006 0.042 0.079 0.010 0.028 63 A 0.034 0.004 0.025 0.010 0.064 0.689 0.009 0.008 0.011 0.036 0.070 0.020 0.021 64 F 0.034 0.004 0.024 0.004 0.028 0.766 0.013 0.012 0.016 0.014 0.043 0.009 0.032 65 F 0.017 0.003 0.028 0.006 0.013 0.861 0.005 0.006 0.009 0.013 0.021 0.010 0.009 66 D 0.005 0.002 0.041 0.003 0.009 0.868 0.001 0.002 0.005 0.024 0.025 0.008 0.007 67 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.009 0.947 0.001 0.001 0.001 0.006 0.021 0.001 0.004 68 C 0.001 0.001 0.008 0.001 0.010 0.960 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 70 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 71 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 72 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 74 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 75 M 0.004 0.001 0.004 0.001 0.007 0.958 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.002 0.004 76 L 0.007 0.001 0.019 0.004 0.016 0.791 0.001 0.001 0.001 0.011 0.138 0.003 0.008 77 G 0.008 0.002 0.043 0.003 0.026 0.595 0.001 0.001 0.003 0.029 0.272 0.012 0.005 78 L 0.014 0.006 0.087 0.004 0.073 0.571 0.001 0.001 0.008 0.057 0.125 0.010 0.043 79 L 0.009 0.008 0.106 0.016 0.056 0.292 0.002 0.001 0.009 0.149 0.294 0.032 0.025 80 G 0.002 0.006 0.174 0.011 0.026 0.051 0.001 0.001 0.005 0.195 0.502 0.010 0.017 81 K 0.003 0.011 0.404 0.007 0.048 0.063 0.001 0.001 0.010 0.188 0.226 0.021 0.018 82 E 0.009 0.020 0.412 0.006 0.074 0.055 0.003 0.002 0.028 0.155 0.135 0.031 0.072 83 V 0.012 0.045 0.463 0.004 0.048 0.033 0.004 0.002 0.047 0.131 0.071 0.078 0.063 84 A 0.006 0.075 0.623 0.004 0.014 0.019 0.002 0.001 0.035 0.105 0.028 0.023 0.064 85 L 0.001 0.023 0.764 0.002 0.004 0.010 0.001 0.001 0.012 0.130 0.010 0.027 0.016 86 P 0.001 0.012 0.487 0.003 0.041 0.177 0.001 0.001 0.005 0.141 0.100 0.004 0.028 87 K 0.001 0.005 0.072 0.002 0.124 0.574 0.001 0.001 0.001 0.041 0.175 0.004 0.003 88 E 0.001 0.003 0.038 0.001 0.126 0.712 0.001 0.001 0.001 0.019 0.090 0.002 0.007 89 E 0.001 0.004 0.036 0.001 0.039 0.856 0.001 0.001 0.001 0.014 0.042 0.002 0.005 90 Q 0.001 0.003 0.022 0.002 0.025 0.897 0.001 0.001 0.001 0.017 0.025 0.004 0.004 91 A 0.004 0.001 0.014 0.002 0.014 0.908 0.001 0.001 0.001 0.009 0.030 0.002 0.016 92 F 0.007 0.001 0.005 0.002 0.006 0.951 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.005 0.008 93 W 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 94 I 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 M 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 Y 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 97 A 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 98 V 0.005 0.001 0.002 0.001 0.007 0.943 0.001 0.001 0.001 0.004 0.035 0.001 0.002 99 H 0.003 0.001 0.008 0.001 0.009 0.918 0.001 0.001 0.001 0.008 0.046 0.001 0.004 100 L 0.002 0.001 0.029 0.001 0.008 0.885 0.001 0.001 0.001 0.029 0.035 0.003 0.005 101 S 0.001 0.001 0.056 0.001 0.011 0.795 0.001 0.001 0.001 0.044 0.086 0.002 0.002 102 A 0.001 0.001 0.017 0.001 0.026 0.852 0.001 0.001 0.001 0.019 0.081 0.001 0.002 103 A 0.001 0.002 0.023 0.001 0.025 0.896 0.001 0.001 0.002 0.022 0.026 0.002 0.002 104 C 0.001 0.002 0.029 0.001 0.032 0.890 0.001 0.001 0.002 0.016 0.021 0.001 0.005 105 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.041 0.910 0.001 0.001 0.001 0.006 0.024 0.001 0.002 106 E 0.001 0.001 0.010 0.001 0.054 0.864 0.001 0.001 0.001 0.007 0.057 0.001 0.002 107 E 0.001 0.001 0.013 0.001 0.066 0.857 0.001 0.001 0.001 0.009 0.046 0.001 0.004 108 L 0.002 0.002 0.039 0.003 0.040 0.787 0.001 0.001 0.002 0.031 0.080 0.007 0.007 109 H 0.004 0.006 0.105 0.004 0.037 0.573 0.001 0.001 0.003 0.055 0.189 0.005 0.017 110 M 0.003 0.007 0.236 0.004 0.024 0.508 0.001 0.001 0.006 0.090 0.091 0.018 0.012 111 E 0.004 0.006 0.218 0.006 0.042 0.505 0.001 0.001 0.007 0.074 0.095 0.009 0.033 112 V 0.005 0.009 0.194 0.005 0.057 0.479 0.001 0.001 0.012 0.076 0.113 0.026 0.022 113 A 0.010 0.011 0.237 0.010 0.071 0.377 0.002 0.001 0.017 0.065 0.084 0.019 0.095 114 M 0.014 0.012 0.254 0.015 0.057 0.371 0.002 0.002 0.020 0.096 0.060 0.059 0.040 115 S 0.015 0.011 0.218 0.024 0.054 0.325 0.003 0.001 0.016 0.102 0.105 0.045 0.081 116 L 0.027 0.007 0.137 0.014 0.088 0.426 0.004 0.002 0.012 0.045 0.082 0.020 0.136 117 R 0.035 0.006 0.158 0.044 0.072 0.321 0.004 0.002 0.012 0.057 0.105 0.135 0.049 118 K 0.094 0.007 0.108 0.020 0.089 0.216 0.011 0.003 0.021 0.025 0.085 0.055 0.266 119 L 0.116 0.008 0.188 0.064 0.031 0.135 0.008 0.002 0.039 0.062 0.043 0.204 0.101 120 N 0.127 0.008 0.220 0.058 0.016 0.061 0.015 0.003 0.043 0.057 0.065 0.091 0.236 121 V 0.142 0.010 0.175 0.010 0.009 0.028 0.018 0.007 0.082 0.027 0.014 0.197 0.282 122 K 0.167 0.016 0.153 0.033 0.008 0.031 0.029 0.011 0.075 0.027 0.013 0.216 0.222 123 L 0.093 0.018 0.184 0.014 0.021 0.067 0.021 0.014 0.107 0.034 0.021 0.124 0.281 124 K 0.022 0.010 0.244 0.098 0.033 0.086 0.009 0.009 0.067 0.110 0.146 0.097 0.070 125 D 0.016 0.012 0.226 0.014 0.066 0.072 0.005 0.008 0.028 0.137 0.244 0.035 0.135 126 F 0.017 0.016 0.271 0.016 0.052 0.054 0.006 0.008 0.038 0.197 0.150 0.094 0.082 127 N 0.033 0.031 0.269 0.012 0.046 0.065 0.007 0.007 0.035 0.167 0.100 0.099 0.128 128 F 0.019 0.040 0.261 0.019 0.043 0.105 0.007 0.007 0.033 0.163 0.161 0.027 0.116 129 G 0.019 0.023 0.311 0.039 0.025 0.084 0.005 0.004 0.017 0.214 0.142 0.065 0.051 130 G 0.033 0.017 0.346 0.012 0.036 0.143 0.006 0.003 0.017 0.112 0.096 0.041 0.139 131 T 0.058 0.014 0.181 0.033 0.093 0.307 0.007 0.003 0.011 0.077 0.074 0.068 0.074 132 R 0.096 0.012 0.068 0.025 0.160 0.320 0.011 0.004 0.013 0.056 0.076 0.086 0.073 133 Y 0.078 0.022 0.168 0.015 0.152 0.236 0.009 0.004 0.012 0.045 0.110 0.024 0.126 134 F 0.055 0.014 0.248 0.016 0.195 0.171 0.006 0.002 0.010 0.066 0.106 0.055 0.056 135 K 0.010 0.007 0.250 0.004 0.101 0.083 0.001 0.001 0.006 0.094 0.381 0.030 0.032 136 D 0.003 0.017 0.211 0.002 0.074 0.039 0.001 0.001 0.002 0.122 0.496 0.009 0.025 137 M 0.001 0.018 0.479 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.002 0.428 0.035 0.016 0.005 138 P 0.001 0.007 0.860 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.105 0.008 0.002 0.007 139 P 0.001 0.006 0.148 0.002 0.114 0.565 0.001 0.001 0.001 0.038 0.121 0.001 0.004 140 E 0.001 0.002 0.022 0.001 0.122 0.739 0.001 0.001 0.001 0.010 0.099 0.002 0.002 141 E 0.001 0.001 0.020 0.001 0.065 0.875 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.002 0.007 142 K 0.002 0.002 0.019 0.001 0.012 0.939 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.006 0.005 143 K 0.005 0.001 0.014 0.001 0.008 0.939 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.003 0.015 144 R 0.007 0.001 0.015 0.002 0.006 0.923 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.013 0.016 145 R 0.009 0.001 0.013 0.001 0.005 0.926 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.008 0.023 146 M 0.005 0.001 0.012 0.001 0.002 0.953 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.009 0.007 147 E 0.005 0.001 0.010 0.001 0.003 0.940 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.006 0.013 148 R 0.003 0.001 0.013 0.001 0.002 0.949 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.005 0.009 149 K 0.002 0.001 0.009 0.001 0.003 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.003 0.006 150 Q 0.003 0.001 0.025 0.001 0.004 0.933 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.009 0.011 151 R 0.001 0.001 0.025 0.001 0.003 0.944 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.003 0.011 152 I 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 153 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 154 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 155 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 156 R 0.001 0.001 0.007 0.001 0.012 0.941 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.001 0.001 157 R 0.001 0.001 0.025 0.001 0.031 0.814 0.001 0.001 0.001 0.012 0.108 0.002 0.004 158 H 0.001 0.002 0.068 0.001 0.030 0.476 0.001 0.001 0.001 0.049 0.362 0.003 0.006 159 G 0.001 0.008 0.309 0.001 0.015 0.104 0.001 0.001 0.005 0.146 0.394 0.006 0.010 160 M 0.001 0.009 0.812 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.008 0.123 0.022 0.009 0.005 161 P 0.001 0.008 0.858 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.008 0.079 0.024 0.003 0.009