# TARGET T0561 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0561.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.81437 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.077 0.244 0.010 0.018 0.053 0.067 0.072 0.006 0.002 0.064 0.386 2 E 0.080 0.374 0.006 0.016 0.035 0.062 0.043 0.008 0.002 0.037 0.336 3 K 0.134 0.488 0.003 0.007 0.014 0.025 0.030 0.008 0.001 0.021 0.270 4 K 0.064 0.341 0.003 0.009 0.019 0.028 0.054 0.005 0.001 0.051 0.424 5 K 0.042 0.217 0.005 0.025 0.043 0.077 0.065 0.005 0.001 0.117 0.402 6 Y 0.034 0.137 0.007 0.053 0.038 0.048 0.085 0.005 0.002 0.177 0.414 7 L 0.039 0.422 0.008 0.032 0.029 0.019 0.049 0.012 0.002 0.067 0.322 8 D 0.063 0.866 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.001 0.007 0.048 9 S 0.026 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.009 0.038 10 E 0.010 0.840 0.005 0.001 0.001 0.004 0.014 0.003 0.001 0.048 0.073 11 F 0.047 0.828 0.006 0.003 0.002 0.005 0.010 0.008 0.002 0.044 0.045 12 L 0.113 0.711 0.008 0.004 0.003 0.004 0.015 0.023 0.004 0.037 0.079 13 L 0.085 0.235 0.025 0.008 0.007 0.013 0.041 0.013 0.008 0.284 0.280 14 H 0.067 0.253 0.009 0.014 0.006 0.010 0.061 0.005 0.003 0.098 0.474 15 C 0.033 0.361 0.008 0.018 0.008 0.007 0.069 0.008 0.002 0.087 0.399 16 I 0.027 0.606 0.006 0.005 0.003 0.003 0.037 0.010 0.002 0.032 0.269 17 S 0.045 0.880 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.008 0.053 18 A 0.037 0.777 0.003 0.002 0.001 0.001 0.013 0.006 0.001 0.050 0.109 19 Q 0.028 0.802 0.004 0.004 0.001 0.003 0.017 0.006 0.001 0.066 0.067 20 L 0.021 0.845 0.003 0.002 0.001 0.002 0.009 0.006 0.001 0.056 0.054 21 L 0.016 0.879 0.003 0.004 0.001 0.002 0.007 0.003 0.001 0.040 0.044 22 D 0.011 0.885 0.002 0.002 0.002 0.004 0.006 0.003 0.001 0.047 0.039 23 M 0.010 0.903 0.003 0.001 0.001 0.002 0.006 0.005 0.001 0.030 0.038 24 W 0.017 0.921 0.006 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.001 0.026 0.017 25 K 0.032 0.866 0.006 0.001 0.003 0.003 0.006 0.004 0.001 0.040 0.039 26 Q 0.039 0.792 0.008 0.002 0.002 0.004 0.014 0.004 0.002 0.058 0.073 27 A 0.042 0.810 0.011 0.002 0.002 0.004 0.014 0.009 0.002 0.026 0.076 28 R 0.034 0.890 0.004 0.001 0.002 0.004 0.007 0.004 0.001 0.010 0.044 29 A 0.027 0.767 0.003 0.002 0.003 0.008 0.017 0.003 0.001 0.024 0.144 30 R 0.015 0.812 0.005 0.004 0.017 0.027 0.013 0.002 0.001 0.022 0.083 31 W 0.019 0.841 0.002 0.007 0.011 0.027 0.010 0.005 0.001 0.025 0.052 32 L 0.042 0.777 0.004 0.008 0.025 0.026 0.011 0.004 0.001 0.034 0.067 33 E 0.027 0.597 0.004 0.038 0.057 0.083 0.018 0.003 0.001 0.053 0.120 34 L 0.026 0.494 0.007 0.029 0.040 0.075 0.025 0.006 0.001 0.109 0.187 35 V 0.045 0.694 0.004 0.021 0.028 0.020 0.022 0.007 0.001 0.054 0.106 36 G 0.024 0.810 0.003 0.003 0.008 0.008 0.010 0.007 0.001 0.033 0.093 37 K 0.035 0.738 0.005 0.003 0.005 0.007 0.015 0.007 0.001 0.092 0.092 38 E 0.017 0.900 0.005 0.001 0.002 0.002 0.006 0.011 0.002 0.015 0.039 39 W 0.058 0.850 0.007 0.001 0.002 0.003 0.005 0.017 0.003 0.022 0.033 40 A 0.116 0.681 0.018 0.002 0.002 0.005 0.011 0.016 0.010 0.031 0.108 41 H 0.157 0.420 0.031 0.005 0.006 0.012 0.032 0.018 0.011 0.055 0.253 42 M 0.179 0.079 0.047 0.012 0.008 0.018 0.065 0.048 0.030 0.112 0.403 43 L 0.295 0.020 0.006 0.012 0.013 0.012 0.097 0.006 0.004 0.054 0.483 44 A 0.007 0.006 0.002 0.009 0.011 0.015 0.098 0.001 0.001 0.026 0.824 45 L 0.008 0.012 0.002 0.014 0.008 0.012 0.111 0.002 0.001 0.022 0.808 46 N 0.508 0.034 0.004 0.013 0.008 0.009 0.070 0.014 0.003 0.051 0.287 47 P 0.092 0.015 0.002 0.011 0.008 0.009 0.113 0.004 0.001 0.029 0.716 48 E 0.037 0.026 0.002 0.036 0.012 0.031 0.083 0.002 0.001 0.028 0.743 49 R 0.059 0.033 0.002 0.026 0.012 0.028 0.111 0.002 0.001 0.043 0.684 50 K 0.028 0.033 0.001 0.092 0.048 0.078 0.142 0.002 0.001 0.072 0.504 51 D 0.016 0.042 0.002 0.078 0.052 0.152 0.095 0.002 0.001 0.077 0.484 52 F 0.013 0.016 0.002 0.153 0.102 0.167 0.094 0.002 0.001 0.114 0.336 53 L 0.024 0.031 0.001 0.152 0.134 0.215 0.062 0.004 0.001 0.062 0.316 54 W 0.059 0.021 0.002 0.160 0.078 0.108 0.077 0.003 0.001 0.172 0.319 55 K 0.016 0.017 0.004 0.180 0.051 0.059 0.111 0.003 0.001 0.099 0.460 56 N 0.118 0.132 0.004 0.106 0.028 0.038 0.101 0.015 0.001 0.070 0.387 57 Q 0.223 0.083 0.007 0.026 0.013 0.013 0.086 0.025 0.003 0.140 0.381 58 S 0.132 0.144 0.009 0.025 0.013 0.016 0.127 0.011 0.002 0.159 0.362 59 E 0.047 0.283 0.007 0.027 0.007 0.018 0.094 0.010 0.002 0.097 0.409 60 M 0.078 0.336 0.007 0.022 0.007 0.016 0.107 0.025 0.003 0.068 0.331 61 N 0.130 0.510 0.006 0.010 0.010 0.023 0.050 0.022 0.003 0.044 0.194 62 S 0.063 0.394 0.005 0.012 0.008 0.016 0.057 0.008 0.002 0.106 0.327 63 A 0.032 0.606 0.005 0.020 0.013 0.023 0.054 0.007 0.001 0.049 0.192 64 F 0.031 0.695 0.006 0.015 0.007 0.013 0.037 0.008 0.002 0.060 0.127 65 F 0.034 0.703 0.008 0.009 0.008 0.013 0.033 0.016 0.003 0.044 0.128 66 D 0.049 0.883 0.001 0.002 0.001 0.003 0.006 0.004 0.001 0.016 0.036 67 L 0.005 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.022 68 C 0.008 0.887 0.004 0.001 0.003 0.005 0.008 0.003 0.001 0.048 0.033 69 E 0.025 0.935 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.016 0.011 70 V 0.010 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.009 0.013 71 G 0.008 0.959 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.007 0.012 72 K 0.037 0.923 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.012 0.017 73 Q 0.024 0.663 0.030 0.004 0.005 0.009 0.017 0.011 0.009 0.102 0.125 74 V 0.103 0.683 0.020 0.004 0.011 0.016 0.021 0.010 0.003 0.037 0.093 75 M 0.105 0.624 0.007 0.007 0.008 0.011 0.023 0.014 0.004 0.028 0.169 76 L 0.071 0.287 0.026 0.013 0.010 0.020 0.050 0.019 0.012 0.051 0.440 77 G 0.166 0.152 0.018 0.030 0.039 0.056 0.062 0.010 0.006 0.058 0.401 78 L 0.121 0.050 0.010 0.016 0.028 0.030 0.066 0.008 0.004 0.037 0.629 79 L 0.082 0.030 0.005 0.028 0.041 0.037 0.101 0.004 0.002 0.036 0.634 80 G 0.106 0.026 0.006 0.015 0.011 0.017 0.061 0.006 0.002 0.019 0.732 81 K 0.092 0.013 0.001 0.022 0.017 0.020 0.092 0.005 0.001 0.021 0.717 82 E 0.049 0.008 0.001 0.023 0.011 0.016 0.084 0.002 0.001 0.029 0.775 83 V 0.006 0.004 0.001 0.014 0.017 0.030 0.135 0.001 0.001 0.018 0.776 84 A 0.005 0.018 0.001 0.019 0.009 0.014 0.093 0.001 0.001 0.028 0.815 85 L 0.065 0.211 0.004 0.023 0.014 0.012 0.078 0.009 0.001 0.075 0.508 86 P 0.188 0.511 0.003 0.005 0.003 0.004 0.031 0.013 0.002 0.040 0.202 87 K 0.185 0.550 0.004 0.006 0.002 0.003 0.020 0.010 0.002 0.037 0.181 88 E 0.054 0.658 0.005 0.006 0.002 0.007 0.027 0.004 0.001 0.036 0.201 89 E 0.029 0.729 0.002 0.004 0.002 0.007 0.021 0.002 0.001 0.043 0.159 90 Q 0.010 0.838 0.001 0.004 0.005 0.009 0.016 0.001 0.001 0.040 0.075 91 A 0.003 0.916 0.001 0.002 0.004 0.010 0.006 0.001 0.001 0.027 0.031 92 F 0.003 0.944 0.001 0.002 0.005 0.008 0.003 0.001 0.001 0.022 0.012 93 W 0.003 0.954 0.001 0.002 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.016 0.007 94 I 0.008 0.932 0.001 0.004 0.006 0.012 0.002 0.001 0.001 0.025 0.009 95 M 0.012 0.788 0.007 0.011 0.016 0.030 0.006 0.003 0.001 0.101 0.024 96 Y 0.041 0.834 0.004 0.009 0.013 0.023 0.007 0.007 0.001 0.030 0.032 97 A 0.058 0.351 0.013 0.023 0.032 0.032 0.024 0.006 0.002 0.357 0.102 98 V 0.021 0.387 0.021 0.046 0.034 0.039 0.052 0.007 0.003 0.142 0.249 99 H 0.061 0.677 0.006 0.010 0.012 0.014 0.025 0.011 0.001 0.061 0.122 100 L 0.054 0.657 0.011 0.009 0.005 0.004 0.026 0.032 0.004 0.048 0.151 101 S 0.045 0.824 0.002 0.001 0.002 0.003 0.013 0.007 0.001 0.019 0.084 102 A 0.052 0.766 0.003 0.002 0.001 0.003 0.014 0.008 0.001 0.044 0.105 103 A 0.033 0.650 0.019 0.004 0.003 0.006 0.041 0.016 0.007 0.051 0.169 104 C 0.249 0.434 0.027 0.006 0.003 0.007 0.030 0.032 0.014 0.063 0.133 105 A 0.290 0.176 0.038 0.008 0.003 0.005 0.039 0.036 0.027 0.065 0.312 106 E 0.278 0.160 0.009 0.006 0.005 0.008 0.058 0.014 0.004 0.026 0.433 107 E 0.091 0.112 0.007 0.006 0.004 0.007 0.070 0.009 0.003 0.028 0.663 108 L 0.021 0.133 0.004 0.010 0.010 0.012 0.106 0.003 0.001 0.024 0.676 109 H 0.044 0.415 0.002 0.012 0.008 0.016 0.048 0.006 0.001 0.015 0.434 110 M 0.126 0.296 0.003 0.010 0.009 0.011 0.066 0.012 0.002 0.035 0.430 111 E 0.089 0.124 0.014 0.042 0.023 0.034 0.079 0.009 0.004 0.212 0.371 112 V 0.132 0.296 0.005 0.025 0.011 0.022 0.052 0.010 0.001 0.042 0.404 113 A 0.126 0.303 0.004 0.028 0.011 0.015 0.064 0.009 0.001 0.069 0.371 114 M 0.035 0.235 0.008 0.014 0.016 0.033 0.063 0.007 0.003 0.038 0.548 115 S 0.078 0.392 0.007 0.028 0.025 0.059 0.049 0.008 0.002 0.054 0.296 116 L 0.081 0.100 0.029 0.026 0.032 0.046 0.068 0.019 0.010 0.109 0.481 117 R 0.174 0.107 0.005 0.044 0.122 0.107 0.076 0.004 0.001 0.044 0.315 118 K 0.058 0.064 0.004 0.027 0.015 0.045 0.055 0.004 0.001 0.035 0.693 119 L 0.015 0.030 0.001 0.101 0.048 0.078 0.136 0.003 0.001 0.031 0.556 120 N 0.068 0.039 0.004 0.115 0.029 0.072 0.095 0.004 0.002 0.118 0.454 121 V 0.005 0.010 0.001 0.061 0.131 0.082 0.134 0.001 0.001 0.029 0.546 122 K 0.060 0.101 0.004 0.133 0.044 0.088 0.072 0.009 0.001 0.114 0.374 123 L 0.220 0.073 0.008 0.044 0.023 0.029 0.095 0.016 0.005 0.120 0.367 124 K 0.142 0.109 0.006 0.113 0.018 0.035 0.100 0.014 0.003 0.052 0.410 125 D 0.120 0.045 0.010 0.090 0.016 0.051 0.077 0.013 0.003 0.069 0.507 126 F 0.103 0.025 0.005 0.092 0.021 0.029 0.142 0.006 0.001 0.057 0.517 127 N 0.052 0.030 0.005 0.083 0.030 0.041 0.120 0.005 0.001 0.136 0.497 128 F 0.032 0.047 0.003 0.070 0.017 0.024 0.154 0.004 0.001 0.088 0.559 129 G 0.055 0.195 0.004 0.062 0.030 0.036 0.140 0.012 0.001 0.073 0.392 130 G 0.071 0.260 0.003 0.020 0.018 0.049 0.101 0.029 0.002 0.060 0.387 131 T 0.128 0.219 0.004 0.034 0.034 0.060 0.081 0.007 0.002 0.138 0.292 132 R 0.028 0.112 0.020 0.081 0.059 0.101 0.080 0.007 0.004 0.081 0.427 133 Y 0.160 0.045 0.015 0.075 0.043 0.074 0.096 0.023 0.006 0.127 0.336 134 F 0.552 0.010 0.004 0.033 0.009 0.010 0.054 0.020 0.004 0.063 0.239 135 K 0.016 0.005 0.001 0.011 0.008 0.011 0.126 0.001 0.001 0.032 0.788 136 D 0.002 0.004 0.001 0.008 0.002 0.005 0.133 0.001 0.001 0.038 0.806 137 M 0.003 0.037 0.001 0.008 0.006 0.005 0.202 0.003 0.001 0.045 0.691 138 P 0.095 0.642 0.002 0.002 0.001 0.001 0.020 0.081 0.004 0.036 0.117 139 P 0.167 0.709 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.043 0.005 0.017 0.049 140 E 0.044 0.881 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.002 0.010 0.047 141 E 0.046 0.841 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.003 0.018 0.067 142 K 0.063 0.768 0.011 0.002 0.001 0.001 0.017 0.017 0.004 0.045 0.072 143 K 0.045 0.708 0.010 0.001 0.001 0.002 0.020 0.010 0.005 0.047 0.150 144 R 0.025 0.837 0.005 0.001 0.002 0.002 0.015 0.004 0.001 0.023 0.086 145 R 0.029 0.800 0.006 0.001 0.002 0.004 0.016 0.009 0.003 0.030 0.100 146 M 0.091 0.643 0.009 0.003 0.005 0.009 0.030 0.010 0.004 0.056 0.139 147 E 0.061 0.614 0.011 0.005 0.005 0.008 0.022 0.010 0.004 0.048 0.212 148 R 0.060 0.744 0.004 0.004 0.006 0.007 0.016 0.008 0.001 0.028 0.122 149 K 0.041 0.711 0.003 0.003 0.003 0.004 0.018 0.003 0.001 0.062 0.152 150 Q 0.007 0.774 0.002 0.007 0.005 0.007 0.021 0.002 0.001 0.034 0.140 151 R 0.004 0.952 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.013 0.021 152 I 0.021 0.908 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.044 0.013 153 E 0.013 0.912 0.003 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.038 0.025 154 E 0.030 0.774 0.010 0.003 0.002 0.004 0.010 0.008 0.004 0.104 0.051 155 A 0.086 0.118 0.254 0.004 0.004 0.007 0.024 0.072 0.165 0.187 0.079 156 R 0.785 0.023 0.023 0.003 0.005 0.005 0.013 0.018 0.014 0.022 0.088 157 R 0.097 0.004 0.004 0.002 0.003 0.004 0.036 0.002 0.002 0.017 0.829 158 H 0.007 0.002 0.001 0.004 0.005 0.006 0.102 0.001 0.001 0.011 0.862 159 G 0.016 0.003 0.001 0.007 0.004 0.008 0.133 0.001 0.001 0.014 0.813 160 M 0.018 0.001 0.001 0.005 0.007 0.006 0.161 0.001 0.001 0.013 0.787 161 P 0.041 0.006 0.001 0.028 0.008 0.012 0.101 0.002 0.001 0.023 0.779