# TARGET T0561 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0561.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.81437 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.081 0.281 0.016 0.026 0.037 0.076 0.052 0.429 2 E 0.054 0.342 0.024 0.028 0.041 0.065 0.056 0.390 3 K 0.106 0.391 0.013 0.016 0.034 0.051 0.068 0.320 4 K 0.119 0.217 0.027 0.024 0.033 0.076 0.134 0.369 5 K 0.060 0.154 0.043 0.029 0.045 0.091 0.139 0.439 6 Y 0.040 0.198 0.049 0.022 0.033 0.095 0.100 0.464 7 L 0.039 0.370 0.040 0.015 0.018 0.082 0.062 0.374 8 D 0.061 0.761 0.005 0.003 0.004 0.017 0.045 0.104 9 S 0.045 0.833 0.003 0.001 0.002 0.014 0.023 0.078 10 E 0.047 0.657 0.015 0.005 0.006 0.037 0.102 0.131 11 F 0.037 0.763 0.012 0.003 0.005 0.020 0.077 0.083 12 L 0.075 0.705 0.010 0.003 0.007 0.021 0.072 0.106 13 L 0.074 0.233 0.041 0.007 0.010 0.050 0.392 0.192 14 H 0.081 0.350 0.027 0.007 0.011 0.081 0.094 0.349 15 C 0.029 0.450 0.030 0.009 0.012 0.070 0.072 0.328 16 I 0.016 0.613 0.019 0.003 0.005 0.054 0.052 0.238 17 S 0.064 0.857 0.001 0.001 0.001 0.006 0.037 0.033 18 A 0.037 0.787 0.005 0.001 0.001 0.016 0.082 0.070 19 Q 0.013 0.841 0.007 0.001 0.002 0.016 0.063 0.056 20 L 0.007 0.945 0.002 0.001 0.001 0.004 0.019 0.022 21 L 0.014 0.914 0.005 0.001 0.002 0.006 0.032 0.026 22 D 0.011 0.870 0.005 0.002 0.002 0.007 0.065 0.039 23 M 0.008 0.934 0.004 0.001 0.002 0.004 0.023 0.023 24 W 0.015 0.870 0.014 0.002 0.002 0.007 0.063 0.027 25 K 0.035 0.848 0.006 0.002 0.003 0.010 0.037 0.060 26 Q 0.034 0.716 0.012 0.003 0.004 0.021 0.077 0.133 27 A 0.021 0.737 0.014 0.004 0.005 0.026 0.088 0.105 28 R 0.030 0.788 0.008 0.004 0.006 0.021 0.055 0.088 29 A 0.040 0.711 0.008 0.004 0.008 0.024 0.045 0.160 30 R 0.023 0.746 0.016 0.012 0.018 0.022 0.052 0.111 31 W 0.016 0.794 0.010 0.007 0.021 0.016 0.036 0.101 32 L 0.057 0.422 0.057 0.024 0.032 0.037 0.211 0.159 33 E 0.051 0.412 0.053 0.034 0.043 0.042 0.156 0.209 34 L 0.039 0.478 0.029 0.021 0.031 0.045 0.072 0.285 35 V 0.029 0.624 0.025 0.011 0.013 0.034 0.074 0.190 36 G 0.035 0.796 0.005 0.003 0.005 0.017 0.042 0.096 37 K 0.024 0.750 0.008 0.005 0.006 0.021 0.059 0.127 38 E 0.017 0.896 0.006 0.002 0.003 0.010 0.018 0.046 39 W 0.052 0.846 0.006 0.002 0.004 0.010 0.023 0.056 40 A 0.046 0.761 0.014 0.004 0.006 0.017 0.043 0.108 41 H 0.117 0.531 0.016 0.009 0.019 0.046 0.058 0.204 42 M 0.183 0.146 0.051 0.015 0.027 0.064 0.196 0.318 43 L 0.169 0.074 0.022 0.020 0.022 0.107 0.075 0.512 44 A 0.013 0.025 0.015 0.013 0.024 0.119 0.039 0.752 45 L 0.007 0.031 0.012 0.005 0.009 0.107 0.018 0.810 46 N 0.467 0.204 0.004 0.004 0.003 0.024 0.173 0.120 47 P 0.102 0.181 0.008 0.005 0.007 0.071 0.065 0.562 48 E 0.043 0.175 0.017 0.010 0.016 0.090 0.052 0.598 49 R 0.108 0.263 0.025 0.009 0.022 0.087 0.107 0.379 50 K 0.057 0.289 0.041 0.038 0.049 0.084 0.075 0.367 51 D 0.042 0.213 0.044 0.044 0.114 0.068 0.086 0.389 52 F 0.049 0.079 0.160 0.069 0.086 0.077 0.183 0.296 53 L 0.109 0.050 0.169 0.058 0.072 0.076 0.181 0.286 54 W 0.134 0.029 0.077 0.034 0.053 0.095 0.082 0.496 55 K 0.023 0.025 0.048 0.019 0.030 0.124 0.040 0.691 56 N 0.082 0.186 0.022 0.012 0.018 0.101 0.082 0.498 57 Q 0.124 0.125 0.027 0.014 0.017 0.112 0.171 0.409 58 S 0.092 0.198 0.026 0.018 0.017 0.101 0.216 0.333 59 E 0.068 0.337 0.023 0.010 0.020 0.100 0.113 0.328 60 M 0.038 0.450 0.028 0.010 0.015 0.069 0.093 0.297 61 N 0.074 0.550 0.020 0.012 0.023 0.050 0.105 0.166 62 S 0.042 0.478 0.030 0.013 0.024 0.053 0.102 0.258 63 A 0.014 0.711 0.035 0.016 0.027 0.030 0.045 0.122 64 F 0.019 0.735 0.028 0.009 0.018 0.023 0.048 0.120 65 F 0.033 0.624 0.038 0.014 0.019 0.029 0.100 0.143 66 D 0.013 0.831 0.015 0.008 0.010 0.014 0.051 0.058 67 L 0.008 0.884 0.008 0.003 0.005 0.009 0.034 0.049 68 C 0.013 0.810 0.013 0.004 0.005 0.010 0.097 0.048 69 E 0.010 0.909 0.005 0.002 0.003 0.007 0.035 0.029 70 V 0.011 0.916 0.005 0.002 0.002 0.006 0.030 0.028 71 G 0.008 0.928 0.005 0.002 0.003 0.005 0.025 0.025 72 K 0.011 0.909 0.004 0.003 0.005 0.007 0.023 0.037 73 Q 0.037 0.443 0.062 0.012 0.019 0.028 0.297 0.102 74 V 0.033 0.727 0.030 0.019 0.027 0.024 0.045 0.096 75 M 0.062 0.538 0.038 0.023 0.043 0.036 0.047 0.214 76 L 0.049 0.138 0.121 0.036 0.045 0.076 0.172 0.362 77 G 0.148 0.102 0.062 0.048 0.074 0.092 0.096 0.377 78 L 0.149 0.042 0.036 0.041 0.044 0.092 0.069 0.527 79 L 0.056 0.023 0.028 0.013 0.021 0.133 0.040 0.686 80 G 0.134 0.046 0.016 0.009 0.019 0.090 0.088 0.597 81 K 0.106 0.029 0.018 0.019 0.032 0.123 0.047 0.626 82 E 0.093 0.018 0.021 0.031 0.052 0.107 0.050 0.628 83 V 0.031 0.012 0.027 0.041 0.063 0.120 0.056 0.648 84 A 0.005 0.022 0.025 0.028 0.059 0.131 0.024 0.705 85 L 0.032 0.158 0.021 0.029 0.037 0.090 0.077 0.556 86 P 0.188 0.440 0.007 0.006 0.006 0.031 0.172 0.150 87 K 0.096 0.586 0.006 0.004 0.005 0.031 0.087 0.185 88 E 0.046 0.605 0.008 0.006 0.009 0.035 0.076 0.215 89 E 0.041 0.673 0.007 0.005 0.009 0.034 0.081 0.151 90 Q 0.016 0.722 0.007 0.013 0.019 0.025 0.089 0.110 91 A 0.006 0.834 0.006 0.010 0.021 0.012 0.044 0.067 92 F 0.007 0.820 0.012 0.017 0.032 0.010 0.057 0.045 93 W 0.004 0.864 0.012 0.015 0.025 0.006 0.044 0.030 94 I 0.009 0.764 0.017 0.024 0.045 0.008 0.086 0.046 95 M 0.012 0.588 0.057 0.032 0.041 0.010 0.211 0.048 96 Y 0.025 0.745 0.021 0.029 0.040 0.012 0.072 0.056 97 A 0.045 0.250 0.079 0.031 0.038 0.030 0.381 0.145 98 V 0.041 0.346 0.084 0.038 0.043 0.062 0.190 0.195 99 H 0.047 0.539 0.031 0.017 0.023 0.049 0.071 0.224 100 L 0.057 0.537 0.030 0.009 0.013 0.046 0.085 0.223 101 S 0.077 0.691 0.009 0.004 0.006 0.032 0.053 0.128 102 A 0.069 0.610 0.013 0.005 0.008 0.044 0.050 0.200 103 A 0.040 0.625 0.024 0.007 0.011 0.047 0.061 0.185 104 C 0.080 0.677 0.013 0.004 0.007 0.031 0.050 0.140 105 A 0.169 0.409 0.027 0.005 0.007 0.043 0.131 0.209 106 E 0.130 0.385 0.020 0.007 0.011 0.060 0.077 0.311 107 E 0.111 0.241 0.021 0.006 0.011 0.083 0.065 0.463 108 L 0.063 0.247 0.047 0.011 0.015 0.102 0.068 0.446 109 H 0.056 0.385 0.015 0.007 0.014 0.064 0.035 0.423 110 M 0.092 0.310 0.022 0.009 0.012 0.069 0.077 0.408 111 E 0.075 0.226 0.040 0.010 0.014 0.088 0.241 0.306 112 V 0.063 0.450 0.026 0.012 0.017 0.073 0.069 0.290 113 A 0.073 0.466 0.032 0.009 0.018 0.054 0.051 0.296 114 M 0.054 0.363 0.038 0.022 0.032 0.073 0.067 0.352 115 S 0.099 0.332 0.038 0.025 0.048 0.072 0.088 0.297 116 L 0.110 0.070 0.064 0.023 0.036 0.089 0.230 0.380 117 R 0.115 0.072 0.051 0.057 0.070 0.115 0.094 0.426 118 K 0.034 0.020 0.024 0.014 0.044 0.083 0.048 0.734 119 L 0.019 0.029 0.094 0.112 0.088 0.112 0.057 0.489 120 N 0.017 0.023 0.101 0.052 0.163 0.091 0.051 0.502 121 V 0.013 0.017 0.106 0.155 0.072 0.087 0.035 0.516 122 K 0.039 0.031 0.284 0.056 0.119 0.072 0.062 0.336 123 L 0.153 0.018 0.124 0.034 0.041 0.100 0.084 0.446 124 K 0.086 0.022 0.185 0.029 0.050 0.090 0.055 0.483 125 D 0.062 0.018 0.059 0.014 0.027 0.105 0.051 0.664 126 F 0.059 0.020 0.075 0.026 0.031 0.165 0.051 0.573 127 N 0.086 0.036 0.053 0.041 0.047 0.141 0.088 0.507 128 F 0.060 0.050 0.032 0.031 0.055 0.136 0.090 0.545 129 G 0.048 0.092 0.032 0.050 0.073 0.149 0.067 0.488 130 G 0.071 0.218 0.030 0.054 0.104 0.086 0.094 0.343 131 T 0.103 0.217 0.034 0.040 0.078 0.087 0.082 0.359 132 R 0.059 0.166 0.069 0.102 0.122 0.080 0.052 0.349 133 Y 0.152 0.065 0.062 0.041 0.099 0.080 0.078 0.423 134 F 0.492 0.018 0.019 0.018 0.024 0.056 0.096 0.278 135 K 0.051 0.009 0.013 0.017 0.020 0.110 0.023 0.757 136 D 0.007 0.014 0.005 0.008 0.015 0.102 0.016 0.832 137 M 0.008 0.052 0.007 0.010 0.010 0.141 0.019 0.752 138 P 0.159 0.581 0.003 0.005 0.004 0.025 0.108 0.115 139 P 0.079 0.747 0.002 0.002 0.003 0.019 0.041 0.108 140 E 0.039 0.743 0.006 0.003 0.005 0.023 0.046 0.136 141 E 0.036 0.791 0.009 0.003 0.005 0.020 0.053 0.083 142 K 0.028 0.848 0.006 0.004 0.006 0.011 0.030 0.068 143 K 0.025 0.813 0.007 0.007 0.009 0.013 0.032 0.094 144 R 0.024 0.801 0.010 0.006 0.009 0.017 0.034 0.099 145 R 0.026 0.858 0.006 0.003 0.004 0.009 0.029 0.065 146 M 0.024 0.845 0.004 0.003 0.004 0.010 0.031 0.079 147 E 0.018 0.707 0.009 0.003 0.004 0.018 0.114 0.126 148 R 0.013 0.904 0.003 0.001 0.002 0.006 0.023 0.047 149 K 0.015 0.911 0.003 0.001 0.001 0.005 0.013 0.049 150 Q 0.004 0.936 0.003 0.001 0.002 0.005 0.009 0.041 151 R 0.004 0.966 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.020 152 I 0.025 0.916 0.007 0.001 0.001 0.004 0.021 0.024 153 E 0.031 0.911 0.004 0.001 0.001 0.006 0.016 0.030 154 E 0.061 0.743 0.011 0.002 0.004 0.019 0.043 0.118 155 A 0.119 0.257 0.117 0.006 0.008 0.055 0.244 0.195 156 R 0.489 0.081 0.026 0.009 0.013 0.061 0.063 0.259 157 R 0.129 0.011 0.009 0.004 0.007 0.057 0.030 0.753 158 H 0.013 0.003 0.011 0.004 0.007 0.155 0.012 0.795 159 G 0.015 0.004 0.014 0.006 0.015 0.121 0.020 0.805 160 M 0.039 0.004 0.019 0.013 0.014 0.129 0.055 0.726 161 P 0.061 0.009 0.039 0.009 0.015 0.116 0.080 0.670