# TARGET T0561 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0561.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.81437 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.062 0.082 0.027 0.033 0.056 0.073 0.007 0.661 2 E 0.029 0.077 0.019 0.031 0.053 0.136 0.006 0.648 3 K 0.081 0.134 0.024 0.031 0.064 0.098 0.014 0.555 4 K 0.095 0.319 0.027 0.032 0.063 0.062 0.013 0.389 5 K 0.102 0.266 0.027 0.033 0.045 0.082 0.016 0.429 6 Y 0.096 0.335 0.043 0.039 0.064 0.055 0.017 0.351 7 L 0.099 0.344 0.062 0.050 0.084 0.074 0.014 0.272 8 D 0.059 0.269 0.029 0.027 0.046 0.089 0.014 0.466 9 S 0.044 0.243 0.041 0.010 0.042 0.035 0.011 0.573 10 E 0.070 0.246 0.021 0.009 0.018 0.171 0.019 0.446 11 F 0.185 0.179 0.027 0.007 0.011 0.274 0.034 0.283 12 L 0.095 0.582 0.033 0.010 0.016 0.076 0.008 0.180 13 L 0.072 0.607 0.022 0.009 0.017 0.052 0.009 0.213 14 H 0.102 0.552 0.014 0.007 0.012 0.034 0.017 0.263 15 C 0.163 0.548 0.022 0.007 0.012 0.019 0.018 0.212 16 I 0.099 0.635 0.025 0.009 0.014 0.028 0.014 0.177 17 S 0.050 0.537 0.049 0.007 0.018 0.072 0.011 0.256 18 A 0.020 0.298 0.018 0.002 0.006 0.029 0.006 0.622 19 Q 0.031 0.356 0.009 0.002 0.002 0.168 0.006 0.426 20 L 0.056 0.618 0.013 0.001 0.003 0.183 0.007 0.120 21 L 0.016 0.932 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.037 22 D 0.010 0.948 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.033 23 M 0.016 0.933 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.040 24 W 0.008 0.971 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.012 25 K 0.007 0.957 0.003 0.001 0.001 0.007 0.002 0.023 26 Q 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.019 27 A 0.016 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.012 28 R 0.011 0.963 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.015 29 A 0.014 0.933 0.007 0.001 0.001 0.004 0.006 0.033 30 R 0.028 0.894 0.003 0.001 0.002 0.009 0.010 0.053 31 W 0.026 0.895 0.009 0.002 0.002 0.010 0.008 0.048 32 L 0.011 0.918 0.019 0.005 0.005 0.005 0.003 0.034 33 E 0.018 0.880 0.015 0.006 0.008 0.016 0.005 0.052 34 L 0.037 0.874 0.007 0.004 0.006 0.006 0.007 0.059 35 V 0.027 0.902 0.010 0.004 0.008 0.004 0.005 0.039 36 G 0.033 0.730 0.029 0.008 0.014 0.016 0.010 0.160 37 K 0.032 0.541 0.020 0.005 0.010 0.046 0.015 0.332 38 E 0.067 0.584 0.012 0.003 0.007 0.072 0.015 0.241 39 W 0.036 0.803 0.011 0.002 0.006 0.030 0.006 0.105 40 A 0.020 0.784 0.016 0.003 0.005 0.035 0.004 0.133 41 H 0.039 0.755 0.004 0.003 0.004 0.046 0.011 0.138 42 M 0.055 0.876 0.003 0.002 0.004 0.006 0.006 0.048 43 L 0.044 0.884 0.004 0.004 0.004 0.005 0.006 0.049 44 A 0.089 0.725 0.018 0.013 0.014 0.013 0.024 0.103 45 L 0.231 0.431 0.021 0.013 0.016 0.031 0.104 0.152 46 N 0.300 0.289 0.023 0.027 0.027 0.043 0.035 0.256 47 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 48 E 0.013 0.013 0.016 0.010 0.012 0.489 0.007 0.441 49 R 0.627 0.023 0.023 0.009 0.013 0.058 0.020 0.227 50 K 0.135 0.197 0.055 0.054 0.071 0.084 0.011 0.394 51 D 0.079 0.084 0.068 0.029 0.049 0.112 0.012 0.568 52 F 0.140 0.108 0.097 0.076 0.108 0.073 0.018 0.379 53 L 0.045 0.065 0.189 0.163 0.198 0.067 0.012 0.261 54 W 0.027 0.073 0.166 0.120 0.159 0.071 0.007 0.376 55 K 0.034 0.082 0.199 0.064 0.126 0.094 0.010 0.390 56 N 0.069 0.074 0.080 0.030 0.085 0.107 0.023 0.532 57 Q 0.156 0.073 0.113 0.023 0.053 0.121 0.029 0.433 58 S 0.067 0.040 0.032 0.013 0.015 0.236 0.016 0.582 59 E 0.092 0.049 0.025 0.009 0.021 0.176 0.012 0.615 60 M 0.129 0.134 0.038 0.013 0.030 0.224 0.011 0.421 61 N 0.155 0.164 0.025 0.013 0.022 0.218 0.014 0.389 62 S 0.100 0.388 0.032 0.007 0.020 0.059 0.008 0.386 63 A 0.084 0.524 0.026 0.010 0.012 0.093 0.010 0.242 64 F 0.129 0.435 0.060 0.012 0.022 0.150 0.021 0.170 65 F 0.067 0.658 0.098 0.019 0.020 0.031 0.010 0.096 66 D 0.054 0.635 0.038 0.007 0.013 0.028 0.010 0.214 67 L 0.074 0.571 0.060 0.006 0.018 0.024 0.015 0.231 68 C 0.056 0.521 0.052 0.010 0.020 0.076 0.018 0.248 69 E 0.042 0.334 0.031 0.006 0.011 0.167 0.011 0.398 70 V 0.033 0.605 0.014 0.002 0.005 0.060 0.004 0.277 71 G 0.029 0.849 0.005 0.001 0.003 0.027 0.003 0.083 72 K 0.022 0.862 0.006 0.002 0.003 0.018 0.004 0.085 73 Q 0.027 0.901 0.002 0.001 0.002 0.007 0.006 0.054 74 V 0.040 0.913 0.003 0.001 0.002 0.003 0.005 0.033 75 M 0.012 0.953 0.006 0.002 0.003 0.002 0.003 0.018 76 L 0.021 0.879 0.027 0.008 0.010 0.006 0.007 0.042 77 G 0.069 0.699 0.041 0.021 0.023 0.013 0.024 0.110 78 L 0.122 0.585 0.064 0.030 0.033 0.016 0.025 0.126 79 L 0.078 0.456 0.094 0.060 0.054 0.036 0.020 0.202 80 G 0.086 0.239 0.085 0.045 0.064 0.056 0.029 0.396 81 K 0.172 0.117 0.044 0.036 0.060 0.053 0.032 0.485 82 E 0.099 0.063 0.028 0.033 0.030 0.116 0.019 0.612 83 V 0.132 0.053 0.037 0.046 0.051 0.094 0.018 0.571 84 A 0.104 0.069 0.034 0.037 0.069 0.083 0.015 0.590 85 L 0.072 0.038 0.033 0.044 0.072 0.147 0.007 0.588 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 87 K 0.007 0.008 0.006 0.011 0.027 0.098 0.002 0.842 88 E 0.138 0.030 0.008 0.010 0.013 0.141 0.010 0.652 89 E 0.194 0.198 0.016 0.021 0.034 0.099 0.012 0.427 90 Q 0.180 0.342 0.020 0.029 0.056 0.063 0.011 0.298 91 A 0.101 0.314 0.020 0.028 0.043 0.068 0.013 0.412 92 F 0.068 0.268 0.051 0.093 0.154 0.043 0.014 0.310 93 W 0.032 0.233 0.063 0.179 0.192 0.052 0.009 0.240 94 I 0.015 0.272 0.078 0.145 0.204 0.068 0.005 0.214 95 M 0.012 0.470 0.084 0.095 0.195 0.015 0.003 0.124 96 Y 0.012 0.665 0.035 0.061 0.113 0.016 0.004 0.094 97 A 0.015 0.609 0.068 0.060 0.148 0.017 0.005 0.077 98 V 0.018 0.730 0.033 0.049 0.073 0.014 0.007 0.075 99 H 0.063 0.674 0.017 0.023 0.060 0.024 0.018 0.121 100 L 0.071 0.689 0.044 0.021 0.043 0.020 0.013 0.099 101 S 0.028 0.609 0.028 0.013 0.032 0.050 0.012 0.228 102 A 0.062 0.471 0.024 0.007 0.034 0.060 0.019 0.323 103 A 0.083 0.530 0.021 0.005 0.010 0.120 0.017 0.214 104 C 0.104 0.495 0.027 0.007 0.011 0.163 0.020 0.172 105 A 0.050 0.756 0.022 0.006 0.009 0.028 0.006 0.123 106 E 0.042 0.710 0.010 0.005 0.008 0.029 0.009 0.187 107 E 0.103 0.657 0.010 0.005 0.009 0.026 0.023 0.166 108 L 0.134 0.662 0.017 0.007 0.010 0.024 0.030 0.116 109 H 0.229 0.409 0.041 0.017 0.019 0.038 0.043 0.204 110 M 0.125 0.316 0.049 0.023 0.023 0.062 0.026 0.376 111 E 0.062 0.188 0.030 0.017 0.022 0.052 0.011 0.617 112 V 0.049 0.157 0.026 0.019 0.028 0.065 0.009 0.647 113 A 0.097 0.264 0.056 0.024 0.052 0.090 0.012 0.406 114 M 0.133 0.270 0.036 0.031 0.044 0.079 0.019 0.388 115 S 0.129 0.284 0.024 0.039 0.049 0.087 0.022 0.366 116 L 0.078 0.337 0.055 0.049 0.076 0.045 0.010 0.350 117 R 0.034 0.227 0.065 0.158 0.122 0.115 0.011 0.267 118 K 0.060 0.199 0.056 0.052 0.095 0.084 0.019 0.434 119 L 0.096 0.283 0.107 0.129 0.173 0.031 0.020 0.162 120 N 0.070 0.089 0.173 0.137 0.207 0.053 0.020 0.251 121 V 0.022 0.039 0.215 0.224 0.210 0.033 0.009 0.247 122 K 0.010 0.011 0.273 0.201 0.256 0.073 0.006 0.170 123 L 0.025 0.018 0.148 0.141 0.250 0.069 0.008 0.340 124 K 0.010 0.013 0.341 0.140 0.185 0.095 0.006 0.210 125 D 0.025 0.015 0.132 0.066 0.119 0.078 0.012 0.552 126 F 0.094 0.032 0.187 0.073 0.145 0.085 0.016 0.367 127 N 0.040 0.018 0.090 0.081 0.102 0.245 0.014 0.409 128 F 0.067 0.018 0.094 0.056 0.119 0.109 0.013 0.523 129 G 0.055 0.022 0.060 0.050 0.102 0.159 0.012 0.540 130 G 0.149 0.012 0.045 0.050 0.089 0.147 0.022 0.485 131 T 0.097 0.029 0.058 0.077 0.105 0.099 0.011 0.526 132 R 0.045 0.027 0.065 0.158 0.206 0.087 0.006 0.405 133 Y 0.043 0.045 0.040 0.085 0.139 0.108 0.008 0.533 134 F 0.086 0.071 0.084 0.127 0.296 0.057 0.011 0.268 135 K 0.078 0.066 0.038 0.107 0.101 0.094 0.019 0.496 136 D 0.196 0.042 0.035 0.058 0.089 0.041 0.043 0.497 137 M 0.169 0.055 0.057 0.053 0.087 0.096 0.016 0.465 138 P 0.002 0.002 0.003 0.003 0.004 0.042 0.001 0.942 139 P 0.002 0.001 0.002 0.001 0.007 0.012 0.001 0.975 140 E 0.018 0.010 0.005 0.007 0.013 0.187 0.003 0.757 141 E 0.176 0.034 0.005 0.012 0.012 0.394 0.012 0.356 142 K 0.153 0.493 0.006 0.012 0.018 0.058 0.004 0.255 143 K 0.070 0.683 0.005 0.012 0.032 0.020 0.004 0.174 144 R 0.051 0.632 0.007 0.020 0.034 0.028 0.011 0.217 145 R 0.048 0.570 0.009 0.029 0.045 0.023 0.019 0.255 146 M 0.036 0.625 0.010 0.029 0.046 0.020 0.009 0.225 147 E 0.035 0.469 0.023 0.019 0.021 0.112 0.011 0.311 148 R 0.065 0.494 0.021 0.016 0.022 0.065 0.016 0.301 149 K 0.061 0.617 0.018 0.010 0.023 0.021 0.010 0.240 150 Q 0.065 0.516 0.018 0.011 0.018 0.065 0.015 0.291 151 R 0.058 0.450 0.021 0.009 0.015 0.099 0.021 0.328 152 I 0.036 0.682 0.028 0.010 0.035 0.027 0.006 0.175 153 E 0.010 0.562 0.015 0.008 0.015 0.076 0.003 0.311 154 E 0.019 0.659 0.008 0.005 0.009 0.104 0.007 0.188 155 A 0.032 0.914 0.004 0.002 0.005 0.006 0.003 0.034 156 R 0.031 0.923 0.004 0.004 0.006 0.004 0.004 0.024 157 R 0.052 0.825 0.013 0.007 0.008 0.006 0.020 0.071 158 H 0.164 0.593 0.020 0.013 0.017 0.011 0.061 0.120 159 G 0.266 0.241 0.038 0.019 0.019 0.028 0.103 0.285 160 M 0.111 0.075 0.195 0.034 0.026 0.091 0.018 0.450 161 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997