# TARGET T0561 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0561.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.81437 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.518 0.195 0.164 0.047 0.031 0.020 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 2 E 0.629 0.098 0.150 0.059 0.024 0.020 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 3 K 0.629 0.110 0.118 0.068 0.030 0.016 0.010 0.001 0.016 0.001 0.001 4 K 0.668 0.092 0.132 0.051 0.021 0.014 0.009 0.001 0.010 0.001 0.001 5 K 0.649 0.101 0.097 0.095 0.020 0.017 0.010 0.001 0.010 0.001 0.001 6 Y 0.506 0.134 0.111 0.137 0.046 0.024 0.015 0.002 0.023 0.001 0.001 7 L 0.395 0.163 0.227 0.108 0.029 0.040 0.011 0.001 0.024 0.001 0.001 8 D 0.440 0.075 0.269 0.082 0.023 0.069 0.016 0.001 0.020 0.003 0.001 9 S 0.928 0.007 0.030 0.021 0.004 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 10 E 0.969 0.002 0.006 0.018 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 11 F 0.927 0.007 0.006 0.051 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.960 0.009 0.008 0.016 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 13 L 0.953 0.009 0.006 0.025 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 H 0.915 0.007 0.008 0.053 0.006 0.002 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 15 C 0.796 0.025 0.037 0.109 0.009 0.008 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 16 I 0.662 0.052 0.075 0.172 0.008 0.016 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 17 S 0.703 0.028 0.109 0.048 0.021 0.041 0.019 0.001 0.025 0.005 0.001 18 A 0.987 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.973 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.955 0.004 0.003 0.033 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.984 0.005 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 D 0.981 0.002 0.002 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 M 0.973 0.005 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 W 0.980 0.003 0.005 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 K 0.987 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 Q 0.971 0.002 0.003 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 A 0.930 0.005 0.007 0.052 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 28 R 0.939 0.008 0.008 0.035 0.002 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 29 A 0.935 0.008 0.015 0.030 0.003 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 30 R 0.865 0.031 0.013 0.074 0.006 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 31 W 0.884 0.030 0.024 0.038 0.010 0.006 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 32 L 0.780 0.099 0.045 0.055 0.006 0.008 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 33 E 0.715 0.093 0.072 0.028 0.038 0.017 0.006 0.001 0.030 0.001 0.001 34 L 0.568 0.071 0.233 0.058 0.008 0.048 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 35 V 0.627 0.128 0.085 0.118 0.014 0.010 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 36 G 0.531 0.031 0.102 0.045 0.126 0.036 0.060 0.019 0.015 0.035 0.001 37 K 0.923 0.007 0.025 0.032 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 38 E 0.868 0.016 0.021 0.075 0.006 0.007 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 39 W 0.884 0.030 0.024 0.041 0.006 0.006 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 40 A 0.959 0.009 0.010 0.016 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 41 H 0.896 0.015 0.008 0.066 0.007 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 42 M 0.848 0.026 0.035 0.060 0.013 0.004 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 43 L 0.738 0.080 0.061 0.092 0.006 0.008 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 44 A 0.581 0.080 0.133 0.113 0.022 0.036 0.019 0.001 0.014 0.001 0.001 45 L 0.280 0.195 0.187 0.265 0.017 0.029 0.010 0.002 0.014 0.001 0.001 46 N 0.036 0.124 0.394 0.016 0.042 0.041 0.037 0.001 0.298 0.011 0.001 47 P 0.773 0.002 0.161 0.023 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 48 E 0.577 0.036 0.075 0.251 0.015 0.020 0.011 0.006 0.007 0.001 0.001 49 R 0.263 0.162 0.262 0.192 0.024 0.045 0.015 0.003 0.031 0.001 0.002 50 K 0.417 0.142 0.290 0.075 0.019 0.021 0.017 0.002 0.013 0.001 0.002 51 D 0.361 0.195 0.188 0.127 0.044 0.042 0.022 0.003 0.014 0.002 0.001 52 F 0.206 0.345 0.191 0.088 0.088 0.029 0.013 0.003 0.034 0.002 0.001 53 L 0.179 0.478 0.204 0.045 0.034 0.033 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 54 W 0.155 0.403 0.223 0.065 0.046 0.069 0.009 0.001 0.028 0.001 0.001 55 K 0.219 0.364 0.175 0.122 0.044 0.033 0.012 0.002 0.028 0.002 0.001 56 N 0.097 0.094 0.252 0.126 0.087 0.123 0.135 0.008 0.059 0.019 0.001 57 Q 0.577 0.052 0.113 0.178 0.024 0.018 0.014 0.004 0.011 0.006 0.002 58 S 0.653 0.042 0.075 0.127 0.027 0.025 0.025 0.010 0.008 0.008 0.001 59 E 0.663 0.051 0.065 0.155 0.019 0.019 0.013 0.004 0.009 0.002 0.001 60 M 0.713 0.069 0.066 0.099 0.013 0.015 0.012 0.002 0.009 0.001 0.001 61 N 0.684 0.063 0.087 0.085 0.015 0.030 0.023 0.001 0.011 0.001 0.001 62 S 0.840 0.040 0.023 0.056 0.025 0.004 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 63 A 0.882 0.040 0.017 0.030 0.018 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 64 F 0.835 0.050 0.033 0.062 0.006 0.009 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 65 F 0.871 0.020 0.023 0.041 0.023 0.006 0.005 0.001 0.008 0.002 0.001 66 D 0.813 0.020 0.057 0.058 0.008 0.026 0.012 0.001 0.006 0.001 0.001 67 L 0.956 0.006 0.007 0.026 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 C 0.981 0.004 0.003 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.982 0.002 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 V 0.986 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 G 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Q 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 V 0.969 0.016 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 75 M 0.947 0.015 0.008 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 76 L 0.771 0.051 0.039 0.121 0.006 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 77 G 0.637 0.013 0.053 0.076 0.051 0.009 0.038 0.067 0.006 0.050 0.001 78 L 0.631 0.065 0.082 0.169 0.015 0.016 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 79 L 0.279 0.048 0.129 0.406 0.014 0.014 0.093 0.003 0.010 0.004 0.001 80 G 0.049 0.009 0.044 0.037 0.039 0.017 0.289 0.365 0.003 0.145 0.001 81 K 0.286 0.179 0.295 0.130 0.058 0.018 0.014 0.003 0.013 0.003 0.002 82 E 0.242 0.174 0.356 0.127 0.031 0.034 0.011 0.002 0.018 0.003 0.002 83 V 0.160 0.365 0.296 0.067 0.043 0.028 0.009 0.001 0.027 0.001 0.002 84 A 0.131 0.257 0.453 0.051 0.020 0.060 0.005 0.001 0.014 0.001 0.006 85 L 0.013 0.248 0.516 0.004 0.027 0.018 0.002 0.001 0.168 0.002 0.001 86 P 0.140 0.003 0.784 0.005 0.003 0.022 0.001 0.001 0.004 0.002 0.036 87 K 0.833 0.011 0.096 0.037 0.006 0.010 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 88 E 0.857 0.013 0.047 0.057 0.006 0.011 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 89 E 0.796 0.023 0.042 0.111 0.006 0.011 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 90 Q 0.863 0.034 0.042 0.033 0.006 0.009 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 91 A 0.938 0.022 0.012 0.018 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 92 F 0.936 0.027 0.006 0.015 0.011 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 93 W 0.940 0.029 0.011 0.008 0.008 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 94 I 0.952 0.032 0.005 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 M 0.959 0.021 0.007 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 Y 0.938 0.032 0.004 0.014 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 97 A 0.925 0.022 0.010 0.019 0.015 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 98 V 0.826 0.062 0.018 0.072 0.008 0.005 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 99 H 0.685 0.046 0.079 0.097 0.034 0.027 0.012 0.001 0.020 0.001 0.001 100 L 0.709 0.042 0.078 0.122 0.011 0.020 0.007 0.001 0.009 0.001 0.001 101 S 0.807 0.020 0.049 0.086 0.007 0.014 0.013 0.001 0.004 0.001 0.001 102 A 0.814 0.014 0.034 0.086 0.011 0.010 0.021 0.004 0.003 0.002 0.001 103 A 0.815 0.018 0.034 0.083 0.015 0.009 0.017 0.004 0.003 0.002 0.001 104 C 0.754 0.072 0.051 0.080 0.011 0.016 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 105 A 0.947 0.011 0.021 0.013 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 106 E 0.944 0.007 0.008 0.031 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 107 E 0.881 0.013 0.015 0.075 0.005 0.003 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 108 L 0.814 0.022 0.032 0.104 0.005 0.005 0.012 0.001 0.005 0.001 0.001 109 H 0.562 0.036 0.038 0.279 0.013 0.011 0.051 0.003 0.006 0.002 0.001 110 M 0.399 0.117 0.225 0.076 0.046 0.029 0.041 0.004 0.058 0.006 0.001 111 E 0.657 0.024 0.246 0.037 0.004 0.020 0.003 0.001 0.005 0.001 0.003 112 V 0.679 0.078 0.091 0.104 0.014 0.017 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 113 A 0.564 0.103 0.115 0.107 0.045 0.027 0.013 0.002 0.021 0.002 0.001 114 M 0.593 0.108 0.113 0.116 0.028 0.012 0.015 0.002 0.011 0.002 0.001 115 S 0.494 0.080 0.122 0.098 0.075 0.038 0.044 0.013 0.020 0.016 0.001 116 L 0.663 0.080 0.117 0.094 0.017 0.014 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 117 R 0.611 0.134 0.086 0.115 0.019 0.011 0.012 0.001 0.010 0.001 0.001 118 K 0.340 0.160 0.147 0.134 0.089 0.036 0.057 0.005 0.028 0.003 0.001 119 L 0.157 0.401 0.198 0.156 0.034 0.017 0.014 0.001 0.022 0.001 0.001 120 N 0.094 0.300 0.356 0.068 0.057 0.074 0.027 0.002 0.020 0.001 0.001 121 V 0.037 0.719 0.153 0.023 0.031 0.020 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 122 K 0.029 0.455 0.368 0.012 0.027 0.078 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 123 L 0.103 0.145 0.584 0.021 0.020 0.083 0.004 0.001 0.035 0.001 0.005 124 K 0.559 0.139 0.150 0.071 0.032 0.016 0.009 0.001 0.018 0.002 0.002 125 D 0.142 0.122 0.171 0.278 0.077 0.073 0.082 0.008 0.040 0.005 0.001 126 F 0.177 0.323 0.211 0.164 0.038 0.021 0.026 0.004 0.032 0.003 0.002 127 N 0.119 0.201 0.305 0.121 0.060 0.094 0.046 0.006 0.034 0.013 0.002 128 F 0.172 0.254 0.232 0.207 0.046 0.029 0.022 0.004 0.027 0.004 0.003 129 G 0.100 0.034 0.119 0.076 0.104 0.018 0.112 0.214 0.007 0.215 0.001 130 G 0.200 0.071 0.140 0.063 0.176 0.032 0.042 0.159 0.009 0.108 0.001 131 T 0.481 0.251 0.155 0.050 0.030 0.016 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 132 R 0.688 0.105 0.101 0.035 0.041 0.012 0.006 0.001 0.009 0.002 0.001 133 Y 0.574 0.161 0.090 0.080 0.054 0.017 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 134 F 0.675 0.092 0.104 0.064 0.032 0.009 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 135 K 0.824 0.024 0.060 0.064 0.005 0.006 0.010 0.001 0.005 0.001 0.001 136 D 0.137 0.018 0.030 0.758 0.005 0.014 0.031 0.002 0.004 0.001 0.001 137 M 0.019 0.166 0.654 0.009 0.011 0.016 0.033 0.001 0.088 0.003 0.001 138 P 0.020 0.004 0.909 0.002 0.001 0.037 0.001 0.001 0.007 0.001 0.018 139 P 0.730 0.001 0.227 0.017 0.001 0.012 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 140 E 0.952 0.001 0.023 0.018 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 E 0.899 0.005 0.015 0.073 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 142 K 0.870 0.022 0.026 0.063 0.003 0.006 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 143 K 0.896 0.026 0.024 0.038 0.002 0.005 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 144 R 0.868 0.038 0.022 0.051 0.007 0.004 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 145 R 0.798 0.040 0.063 0.057 0.014 0.010 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 146 M 0.861 0.030 0.048 0.042 0.005 0.006 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 147 E 0.843 0.029 0.044 0.059 0.009 0.009 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 148 R 0.769 0.042 0.060 0.090 0.011 0.014 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 149 K 0.897 0.017 0.033 0.032 0.004 0.007 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 150 Q 0.900 0.025 0.027 0.031 0.006 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 151 R 0.773 0.051 0.057 0.074 0.013 0.020 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 152 I 0.937 0.022 0.020 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 153 E 0.989 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 E 0.973 0.003 0.002 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 A 0.932 0.008 0.007 0.045 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 156 R 0.903 0.026 0.020 0.039 0.003 0.002 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 157 R 0.827 0.034 0.032 0.074 0.010 0.006 0.008 0.001 0.009 0.001 0.001 158 H 0.314 0.034 0.092 0.501 0.008 0.007 0.034 0.001 0.006 0.001 0.001 159 G 0.087 0.026 0.107 0.100 0.044 0.019 0.224 0.322 0.008 0.063 0.001 160 M 0.024 0.263 0.562 0.008 0.021 0.014 0.005 0.001 0.100 0.002 0.001 161 P 0.113 0.006 0.796 0.013 0.002 0.037 0.001 0.001 0.003 0.001 0.027