# TARGET T0561 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0561.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.81437 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.134 0.126 0.023 0.007 0.239 0.012 0.028 0.245 0.087 0.060 0.038 2 E 0.131 0.128 0.034 0.010 0.237 0.020 0.042 0.247 0.061 0.049 0.039 3 K 0.131 0.095 0.027 0.007 0.166 0.013 0.031 0.319 0.107 0.060 0.045 4 K 0.050 0.096 0.030 0.012 0.090 0.024 0.059 0.414 0.141 0.057 0.028 5 K 0.047 0.108 0.034 0.012 0.081 0.018 0.049 0.361 0.143 0.109 0.037 6 Y 0.067 0.092 0.029 0.007 0.100 0.009 0.030 0.354 0.098 0.163 0.052 7 L 0.054 0.174 0.050 0.009 0.113 0.013 0.033 0.391 0.072 0.064 0.027 8 D 0.045 0.106 0.044 0.011 0.072 0.012 0.029 0.479 0.104 0.070 0.029 9 S 0.009 0.027 0.009 0.002 0.014 0.003 0.011 0.735 0.164 0.020 0.006 10 E 0.003 0.007 0.003 0.001 0.004 0.003 0.014 0.809 0.140 0.014 0.002 11 F 0.007 0.010 0.002 0.001 0.007 0.001 0.008 0.808 0.111 0.043 0.004 12 L 0.008 0.011 0.001 0.001 0.009 0.001 0.011 0.793 0.132 0.031 0.004 13 L 0.006 0.007 0.002 0.002 0.008 0.004 0.033 0.758 0.156 0.022 0.003 14 H 0.009 0.021 0.009 0.002 0.016 0.005 0.042 0.680 0.156 0.053 0.006 15 C 0.033 0.060 0.030 0.003 0.058 0.005 0.050 0.536 0.102 0.098 0.024 16 I 0.050 0.199 0.050 0.005 0.089 0.012 0.033 0.285 0.064 0.178 0.035 17 S 0.034 0.289 0.116 0.012 0.087 0.005 0.010 0.307 0.081 0.035 0.024 18 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.714 0.267 0.003 0.001 19 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.885 0.079 0.017 0.001 20 L 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.866 0.096 0.022 0.002 21 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.948 0.040 0.004 0.001 22 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.954 0.037 0.003 0.001 23 M 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.026 0.007 0.001 24 W 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.031 0.006 0.001 25 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.035 0.002 0.001 26 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.940 0.049 0.004 0.001 27 A 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.923 0.045 0.018 0.001 28 R 0.003 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.898 0.059 0.023 0.003 29 A 0.008 0.004 0.001 0.001 0.007 0.002 0.016 0.806 0.141 0.010 0.004 30 R 0.006 0.018 0.006 0.001 0.010 0.004 0.017 0.840 0.074 0.021 0.004 31 W 0.033 0.026 0.002 0.001 0.028 0.002 0.015 0.764 0.062 0.053 0.014 32 L 0.058 0.043 0.005 0.002 0.091 0.006 0.025 0.604 0.136 0.018 0.012 33 E 0.027 0.022 0.004 0.001 0.050 0.005 0.024 0.756 0.086 0.015 0.009 34 L 0.048 0.019 0.004 0.001 0.045 0.003 0.047 0.680 0.071 0.063 0.017 35 V 0.034 0.173 0.046 0.017 0.082 0.028 0.064 0.411 0.063 0.058 0.023 36 G 0.045 0.037 0.025 0.025 0.047 0.015 0.021 0.555 0.110 0.082 0.039 37 K 0.010 0.034 0.017 0.005 0.021 0.006 0.020 0.688 0.165 0.027 0.006 38 E 0.013 0.028 0.006 0.001 0.020 0.002 0.021 0.727 0.099 0.074 0.008 39 W 0.017 0.014 0.002 0.001 0.016 0.002 0.010 0.725 0.172 0.028 0.012 40 A 0.006 0.006 0.002 0.002 0.007 0.007 0.034 0.800 0.120 0.013 0.003 41 H 0.016 0.018 0.005 0.001 0.018 0.003 0.025 0.752 0.098 0.056 0.006 42 M 0.022 0.026 0.005 0.001 0.029 0.002 0.024 0.633 0.178 0.069 0.009 43 L 0.022 0.027 0.007 0.003 0.040 0.007 0.039 0.576 0.228 0.037 0.013 44 A 0.059 0.023 0.009 0.002 0.059 0.006 0.098 0.514 0.111 0.099 0.020 45 L 0.044 0.248 0.088 0.016 0.124 0.025 0.066 0.145 0.046 0.173 0.025 46 N 0.203 0.169 0.066 0.006 0.451 0.003 0.004 0.032 0.017 0.026 0.023 47 P 0.030 0.042 0.013 0.003 0.055 0.007 0.024 0.419 0.376 0.019 0.012 48 E 0.038 0.042 0.016 0.005 0.056 0.012 0.156 0.339 0.160 0.150 0.027 49 R 0.158 0.118 0.029 0.005 0.194 0.008 0.022 0.173 0.098 0.126 0.067 50 K 0.054 0.102 0.050 0.028 0.106 0.056 0.068 0.336 0.115 0.053 0.033 51 D 0.146 0.089 0.043 0.014 0.183 0.016 0.039 0.203 0.086 0.131 0.051 52 F 0.159 0.203 0.022 0.002 0.386 0.004 0.014 0.113 0.038 0.036 0.022 53 L 0.204 0.108 0.016 0.007 0.393 0.014 0.030 0.093 0.030 0.044 0.062 54 W 0.233 0.111 0.035 0.015 0.263 0.015 0.024 0.117 0.043 0.062 0.082 55 K 0.035 0.079 0.054 0.107 0.074 0.128 0.156 0.176 0.065 0.093 0.033 56 N 0.183 0.137 0.119 0.015 0.338 0.006 0.011 0.058 0.024 0.077 0.031 57 Q 0.033 0.061 0.026 0.011 0.057 0.018 0.027 0.289 0.358 0.091 0.029 58 S 0.026 0.207 0.090 0.014 0.075 0.016 0.059 0.306 0.148 0.043 0.016 59 E 0.028 0.021 0.008 0.003 0.027 0.006 0.040 0.518 0.210 0.112 0.028 60 M 0.029 0.125 0.051 0.012 0.070 0.019 0.034 0.439 0.104 0.099 0.018 61 N 0.091 0.082 0.025 0.006 0.135 0.009 0.019 0.418 0.109 0.077 0.029 62 S 0.023 0.023 0.009 0.003 0.030 0.005 0.019 0.622 0.216 0.034 0.014 63 A 0.018 0.050 0.010 0.002 0.035 0.009 0.060 0.640 0.131 0.038 0.008 64 F 0.044 0.038 0.009 0.003 0.046 0.005 0.035 0.521 0.099 0.161 0.038 65 F 0.071 0.107 0.023 0.005 0.133 0.009 0.024 0.472 0.108 0.026 0.023 66 D 0.024 0.035 0.012 0.004 0.040 0.011 0.033 0.682 0.116 0.027 0.014 67 L 0.013 0.011 0.002 0.001 0.012 0.001 0.008 0.813 0.091 0.042 0.007 68 C 0.010 0.021 0.005 0.002 0.022 0.003 0.011 0.847 0.067 0.009 0.004 69 E 0.008 0.007 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 0.909 0.049 0.011 0.003 70 V 0.002 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.949 0.025 0.013 0.002 71 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.916 0.062 0.004 0.002 72 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.931 0.056 0.003 0.001 73 Q 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.926 0.047 0.011 0.001 74 V 0.005 0.015 0.002 0.001 0.009 0.001 0.012 0.892 0.044 0.017 0.002 75 M 0.024 0.017 0.005 0.002 0.022 0.005 0.034 0.743 0.096 0.040 0.013 76 L 0.020 0.089 0.027 0.011 0.041 0.018 0.062 0.551 0.103 0.066 0.012 77 G 0.035 0.058 0.082 0.044 0.049 0.020 0.068 0.347 0.154 0.099 0.045 78 L 0.057 0.041 0.032 0.011 0.059 0.015 0.074 0.393 0.141 0.147 0.030 79 L 0.021 0.309 0.099 0.070 0.056 0.062 0.134 0.126 0.055 0.053 0.016 80 G 0.057 0.048 0.060 0.114 0.053 0.043 0.030 0.079 0.069 0.335 0.113 81 K 0.045 0.162 0.088 0.025 0.108 0.019 0.033 0.178 0.223 0.091 0.027 82 E 0.081 0.124 0.049 0.013 0.146 0.018 0.079 0.159 0.164 0.122 0.043 83 V 0.102 0.208 0.077 0.011 0.229 0.016 0.038 0.104 0.081 0.083 0.050 84 A 0.120 0.192 0.085 0.019 0.224 0.026 0.043 0.062 0.039 0.126 0.064 85 L 0.039 0.506 0.260 0.010 0.136 0.004 0.004 0.011 0.006 0.014 0.010 86 P 0.036 0.318 0.131 0.010 0.101 0.008 0.021 0.199 0.138 0.022 0.017 87 K 0.014 0.037 0.014 0.004 0.025 0.007 0.022 0.511 0.307 0.051 0.010 88 E 0.019 0.038 0.010 0.002 0.032 0.005 0.022 0.588 0.191 0.080 0.012 89 E 0.022 0.018 0.005 0.002 0.027 0.004 0.016 0.683 0.138 0.069 0.016 90 Q 0.025 0.032 0.009 0.003 0.039 0.006 0.014 0.729 0.105 0.028 0.012 91 A 0.027 0.020 0.004 0.001 0.028 0.005 0.013 0.777 0.071 0.043 0.012 92 F 0.043 0.038 0.004 0.001 0.050 0.002 0.007 0.774 0.044 0.023 0.014 93 W 0.065 0.031 0.003 0.001 0.083 0.004 0.011 0.737 0.049 0.009 0.008 94 I 0.034 0.022 0.001 0.001 0.043 0.002 0.006 0.839 0.025 0.017 0.010 95 M 0.078 0.022 0.002 0.001 0.061 0.003 0.016 0.713 0.077 0.009 0.018 96 Y 0.022 0.018 0.002 0.001 0.031 0.008 0.024 0.816 0.055 0.016 0.008 97 A 0.044 0.024 0.003 0.002 0.047 0.003 0.013 0.761 0.064 0.026 0.012 98 V 0.029 0.064 0.011 0.003 0.071 0.009 0.039 0.677 0.063 0.026 0.009 99 H 0.067 0.071 0.018 0.005 0.097 0.007 0.027 0.551 0.051 0.074 0.033 100 L 0.057 0.067 0.016 0.005 0.066 0.009 0.029 0.540 0.131 0.048 0.033 101 S 0.011 0.043 0.026 0.020 0.021 0.027 0.061 0.606 0.148 0.026 0.011 102 A 0.008 0.012 0.006 0.003 0.009 0.004 0.023 0.727 0.155 0.045 0.008 103 A 0.010 0.049 0.014 0.003 0.022 0.005 0.031 0.691 0.098 0.070 0.008 104 C 0.032 0.064 0.012 0.003 0.047 0.004 0.013 0.634 0.101 0.072 0.019 105 A 0.010 0.009 0.002 0.001 0.011 0.003 0.014 0.732 0.187 0.025 0.006 106 E 0.004 0.006 0.004 0.002 0.006 0.005 0.048 0.701 0.202 0.019 0.003 107 E 0.019 0.014 0.007 0.001 0.019 0.004 0.047 0.647 0.161 0.073 0.008 108 L 0.029 0.177 0.027 0.003 0.071 0.008 0.060 0.455 0.108 0.047 0.015 109 H 0.076 0.036 0.017 0.015 0.063 0.020 0.056 0.247 0.087 0.279 0.102 110 M 0.073 0.267 0.092 0.010 0.174 0.009 0.016 0.209 0.062 0.057 0.031 111 E 0.070 0.068 0.029 0.010 0.105 0.014 0.051 0.453 0.132 0.041 0.028 112 V 0.056 0.086 0.020 0.004 0.088 0.010 0.040 0.463 0.135 0.079 0.020 113 A 0.099 0.063 0.011 0.006 0.130 0.011 0.031 0.412 0.092 0.092 0.052 114 M 0.052 0.121 0.048 0.017 0.120 0.029 0.041 0.424 0.086 0.039 0.021 115 S 0.080 0.098 0.024 0.006 0.122 0.009 0.032 0.398 0.084 0.099 0.048 116 L 0.112 0.031 0.006 0.002 0.082 0.005 0.032 0.397 0.228 0.063 0.041 117 R 0.020 0.066 0.024 0.013 0.058 0.045 0.111 0.477 0.150 0.025 0.012 118 K 0.126 0.033 0.013 0.006 0.101 0.010 0.074 0.363 0.127 0.109 0.040 119 L 0.082 0.238 0.042 0.004 0.214 0.013 0.067 0.155 0.111 0.046 0.030 120 N 0.222 0.054 0.022 0.015 0.258 0.022 0.072 0.078 0.039 0.085 0.134 121 V 0.105 0.357 0.084 0.010 0.277 0.015 0.024 0.043 0.021 0.036 0.028 122 K 0.097 0.336 0.091 0.012 0.336 0.009 0.025 0.025 0.012 0.019 0.037 123 L 0.384 0.037 0.010 0.003 0.232 0.006 0.021 0.086 0.100 0.042 0.079 124 K 0.028 0.111 0.058 0.073 0.092 0.153 0.168 0.176 0.081 0.036 0.025 125 D 0.264 0.053 0.033 0.012 0.276 0.010 0.026 0.080 0.031 0.146 0.069 126 F 0.070 0.250 0.114 0.016 0.212 0.015 0.028 0.117 0.077 0.059 0.041 127 N 0.143 0.072 0.050 0.037 0.166 0.039 0.058 0.149 0.064 0.122 0.098 128 F 0.077 0.144 0.065 0.073 0.102 0.055 0.068 0.167 0.072 0.120 0.056 129 G 0.028 0.049 0.077 0.262 0.038 0.097 0.082 0.100 0.046 0.168 0.054 130 G 0.080 0.154 0.138 0.063 0.133 0.023 0.025 0.116 0.068 0.151 0.050 131 T 0.088 0.154 0.055 0.013 0.170 0.012 0.025 0.277 0.124 0.048 0.033 132 R 0.036 0.102 0.029 0.012 0.077 0.025 0.054 0.470 0.133 0.049 0.014 133 Y 0.076 0.115 0.019 0.005 0.127 0.009 0.025 0.359 0.118 0.123 0.024 134 F 0.037 0.023 0.007 0.003 0.051 0.005 0.018 0.402 0.383 0.055 0.015 135 K 0.008 0.016 0.007 0.004 0.016 0.012 0.113 0.388 0.400 0.029 0.006 136 D 0.057 0.053 0.044 0.005 0.072 0.008 0.152 0.172 0.100 0.302 0.035 137 M 0.020 0.530 0.263 0.007 0.074 0.006 0.007 0.014 0.009 0.055 0.014 138 P 0.014 0.593 0.297 0.004 0.058 0.001 0.002 0.011 0.007 0.005 0.007 139 P 0.006 0.034 0.009 0.001 0.012 0.001 0.010 0.512 0.401 0.012 0.004 140 E 0.002 0.010 0.003 0.001 0.005 0.002 0.015 0.708 0.225 0.027 0.002 141 E 0.015 0.018 0.003 0.001 0.025 0.001 0.008 0.725 0.153 0.046 0.005 142 K 0.010 0.014 0.002 0.001 0.017 0.001 0.007 0.810 0.112 0.022 0.004 143 K 0.021 0.013 0.003 0.001 0.024 0.004 0.022 0.780 0.084 0.042 0.007 144 R 0.025 0.111 0.017 0.002 0.055 0.005 0.013 0.643 0.072 0.048 0.009 145 R 0.034 0.038 0.010 0.003 0.045 0.004 0.018 0.651 0.111 0.068 0.019 146 M 0.021 0.028 0.008 0.001 0.031 0.003 0.016 0.675 0.173 0.033 0.011 147 E 0.025 0.027 0.007 0.002 0.035 0.006 0.045 0.682 0.101 0.059 0.011 148 R 0.041 0.094 0.019 0.003 0.075 0.005 0.018 0.577 0.098 0.056 0.014 149 K 0.025 0.018 0.005 0.003 0.029 0.005 0.018 0.729 0.120 0.032 0.016 150 Q 0.010 0.039 0.012 0.002 0.023 0.005 0.014 0.798 0.072 0.019 0.005 151 R 0.016 0.027 0.003 0.001 0.020 0.001 0.007 0.801 0.042 0.070 0.013 152 I 0.012 0.007 0.001 0.001 0.010 0.001 0.003 0.846 0.102 0.011 0.008 153 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.933 0.052 0.002 0.001 154 E 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.932 0.037 0.017 0.001 155 A 0.004 0.010 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.851 0.107 0.016 0.001 156 R 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.032 0.787 0.160 0.009 0.002 157 R 0.010 0.015 0.008 0.002 0.012 0.007 0.112 0.635 0.151 0.044 0.004 158 H 0.016 0.340 0.149 0.020 0.055 0.022 0.129 0.111 0.052 0.086 0.020 159 G 0.092 0.068 0.058 0.029 0.083 0.013 0.015 0.029 0.030 0.389 0.194 160 M 0.051 0.431 0.231 0.024 0.147 0.011 0.013 0.019 0.017 0.034 0.021 161 P 0.057 0.317 0.188 0.038 0.145 0.018 0.044 0.066 0.068 0.034 0.024