# TARGET T0561 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0561.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.81437 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.670 0.214 0.067 0.035 0.012 0.002 0.001 2 E 0.677 0.257 0.044 0.016 0.005 0.001 0.001 3 K 0.287 0.236 0.246 0.176 0.046 0.009 0.001 4 K 0.485 0.312 0.142 0.046 0.013 0.002 0.001 5 K 0.301 0.410 0.190 0.079 0.018 0.003 0.001 6 Y 0.049 0.116 0.258 0.330 0.203 0.043 0.001 7 L 0.054 0.089 0.190 0.317 0.272 0.076 0.002 8 D 0.290 0.371 0.210 0.094 0.029 0.006 0.001 9 S 0.386 0.392 0.144 0.060 0.015 0.003 0.001 10 E 0.320 0.386 0.183 0.089 0.019 0.003 0.001 11 F 0.043 0.132 0.258 0.335 0.184 0.045 0.002 12 L 0.052 0.073 0.121 0.225 0.332 0.180 0.017 13 L 0.056 0.182 0.292 0.281 0.141 0.044 0.002 14 H 0.144 0.353 0.272 0.154 0.061 0.016 0.001 15 C 0.040 0.115 0.227 0.318 0.225 0.070 0.005 16 I 0.027 0.051 0.101 0.211 0.362 0.225 0.024 17 S 0.086 0.215 0.270 0.239 0.132 0.053 0.004 18 A 0.278 0.372 0.214 0.099 0.028 0.007 0.001 19 Q 0.104 0.252 0.296 0.246 0.081 0.019 0.002 20 L 0.019 0.037 0.061 0.143 0.321 0.373 0.046 21 L 0.024 0.061 0.143 0.298 0.304 0.157 0.012 22 D 0.152 0.374 0.274 0.134 0.048 0.017 0.001 23 M 0.028 0.058 0.122 0.260 0.323 0.184 0.025 24 W 0.024 0.052 0.089 0.154 0.313 0.324 0.045 25 K 0.098 0.250 0.309 0.208 0.103 0.029 0.002 26 Q 0.216 0.388 0.227 0.120 0.039 0.009 0.001 27 A 0.045 0.078 0.127 0.227 0.337 0.172 0.014 28 R 0.040 0.101 0.207 0.298 0.241 0.106 0.007 29 A 0.264 0.385 0.224 0.089 0.030 0.008 0.001 30 R 0.092 0.222 0.311 0.272 0.084 0.018 0.002 31 W 0.016 0.035 0.058 0.124 0.307 0.409 0.052 32 L 0.014 0.043 0.113 0.269 0.349 0.199 0.014 33 E 0.102 0.427 0.286 0.127 0.046 0.012 0.001 34 L 0.010 0.035 0.104 0.277 0.371 0.189 0.014 35 V 0.012 0.042 0.101 0.188 0.364 0.277 0.016 36 G 0.096 0.245 0.317 0.253 0.075 0.013 0.001 37 K 0.489 0.394 0.084 0.026 0.007 0.001 0.001 38 E 0.242 0.341 0.208 0.152 0.046 0.010 0.001 39 W 0.062 0.080 0.192 0.302 0.287 0.074 0.003 40 A 0.337 0.382 0.195 0.065 0.017 0.003 0.001 41 H 0.307 0.312 0.209 0.120 0.042 0.010 0.001 42 M 0.157 0.159 0.188 0.233 0.190 0.068 0.004 43 L 0.167 0.199 0.247 0.219 0.131 0.036 0.002 44 A 0.458 0.326 0.140 0.053 0.018 0.004 0.001 45 L 0.284 0.242 0.209 0.173 0.075 0.017 0.001 46 N 0.432 0.288 0.152 0.082 0.037 0.009 0.001 47 P 0.441 0.268 0.153 0.093 0.037 0.007 0.001 48 E 0.575 0.318 0.069 0.025 0.010 0.002 0.001 49 R 0.158 0.178 0.257 0.271 0.104 0.030 0.002 50 K 0.337 0.298 0.203 0.109 0.043 0.010 0.001 51 D 0.297 0.348 0.205 0.108 0.032 0.009 0.001 52 F 0.072 0.070 0.111 0.230 0.338 0.164 0.015 53 L 0.107 0.225 0.226 0.229 0.139 0.069 0.005 54 W 0.111 0.153 0.221 0.237 0.179 0.090 0.009 55 K 0.204 0.256 0.248 0.187 0.075 0.027 0.003 56 N 0.235 0.188 0.181 0.183 0.147 0.060 0.007 57 Q 0.410 0.278 0.148 0.094 0.045 0.022 0.004 58 S 0.372 0.201 0.150 0.130 0.091 0.047 0.008 59 E 0.294 0.266 0.189 0.139 0.065 0.036 0.010 60 M 0.138 0.100 0.112 0.166 0.215 0.200 0.069 61 N 0.131 0.169 0.180 0.189 0.169 0.126 0.035 62 S 0.187 0.179 0.176 0.177 0.143 0.102 0.037 63 A 0.078 0.082 0.101 0.153 0.197 0.241 0.147 64 F 0.044 0.052 0.063 0.111 0.182 0.326 0.221 65 F 0.059 0.069 0.120 0.197 0.210 0.229 0.115 66 D 0.144 0.223 0.202 0.181 0.132 0.088 0.029 67 L 0.062 0.067 0.092 0.180 0.221 0.274 0.104 68 C 0.085 0.099 0.138 0.226 0.244 0.171 0.037 69 E 0.306 0.329 0.174 0.099 0.054 0.031 0.007 70 V 0.115 0.104 0.147 0.243 0.206 0.140 0.045 71 G 0.151 0.167 0.152 0.171 0.180 0.139 0.040 72 K 0.109 0.135 0.167 0.214 0.198 0.138 0.040 73 Q 0.170 0.142 0.140 0.172 0.178 0.142 0.056 74 V 0.103 0.087 0.099 0.167 0.189 0.230 0.125 75 M 0.093 0.072 0.075 0.133 0.185 0.260 0.183 76 L 0.114 0.116 0.126 0.166 0.192 0.198 0.088 77 G 0.171 0.201 0.170 0.170 0.139 0.114 0.035 78 L 0.100 0.116 0.152 0.216 0.206 0.167 0.043 79 L 0.123 0.114 0.156 0.232 0.216 0.135 0.023 80 G 0.330 0.257 0.195 0.128 0.065 0.023 0.002 81 K 0.541 0.273 0.106 0.055 0.019 0.006 0.001 82 E 0.547 0.269 0.100 0.054 0.023 0.006 0.001 83 V 0.382 0.298 0.172 0.103 0.035 0.009 0.001 84 A 0.276 0.219 0.219 0.174 0.089 0.022 0.001 85 L 0.337 0.264 0.221 0.123 0.046 0.009 0.001 86 P 0.588 0.267 0.091 0.038 0.013 0.002 0.001 87 K 0.548 0.301 0.096 0.039 0.013 0.002 0.001 88 E 0.287 0.241 0.193 0.179 0.081 0.018 0.001 89 E 0.358 0.332 0.182 0.089 0.030 0.008 0.001 90 Q 0.237 0.267 0.268 0.173 0.042 0.013 0.001 91 A 0.099 0.173 0.251 0.254 0.157 0.060 0.007 92 F 0.044 0.046 0.072 0.184 0.275 0.298 0.081 93 W 0.023 0.045 0.080 0.173 0.242 0.315 0.121 94 I 0.018 0.037 0.071 0.141 0.207 0.307 0.218 95 M 0.009 0.013 0.027 0.060 0.133 0.294 0.463 96 Y 0.002 0.005 0.008 0.017 0.060 0.287 0.620 97 A 0.007 0.014 0.029 0.079 0.129 0.273 0.468 98 V 0.009 0.020 0.037 0.091 0.166 0.336 0.340 99 H 0.008 0.019 0.038 0.085 0.193 0.361 0.296 100 L 0.010 0.017 0.028 0.068 0.159 0.380 0.339 101 S 0.039 0.121 0.186 0.227 0.222 0.159 0.046 102 A 0.065 0.147 0.233 0.259 0.164 0.107 0.025 103 A 0.041 0.051 0.077 0.162 0.259 0.326 0.085 104 C 0.037 0.071 0.113 0.209 0.272 0.248 0.050 105 A 0.089 0.112 0.169 0.257 0.228 0.124 0.021 106 E 0.350 0.389 0.145 0.070 0.034 0.011 0.001 107 E 0.313 0.306 0.178 0.132 0.049 0.019 0.002 108 L 0.152 0.127 0.184 0.236 0.203 0.088 0.010 109 H 0.250 0.269 0.219 0.158 0.066 0.033 0.004 110 M 0.186 0.117 0.151 0.209 0.199 0.117 0.020 111 E 0.353 0.284 0.169 0.107 0.060 0.024 0.003 112 V 0.303 0.262 0.177 0.138 0.077 0.037 0.006 113 A 0.280 0.196 0.165 0.162 0.116 0.066 0.014 114 M 0.333 0.193 0.163 0.153 0.096 0.051 0.010 115 S 0.431 0.266 0.138 0.084 0.047 0.028 0.007 116 L 0.191 0.119 0.142 0.195 0.180 0.134 0.038 117 R 0.245 0.216 0.167 0.147 0.128 0.080 0.016 118 K 0.243 0.239 0.201 0.152 0.092 0.057 0.015 119 L 0.141 0.127 0.140 0.191 0.204 0.156 0.041 120 N 0.183 0.238 0.191 0.169 0.129 0.075 0.015 121 V 0.096 0.094 0.141 0.224 0.239 0.167 0.039 122 K 0.133 0.238 0.211 0.187 0.146 0.074 0.012 123 L 0.085 0.090 0.143 0.234 0.237 0.179 0.033 124 K 0.215 0.261 0.207 0.167 0.104 0.041 0.005 125 D 0.313 0.291 0.164 0.129 0.066 0.033 0.006 126 F 0.134 0.085 0.145 0.266 0.229 0.119 0.022 127 N 0.408 0.344 0.134 0.067 0.029 0.015 0.003 128 F 0.172 0.107 0.150 0.216 0.185 0.134 0.037 129 G 0.370 0.236 0.143 0.115 0.073 0.047 0.015 130 G 0.190 0.139 0.133 0.163 0.134 0.160 0.081 131 T 0.201 0.122 0.107 0.137 0.163 0.166 0.103 132 R 0.173 0.166 0.164 0.154 0.146 0.131 0.065 133 Y 0.114 0.104 0.107 0.154 0.178 0.208 0.134 134 F 0.108 0.083 0.097 0.140 0.188 0.259 0.125 135 K 0.148 0.168 0.180 0.188 0.160 0.125 0.032 136 D 0.244 0.214 0.183 0.156 0.117 0.072 0.014 137 M 0.218 0.153 0.165 0.219 0.152 0.083 0.011 138 P 0.503 0.278 0.109 0.060 0.039 0.012 0.001 139 P 0.579 0.275 0.084 0.041 0.016 0.004 0.001 140 E 0.590 0.265 0.081 0.043 0.018 0.003 0.001 141 E 0.575 0.247 0.100 0.053 0.020 0.004 0.001 142 K 0.609 0.245 0.098 0.036 0.012 0.002 0.001 143 K 0.654 0.250 0.072 0.019 0.004 0.001 0.001 144 R 0.321 0.239 0.221 0.162 0.050 0.008 0.001 145 R 0.275 0.240 0.260 0.151 0.063 0.012 0.001 146 M 0.462 0.279 0.164 0.072 0.020 0.003 0.001 147 E 0.696 0.259 0.034 0.008 0.002 0.001 0.001 148 R 0.299 0.225 0.214 0.187 0.064 0.011 0.001 149 K 0.448 0.285 0.165 0.074 0.024 0.003 0.001 150 Q 0.730 0.234 0.028 0.006 0.001 0.001 0.001 151 R 0.360 0.383 0.163 0.072 0.020 0.003 0.001 152 I 0.100 0.093 0.164 0.284 0.265 0.089 0.004 153 E 0.211 0.300 0.255 0.156 0.067 0.012 0.001 154 E 0.434 0.393 0.127 0.035 0.008 0.002 0.001 155 A 0.102 0.109 0.209 0.309 0.207 0.062 0.003 156 R 0.194 0.228 0.237 0.201 0.114 0.026 0.001 157 R 0.405 0.281 0.186 0.086 0.034 0.007 0.001 158 H 0.623 0.261 0.079 0.029 0.007 0.001 0.001 159 G 0.686 0.207 0.064 0.031 0.010 0.002 0.001 160 M 0.684 0.169 0.083 0.046 0.014 0.003 0.001 161 P 0.857 0.122 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001