# TARGET T0561 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0561.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.81437 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.201 0.078 0.113 0.151 0.189 0.123 0.074 0.036 0.021 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 2 E 0.539 0.189 0.111 0.077 0.042 0.018 0.015 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 3 K 0.230 0.122 0.144 0.163 0.138 0.095 0.055 0.028 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 4 K 0.326 0.202 0.148 0.123 0.095 0.055 0.029 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 5 K 0.386 0.272 0.145 0.081 0.055 0.030 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 6 Y 0.161 0.116 0.145 0.167 0.161 0.123 0.066 0.036 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 7 L 0.094 0.065 0.098 0.180 0.244 0.141 0.097 0.049 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 8 D 0.492 0.180 0.105 0.095 0.056 0.028 0.029 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 9 S 0.342 0.190 0.188 0.160 0.065 0.034 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.714 0.183 0.058 0.022 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 F 0.123 0.114 0.191 0.206 0.181 0.110 0.039 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.091 0.047 0.065 0.114 0.190 0.189 0.149 0.090 0.045 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 13 L 0.160 0.178 0.171 0.182 0.142 0.088 0.043 0.020 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 14 H 0.509 0.255 0.127 0.053 0.026 0.014 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 C 0.113 0.083 0.119 0.166 0.211 0.150 0.078 0.047 0.021 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 16 I 0.064 0.039 0.055 0.111 0.198 0.198 0.150 0.111 0.049 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 17 S 0.162 0.161 0.140 0.165 0.148 0.099 0.069 0.031 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 18 A 0.392 0.227 0.160 0.114 0.056 0.028 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.247 0.226 0.188 0.143 0.096 0.051 0.032 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.047 0.025 0.048 0.091 0.174 0.217 0.173 0.130 0.065 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 21 L 0.115 0.105 0.103 0.148 0.194 0.146 0.107 0.049 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 22 D 0.568 0.229 0.116 0.046 0.019 0.010 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 M 0.078 0.048 0.087 0.183 0.256 0.170 0.083 0.054 0.027 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 24 W 0.065 0.044 0.063 0.116 0.190 0.196 0.158 0.101 0.043 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 25 K 0.336 0.237 0.165 0.123 0.072 0.038 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 26 Q 0.416 0.233 0.153 0.100 0.051 0.027 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 A 0.105 0.065 0.096 0.165 0.206 0.166 0.113 0.048 0.024 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 28 R 0.102 0.115 0.144 0.192 0.193 0.134 0.065 0.030 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 29 A 0.490 0.229 0.120 0.069 0.040 0.027 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 R 0.192 0.200 0.193 0.170 0.105 0.069 0.039 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 31 W 0.045 0.026 0.037 0.082 0.164 0.205 0.186 0.140 0.077 0.024 0.009 0.004 0.001 0.001 32 L 0.081 0.084 0.098 0.125 0.185 0.161 0.133 0.072 0.035 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 33 E 0.401 0.255 0.160 0.089 0.045 0.022 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 L 0.055 0.029 0.062 0.146 0.241 0.201 0.105 0.085 0.047 0.014 0.008 0.006 0.001 0.001 35 V 0.039 0.031 0.051 0.112 0.166 0.218 0.191 0.122 0.047 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 36 G 0.237 0.246 0.199 0.148 0.078 0.041 0.033 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 37 K 0.567 0.202 0.118 0.061 0.030 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 E 0.327 0.206 0.156 0.126 0.103 0.043 0.027 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 W 0.086 0.064 0.136 0.192 0.223 0.150 0.074 0.047 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 40 A 0.558 0.196 0.090 0.077 0.040 0.021 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 H 0.472 0.165 0.118 0.100 0.064 0.039 0.024 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 42 M 0.141 0.115 0.152 0.181 0.160 0.118 0.070 0.034 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 43 L 0.165 0.103 0.127 0.139 0.173 0.125 0.083 0.049 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 44 A 0.531 0.193 0.099 0.073 0.043 0.025 0.021 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 45 L 0.274 0.097 0.127 0.158 0.160 0.088 0.045 0.025 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 46 N 0.468 0.207 0.111 0.101 0.053 0.028 0.019 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 P 0.376 0.140 0.153 0.127 0.090 0.058 0.033 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 48 E 0.465 0.197 0.125 0.095 0.059 0.028 0.021 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 R 0.181 0.117 0.149 0.163 0.165 0.108 0.057 0.032 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 50 K 0.343 0.171 0.129 0.118 0.089 0.069 0.043 0.019 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 51 D 0.338 0.248 0.145 0.094 0.068 0.041 0.030 0.017 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 52 F 0.079 0.040 0.064 0.100 0.166 0.161 0.122 0.108 0.074 0.038 0.023 0.016 0.007 0.002 53 L 0.082 0.068 0.102 0.152 0.190 0.142 0.100 0.081 0.040 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 54 W 0.138 0.064 0.066 0.098 0.130 0.120 0.105 0.102 0.072 0.049 0.031 0.015 0.007 0.003 55 K 0.249 0.166 0.139 0.135 0.100 0.074 0.059 0.034 0.021 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 56 N 0.136 0.076 0.105 0.139 0.163 0.134 0.089 0.066 0.041 0.024 0.014 0.008 0.003 0.001 57 Q 0.213 0.148 0.125 0.147 0.134 0.097 0.057 0.036 0.023 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 58 S 0.326 0.143 0.125 0.109 0.096 0.076 0.052 0.032 0.020 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 59 E 0.250 0.174 0.144 0.133 0.105 0.072 0.054 0.030 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 60 M 0.100 0.056 0.077 0.118 0.162 0.153 0.119 0.094 0.058 0.032 0.017 0.008 0.003 0.001 61 N 0.103 0.077 0.096 0.125 0.165 0.149 0.115 0.074 0.042 0.028 0.015 0.006 0.003 0.002 62 S 0.177 0.096 0.092 0.102 0.116 0.114 0.092 0.084 0.056 0.035 0.020 0.009 0.005 0.002 63 A 0.050 0.031 0.034 0.058 0.092 0.128 0.149 0.152 0.118 0.084 0.057 0.032 0.011 0.005 64 F 0.047 0.031 0.042 0.069 0.105 0.141 0.154 0.138 0.109 0.076 0.051 0.022 0.009 0.006 65 F 0.110 0.070 0.075 0.089 0.122 0.123 0.123 0.103 0.077 0.047 0.031 0.018 0.009 0.004 66 D 0.069 0.071 0.102 0.152 0.165 0.151 0.115 0.083 0.047 0.023 0.012 0.006 0.003 0.001 67 L 0.027 0.015 0.022 0.047 0.078 0.151 0.205 0.199 0.135 0.068 0.035 0.012 0.004 0.002 68 C 0.041 0.061 0.077 0.109 0.170 0.166 0.174 0.098 0.057 0.025 0.013 0.006 0.003 0.001 69 E 0.233 0.196 0.228 0.134 0.087 0.054 0.040 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 70 V 0.032 0.028 0.058 0.119 0.197 0.194 0.162 0.117 0.056 0.022 0.009 0.005 0.002 0.001 71 G 0.042 0.032 0.040 0.082 0.132 0.200 0.186 0.170 0.075 0.029 0.008 0.002 0.001 0.001 72 K 0.098 0.146 0.174 0.177 0.160 0.112 0.070 0.033 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 73 Q 0.224 0.163 0.168 0.142 0.116 0.083 0.046 0.030 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 74 V 0.052 0.034 0.056 0.094 0.151 0.181 0.192 0.115 0.064 0.031 0.016 0.010 0.004 0.001 75 M 0.056 0.032 0.043 0.084 0.129 0.175 0.169 0.169 0.086 0.037 0.013 0.004 0.002 0.001 76 L 0.119 0.114 0.113 0.126 0.153 0.125 0.104 0.065 0.038 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 77 G 0.230 0.136 0.160 0.151 0.113 0.086 0.055 0.034 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 78 L 0.056 0.037 0.072 0.131 0.187 0.190 0.138 0.091 0.051 0.024 0.013 0.007 0.003 0.001 79 L 0.068 0.054 0.082 0.126 0.181 0.185 0.132 0.095 0.048 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 80 G 0.334 0.236 0.154 0.112 0.068 0.044 0.033 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 81 K 0.394 0.198 0.154 0.104 0.073 0.038 0.022 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 82 E 0.460 0.199 0.113 0.089 0.074 0.032 0.018 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 83 V 0.262 0.159 0.165 0.170 0.118 0.070 0.028 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 84 A 0.277 0.129 0.135 0.141 0.128 0.089 0.064 0.022 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.312 0.178 0.150 0.153 0.100 0.055 0.031 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 86 P 0.605 0.169 0.096 0.061 0.035 0.017 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 K 0.388 0.182 0.150 0.119 0.081 0.040 0.024 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 E 0.256 0.147 0.150 0.175 0.129 0.076 0.037 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 89 E 0.471 0.191 0.125 0.091 0.055 0.031 0.022 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 90 Q 0.250 0.179 0.162 0.166 0.104 0.069 0.035 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 91 A 0.123 0.099 0.130 0.152 0.175 0.139 0.090 0.050 0.025 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 92 F 0.054 0.032 0.047 0.077 0.125 0.165 0.173 0.145 0.085 0.054 0.026 0.011 0.005 0.002 93 W 0.057 0.041 0.055 0.096 0.131 0.146 0.136 0.133 0.090 0.059 0.032 0.014 0.006 0.003 94 I 0.084 0.045 0.057 0.076 0.097 0.119 0.126 0.120 0.099 0.076 0.049 0.030 0.013 0.008 95 M 0.043 0.030 0.037 0.053 0.080 0.125 0.154 0.148 0.119 0.086 0.063 0.037 0.017 0.009 96 Y 0.027 0.020 0.025 0.046 0.073 0.126 0.180 0.183 0.145 0.086 0.048 0.024 0.010 0.006 97 A 0.045 0.038 0.051 0.083 0.129 0.148 0.154 0.132 0.094 0.059 0.035 0.019 0.007 0.006 98 V 0.067 0.054 0.070 0.082 0.118 0.135 0.143 0.116 0.083 0.055 0.037 0.024 0.011 0.006 99 H 0.045 0.042 0.077 0.127 0.157 0.176 0.143 0.116 0.063 0.030 0.015 0.007 0.003 0.001 100 L 0.032 0.030 0.043 0.077 0.125 0.158 0.180 0.155 0.111 0.053 0.022 0.009 0.004 0.002 101 S 0.100 0.117 0.138 0.163 0.165 0.141 0.085 0.047 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 102 A 0.182 0.158 0.180 0.153 0.124 0.088 0.055 0.029 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 103 A 0.107 0.072 0.110 0.152 0.185 0.157 0.095 0.064 0.034 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 104 C 0.077 0.059 0.089 0.140 0.193 0.177 0.121 0.082 0.037 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 105 A 0.167 0.131 0.136 0.158 0.158 0.107 0.072 0.037 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 106 E 0.420 0.236 0.148 0.102 0.044 0.026 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 E 0.404 0.200 0.138 0.099 0.074 0.041 0.025 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 108 L 0.140 0.081 0.124 0.170 0.191 0.138 0.075 0.043 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 109 H 0.260 0.154 0.153 0.148 0.123 0.077 0.044 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 110 M 0.240 0.103 0.114 0.140 0.146 0.109 0.066 0.040 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 111 E 0.376 0.196 0.127 0.110 0.077 0.048 0.033 0.015 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 112 V 0.207 0.125 0.141 0.145 0.132 0.104 0.061 0.040 0.023 0.011 0.006 0.003 0.002 0.001 113 A 0.179 0.101 0.101 0.133 0.164 0.126 0.083 0.052 0.032 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 114 M 0.175 0.090 0.095 0.124 0.150 0.127 0.090 0.067 0.039 0.022 0.012 0.006 0.003 0.001 115 S 0.211 0.152 0.146 0.145 0.121 0.083 0.061 0.036 0.023 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 116 L 0.067 0.038 0.055 0.096 0.155 0.152 0.120 0.122 0.087 0.049 0.030 0.019 0.006 0.002 117 R 0.136 0.097 0.104 0.131 0.137 0.136 0.107 0.066 0.039 0.022 0.014 0.006 0.003 0.001 118 K 0.126 0.116 0.116 0.140 0.136 0.111 0.089 0.071 0.044 0.023 0.015 0.006 0.005 0.002 119 L 0.033 0.025 0.034 0.055 0.104 0.129 0.142 0.153 0.125 0.085 0.058 0.037 0.014 0.005 120 N 0.056 0.055 0.076 0.133 0.176 0.151 0.116 0.100 0.056 0.037 0.024 0.012 0.006 0.003 121 V 0.037 0.021 0.025 0.040 0.068 0.087 0.105 0.139 0.159 0.130 0.097 0.059 0.024 0.010 122 K 0.069 0.068 0.089 0.151 0.163 0.129 0.115 0.091 0.055 0.031 0.020 0.012 0.004 0.003 123 L 0.034 0.023 0.035 0.049 0.072 0.095 0.105 0.122 0.135 0.133 0.102 0.058 0.025 0.011 124 K 0.090 0.092 0.105 0.144 0.146 0.134 0.108 0.079 0.048 0.026 0.016 0.008 0.003 0.002 125 D 0.150 0.126 0.125 0.138 0.132 0.101 0.076 0.057 0.045 0.024 0.014 0.006 0.004 0.002 126 F 0.051 0.045 0.069 0.101 0.146 0.148 0.145 0.123 0.076 0.047 0.027 0.014 0.006 0.002 127 N 0.192 0.157 0.144 0.138 0.118 0.088 0.063 0.041 0.029 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 128 F 0.095 0.041 0.060 0.085 0.134 0.145 0.128 0.119 0.087 0.051 0.028 0.017 0.007 0.003 129 G 0.119 0.101 0.107 0.142 0.131 0.112 0.098 0.071 0.046 0.034 0.021 0.010 0.004 0.002 130 G 0.106 0.075 0.089 0.120 0.136 0.126 0.104 0.088 0.063 0.042 0.025 0.016 0.007 0.004 131 T 0.095 0.067 0.075 0.085 0.127 0.134 0.119 0.096 0.076 0.053 0.037 0.021 0.010 0.005 132 R 0.154 0.086 0.088 0.108 0.118 0.106 0.089 0.085 0.071 0.042 0.029 0.014 0.007 0.003 133 Y 0.077 0.042 0.059 0.101 0.130 0.133 0.116 0.111 0.084 0.060 0.046 0.026 0.010 0.005 134 F 0.067 0.048 0.060 0.067 0.107 0.120 0.121 0.112 0.102 0.088 0.056 0.030 0.015 0.007 135 K 0.185 0.126 0.126 0.148 0.115 0.100 0.076 0.052 0.032 0.019 0.011 0.006 0.002 0.001 136 D 0.280 0.163 0.141 0.116 0.089 0.067 0.064 0.033 0.024 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 137 M 0.119 0.085 0.112 0.174 0.189 0.136 0.078 0.056 0.026 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 138 P 0.335 0.166 0.125 0.134 0.087 0.065 0.055 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 139 P 0.501 0.114 0.102 0.106 0.071 0.048 0.036 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 140 E 0.630 0.116 0.071 0.091 0.051 0.021 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 E 0.491 0.093 0.117 0.180 0.061 0.036 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 K 0.773 0.066 0.055 0.062 0.018 0.013 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 K 0.826 0.074 0.051 0.025 0.010 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 R 0.468 0.112 0.145 0.128 0.082 0.041 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 R 0.585 0.135 0.103 0.080 0.047 0.026 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 M 0.318 0.077 0.135 0.189 0.135 0.081 0.046 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 147 E 0.766 0.093 0.062 0.043 0.019 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 R 0.426 0.104 0.130 0.132 0.098 0.057 0.039 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 K 0.338 0.136 0.164 0.142 0.106 0.058 0.040 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 Q 0.738 0.140 0.064 0.032 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 R 0.536 0.202 0.112 0.076 0.038 0.019 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 I 0.052 0.023 0.052 0.111 0.254 0.213 0.143 0.093 0.037 0.017 0.003 0.002 0.001 0.001 153 E 0.225 0.169 0.180 0.216 0.106 0.065 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 154 E 0.663 0.195 0.077 0.037 0.013 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 A 0.104 0.048 0.092 0.155 0.224 0.181 0.092 0.053 0.031 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 156 R 0.151 0.116 0.163 0.201 0.157 0.110 0.058 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 157 R 0.532 0.158 0.102 0.077 0.055 0.035 0.022 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 158 H 0.419 0.185 0.138 0.125 0.066 0.037 0.016 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 159 G 0.374 0.134 0.126 0.113 0.103 0.067 0.052 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 160 M 0.323 0.151 0.139 0.135 0.111 0.070 0.041 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 161 P 0.621 0.155 0.084 0.056 0.041 0.020 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001