# TARGET T0561 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0561.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.79724 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.002 0.018 0.748 0.003 0.006 0.062 0.001 0.001 0.011 0.070 0.009 0.051 0.019 2 E 0.002 0.011 0.694 0.004 0.012 0.137 0.001 0.001 0.011 0.047 0.022 0.011 0.049 3 K 0.002 0.008 0.155 0.003 0.076 0.654 0.001 0.001 0.007 0.029 0.036 0.011 0.017 4 K 0.002 0.003 0.070 0.005 0.132 0.699 0.001 0.001 0.005 0.016 0.041 0.007 0.018 5 K 0.003 0.005 0.069 0.002 0.126 0.672 0.001 0.001 0.006 0.019 0.066 0.015 0.015 6 Y 0.002 0.007 0.067 0.002 0.051 0.763 0.001 0.001 0.006 0.016 0.059 0.004 0.022 7 L 0.002 0.011 0.142 0.003 0.032 0.640 0.001 0.001 0.004 0.057 0.078 0.016 0.014 8 D 0.001 0.006 0.222 0.002 0.036 0.601 0.001 0.001 0.002 0.046 0.066 0.004 0.015 9 S 0.001 0.001 0.021 0.001 0.042 0.902 0.001 0.001 0.001 0.010 0.022 0.001 0.001 10 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.043 0.924 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.001 0.001 11 F 0.001 0.001 0.007 0.001 0.041 0.927 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.021 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.039 0.909 0.001 0.001 0.001 0.002 0.044 0.001 0.001 14 H 0.001 0.001 0.003 0.001 0.041 0.904 0.001 0.001 0.001 0.003 0.049 0.001 0.001 15 C 0.001 0.001 0.006 0.001 0.022 0.923 0.001 0.001 0.001 0.008 0.039 0.001 0.001 16 I 0.001 0.003 0.040 0.001 0.012 0.863 0.001 0.001 0.001 0.031 0.045 0.001 0.002 17 S 0.001 0.002 0.093 0.001 0.013 0.840 0.001 0.001 0.001 0.020 0.030 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 19 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 20 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 21 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 22 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 23 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 24 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 25 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 26 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 27 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.001 0.001 28 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.961 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.001 0.001 29 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.008 0.961 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.001 0.002 30 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.962 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.001 0.001 31 W 0.002 0.001 0.004 0.001 0.005 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.006 32 L 0.006 0.001 0.007 0.002 0.009 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.004 0.004 33 E 0.007 0.001 0.003 0.001 0.011 0.953 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.004 0.004 34 L 0.008 0.001 0.006 0.001 0.016 0.913 0.001 0.001 0.001 0.005 0.035 0.003 0.010 35 V 0.007 0.001 0.019 0.003 0.016 0.855 0.001 0.001 0.001 0.014 0.069 0.005 0.009 36 G 0.004 0.002 0.060 0.002 0.013 0.778 0.001 0.001 0.001 0.036 0.083 0.008 0.012 37 K 0.002 0.002 0.062 0.001 0.013 0.813 0.001 0.001 0.001 0.035 0.054 0.007 0.009 38 E 0.001 0.001 0.040 0.001 0.015 0.874 0.001 0.001 0.001 0.017 0.044 0.002 0.004 39 W 0.001 0.001 0.007 0.001 0.012 0.964 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 40 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.017 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 41 H 0.002 0.001 0.009 0.001 0.032 0.915 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.002 0.004 42 M 0.004 0.001 0.014 0.001 0.043 0.879 0.001 0.001 0.001 0.005 0.041 0.002 0.009 43 L 0.005 0.002 0.035 0.002 0.043 0.785 0.001 0.001 0.001 0.013 0.098 0.007 0.009 44 A 0.006 0.008 0.087 0.002 0.062 0.499 0.001 0.001 0.002 0.029 0.266 0.017 0.020 45 L 0.005 0.022 0.172 0.003 0.039 0.330 0.001 0.001 0.005 0.178 0.192 0.011 0.043 46 N 0.001 0.004 0.710 0.001 0.005 0.035 0.001 0.001 0.002 0.191 0.031 0.013 0.007 47 P 0.001 0.004 0.148 0.003 0.130 0.124 0.001 0.001 0.002 0.053 0.523 0.002 0.009 48 E 0.001 0.009 0.099 0.003 0.104 0.096 0.001 0.001 0.003 0.083 0.591 0.007 0.004 49 R 0.003 0.015 0.394 0.005 0.157 0.147 0.001 0.001 0.013 0.135 0.078 0.010 0.040 50 K 0.010 0.028 0.322 0.025 0.099 0.204 0.002 0.002 0.025 0.103 0.092 0.036 0.052 51 D 0.026 0.031 0.169 0.041 0.095 0.181 0.007 0.005 0.035 0.102 0.154 0.076 0.079 52 F 0.065 0.022 0.155 0.017 0.054 0.159 0.016 0.017 0.064 0.057 0.071 0.064 0.239 53 L 0.093 0.023 0.176 0.027 0.039 0.172 0.026 0.012 0.063 0.052 0.058 0.148 0.113 54 W 0.051 0.031 0.253 0.011 0.038 0.136 0.010 0.008 0.051 0.066 0.088 0.100 0.157 55 K 0.016 0.022 0.278 0.017 0.037 0.135 0.004 0.002 0.020 0.167 0.178 0.054 0.069 56 N 0.003 0.012 0.332 0.005 0.018 0.064 0.001 0.001 0.007 0.316 0.186 0.018 0.038 57 Q 0.001 0.010 0.253 0.003 0.042 0.208 0.001 0.001 0.003 0.249 0.206 0.009 0.015 58 S 0.002 0.014 0.194 0.003 0.112 0.360 0.001 0.001 0.003 0.106 0.184 0.010 0.011 59 E 0.001 0.011 0.097 0.002 0.119 0.524 0.001 0.001 0.002 0.078 0.149 0.004 0.011 60 M 0.003 0.012 0.151 0.006 0.098 0.524 0.001 0.001 0.003 0.080 0.104 0.005 0.010 61 N 0.006 0.008 0.163 0.012 0.109 0.485 0.001 0.001 0.004 0.093 0.091 0.010 0.018 62 S 0.016 0.004 0.053 0.015 0.136 0.605 0.003 0.003 0.006 0.042 0.079 0.010 0.028 63 A 0.034 0.004 0.026 0.010 0.064 0.688 0.009 0.008 0.011 0.036 0.070 0.020 0.021 64 F 0.034 0.004 0.024 0.004 0.028 0.765 0.013 0.012 0.017 0.014 0.043 0.009 0.032 65 F 0.017 0.003 0.028 0.006 0.013 0.861 0.005 0.006 0.009 0.013 0.021 0.010 0.009 66 D 0.005 0.002 0.041 0.003 0.009 0.868 0.001 0.002 0.005 0.024 0.025 0.008 0.007 67 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.009 0.947 0.001 0.001 0.001 0.006 0.021 0.001 0.004 68 C 0.001 0.001 0.008 0.001 0.010 0.959 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 70 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 71 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 72 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 74 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 75 M 0.005 0.001 0.004 0.001 0.008 0.952 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.002 0.005 76 L 0.008 0.001 0.021 0.005 0.021 0.767 0.001 0.001 0.001 0.013 0.149 0.003 0.010 77 G 0.007 0.003 0.060 0.004 0.029 0.480 0.001 0.001 0.003 0.038 0.355 0.013 0.007 78 L 0.013 0.006 0.119 0.006 0.083 0.499 0.001 0.001 0.008 0.067 0.147 0.011 0.038 79 L 0.008 0.008 0.131 0.015 0.053 0.278 0.002 0.001 0.011 0.160 0.272 0.038 0.023 80 G 0.003 0.008 0.233 0.014 0.030 0.049 0.001 0.001 0.008 0.180 0.432 0.009 0.031 81 K 0.004 0.012 0.549 0.007 0.020 0.040 0.001 0.001 0.018 0.179 0.092 0.063 0.015 82 E 0.009 0.026 0.484 0.004 0.033 0.040 0.004 0.003 0.048 0.106 0.070 0.017 0.156 83 V 0.010 0.045 0.486 0.006 0.033 0.034 0.004 0.003 0.066 0.118 0.042 0.116 0.038 84 A 0.005 0.044 0.619 0.005 0.014 0.023 0.002 0.002 0.045 0.102 0.032 0.019 0.088 85 L 0.001 0.025 0.679 0.003 0.008 0.022 0.001 0.001 0.016 0.167 0.023 0.035 0.019 86 P 0.001 0.012 0.588 0.003 0.023 0.125 0.001 0.001 0.006 0.134 0.077 0.005 0.026 87 K 0.001 0.005 0.091 0.002 0.091 0.612 0.001 0.001 0.001 0.048 0.141 0.004 0.003 88 E 0.001 0.004 0.039 0.001 0.089 0.744 0.001 0.001 0.001 0.018 0.095 0.002 0.006 89 E 0.001 0.003 0.034 0.001 0.042 0.853 0.001 0.001 0.001 0.014 0.044 0.002 0.005 90 Q 0.002 0.003 0.024 0.003 0.024 0.890 0.001 0.001 0.001 0.018 0.025 0.004 0.006 91 A 0.004 0.001 0.016 0.002 0.013 0.906 0.001 0.001 0.001 0.009 0.029 0.002 0.016 92 F 0.007 0.001 0.006 0.002 0.006 0.949 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.005 0.008 93 W 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 94 I 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 M 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 Y 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 97 A 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 98 V 0.005 0.001 0.002 0.001 0.007 0.943 0.001 0.001 0.001 0.004 0.035 0.002 0.002 99 H 0.003 0.001 0.008 0.001 0.009 0.918 0.001 0.001 0.001 0.008 0.047 0.001 0.004 100 L 0.002 0.001 0.029 0.001 0.008 0.885 0.001 0.001 0.001 0.029 0.035 0.003 0.005 101 S 0.001 0.001 0.056 0.001 0.011 0.793 0.001 0.001 0.001 0.044 0.087 0.002 0.002 102 A 0.001 0.001 0.017 0.001 0.027 0.847 0.001 0.001 0.001 0.019 0.084 0.001 0.002 103 A 0.001 0.002 0.024 0.001 0.026 0.891 0.001 0.001 0.002 0.023 0.027 0.002 0.002 104 C 0.001 0.002 0.031 0.001 0.034 0.882 0.001 0.001 0.002 0.017 0.022 0.002 0.006 105 A 0.001 0.001 0.012 0.002 0.045 0.902 0.001 0.001 0.001 0.006 0.025 0.001 0.002 106 E 0.001 0.001 0.011 0.002 0.059 0.855 0.001 0.001 0.001 0.008 0.059 0.002 0.002 107 E 0.002 0.001 0.015 0.001 0.075 0.832 0.001 0.001 0.001 0.011 0.055 0.001 0.005 108 L 0.003 0.003 0.048 0.003 0.044 0.746 0.001 0.001 0.003 0.035 0.099 0.008 0.008 109 H 0.004 0.007 0.116 0.004 0.036 0.529 0.001 0.001 0.004 0.060 0.214 0.006 0.019 110 M 0.003 0.009 0.272 0.004 0.022 0.436 0.001 0.001 0.008 0.108 0.099 0.023 0.014 111 E 0.004 0.008 0.305 0.006 0.031 0.394 0.001 0.001 0.011 0.098 0.086 0.012 0.043 112 V 0.006 0.010 0.265 0.007 0.045 0.393 0.001 0.001 0.017 0.095 0.101 0.030 0.029 113 A 0.011 0.012 0.253 0.012 0.068 0.344 0.003 0.002 0.023 0.067 0.082 0.023 0.101 114 M 0.018 0.012 0.208 0.018 0.070 0.395 0.003 0.002 0.025 0.083 0.060 0.059 0.047 115 S 0.021 0.011 0.182 0.028 0.058 0.345 0.004 0.002 0.019 0.098 0.093 0.053 0.087 116 L 0.034 0.007 0.126 0.016 0.083 0.419 0.005 0.003 0.014 0.041 0.078 0.022 0.153 117 R 0.043 0.006 0.149 0.049 0.068 0.309 0.005 0.002 0.012 0.054 0.105 0.148 0.051 118 K 0.106 0.007 0.103 0.021 0.084 0.209 0.012 0.003 0.020 0.025 0.082 0.055 0.272 119 L 0.124 0.008 0.183 0.063 0.030 0.134 0.008 0.002 0.035 0.063 0.043 0.207 0.100 120 N 0.131 0.008 0.218 0.058 0.016 0.061 0.015 0.003 0.040 0.058 0.066 0.089 0.237 121 V 0.144 0.010 0.177 0.010 0.009 0.028 0.018 0.007 0.079 0.027 0.014 0.198 0.278 122 K 0.165 0.016 0.154 0.033 0.008 0.031 0.028 0.010 0.075 0.028 0.013 0.216 0.222 123 L 0.093 0.018 0.184 0.014 0.022 0.067 0.021 0.015 0.106 0.034 0.021 0.124 0.281 124 K 0.021 0.010 0.243 0.098 0.033 0.087 0.009 0.009 0.067 0.110 0.147 0.096 0.070 125 D 0.016 0.012 0.226 0.014 0.067 0.072 0.005 0.008 0.028 0.137 0.244 0.035 0.135 126 F 0.017 0.016 0.271 0.016 0.052 0.053 0.006 0.008 0.038 0.196 0.149 0.095 0.082 127 N 0.033 0.031 0.269 0.012 0.046 0.065 0.007 0.007 0.035 0.167 0.100 0.099 0.128 128 F 0.019 0.040 0.261 0.019 0.043 0.105 0.007 0.007 0.033 0.163 0.161 0.027 0.116 129 G 0.018 0.023 0.311 0.039 0.025 0.084 0.005 0.004 0.017 0.214 0.142 0.065 0.051 130 G 0.033 0.017 0.347 0.012 0.036 0.142 0.006 0.003 0.017 0.112 0.096 0.041 0.138 131 T 0.058 0.014 0.182 0.033 0.094 0.306 0.007 0.003 0.011 0.077 0.074 0.068 0.074 132 R 0.095 0.012 0.068 0.025 0.160 0.319 0.011 0.004 0.013 0.057 0.076 0.086 0.073 133 Y 0.078 0.022 0.168 0.015 0.152 0.236 0.009 0.004 0.012 0.045 0.109 0.024 0.126 134 F 0.055 0.014 0.248 0.016 0.195 0.171 0.006 0.002 0.010 0.066 0.106 0.055 0.056 135 K 0.010 0.007 0.250 0.004 0.102 0.083 0.001 0.001 0.006 0.094 0.382 0.030 0.032 136 D 0.003 0.017 0.211 0.002 0.074 0.039 0.001 0.001 0.002 0.122 0.496 0.009 0.025 137 M 0.001 0.018 0.479 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.002 0.428 0.035 0.016 0.005 138 P 0.001 0.007 0.860 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.104 0.008 0.002 0.007 139 P 0.001 0.006 0.149 0.002 0.115 0.564 0.001 0.001 0.001 0.039 0.121 0.001 0.004 140 E 0.001 0.002 0.022 0.001 0.123 0.738 0.001 0.001 0.001 0.010 0.100 0.002 0.002 141 E 0.001 0.001 0.020 0.001 0.066 0.874 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.002 0.007 142 K 0.002 0.002 0.019 0.001 0.012 0.939 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.006 0.005 143 K 0.005 0.001 0.014 0.001 0.008 0.938 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.003 0.015 144 R 0.007 0.001 0.015 0.002 0.006 0.922 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.013 0.016 145 R 0.009 0.001 0.013 0.001 0.005 0.926 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.008 0.023 146 M 0.005 0.001 0.012 0.001 0.002 0.952 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.009 0.007 147 E 0.005 0.001 0.010 0.001 0.003 0.939 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.006 0.013 148 R 0.003 0.001 0.013 0.001 0.002 0.948 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.005 0.009 149 K 0.002 0.001 0.010 0.001 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.003 0.006 150 Q 0.003 0.001 0.026 0.001 0.004 0.927 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.010 0.012 151 R 0.002 0.001 0.027 0.001 0.004 0.937 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.003 0.012 152 I 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 153 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 154 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 155 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 156 R 0.001 0.001 0.009 0.001 0.015 0.929 0.001 0.001 0.001 0.003 0.040 0.001 0.001 157 R 0.001 0.001 0.032 0.001 0.030 0.775 0.001 0.001 0.001 0.015 0.136 0.003 0.005 158 H 0.001 0.003 0.091 0.001 0.031 0.447 0.001 0.001 0.001 0.057 0.358 0.003 0.008 159 G 0.001 0.008 0.385 0.001 0.013 0.094 0.001 0.001 0.006 0.180 0.293 0.008 0.010 160 M 0.001 0.009 0.809 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.007 0.122 0.026 0.007 0.007 161 P 0.001 0.009 0.828 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.008 0.094 0.033 0.004 0.007