# TARGET T0561 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0561.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.79724 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.128 0.214 0.006 0.026 0.033 0.042 0.081 0.009 0.002 0.041 0.417 2 E 0.101 0.232 0.009 0.037 0.028 0.040 0.079 0.008 0.002 0.035 0.429 3 K 0.118 0.282 0.003 0.023 0.017 0.033 0.065 0.010 0.001 0.035 0.413 4 K 0.076 0.329 0.004 0.018 0.031 0.034 0.059 0.010 0.001 0.043 0.395 5 K 0.041 0.176 0.003 0.055 0.031 0.054 0.067 0.003 0.001 0.120 0.449 6 Y 0.025 0.205 0.005 0.040 0.030 0.051 0.096 0.003 0.001 0.082 0.464 7 L 0.043 0.306 0.007 0.022 0.034 0.015 0.072 0.008 0.001 0.042 0.452 8 D 0.089 0.821 0.001 0.002 0.002 0.001 0.008 0.016 0.001 0.012 0.048 9 S 0.043 0.881 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.001 0.012 0.047 10 E 0.020 0.791 0.007 0.003 0.003 0.003 0.014 0.002 0.001 0.065 0.091 11 F 0.041 0.754 0.010 0.005 0.005 0.004 0.022 0.009 0.001 0.065 0.084 12 L 0.058 0.795 0.006 0.003 0.002 0.002 0.016 0.013 0.001 0.039 0.064 13 L 0.035 0.479 0.005 0.006 0.004 0.006 0.030 0.005 0.001 0.257 0.172 14 H 0.023 0.490 0.004 0.010 0.004 0.007 0.054 0.003 0.001 0.135 0.270 15 C 0.029 0.561 0.013 0.012 0.007 0.008 0.066 0.009 0.001 0.082 0.212 16 I 0.016 0.768 0.011 0.004 0.003 0.002 0.023 0.009 0.002 0.041 0.121 17 S 0.028 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.004 0.010 18 A 0.023 0.874 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.051 0.037 19 Q 0.003 0.958 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 0.018 20 L 0.012 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.018 0.011 21 L 0.005 0.937 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.032 0.016 22 D 0.004 0.936 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.024 0.026 23 M 0.005 0.931 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.032 0.019 24 W 0.007 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.015 0.007 25 K 0.015 0.910 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.031 0.031 26 Q 0.011 0.860 0.008 0.002 0.002 0.002 0.011 0.002 0.001 0.045 0.056 27 A 0.025 0.854 0.008 0.002 0.001 0.001 0.013 0.006 0.001 0.039 0.048 28 R 0.029 0.894 0.003 0.001 0.001 0.002 0.009 0.006 0.001 0.016 0.037 29 A 0.020 0.793 0.004 0.003 0.004 0.005 0.021 0.002 0.001 0.026 0.121 30 R 0.016 0.806 0.007 0.007 0.007 0.012 0.022 0.002 0.001 0.030 0.091 31 W 0.032 0.795 0.003 0.005 0.005 0.012 0.024 0.008 0.001 0.040 0.075 32 L 0.017 0.688 0.006 0.016 0.013 0.021 0.030 0.004 0.002 0.073 0.131 33 E 0.021 0.722 0.003 0.014 0.016 0.020 0.024 0.002 0.001 0.042 0.136 34 L 0.024 0.665 0.007 0.012 0.013 0.014 0.030 0.004 0.001 0.058 0.172 35 V 0.027 0.739 0.005 0.011 0.010 0.009 0.029 0.008 0.001 0.045 0.116 36 G 0.037 0.792 0.001 0.005 0.003 0.007 0.018 0.004 0.001 0.028 0.104 37 K 0.024 0.719 0.005 0.005 0.010 0.007 0.028 0.002 0.001 0.037 0.162 38 E 0.027 0.858 0.004 0.003 0.004 0.004 0.010 0.006 0.001 0.012 0.071 39 W 0.052 0.890 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.012 0.001 0.006 0.026 40 A 0.069 0.793 0.007 0.003 0.004 0.004 0.011 0.008 0.002 0.013 0.086 41 H 0.189 0.497 0.019 0.007 0.007 0.014 0.026 0.013 0.004 0.032 0.194 42 M 0.232 0.143 0.020 0.014 0.014 0.034 0.072 0.032 0.005 0.088 0.346 43 L 0.187 0.017 0.005 0.020 0.026 0.034 0.092 0.003 0.001 0.064 0.551 44 A 0.006 0.006 0.001 0.015 0.014 0.039 0.105 0.001 0.001 0.012 0.801 45 L 0.004 0.011 0.001 0.014 0.016 0.018 0.076 0.001 0.001 0.007 0.852 46 N 0.713 0.092 0.002 0.003 0.011 0.007 0.024 0.020 0.001 0.029 0.099 47 P 0.136 0.108 0.002 0.008 0.007 0.010 0.092 0.008 0.001 0.038 0.590 48 E 0.055 0.158 0.004 0.016 0.012 0.027 0.067 0.005 0.001 0.031 0.624 49 R 0.160 0.095 0.003 0.027 0.034 0.043 0.098 0.011 0.001 0.061 0.467 50 K 0.032 0.093 0.005 0.062 0.060 0.094 0.118 0.005 0.001 0.090 0.441 51 D 0.022 0.061 0.002 0.085 0.083 0.192 0.070 0.003 0.001 0.064 0.419 52 F 0.012 0.038 0.004 0.136 0.110 0.246 0.069 0.003 0.001 0.070 0.311 53 L 0.046 0.039 0.003 0.099 0.169 0.194 0.057 0.006 0.001 0.112 0.273 54 W 0.043 0.024 0.003 0.122 0.095 0.112 0.082 0.003 0.001 0.092 0.424 55 K 0.015 0.033 0.003 0.138 0.046 0.071 0.124 0.003 0.001 0.098 0.469 56 N 0.060 0.220 0.003 0.027 0.019 0.028 0.099 0.010 0.001 0.102 0.432 57 Q 0.093 0.260 0.003 0.009 0.013 0.010 0.071 0.016 0.001 0.237 0.288 58 S 0.037 0.209 0.002 0.007 0.007 0.009 0.046 0.004 0.001 0.520 0.158 59 E 0.027 0.599 0.004 0.009 0.009 0.012 0.044 0.005 0.001 0.126 0.164 60 M 0.033 0.576 0.006 0.007 0.009 0.008 0.042 0.009 0.001 0.113 0.196 61 N 0.025 0.839 0.003 0.004 0.003 0.007 0.017 0.008 0.001 0.035 0.058 62 S 0.042 0.700 0.004 0.004 0.006 0.006 0.035 0.004 0.001 0.101 0.097 63 A 0.020 0.758 0.008 0.010 0.005 0.013 0.025 0.003 0.001 0.068 0.088 64 F 0.026 0.827 0.004 0.006 0.003 0.007 0.023 0.007 0.001 0.033 0.064 65 F 0.028 0.770 0.011 0.008 0.007 0.007 0.029 0.004 0.002 0.046 0.089 66 D 0.017 0.866 0.003 0.004 0.003 0.004 0.013 0.002 0.001 0.037 0.050 67 L 0.009 0.901 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 0.040 0.030 68 C 0.004 0.953 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.018 0.014 69 E 0.005 0.858 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.105 0.020 70 V 0.003 0.917 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.052 0.014 71 G 0.005 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.019 0.011 72 K 0.005 0.945 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.025 0.014 73 Q 0.011 0.841 0.008 0.002 0.003 0.003 0.012 0.003 0.001 0.083 0.033 74 V 0.091 0.661 0.024 0.010 0.006 0.008 0.029 0.013 0.003 0.077 0.078 75 M 0.094 0.575 0.009 0.013 0.004 0.010 0.055 0.015 0.004 0.044 0.178 76 L 0.046 0.161 0.058 0.043 0.010 0.023 0.087 0.007 0.034 0.076 0.456 77 G 0.302 0.071 0.009 0.020 0.012 0.022 0.078 0.008 0.003 0.044 0.430 78 L 0.130 0.021 0.003 0.014 0.006 0.009 0.087 0.006 0.001 0.043 0.681 79 L 0.050 0.014 0.003 0.027 0.008 0.011 0.134 0.003 0.001 0.018 0.732 80 G 0.041 0.021 0.002 0.012 0.003 0.013 0.086 0.005 0.001 0.028 0.787 81 K 0.121 0.016 0.001 0.016 0.029 0.028 0.110 0.006 0.001 0.033 0.639 82 E 0.069 0.007 0.001 0.061 0.024 0.043 0.097 0.002 0.001 0.057 0.639 83 V 0.008 0.005 0.001 0.066 0.019 0.039 0.131 0.001 0.001 0.017 0.714 84 A 0.015 0.028 0.001 0.062 0.024 0.044 0.098 0.002 0.001 0.014 0.710 85 L 0.115 0.174 0.003 0.014 0.033 0.018 0.075 0.013 0.001 0.031 0.523 86 P 0.163 0.575 0.002 0.007 0.005 0.005 0.032 0.014 0.001 0.019 0.177 87 K 0.096 0.677 0.003 0.004 0.005 0.006 0.023 0.006 0.001 0.028 0.152 88 E 0.056 0.750 0.003 0.003 0.007 0.007 0.018 0.005 0.001 0.027 0.125 89 E 0.048 0.710 0.002 0.005 0.007 0.012 0.025 0.004 0.001 0.060 0.126 90 Q 0.012 0.763 0.002 0.005 0.013 0.015 0.020 0.002 0.001 0.064 0.103 91 A 0.005 0.860 0.001 0.005 0.009 0.016 0.012 0.001 0.001 0.023 0.067 92 F 0.006 0.881 0.001 0.005 0.008 0.013 0.011 0.002 0.001 0.031 0.043 93 W 0.005 0.885 0.001 0.006 0.012 0.019 0.008 0.002 0.001 0.034 0.028 94 I 0.009 0.827 0.003 0.011 0.015 0.024 0.012 0.002 0.001 0.058 0.039 95 M 0.017 0.630 0.010 0.016 0.025 0.026 0.030 0.004 0.002 0.163 0.078 96 Y 0.027 0.705 0.006 0.022 0.020 0.040 0.024 0.005 0.001 0.070 0.080 97 A 0.043 0.393 0.005 0.023 0.021 0.031 0.052 0.004 0.001 0.225 0.203 98 V 0.012 0.444 0.009 0.063 0.032 0.047 0.061 0.003 0.002 0.123 0.205 99 H 0.021 0.779 0.005 0.008 0.007 0.007 0.021 0.005 0.001 0.052 0.095 100 L 0.038 0.841 0.004 0.002 0.002 0.002 0.014 0.009 0.001 0.032 0.056 101 S 0.040 0.768 0.002 0.003 0.002 0.003 0.019 0.005 0.001 0.065 0.092 102 A 0.021 0.704 0.003 0.006 0.003 0.008 0.029 0.003 0.001 0.094 0.129 103 A 0.025 0.786 0.008 0.006 0.006 0.006 0.019 0.006 0.001 0.027 0.110 104 C 0.068 0.796 0.010 0.006 0.003 0.007 0.014 0.011 0.002 0.020 0.062 105 A 0.123 0.447 0.032 0.007 0.007 0.005 0.053 0.015 0.014 0.073 0.223 106 E 0.260 0.396 0.013 0.010 0.006 0.010 0.040 0.015 0.003 0.026 0.220 107 E 0.221 0.245 0.005 0.012 0.004 0.012 0.064 0.009 0.001 0.038 0.389 108 L 0.035 0.229 0.012 0.036 0.017 0.022 0.103 0.005 0.002 0.040 0.499 109 H 0.045 0.360 0.003 0.018 0.010 0.016 0.053 0.008 0.001 0.041 0.446 110 M 0.068 0.554 0.004 0.009 0.019 0.013 0.035 0.011 0.001 0.025 0.262 111 E 0.062 0.296 0.006 0.019 0.022 0.019 0.055 0.006 0.001 0.208 0.306 112 V 0.055 0.442 0.005 0.022 0.014 0.036 0.063 0.007 0.001 0.113 0.243 113 A 0.090 0.507 0.005 0.014 0.019 0.026 0.049 0.018 0.001 0.042 0.229 114 M 0.059 0.258 0.029 0.032 0.057 0.050 0.053 0.008 0.006 0.052 0.395 115 S 0.124 0.414 0.005 0.019 0.020 0.043 0.050 0.014 0.003 0.027 0.282 116 L 0.138 0.057 0.046 0.022 0.019 0.020 0.079 0.013 0.021 0.097 0.488 117 R 0.263 0.034 0.012 0.042 0.035 0.050 0.095 0.009 0.004 0.052 0.404 118 K 0.049 0.011 0.001 0.019 0.005 0.018 0.062 0.002 0.001 0.027 0.806 119 L 0.034 0.007 0.004 0.076 0.063 0.042 0.132 0.001 0.001 0.027 0.612 120 N 0.014 0.015 0.001 0.142 0.021 0.066 0.070 0.002 0.001 0.046 0.623 121 V 0.025 0.011 0.003 0.076 0.085 0.046 0.083 0.003 0.001 0.065 0.603 122 K 0.032 0.026 0.002 0.398 0.057 0.071 0.056 0.005 0.001 0.063 0.291 123 L 0.072 0.016 0.003 0.155 0.021 0.034 0.076 0.006 0.001 0.123 0.492 124 K 0.032 0.013 0.002 0.337 0.041 0.045 0.076 0.004 0.001 0.045 0.404 125 D 0.068 0.016 0.002 0.094 0.017 0.037 0.094 0.006 0.001 0.070 0.593 126 F 0.088 0.013 0.002 0.138 0.034 0.039 0.136 0.004 0.001 0.062 0.482 127 N 0.054 0.014 0.001 0.084 0.020 0.048 0.127 0.003 0.001 0.112 0.537 128 F 0.024 0.023 0.001 0.058 0.019 0.036 0.174 0.002 0.001 0.048 0.612 129 G 0.050 0.083 0.002 0.051 0.034 0.047 0.152 0.007 0.001 0.113 0.461 130 G 0.047 0.169 0.002 0.038 0.040 0.064 0.134 0.011 0.001 0.073 0.421 131 T 0.067 0.268 0.003 0.050 0.034 0.065 0.106 0.011 0.001 0.061 0.335 132 R 0.062 0.101 0.033 0.058 0.083 0.137 0.080 0.014 0.013 0.108 0.312 133 Y 0.241 0.062 0.005 0.055 0.045 0.096 0.085 0.013 0.003 0.051 0.343 134 F 0.286 0.015 0.007 0.033 0.033 0.056 0.080 0.011 0.003 0.072 0.406 135 K 0.026 0.004 0.001 0.071 0.021 0.048 0.105 0.001 0.001 0.016 0.707 136 D 0.015 0.007 0.001 0.016 0.007 0.029 0.110 0.001 0.001 0.013 0.802 137 M 0.003 0.013 0.001 0.018 0.042 0.014 0.122 0.001 0.001 0.005 0.781 138 P 0.121 0.739 0.001 0.003 0.003 0.003 0.014 0.010 0.001 0.015 0.090 139 P 0.050 0.906 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.006 0.024 140 E 0.013 0.921 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.010 0.042 141 E 0.033 0.846 0.002 0.004 0.007 0.015 0.009 0.002 0.001 0.018 0.065 142 K 0.024 0.851 0.003 0.006 0.007 0.014 0.015 0.003 0.001 0.015 0.062 143 K 0.021 0.742 0.004 0.007 0.021 0.030 0.016 0.003 0.001 0.019 0.138 144 R 0.012 0.780 0.003 0.004 0.012 0.013 0.015 0.002 0.001 0.011 0.148 145 R 0.032 0.849 0.002 0.003 0.007 0.011 0.011 0.005 0.001 0.013 0.067 146 M 0.028 0.782 0.005 0.006 0.013 0.016 0.022 0.003 0.001 0.026 0.099 147 E 0.017 0.736 0.009 0.003 0.012 0.009 0.018 0.002 0.001 0.040 0.153 148 R 0.032 0.908 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.004 0.001 0.006 0.038 149 K 0.021 0.881 0.001 0.002 0.003 0.003 0.007 0.003 0.001 0.012 0.068 150 Q 0.004 0.868 0.002 0.004 0.007 0.007 0.009 0.001 0.001 0.007 0.092 151 R 0.006 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.010 0.016 152 I 0.012 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.012 0.005 153 E 0.017 0.916 0.003 0.001 0.003 0.002 0.004 0.002 0.001 0.024 0.029 154 E 0.048 0.674 0.005 0.003 0.002 0.005 0.019 0.004 0.001 0.146 0.093 155 A 0.060 0.231 0.237 0.008 0.006 0.007 0.044 0.047 0.076 0.163 0.120 156 R 0.577 0.035 0.010 0.005 0.006 0.009 0.039 0.012 0.007 0.038 0.261 157 R 0.044 0.004 0.001 0.002 0.002 0.003 0.035 0.001 0.001 0.008 0.901 158 H 0.009 0.002 0.001 0.013 0.004 0.006 0.123 0.001 0.001 0.007 0.837 159 G 0.038 0.003 0.002 0.007 0.005 0.010 0.130 0.001 0.001 0.031 0.773 160 M 0.030 0.003 0.001 0.004 0.007 0.005 0.123 0.001 0.001 0.015 0.811 161 P 0.046 0.009 0.001 0.035 0.006 0.008 0.133 0.002 0.001 0.028 0.732