# TARGET T0561 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0561.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.79724 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.093 0.190 0.019 0.038 0.039 0.081 0.063 0.476 2 E 0.092 0.321 0.014 0.040 0.049 0.052 0.092 0.340 3 K 0.079 0.296 0.010 0.018 0.031 0.059 0.065 0.442 4 K 0.076 0.296 0.022 0.032 0.040 0.068 0.088 0.379 5 K 0.036 0.179 0.026 0.036 0.041 0.088 0.133 0.462 6 Y 0.039 0.210 0.021 0.017 0.022 0.117 0.090 0.485 7 L 0.064 0.417 0.019 0.012 0.012 0.066 0.081 0.331 8 D 0.055 0.838 0.002 0.002 0.002 0.009 0.029 0.063 9 S 0.030 0.875 0.002 0.001 0.001 0.008 0.028 0.056 10 E 0.013 0.825 0.007 0.004 0.003 0.019 0.047 0.082 11 F 0.035 0.816 0.011 0.003 0.004 0.017 0.056 0.057 12 L 0.133 0.727 0.006 0.002 0.002 0.018 0.057 0.056 13 L 0.041 0.189 0.013 0.003 0.004 0.018 0.630 0.103 14 H 0.019 0.562 0.008 0.003 0.003 0.033 0.167 0.204 15 C 0.031 0.541 0.021 0.005 0.005 0.063 0.077 0.257 16 I 0.021 0.797 0.012 0.004 0.003 0.024 0.031 0.108 17 S 0.044 0.895 0.002 0.001 0.001 0.005 0.022 0.032 18 A 0.018 0.878 0.005 0.001 0.001 0.009 0.044 0.044 19 Q 0.005 0.923 0.004 0.001 0.001 0.007 0.033 0.026 20 L 0.007 0.946 0.003 0.001 0.001 0.004 0.024 0.015 21 L 0.005 0.958 0.003 0.001 0.001 0.003 0.021 0.009 22 D 0.007 0.890 0.008 0.001 0.001 0.004 0.073 0.017 23 M 0.006 0.939 0.003 0.001 0.001 0.003 0.037 0.010 24 W 0.014 0.902 0.007 0.001 0.001 0.004 0.054 0.016 25 K 0.027 0.852 0.007 0.002 0.002 0.009 0.044 0.056 26 Q 0.033 0.695 0.006 0.002 0.003 0.022 0.099 0.140 27 A 0.032 0.667 0.011 0.004 0.004 0.030 0.134 0.119 28 R 0.015 0.865 0.002 0.003 0.004 0.012 0.031 0.068 29 A 0.019 0.757 0.005 0.004 0.007 0.020 0.026 0.162 30 R 0.006 0.826 0.011 0.021 0.023 0.017 0.040 0.056 31 W 0.013 0.880 0.008 0.007 0.010 0.010 0.036 0.036 32 L 0.024 0.745 0.021 0.023 0.016 0.012 0.107 0.053 33 E 0.017 0.708 0.027 0.038 0.033 0.020 0.075 0.081 34 L 0.070 0.612 0.027 0.013 0.018 0.028 0.116 0.116 35 V 0.032 0.740 0.016 0.016 0.012 0.021 0.083 0.079 36 G 0.034 0.758 0.005 0.004 0.006 0.012 0.024 0.158 37 K 0.021 0.715 0.005 0.006 0.005 0.024 0.059 0.165 38 E 0.017 0.892 0.005 0.003 0.003 0.011 0.030 0.040 39 W 0.049 0.880 0.004 0.002 0.002 0.006 0.023 0.035 40 A 0.066 0.666 0.019 0.010 0.008 0.022 0.064 0.146 41 H 0.146 0.389 0.024 0.015 0.016 0.039 0.105 0.265 42 M 0.198 0.117 0.026 0.020 0.025 0.068 0.179 0.366 43 L 0.153 0.074 0.014 0.019 0.023 0.091 0.064 0.562 44 A 0.011 0.019 0.008 0.013 0.021 0.098 0.023 0.806 45 L 0.015 0.014 0.008 0.008 0.009 0.086 0.021 0.839 46 N 0.646 0.080 0.006 0.012 0.009 0.041 0.061 0.146 47 P 0.141 0.042 0.010 0.006 0.008 0.095 0.029 0.669 48 E 0.043 0.042 0.016 0.010 0.026 0.101 0.027 0.735 49 R 0.060 0.064 0.019 0.016 0.028 0.110 0.057 0.647 50 K 0.025 0.093 0.043 0.064 0.074 0.105 0.074 0.521 51 D 0.029 0.065 0.111 0.071 0.130 0.088 0.064 0.440 52 F 0.024 0.025 0.109 0.143 0.171 0.079 0.131 0.319 53 L 0.068 0.035 0.163 0.116 0.156 0.081 0.082 0.300 54 W 0.099 0.035 0.048 0.081 0.112 0.094 0.076 0.455 55 K 0.022 0.024 0.022 0.025 0.037 0.124 0.042 0.704 56 N 0.076 0.108 0.017 0.017 0.031 0.125 0.062 0.564 57 Q 0.098 0.088 0.011 0.012 0.016 0.112 0.194 0.470 58 S 0.097 0.254 0.017 0.013 0.015 0.080 0.269 0.255 59 E 0.049 0.468 0.011 0.011 0.016 0.080 0.079 0.286 60 M 0.045 0.420 0.020 0.012 0.019 0.067 0.067 0.351 61 N 0.093 0.623 0.008 0.011 0.019 0.035 0.111 0.100 62 S 0.057 0.517 0.013 0.009 0.018 0.047 0.134 0.206 63 A 0.014 0.718 0.026 0.019 0.029 0.040 0.046 0.108 64 F 0.013 0.682 0.026 0.013 0.027 0.032 0.085 0.122 65 F 0.021 0.766 0.029 0.015 0.014 0.017 0.089 0.049 66 D 0.012 0.907 0.007 0.004 0.005 0.005 0.040 0.019 67 L 0.005 0.939 0.005 0.001 0.002 0.004 0.028 0.017 68 C 0.004 0.928 0.005 0.003 0.002 0.004 0.039 0.016 69 E 0.006 0.905 0.007 0.002 0.001 0.004 0.061 0.013 70 V 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 71 G 0.009 0.941 0.005 0.001 0.001 0.002 0.032 0.008 72 K 0.018 0.862 0.005 0.004 0.003 0.007 0.070 0.031 73 Q 0.037 0.620 0.033 0.005 0.005 0.020 0.189 0.091 74 V 0.134 0.604 0.033 0.011 0.009 0.032 0.065 0.112 75 M 0.176 0.183 0.048 0.013 0.014 0.065 0.089 0.412 76 L 0.039 0.061 0.041 0.012 0.016 0.091 0.075 0.665 77 G 0.177 0.073 0.049 0.020 0.028 0.128 0.045 0.481 78 L 0.123 0.037 0.032 0.019 0.018 0.127 0.037 0.608 79 L 0.029 0.036 0.024 0.010 0.021 0.101 0.034 0.746 80 G 0.119 0.059 0.037 0.020 0.036 0.083 0.102 0.543 81 K 0.118 0.055 0.031 0.063 0.051 0.098 0.058 0.525 82 E 0.104 0.020 0.036 0.025 0.036 0.092 0.039 0.648 83 V 0.026 0.019 0.021 0.036 0.048 0.128 0.028 0.694 84 A 0.017 0.018 0.011 0.013 0.020 0.087 0.016 0.818 85 L 0.094 0.140 0.013 0.023 0.017 0.092 0.075 0.545 86 P 0.139 0.339 0.008 0.014 0.012 0.060 0.077 0.351 87 K 0.196 0.460 0.006 0.005 0.007 0.037 0.066 0.222 88 E 0.052 0.587 0.004 0.008 0.012 0.035 0.064 0.237 89 E 0.028 0.606 0.005 0.007 0.021 0.050 0.069 0.215 90 Q 0.008 0.704 0.005 0.018 0.035 0.030 0.094 0.108 91 A 0.004 0.750 0.007 0.022 0.054 0.020 0.097 0.047 92 F 0.003 0.791 0.008 0.026 0.050 0.009 0.092 0.022 93 W 0.003 0.780 0.011 0.057 0.071 0.006 0.057 0.014 94 I 0.009 0.772 0.013 0.051 0.075 0.007 0.055 0.018 95 M 0.011 0.615 0.031 0.071 0.105 0.014 0.116 0.038 96 Y 0.016 0.715 0.020 0.064 0.082 0.012 0.056 0.035 97 A 0.028 0.425 0.047 0.058 0.078 0.035 0.222 0.109 98 V 0.016 0.516 0.055 0.081 0.073 0.032 0.139 0.089 99 H 0.062 0.670 0.027 0.023 0.035 0.025 0.056 0.102 100 L 0.071 0.516 0.037 0.021 0.019 0.037 0.126 0.172 101 S 0.037 0.796 0.007 0.005 0.007 0.016 0.029 0.103 102 A 0.067 0.598 0.015 0.004 0.005 0.033 0.058 0.221 103 A 0.023 0.678 0.032 0.011 0.008 0.042 0.059 0.147 104 C 0.126 0.642 0.015 0.004 0.005 0.020 0.062 0.126 105 A 0.165 0.388 0.036 0.008 0.006 0.039 0.173 0.185 106 E 0.066 0.437 0.018 0.009 0.010 0.039 0.077 0.343 107 E 0.140 0.201 0.023 0.004 0.006 0.065 0.052 0.507 108 L 0.054 0.218 0.021 0.015 0.013 0.119 0.056 0.504 109 H 0.048 0.267 0.020 0.005 0.009 0.063 0.065 0.523 110 M 0.101 0.499 0.007 0.005 0.007 0.047 0.061 0.273 111 E 0.045 0.148 0.024 0.013 0.011 0.056 0.464 0.239 112 V 0.040 0.522 0.011 0.008 0.011 0.047 0.154 0.207 113 A 0.080 0.466 0.023 0.008 0.015 0.064 0.073 0.271 114 M 0.058 0.309 0.040 0.032 0.028 0.083 0.076 0.375 115 S 0.076 0.390 0.021 0.013 0.036 0.055 0.159 0.250 116 L 0.055 0.105 0.054 0.020 0.031 0.090 0.376 0.269 117 R 0.093 0.135 0.052 0.086 0.087 0.079 0.173 0.296 118 K 0.042 0.026 0.040 0.022 0.044 0.081 0.092 0.653 119 L 0.012 0.021 0.146 0.069 0.111 0.145 0.066 0.430 120 N 0.020 0.012 0.160 0.066 0.129 0.097 0.109 0.408 121 V 0.014 0.007 0.112 0.096 0.067 0.095 0.059 0.549 122 K 0.050 0.016 0.268 0.084 0.111 0.092 0.094 0.284 123 L 0.059 0.011 0.089 0.034 0.042 0.104 0.092 0.569 124 K 0.024 0.009 0.233 0.061 0.065 0.120 0.062 0.425 125 D 0.019 0.006 0.124 0.022 0.047 0.129 0.074 0.580 126 F 0.031 0.012 0.196 0.043 0.054 0.156 0.074 0.435 127 N 0.079 0.021 0.168 0.025 0.041 0.103 0.144 0.420 128 F 0.052 0.041 0.115 0.031 0.043 0.134 0.121 0.464 129 G 0.026 0.060 0.095 0.030 0.055 0.144 0.047 0.544 130 G 0.068 0.206 0.062 0.024 0.050 0.112 0.117 0.361 131 T 0.115 0.318 0.039 0.027 0.037 0.077 0.115 0.271 132 R 0.047 0.147 0.147 0.069 0.075 0.082 0.151 0.280 133 Y 0.110 0.122 0.071 0.044 0.086 0.086 0.112 0.369 134 F 0.394 0.032 0.072 0.046 0.046 0.057 0.116 0.237 135 K 0.057 0.024 0.023 0.027 0.036 0.100 0.046 0.689 136 D 0.015 0.020 0.009 0.005 0.013 0.072 0.014 0.852 137 M 0.016 0.041 0.015 0.017 0.014 0.150 0.017 0.731 138 P 0.150 0.346 0.012 0.009 0.007 0.072 0.042 0.362 139 P 0.160 0.741 0.002 0.002 0.002 0.011 0.014 0.069 140 E 0.035 0.780 0.004 0.002 0.004 0.021 0.019 0.136 141 E 0.028 0.813 0.005 0.004 0.005 0.016 0.041 0.088 142 K 0.013 0.883 0.003 0.006 0.006 0.011 0.028 0.049 143 K 0.017 0.863 0.005 0.004 0.007 0.013 0.030 0.061 144 R 0.011 0.870 0.004 0.008 0.009 0.009 0.046 0.043 145 R 0.013 0.875 0.004 0.006 0.006 0.010 0.032 0.054 146 M 0.030 0.792 0.005 0.009 0.009 0.013 0.070 0.071 147 E 0.032 0.720 0.006 0.011 0.009 0.020 0.113 0.089 148 R 0.023 0.877 0.001 0.002 0.003 0.007 0.034 0.054 149 K 0.018 0.843 0.002 0.003 0.004 0.015 0.029 0.086 150 Q 0.005 0.838 0.003 0.008 0.008 0.015 0.035 0.087 151 R 0.006 0.951 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.021 152 I 0.013 0.953 0.002 0.001 0.001 0.002 0.017 0.009 153 E 0.009 0.932 0.005 0.004 0.003 0.004 0.021 0.021 154 E 0.075 0.663 0.020 0.008 0.009 0.016 0.112 0.096 155 A 0.174 0.169 0.079 0.028 0.019 0.050 0.319 0.162 156 R 0.330 0.046 0.020 0.017 0.018 0.052 0.095 0.421 157 R 0.091 0.005 0.004 0.003 0.005 0.051 0.019 0.822 158 H 0.009 0.001 0.004 0.005 0.008 0.096 0.013 0.864 159 G 0.023 0.002 0.004 0.006 0.009 0.100 0.019 0.837 160 M 0.070 0.006 0.007 0.013 0.012 0.127 0.035 0.730 161 P 0.048 0.009 0.015 0.014 0.020 0.102 0.035 0.757