# TARGET T0561 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0561.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.79724 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.460 0.119 0.041 0.088 0.080 0.064 0.069 0.043 0.019 0.011 0.006 2 E 0.528 0.290 0.063 0.064 0.026 0.010 0.008 0.005 0.003 0.002 0.001 3 K 0.109 0.216 0.051 0.170 0.135 0.113 0.125 0.047 0.020 0.009 0.004 4 K 0.353 0.094 0.070 0.116 0.092 0.089 0.091 0.053 0.026 0.012 0.005 5 K 0.195 0.128 0.220 0.245 0.104 0.069 0.027 0.007 0.003 0.002 0.001 6 Y 0.016 0.031 0.094 0.131 0.116 0.135 0.215 0.113 0.076 0.048 0.025 7 L 0.004 0.011 0.021 0.031 0.055 0.078 0.211 0.226 0.161 0.126 0.076 8 D 0.020 0.224 0.393 0.166 0.101 0.041 0.031 0.011 0.007 0.005 0.001 9 S 0.092 0.073 0.186 0.193 0.175 0.130 0.104 0.030 0.011 0.005 0.002 10 E 0.725 0.066 0.094 0.066 0.021 0.012 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 11 F 0.011 0.026 0.034 0.146 0.178 0.182 0.225 0.113 0.054 0.023 0.010 12 L 0.001 0.004 0.020 0.013 0.014 0.023 0.087 0.117 0.234 0.265 0.222 13 L 0.002 0.010 0.131 0.157 0.288 0.184 0.151 0.037 0.023 0.012 0.004 14 H 0.016 0.038 0.573 0.165 0.112 0.048 0.030 0.008 0.006 0.003 0.001 15 C 0.011 0.013 0.039 0.048 0.061 0.138 0.302 0.163 0.107 0.078 0.040 16 I 0.004 0.009 0.016 0.014 0.014 0.029 0.110 0.208 0.229 0.219 0.148 17 S 0.016 0.069 0.188 0.167 0.173 0.114 0.120 0.069 0.040 0.032 0.012 18 A 0.217 0.090 0.318 0.173 0.095 0.050 0.033 0.012 0.007 0.004 0.002 19 Q 0.081 0.072 0.098 0.212 0.195 0.164 0.119 0.032 0.016 0.008 0.002 20 L 0.002 0.005 0.008 0.010 0.011 0.019 0.077 0.137 0.238 0.255 0.237 21 L 0.003 0.008 0.036 0.049 0.076 0.145 0.244 0.156 0.133 0.098 0.051 22 D 0.022 0.047 0.595 0.195 0.097 0.019 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 23 M 0.003 0.011 0.038 0.036 0.038 0.132 0.313 0.148 0.138 0.094 0.050 24 W 0.005 0.006 0.015 0.018 0.019 0.041 0.157 0.146 0.242 0.204 0.146 25 K 0.042 0.044 0.247 0.196 0.176 0.123 0.099 0.041 0.018 0.010 0.003 26 Q 0.060 0.056 0.431 0.194 0.107 0.073 0.050 0.016 0.008 0.005 0.002 27 A 0.009 0.014 0.036 0.037 0.039 0.090 0.233 0.161 0.179 0.137 0.064 28 R 0.006 0.012 0.037 0.042 0.059 0.101 0.247 0.176 0.157 0.107 0.055 29 A 0.036 0.039 0.482 0.187 0.124 0.064 0.037 0.014 0.008 0.006 0.002 30 R 0.014 0.032 0.207 0.182 0.171 0.186 0.145 0.036 0.016 0.007 0.002 31 W 0.002 0.005 0.015 0.015 0.019 0.037 0.146 0.159 0.234 0.205 0.162 32 L 0.002 0.003 0.021 0.021 0.032 0.077 0.195 0.157 0.210 0.166 0.117 33 E 0.004 0.015 0.400 0.260 0.250 0.037 0.022 0.007 0.003 0.002 0.001 34 L 0.001 0.007 0.038 0.023 0.026 0.093 0.248 0.186 0.171 0.132 0.075 35 V 0.002 0.006 0.013 0.014 0.014 0.030 0.133 0.195 0.225 0.235 0.136 36 G 0.044 0.090 0.224 0.189 0.157 0.097 0.101 0.056 0.022 0.016 0.004 37 K 0.313 0.106 0.285 0.151 0.075 0.035 0.021 0.008 0.003 0.002 0.001 38 E 0.177 0.218 0.108 0.166 0.105 0.089 0.084 0.025 0.017 0.010 0.003 39 W 0.008 0.008 0.009 0.020 0.026 0.063 0.192 0.211 0.213 0.143 0.107 40 A 0.083 0.083 0.392 0.199 0.106 0.063 0.039 0.018 0.009 0.007 0.002 41 H 0.020 0.051 0.351 0.227 0.157 0.091 0.064 0.022 0.011 0.005 0.002 42 M 0.009 0.015 0.042 0.039 0.043 0.092 0.224 0.137 0.179 0.135 0.086 43 L 0.011 0.016 0.061 0.079 0.117 0.151 0.261 0.125 0.095 0.058 0.026 44 A 0.031 0.055 0.516 0.172 0.102 0.046 0.037 0.018 0.012 0.009 0.002 45 L 0.023 0.044 0.115 0.099 0.126 0.173 0.235 0.095 0.051 0.028 0.012 46 N 0.156 0.209 0.105 0.136 0.091 0.077 0.114 0.052 0.032 0.021 0.008 47 P 0.390 0.094 0.083 0.085 0.081 0.076 0.090 0.052 0.026 0.016 0.008 48 E 0.456 0.290 0.141 0.081 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 49 R 0.025 0.025 0.022 0.059 0.066 0.174 0.233 0.149 0.122 0.077 0.048 50 K 0.269 0.190 0.154 0.165 0.093 0.054 0.039 0.017 0.010 0.006 0.002 51 D 0.130 0.150 0.218 0.263 0.128 0.071 0.028 0.008 0.004 0.002 0.001 52 F 0.023 0.018 0.055 0.041 0.055 0.081 0.164 0.171 0.168 0.130 0.094 53 L 0.034 0.090 0.101 0.200 0.203 0.124 0.134 0.049 0.036 0.021 0.007 54 W 0.010 0.019 0.105 0.069 0.067 0.106 0.155 0.117 0.154 0.121 0.078 55 K 0.102 0.128 0.233 0.261 0.160 0.051 0.036 0.012 0.008 0.005 0.002 56 N 0.047 0.058 0.047 0.076 0.079 0.116 0.196 0.147 0.117 0.074 0.044 57 Q 0.149 0.158 0.091 0.203 0.154 0.083 0.069 0.036 0.027 0.020 0.009 58 S 0.165 0.087 0.103 0.122 0.106 0.115 0.137 0.070 0.049 0.032 0.016 59 E 0.148 0.144 0.149 0.253 0.154 0.069 0.044 0.019 0.011 0.006 0.002 60 M 0.024 0.018 0.028 0.041 0.044 0.079 0.164 0.160 0.190 0.146 0.106 61 N 0.032 0.047 0.076 0.138 0.156 0.133 0.161 0.097 0.079 0.053 0.028 62 S 0.039 0.063 0.140 0.156 0.137 0.120 0.134 0.072 0.070 0.045 0.023 63 A 0.014 0.020 0.054 0.063 0.073 0.111 0.179 0.146 0.156 0.115 0.070 64 F 0.021 0.022 0.042 0.060 0.062 0.081 0.163 0.142 0.169 0.146 0.092 65 F 0.015 0.021 0.052 0.061 0.064 0.081 0.138 0.134 0.173 0.159 0.102 66 D 0.020 0.049 0.101 0.137 0.161 0.136 0.166 0.102 0.068 0.040 0.019 67 L 0.016 0.025 0.045 0.046 0.045 0.058 0.142 0.145 0.181 0.181 0.118 68 C 0.013 0.012 0.024 0.044 0.060 0.120 0.202 0.165 0.157 0.127 0.076 69 E 0.170 0.191 0.240 0.220 0.096 0.032 0.022 0.013 0.009 0.006 0.002 70 V 0.018 0.013 0.029 0.047 0.050 0.103 0.197 0.143 0.169 0.135 0.096 71 G 0.033 0.031 0.060 0.082 0.088 0.082 0.140 0.095 0.158 0.130 0.101 72 K 0.009 0.025 0.096 0.133 0.175 0.162 0.194 0.087 0.070 0.033 0.015 73 Q 0.010 0.021 0.133 0.083 0.097 0.117 0.180 0.127 0.114 0.072 0.045 74 V 0.006 0.010 0.041 0.035 0.039 0.067 0.174 0.165 0.205 0.170 0.087 75 M 0.009 0.016 0.048 0.053 0.054 0.073 0.161 0.165 0.181 0.136 0.104 76 L 0.007 0.013 0.054 0.055 0.068 0.087 0.170 0.149 0.171 0.141 0.084 77 G 0.050 0.053 0.115 0.133 0.139 0.106 0.154 0.095 0.081 0.050 0.024 78 L 0.018 0.021 0.033 0.049 0.049 0.077 0.169 0.148 0.177 0.153 0.106 79 L 0.019 0.019 0.023 0.045 0.045 0.080 0.144 0.147 0.187 0.159 0.132 80 G 0.189 0.188 0.120 0.182 0.125 0.059 0.052 0.034 0.025 0.018 0.009 81 K 0.104 0.096 0.062 0.137 0.145 0.126 0.139 0.080 0.056 0.037 0.018 82 E 0.103 0.081 0.049 0.112 0.098 0.079 0.131 0.104 0.108 0.087 0.049 83 V 0.044 0.040 0.040 0.087 0.094 0.119 0.201 0.144 0.115 0.075 0.041 84 A 0.178 0.245 0.155 0.154 0.080 0.056 0.055 0.030 0.022 0.017 0.006 85 L 0.039 0.064 0.033 0.102 0.113 0.187 0.220 0.109 0.069 0.042 0.022 86 P 0.679 0.149 0.055 0.053 0.023 0.013 0.011 0.008 0.005 0.003 0.002 87 K 0.576 0.194 0.067 0.086 0.040 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 88 E 0.164 0.100 0.073 0.108 0.103 0.113 0.134 0.091 0.058 0.036 0.019 89 E 0.086 0.085 0.116 0.170 0.163 0.149 0.135 0.050 0.028 0.014 0.005 90 Q 0.064 0.052 0.285 0.171 0.122 0.130 0.097 0.042 0.022 0.011 0.004 91 A 0.024 0.035 0.170 0.151 0.155 0.173 0.162 0.064 0.038 0.021 0.008 92 F 0.004 0.007 0.036 0.033 0.049 0.081 0.188 0.180 0.193 0.142 0.087 93 W 0.003 0.007 0.070 0.039 0.064 0.084 0.181 0.175 0.176 0.132 0.069 94 I 0.003 0.012 0.172 0.088 0.103 0.129 0.197 0.107 0.096 0.067 0.027 95 M 0.002 0.005 0.042 0.024 0.027 0.060 0.157 0.156 0.222 0.190 0.116 96 Y 0.002 0.004 0.019 0.018 0.021 0.042 0.137 0.174 0.242 0.197 0.144 97 A 0.004 0.009 0.045 0.044 0.044 0.079 0.155 0.144 0.203 0.163 0.109 98 V 0.007 0.013 0.069 0.053 0.063 0.108 0.218 0.169 0.138 0.100 0.063 99 H 0.011 0.025 0.075 0.077 0.071 0.095 0.193 0.152 0.132 0.113 0.057 100 L 0.002 0.004 0.012 0.013 0.013 0.036 0.093 0.133 0.223 0.267 0.204 101 S 0.040 0.075 0.147 0.233 0.207 0.112 0.095 0.039 0.027 0.019 0.007 102 A 0.082 0.083 0.149 0.208 0.162 0.115 0.107 0.041 0.029 0.017 0.008 103 A 0.025 0.028 0.060 0.070 0.076 0.097 0.167 0.134 0.140 0.120 0.082 104 C 0.008 0.022 0.038 0.039 0.035 0.048 0.139 0.162 0.191 0.181 0.137 105 A 0.007 0.026 0.098 0.113 0.115 0.139 0.163 0.111 0.096 0.087 0.045 106 E 0.170 0.123 0.290 0.233 0.110 0.033 0.021 0.009 0.005 0.004 0.001 107 E 0.133 0.089 0.075 0.214 0.174 0.133 0.109 0.035 0.022 0.012 0.005 108 L 0.048 0.027 0.025 0.038 0.038 0.062 0.136 0.132 0.185 0.165 0.143 109 H 0.091 0.183 0.113 0.194 0.152 0.097 0.091 0.037 0.024 0.013 0.006 110 M 0.052 0.050 0.104 0.089 0.078 0.089 0.136 0.117 0.125 0.095 0.065 111 E 0.325 0.198 0.115 0.161 0.094 0.039 0.031 0.015 0.011 0.008 0.003 112 V 0.179 0.131 0.058 0.129 0.104 0.114 0.121 0.069 0.049 0.030 0.017 113 A 0.112 0.081 0.051 0.131 0.119 0.116 0.120 0.083 0.080 0.064 0.043 114 M 0.104 0.084 0.073 0.113 0.120 0.129 0.156 0.090 0.067 0.042 0.022 115 S 0.106 0.173 0.151 0.228 0.147 0.067 0.061 0.030 0.020 0.012 0.005 116 L 0.027 0.016 0.025 0.042 0.044 0.080 0.144 0.126 0.198 0.173 0.125 117 R 0.065 0.093 0.101 0.215 0.182 0.127 0.109 0.044 0.034 0.021 0.010 118 K 0.031 0.078 0.121 0.242 0.177 0.130 0.101 0.045 0.039 0.025 0.011 119 L 0.017 0.017 0.038 0.044 0.061 0.081 0.176 0.179 0.170 0.125 0.092 120 N 0.042 0.102 0.127 0.268 0.225 0.080 0.074 0.037 0.024 0.014 0.005 121 V 0.014 0.015 0.059 0.052 0.045 0.076 0.139 0.103 0.192 0.185 0.121 122 K 0.039 0.071 0.103 0.300 0.298 0.075 0.066 0.021 0.016 0.007 0.003 123 L 0.017 0.025 0.042 0.053 0.049 0.076 0.142 0.112 0.202 0.163 0.118 124 K 0.053 0.067 0.107 0.254 0.263 0.089 0.082 0.035 0.027 0.016 0.007 125 D 0.062 0.097 0.098 0.126 0.107 0.103 0.162 0.103 0.079 0.040 0.023 126 F 0.038 0.034 0.048 0.091 0.099 0.112 0.171 0.130 0.129 0.097 0.051 127 N 0.296 0.187 0.106 0.154 0.101 0.052 0.050 0.026 0.017 0.009 0.004 128 F 0.085 0.060 0.047 0.094 0.093 0.111 0.143 0.111 0.113 0.088 0.056 129 G 0.252 0.198 0.062 0.141 0.117 0.069 0.064 0.036 0.031 0.020 0.011 130 G 0.159 0.099 0.046 0.102 0.110 0.082 0.130 0.099 0.087 0.052 0.035 131 T 0.089 0.081 0.062 0.154 0.153 0.114 0.112 0.074 0.075 0.054 0.032 132 R 0.043 0.047 0.049 0.123 0.119 0.121 0.171 0.112 0.110 0.065 0.041 133 Y 0.029 0.045 0.048 0.137 0.126 0.111 0.163 0.113 0.113 0.072 0.045 134 F 0.018 0.021 0.030 0.057 0.056 0.079 0.142 0.126 0.192 0.157 0.123 135 K 0.062 0.076 0.093 0.204 0.218 0.108 0.108 0.054 0.041 0.027 0.011 136 D 0.077 0.072 0.080 0.133 0.120 0.102 0.149 0.101 0.082 0.059 0.026 137 M 0.062 0.062 0.051 0.088 0.103 0.108 0.176 0.139 0.102 0.074 0.035 138 P 0.235 0.327 0.091 0.106 0.072 0.044 0.060 0.030 0.018 0.014 0.004 139 P 0.270 0.122 0.077 0.117 0.110 0.102 0.103 0.061 0.021 0.012 0.004 140 E 0.699 0.157 0.084 0.037 0.010 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 141 E 0.109 0.127 0.079 0.133 0.098 0.173 0.185 0.060 0.022 0.011 0.003 142 K 0.330 0.091 0.222 0.097 0.053 0.067 0.072 0.039 0.015 0.010 0.003 143 K 0.234 0.046 0.488 0.129 0.039 0.038 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 144 R 0.017 0.029 0.429 0.104 0.082 0.120 0.139 0.045 0.020 0.012 0.003 145 R 0.012 0.033 0.248 0.085 0.110 0.162 0.241 0.059 0.029 0.016 0.004 146 M 0.050 0.018 0.698 0.074 0.052 0.052 0.040 0.011 0.004 0.002 0.001 147 E 0.089 0.023 0.797 0.053 0.018 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 148 R 0.013 0.029 0.179 0.065 0.076 0.166 0.298 0.079 0.054 0.032 0.011 149 K 0.022 0.034 0.258 0.123 0.168 0.131 0.169 0.051 0.026 0.013 0.004 150 Q 0.118 0.029 0.733 0.055 0.031 0.016 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 151 R 0.055 0.079 0.580 0.119 0.063 0.050 0.039 0.008 0.004 0.002 0.001 152 I 0.008 0.009 0.028 0.020 0.028 0.112 0.346 0.163 0.154 0.085 0.049 153 E 0.085 0.045 0.382 0.166 0.124 0.085 0.070 0.025 0.012 0.007 0.002 154 E 0.034 0.034 0.674 0.142 0.066 0.029 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 155 A 0.009 0.012 0.086 0.042 0.058 0.111 0.263 0.160 0.127 0.080 0.053 156 R 0.016 0.024 0.126 0.094 0.133 0.127 0.235 0.100 0.078 0.048 0.020 157 R 0.013 0.025 0.458 0.144 0.157 0.078 0.069 0.027 0.016 0.010 0.003 158 H 0.073 0.061 0.348 0.169 0.168 0.072 0.069 0.023 0.011 0.005 0.002 159 G 0.296 0.114 0.081 0.070 0.059 0.088 0.137 0.064 0.048 0.029 0.014 160 M 0.299 0.194 0.065 0.108 0.088 0.069 0.076 0.042 0.031 0.018 0.010 161 P 0.563 0.150 0.062 0.065 0.047 0.032 0.034 0.022 0.015 0.007 0.004