# TARGET T0561 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0561.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.79724 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.039 0.025 0.003 0.021 0.042 0.098 0.080 0.001 0.001 0.003 0.687 2 E 0.017 0.017 0.001 0.012 0.020 0.043 0.083 0.001 0.001 0.002 0.805 3 K 0.036 0.029 0.001 0.010 0.015 0.040 0.085 0.001 0.001 0.002 0.780 4 K 0.114 0.097 0.002 0.017 0.023 0.043 0.061 0.002 0.001 0.003 0.638 5 K 0.120 0.156 0.003 0.016 0.024 0.033 0.087 0.004 0.001 0.003 0.554 6 Y 0.191 0.246 0.009 0.018 0.025 0.039 0.051 0.006 0.001 0.003 0.414 7 L 0.152 0.290 0.012 0.024 0.020 0.044 0.059 0.006 0.001 0.003 0.390 8 D 0.030 0.135 0.005 0.010 0.007 0.017 0.095 0.003 0.001 0.002 0.696 9 S 0.022 0.129 0.003 0.009 0.004 0.011 0.069 0.002 0.001 0.002 0.749 10 E 0.061 0.239 0.004 0.004 0.003 0.005 0.241 0.002 0.001 0.005 0.437 11 F 0.194 0.472 0.009 0.004 0.001 0.003 0.106 0.003 0.001 0.005 0.202 12 L 0.051 0.854 0.012 0.003 0.001 0.004 0.008 0.003 0.001 0.001 0.064 13 L 0.016 0.890 0.005 0.003 0.003 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.071 14 H 0.042 0.813 0.002 0.002 0.002 0.003 0.004 0.013 0.001 0.001 0.119 15 C 0.122 0.754 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.033 0.001 0.001 0.078 16 I 0.088 0.759 0.029 0.003 0.001 0.002 0.011 0.022 0.001 0.001 0.084 17 S 0.049 0.684 0.035 0.012 0.002 0.006 0.017 0.013 0.001 0.001 0.181 18 A 0.019 0.360 0.007 0.005 0.001 0.002 0.013 0.006 0.001 0.003 0.584 19 Q 0.049 0.356 0.012 0.004 0.001 0.002 0.240 0.005 0.001 0.003 0.329 20 L 0.143 0.660 0.010 0.003 0.001 0.001 0.064 0.005 0.001 0.001 0.113 21 L 0.013 0.931 0.005 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.040 22 D 0.008 0.904 0.003 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.071 23 M 0.016 0.929 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.044 24 W 0.010 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.025 25 K 0.014 0.947 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.029 26 Q 0.018 0.929 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.041 27 A 0.044 0.894 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.039 28 R 0.021 0.926 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.036 29 A 0.015 0.879 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.086 30 R 0.030 0.877 0.003 0.001 0.003 0.002 0.006 0.006 0.001 0.001 0.071 31 W 0.036 0.897 0.006 0.002 0.002 0.003 0.005 0.005 0.001 0.001 0.044 32 L 0.021 0.912 0.006 0.004 0.008 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.033 33 E 0.014 0.894 0.004 0.006 0.015 0.009 0.007 0.003 0.001 0.001 0.048 34 L 0.024 0.871 0.003 0.005 0.011 0.008 0.006 0.006 0.001 0.001 0.066 35 V 0.033 0.844 0.006 0.006 0.008 0.016 0.012 0.009 0.001 0.001 0.065 36 G 0.052 0.743 0.014 0.012 0.012 0.020 0.014 0.008 0.001 0.001 0.125 37 K 0.028 0.498 0.017 0.005 0.005 0.007 0.028 0.007 0.001 0.001 0.405 38 E 0.071 0.440 0.017 0.006 0.003 0.005 0.080 0.007 0.001 0.002 0.369 39 W 0.040 0.777 0.010 0.004 0.002 0.004 0.016 0.003 0.001 0.001 0.144 40 A 0.013 0.870 0.004 0.003 0.005 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.088 41 H 0.025 0.885 0.002 0.001 0.002 0.003 0.008 0.003 0.001 0.001 0.071 42 M 0.058 0.902 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.027 43 L 0.038 0.916 0.004 0.001 0.004 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 0.022 44 A 0.054 0.830 0.011 0.002 0.010 0.007 0.004 0.031 0.001 0.001 0.050 45 L 0.192 0.577 0.018 0.004 0.006 0.009 0.009 0.087 0.001 0.001 0.098 46 N 0.233 0.468 0.023 0.010 0.012 0.018 0.021 0.074 0.001 0.002 0.139 47 P 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.984 48 E 0.006 0.006 0.022 0.007 0.003 0.005 0.630 0.001 0.001 0.004 0.316 49 R 0.511 0.019 0.003 0.011 0.003 0.005 0.228 0.002 0.001 0.030 0.188 50 K 0.129 0.166 0.008 0.024 0.010 0.015 0.085 0.004 0.001 0.005 0.553 51 D 0.034 0.053 0.009 0.055 0.025 0.028 0.125 0.002 0.001 0.009 0.659 52 F 0.137 0.080 0.012 0.080 0.063 0.073 0.071 0.004 0.001 0.006 0.475 53 L 0.093 0.115 0.004 0.088 0.161 0.184 0.104 0.003 0.001 0.006 0.241 54 W 0.055 0.137 0.004 0.082 0.117 0.132 0.072 0.005 0.001 0.002 0.392 55 K 0.068 0.146 0.004 0.132 0.114 0.212 0.060 0.005 0.001 0.003 0.255 56 N 0.087 0.080 0.007 0.070 0.057 0.090 0.100 0.011 0.001 0.007 0.492 57 Q 0.167 0.053 0.025 0.072 0.023 0.072 0.124 0.005 0.001 0.010 0.448 58 S 0.053 0.038 0.013 0.041 0.011 0.018 0.302 0.003 0.001 0.014 0.508 59 E 0.066 0.036 0.007 0.023 0.006 0.011 0.253 0.003 0.001 0.018 0.576 60 M 0.124 0.169 0.019 0.029 0.007 0.021 0.283 0.004 0.001 0.009 0.336 61 N 0.130 0.301 0.007 0.025 0.007 0.023 0.150 0.006 0.001 0.011 0.339 62 S 0.119 0.438 0.021 0.018 0.006 0.009 0.049 0.005 0.001 0.010 0.325 63 A 0.061 0.565 0.020 0.021 0.016 0.015 0.094 0.006 0.001 0.005 0.197 64 F 0.075 0.622 0.009 0.015 0.008 0.017 0.063 0.008 0.001 0.002 0.182 65 F 0.044 0.765 0.005 0.012 0.006 0.012 0.013 0.006 0.001 0.001 0.137 66 D 0.042 0.711 0.010 0.013 0.009 0.013 0.033 0.008 0.001 0.002 0.159 67 L 0.045 0.786 0.016 0.013 0.005 0.008 0.021 0.006 0.001 0.001 0.099 68 C 0.042 0.689 0.006 0.010 0.004 0.011 0.027 0.005 0.001 0.001 0.204 69 E 0.042 0.705 0.010 0.004 0.003 0.004 0.034 0.004 0.001 0.001 0.191 70 V 0.023 0.749 0.007 0.003 0.001 0.003 0.017 0.005 0.001 0.001 0.193 71 G 0.017 0.849 0.005 0.002 0.001 0.003 0.010 0.004 0.001 0.001 0.109 72 K 0.018 0.892 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.076 73 Q 0.019 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.036 74 V 0.022 0.958 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 75 M 0.008 0.974 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 76 L 0.013 0.939 0.003 0.002 0.004 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 0.028 77 G 0.065 0.792 0.003 0.004 0.006 0.006 0.003 0.039 0.001 0.001 0.082 78 L 0.087 0.791 0.013 0.008 0.011 0.007 0.007 0.027 0.001 0.001 0.049 79 L 0.058 0.598 0.027 0.021 0.023 0.028 0.030 0.025 0.001 0.001 0.189 80 G 0.128 0.179 0.034 0.030 0.019 0.049 0.052 0.028 0.001 0.010 0.470 81 K 0.233 0.073 0.066 0.030 0.014 0.017 0.062 0.011 0.001 0.006 0.488 82 E 0.031 0.016 0.008 0.011 0.008 0.009 0.104 0.003 0.001 0.002 0.807 83 V 0.069 0.029 0.009 0.023 0.028 0.045 0.059 0.002 0.001 0.002 0.734 84 A 0.048 0.021 0.003 0.020 0.013 0.038 0.048 0.002 0.001 0.002 0.803 85 L 0.130 0.018 0.005 0.028 0.035 0.067 0.074 0.002 0.001 0.002 0.637 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.995 87 K 0.003 0.002 0.001 0.003 0.004 0.012 0.081 0.001 0.001 0.001 0.895 88 E 0.075 0.025 0.001 0.006 0.006 0.010 0.130 0.001 0.001 0.004 0.744 89 E 0.145 0.127 0.001 0.005 0.009 0.018 0.139 0.001 0.001 0.005 0.550 90 Q 0.197 0.425 0.002 0.006 0.014 0.018 0.076 0.001 0.001 0.004 0.257 91 A 0.064 0.588 0.003 0.005 0.018 0.017 0.039 0.002 0.001 0.002 0.263 92 F 0.041 0.676 0.006 0.007 0.023 0.028 0.026 0.002 0.001 0.001 0.188 93 W 0.017 0.798 0.002 0.007 0.025 0.025 0.017 0.002 0.001 0.001 0.106 94 I 0.008 0.879 0.001 0.004 0.016 0.017 0.008 0.001 0.001 0.001 0.066 95 M 0.005 0.942 0.001 0.003 0.007 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.030 96 Y 0.005 0.955 0.001 0.003 0.007 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 97 A 0.009 0.953 0.001 0.003 0.004 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.023 98 V 0.017 0.932 0.002 0.002 0.004 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.035 99 H 0.052 0.873 0.005 0.002 0.002 0.002 0.004 0.014 0.001 0.001 0.044 100 L 0.057 0.851 0.017 0.003 0.001 0.003 0.002 0.016 0.001 0.001 0.049 101 S 0.037 0.765 0.023 0.007 0.003 0.005 0.009 0.012 0.001 0.001 0.138 102 A 0.087 0.590 0.033 0.008 0.002 0.003 0.019 0.014 0.001 0.002 0.243 103 A 0.078 0.704 0.022 0.006 0.002 0.003 0.032 0.009 0.001 0.001 0.143 104 C 0.073 0.687 0.018 0.006 0.003 0.005 0.030 0.009 0.001 0.001 0.168 105 A 0.047 0.770 0.015 0.007 0.004 0.008 0.016 0.007 0.001 0.001 0.125 106 E 0.053 0.717 0.005 0.005 0.006 0.008 0.017 0.013 0.001 0.001 0.175 107 E 0.168 0.591 0.008 0.004 0.003 0.005 0.022 0.026 0.001 0.001 0.172 108 L 0.186 0.628 0.021 0.006 0.005 0.006 0.019 0.024 0.001 0.001 0.105 109 H 0.152 0.432 0.065 0.014 0.007 0.012 0.029 0.034 0.001 0.004 0.250 110 M 0.130 0.250 0.069 0.026 0.011 0.024 0.044 0.016 0.001 0.003 0.427 111 E 0.021 0.045 0.005 0.007 0.003 0.005 0.061 0.005 0.001 0.002 0.846 112 V 0.029 0.048 0.004 0.011 0.006 0.012 0.096 0.003 0.001 0.002 0.788 113 A 0.085 0.238 0.009 0.029 0.015 0.029 0.111 0.004 0.001 0.003 0.478 114 M 0.095 0.253 0.005 0.026 0.025 0.030 0.056 0.003 0.001 0.005 0.502 115 S 0.078 0.367 0.006 0.022 0.026 0.043 0.049 0.007 0.001 0.003 0.399 116 L 0.132 0.378 0.007 0.037 0.030 0.049 0.020 0.006 0.001 0.002 0.339 117 R 0.047 0.438 0.004 0.031 0.124 0.077 0.065 0.006 0.001 0.004 0.205 118 K 0.220 0.211 0.006 0.027 0.046 0.052 0.119 0.015 0.001 0.005 0.299 119 L 0.222 0.307 0.012 0.053 0.077 0.098 0.039 0.015 0.001 0.003 0.173 120 N 0.120 0.075 0.015 0.133 0.119 0.149 0.062 0.013 0.001 0.016 0.297 121 V 0.032 0.031 0.093 0.120 0.162 0.107 0.048 0.004 0.001 0.003 0.400 122 K 0.010 0.008 0.002 0.248 0.120 0.195 0.127 0.002 0.001 0.003 0.283 123 L 0.030 0.011 0.002 0.108 0.103 0.200 0.047 0.001 0.001 0.001 0.496 124 K 0.012 0.019 0.001 0.259 0.120 0.208 0.072 0.001 0.001 0.004 0.304 125 D 0.064 0.009 0.002 0.073 0.045 0.063 0.262 0.002 0.001 0.005 0.475 126 F 0.394 0.019 0.003 0.124 0.063 0.126 0.056 0.001 0.001 0.009 0.204 127 N 0.029 0.013 0.006 0.055 0.024 0.028 0.477 0.002 0.001 0.012 0.354 128 F 0.097 0.024 0.008 0.069 0.050 0.068 0.169 0.003 0.001 0.028 0.484 129 G 0.066 0.022 0.006 0.034 0.028 0.067 0.213 0.004 0.001 0.019 0.541 130 G 0.110 0.013 0.013 0.050 0.032 0.053 0.218 0.005 0.001 0.013 0.494 131 T 0.139 0.028 0.021 0.063 0.071 0.141 0.097 0.001 0.001 0.006 0.433 132 R 0.039 0.032 0.004 0.090 0.211 0.278 0.073 0.001 0.001 0.010 0.262 133 Y 0.024 0.051 0.004 0.076 0.093 0.167 0.129 0.003 0.001 0.003 0.450 134 F 0.057 0.092 0.001 0.073 0.195 0.361 0.027 0.001 0.001 0.003 0.189 135 K 0.036 0.147 0.001 0.027 0.102 0.133 0.122 0.003 0.001 0.003 0.425 136 D 0.189 0.099 0.007 0.015 0.033 0.090 0.098 0.011 0.001 0.007 0.450 137 M 0.572 0.022 0.009 0.010 0.013 0.044 0.033 0.002 0.001 0.004 0.290 138 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 0.001 0.958 139 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.994 140 E 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.043 0.001 0.001 0.001 0.935 141 E 0.219 0.049 0.001 0.001 0.002 0.005 0.197 0.001 0.001 0.004 0.523 142 K 0.219 0.553 0.001 0.002 0.003 0.007 0.016 0.001 0.001 0.001 0.197 143 K 0.021 0.794 0.001 0.001 0.004 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.168 144 R 0.016 0.825 0.001 0.001 0.006 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.136 145 R 0.025 0.875 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.086 146 M 0.021 0.914 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.054 147 E 0.017 0.867 0.002 0.001 0.004 0.003 0.009 0.004 0.001 0.001 0.094 148 R 0.031 0.882 0.002 0.001 0.003 0.003 0.005 0.006 0.001 0.001 0.066 149 K 0.056 0.834 0.004 0.002 0.002 0.003 0.004 0.008 0.001 0.001 0.089 150 Q 0.055 0.749 0.015 0.002 0.004 0.003 0.019 0.006 0.001 0.001 0.146 151 R 0.051 0.658 0.015 0.003 0.003 0.004 0.025 0.009 0.001 0.001 0.231 152 I 0.033 0.788 0.010 0.007 0.002 0.006 0.008 0.004 0.001 0.001 0.141 153 E 0.009 0.825 0.003 0.004 0.005 0.004 0.016 0.001 0.001 0.001 0.130 154 E 0.016 0.783 0.002 0.002 0.003 0.003 0.021 0.003 0.001 0.001 0.167 155 A 0.031 0.918 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.038 156 R 0.026 0.920 0.003 0.002 0.005 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.033 157 R 0.072 0.816 0.006 0.003 0.006 0.003 0.005 0.015 0.001 0.001 0.075 158 H 0.230 0.515 0.006 0.003 0.002 0.004 0.003 0.089 0.001 0.001 0.147 159 G 0.380 0.192 0.047 0.009 0.003 0.008 0.007 0.084 0.001 0.002 0.267 160 M 0.136 0.034 0.214 0.022 0.008 0.008 0.058 0.015 0.001 0.001 0.503 161 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.992