# TARGET T0561 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0561.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.79724 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.014 0.005 0.012 0.013 0.024 0.032 0.001 0.898 2 E 0.016 0.015 0.013 0.025 0.051 0.125 0.003 0.752 3 K 0.054 0.030 0.014 0.014 0.040 0.107 0.006 0.735 4 K 0.097 0.152 0.023 0.028 0.042 0.123 0.010 0.525 5 K 0.197 0.190 0.026 0.028 0.028 0.109 0.024 0.398 6 Y 0.232 0.205 0.043 0.028 0.039 0.066 0.017 0.370 7 L 0.146 0.256 0.061 0.057 0.104 0.075 0.012 0.288 8 D 0.045 0.147 0.027 0.024 0.063 0.077 0.010 0.606 9 S 0.050 0.126 0.019 0.010 0.035 0.067 0.012 0.682 10 E 0.063 0.215 0.011 0.007 0.011 0.161 0.012 0.519 11 F 0.094 0.385 0.009 0.006 0.009 0.110 0.015 0.371 12 L 0.064 0.686 0.016 0.008 0.017 0.046 0.009 0.154 13 L 0.027 0.814 0.013 0.006 0.014 0.021 0.004 0.100 14 H 0.067 0.762 0.007 0.006 0.007 0.020 0.015 0.116 15 C 0.119 0.743 0.015 0.006 0.006 0.014 0.018 0.079 16 I 0.052 0.789 0.019 0.009 0.010 0.017 0.012 0.092 17 S 0.055 0.515 0.037 0.010 0.023 0.044 0.021 0.294 18 A 0.037 0.437 0.018 0.004 0.010 0.032 0.009 0.453 19 Q 0.037 0.472 0.007 0.002 0.003 0.124 0.011 0.344 20 L 0.059 0.729 0.005 0.002 0.003 0.048 0.009 0.146 21 L 0.011 0.948 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.029 22 D 0.008 0.946 0.003 0.002 0.001 0.004 0.003 0.033 23 M 0.020 0.931 0.006 0.002 0.002 0.004 0.005 0.030 24 W 0.011 0.964 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.014 25 K 0.012 0.939 0.004 0.002 0.003 0.008 0.004 0.026 26 Q 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 27 A 0.011 0.954 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.022 28 R 0.017 0.943 0.003 0.001 0.001 0.004 0.006 0.024 29 A 0.008 0.948 0.004 0.002 0.001 0.004 0.004 0.029 30 R 0.022 0.899 0.004 0.003 0.003 0.009 0.009 0.052 31 W 0.015 0.937 0.006 0.003 0.004 0.006 0.004 0.025 32 L 0.011 0.931 0.006 0.008 0.010 0.007 0.004 0.024 33 E 0.011 0.939 0.006 0.007 0.006 0.004 0.003 0.024 34 L 0.023 0.906 0.007 0.010 0.010 0.005 0.007 0.032 35 V 0.045 0.841 0.010 0.015 0.015 0.007 0.012 0.055 36 G 0.047 0.689 0.025 0.019 0.025 0.018 0.021 0.157 37 K 0.048 0.570 0.022 0.015 0.020 0.035 0.016 0.273 38 E 0.052 0.467 0.008 0.007 0.011 0.060 0.017 0.378 39 W 0.037 0.680 0.013 0.008 0.013 0.035 0.009 0.205 40 A 0.025 0.720 0.011 0.008 0.012 0.049 0.009 0.166 41 H 0.031 0.800 0.006 0.005 0.005 0.021 0.008 0.123 42 M 0.038 0.878 0.006 0.004 0.006 0.010 0.005 0.053 43 L 0.021 0.913 0.006 0.006 0.007 0.007 0.007 0.033 44 A 0.091 0.733 0.015 0.013 0.019 0.016 0.026 0.088 45 L 0.111 0.638 0.032 0.016 0.021 0.014 0.055 0.112 46 N 0.203 0.285 0.020 0.034 0.029 0.037 0.032 0.359 47 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 48 E 0.013 0.006 0.005 0.013 0.033 0.703 0.006 0.220 49 R 0.726 0.013 0.009 0.004 0.008 0.089 0.010 0.141 50 K 0.074 0.207 0.029 0.041 0.035 0.090 0.006 0.517 51 D 0.049 0.061 0.048 0.029 0.040 0.086 0.008 0.679 52 F 0.187 0.098 0.098 0.092 0.139 0.082 0.014 0.290 53 L 0.101 0.110 0.078 0.133 0.303 0.069 0.012 0.194 54 W 0.054 0.110 0.132 0.172 0.264 0.039 0.012 0.217 55 K 0.105 0.081 0.116 0.096 0.147 0.146 0.021 0.287 56 N 0.095 0.074 0.075 0.065 0.082 0.086 0.026 0.497 57 Q 0.089 0.038 0.081 0.024 0.057 0.085 0.016 0.611 58 S 0.026 0.019 0.020 0.008 0.018 0.504 0.009 0.395 59 E 0.124 0.055 0.014 0.009 0.019 0.316 0.016 0.448 60 M 0.128 0.222 0.019 0.008 0.016 0.333 0.010 0.264 61 N 0.118 0.209 0.019 0.010 0.017 0.272 0.024 0.333 62 S 0.062 0.591 0.026 0.011 0.016 0.039 0.007 0.248 63 A 0.043 0.521 0.013 0.013 0.029 0.149 0.012 0.219 64 F 0.101 0.604 0.017 0.015 0.029 0.092 0.014 0.128 65 F 0.024 0.885 0.010 0.008 0.011 0.011 0.003 0.047 66 D 0.015 0.878 0.009 0.011 0.009 0.013 0.006 0.059 67 L 0.028 0.855 0.019 0.008 0.015 0.016 0.009 0.051 68 C 0.027 0.896 0.005 0.008 0.010 0.017 0.006 0.031 69 E 0.041 0.821 0.010 0.007 0.009 0.044 0.011 0.056 70 V 0.017 0.930 0.003 0.003 0.002 0.007 0.003 0.035 71 G 0.019 0.911 0.006 0.003 0.005 0.011 0.006 0.039 72 K 0.016 0.907 0.005 0.004 0.004 0.009 0.006 0.049 73 Q 0.007 0.959 0.004 0.002 0.002 0.002 0.003 0.021 74 V 0.008 0.952 0.006 0.003 0.004 0.003 0.005 0.019 75 M 0.012 0.932 0.009 0.006 0.009 0.003 0.007 0.022 76 L 0.021 0.840 0.020 0.013 0.017 0.007 0.012 0.071 77 G 0.183 0.550 0.020 0.022 0.018 0.012 0.067 0.127 78 L 0.136 0.500 0.111 0.029 0.021 0.023 0.048 0.132 79 L 0.118 0.236 0.082 0.057 0.078 0.080 0.059 0.290 80 G 0.168 0.076 0.080 0.042 0.053 0.071 0.037 0.473 81 K 0.127 0.060 0.097 0.050 0.043 0.098 0.025 0.500 82 E 0.084 0.041 0.061 0.029 0.041 0.102 0.015 0.627 83 V 0.073 0.038 0.073 0.062 0.106 0.064 0.012 0.572 84 A 0.021 0.024 0.041 0.056 0.069 0.058 0.012 0.718 85 L 0.066 0.016 0.034 0.059 0.085 0.082 0.006 0.651 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 87 K 0.004 0.004 0.003 0.008 0.031 0.095 0.001 0.854 88 E 0.158 0.018 0.004 0.004 0.008 0.152 0.008 0.648 89 E 0.217 0.165 0.005 0.009 0.012 0.103 0.009 0.480 90 Q 0.234 0.327 0.012 0.013 0.015 0.065 0.010 0.323 91 A 0.073 0.379 0.021 0.016 0.016 0.063 0.010 0.422 92 F 0.071 0.530 0.029 0.043 0.047 0.043 0.014 0.224 93 W 0.051 0.588 0.041 0.043 0.067 0.039 0.007 0.165 94 I 0.015 0.686 0.027 0.049 0.063 0.030 0.005 0.125 95 M 0.009 0.819 0.023 0.034 0.041 0.013 0.003 0.057 96 Y 0.005 0.883 0.012 0.025 0.028 0.009 0.003 0.034 97 A 0.012 0.895 0.011 0.014 0.024 0.007 0.004 0.034 98 V 0.023 0.872 0.010 0.012 0.016 0.011 0.008 0.049 99 H 0.043 0.872 0.005 0.009 0.008 0.009 0.012 0.042 100 L 0.046 0.865 0.014 0.006 0.012 0.006 0.011 0.039 101 S 0.030 0.826 0.008 0.006 0.012 0.017 0.014 0.087 102 A 0.077 0.723 0.011 0.005 0.007 0.018 0.022 0.138 103 A 0.076 0.782 0.008 0.003 0.003 0.027 0.018 0.083 104 C 0.110 0.700 0.016 0.005 0.007 0.027 0.027 0.108 105 A 0.060 0.776 0.025 0.006 0.012 0.016 0.009 0.095 106 E 0.054 0.658 0.020 0.008 0.012 0.038 0.022 0.189 107 E 0.151 0.557 0.025 0.007 0.009 0.039 0.033 0.180 108 L 0.074 0.748 0.025 0.008 0.009 0.020 0.014 0.103 109 H 0.112 0.460 0.043 0.020 0.023 0.060 0.037 0.246 110 M 0.158 0.320 0.094 0.023 0.034 0.049 0.027 0.296 111 E 0.070 0.240 0.034 0.017 0.030 0.088 0.015 0.506 112 V 0.050 0.206 0.031 0.013 0.021 0.083 0.015 0.580 113 A 0.073 0.509 0.027 0.021 0.033 0.076 0.014 0.247 114 M 0.083 0.419 0.035 0.033 0.039 0.070 0.021 0.300 115 S 0.102 0.407 0.025 0.035 0.040 0.074 0.022 0.295 116 L 0.196 0.358 0.048 0.041 0.088 0.056 0.023 0.190 117 R 0.087 0.479 0.027 0.081 0.069 0.059 0.030 0.169 118 K 0.106 0.178 0.059 0.056 0.088 0.094 0.032 0.387 119 L 0.089 0.290 0.083 0.249 0.164 0.030 0.016 0.079 120 N 0.158 0.049 0.096 0.173 0.225 0.051 0.043 0.204 121 V 0.023 0.022 0.328 0.276 0.187 0.020 0.008 0.135 122 K 0.015 0.016 0.200 0.227 0.289 0.061 0.007 0.184 123 L 0.029 0.006 0.158 0.129 0.313 0.067 0.004 0.295 124 K 0.009 0.011 0.289 0.237 0.261 0.061 0.003 0.130 125 D 0.013 0.012 0.131 0.085 0.156 0.076 0.008 0.518 126 F 0.068 0.019 0.231 0.083 0.142 0.066 0.017 0.373 127 N 0.045 0.010 0.069 0.043 0.064 0.490 0.015 0.264 128 F 0.114 0.017 0.067 0.040 0.070 0.165 0.026 0.500 129 G 0.090 0.021 0.050 0.027 0.043 0.188 0.013 0.567 130 G 0.037 0.027 0.084 0.044 0.050 0.185 0.018 0.555 131 T 0.075 0.026 0.044 0.051 0.112 0.160 0.010 0.522 132 R 0.027 0.028 0.033 0.078 0.127 0.096 0.003 0.607 133 Y 0.042 0.085 0.035 0.113 0.195 0.132 0.006 0.392 134 F 0.080 0.180 0.071 0.119 0.172 0.074 0.013 0.292 135 K 0.089 0.247 0.033 0.073 0.099 0.080 0.017 0.361 136 D 0.096 0.176 0.021 0.027 0.052 0.058 0.049 0.522 137 M 0.372 0.131 0.028 0.022 0.026 0.045 0.073 0.302 138 P 0.005 0.003 0.002 0.002 0.002 0.036 0.002 0.947 139 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 140 E 0.003 0.007 0.003 0.004 0.014 0.169 0.001 0.799 141 E 0.201 0.035 0.002 0.002 0.003 0.296 0.005 0.457 142 K 0.106 0.705 0.002 0.003 0.004 0.022 0.002 0.156 143 K 0.023 0.881 0.003 0.003 0.004 0.012 0.001 0.073 144 R 0.013 0.924 0.003 0.004 0.003 0.005 0.003 0.045 145 R 0.024 0.912 0.002 0.004 0.006 0.005 0.005 0.043 146 M 0.017 0.918 0.003 0.006 0.009 0.004 0.004 0.040 147 E 0.017 0.894 0.003 0.006 0.007 0.016 0.006 0.051 148 R 0.033 0.884 0.003 0.004 0.005 0.013 0.008 0.049 149 K 0.029 0.902 0.004 0.003 0.004 0.006 0.006 0.046 150 Q 0.031 0.856 0.007 0.008 0.005 0.012 0.011 0.069 151 R 0.113 0.612 0.010 0.009 0.011 0.032 0.025 0.188 152 I 0.054 0.777 0.016 0.011 0.022 0.013 0.006 0.102 153 E 0.023 0.679 0.014 0.014 0.031 0.044 0.007 0.188 154 E 0.024 0.766 0.005 0.008 0.010 0.026 0.007 0.154 155 A 0.034 0.866 0.007 0.005 0.010 0.008 0.006 0.065 156 R 0.014 0.920 0.004 0.006 0.006 0.006 0.005 0.040 157 R 0.043 0.823 0.010 0.009 0.009 0.008 0.023 0.075 158 H 0.137 0.610 0.022 0.014 0.013 0.011 0.063 0.129 159 G 0.367 0.203 0.030 0.014 0.013 0.014 0.152 0.206 160 M 0.127 0.053 0.138 0.034 0.030 0.065 0.024 0.529 161 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999