# TARGET T0561 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0561.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.79724 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.096 0.213 0.091 0.027 0.192 0.024 0.029 0.145 0.079 0.062 0.042 2 E 0.085 0.239 0.111 0.021 0.191 0.026 0.038 0.166 0.054 0.039 0.031 3 K 0.107 0.121 0.037 0.010 0.147 0.012 0.026 0.275 0.148 0.070 0.047 4 K 0.074 0.104 0.029 0.009 0.146 0.019 0.033 0.350 0.164 0.046 0.026 5 K 0.070 0.107 0.030 0.007 0.155 0.017 0.057 0.368 0.110 0.052 0.028 6 Y 0.130 0.086 0.029 0.009 0.146 0.013 0.044 0.282 0.079 0.121 0.059 7 L 0.053 0.251 0.086 0.027 0.138 0.030 0.041 0.222 0.062 0.059 0.031 8 D 0.058 0.255 0.147 0.021 0.105 0.016 0.018 0.225 0.056 0.067 0.033 9 S 0.004 0.010 0.003 0.001 0.010 0.002 0.007 0.710 0.230 0.019 0.002 10 E 0.004 0.007 0.003 0.001 0.006 0.003 0.012 0.817 0.126 0.019 0.003 11 F 0.005 0.007 0.002 0.001 0.006 0.001 0.006 0.849 0.083 0.036 0.005 12 L 0.009 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.008 0.839 0.105 0.020 0.005 13 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.769 0.202 0.008 0.001 14 H 0.004 0.007 0.003 0.001 0.007 0.004 0.044 0.776 0.119 0.032 0.003 15 C 0.015 0.024 0.012 0.002 0.025 0.004 0.060 0.653 0.108 0.085 0.011 16 I 0.041 0.123 0.041 0.009 0.061 0.010 0.030 0.338 0.109 0.195 0.042 17 S 0.038 0.112 0.040 0.005 0.082 0.005 0.009 0.535 0.122 0.036 0.017 18 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.788 0.180 0.007 0.001 19 Q 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.010 0.886 0.066 0.023 0.002 20 L 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.868 0.085 0.033 0.004 21 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.917 0.072 0.003 0.001 22 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.962 0.027 0.002 0.001 23 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.952 0.036 0.005 0.001 24 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.056 0.002 0.001 25 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.950 0.046 0.001 0.001 26 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.956 0.026 0.003 0.001 27 A 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.906 0.055 0.015 0.002 28 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.901 0.082 0.008 0.001 29 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.927 0.058 0.003 0.001 30 R 0.002 0.007 0.004 0.001 0.004 0.001 0.013 0.918 0.039 0.010 0.002 31 W 0.006 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.913 0.055 0.013 0.004 32 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.866 0.121 0.003 0.001 33 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.013 0.912 0.063 0.003 0.001 34 L 0.006 0.004 0.002 0.001 0.006 0.002 0.037 0.879 0.047 0.014 0.002 35 V 0.014 0.046 0.014 0.007 0.025 0.005 0.024 0.693 0.114 0.049 0.009 36 G 0.006 0.008 0.005 0.004 0.007 0.004 0.007 0.804 0.119 0.026 0.009 37 K 0.001 0.011 0.004 0.001 0.004 0.002 0.021 0.864 0.081 0.010 0.001 38 E 0.007 0.016 0.006 0.001 0.008 0.002 0.013 0.839 0.061 0.040 0.007 39 W 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.881 0.101 0.008 0.002 40 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.909 0.083 0.002 0.001 41 H 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.920 0.050 0.008 0.001 42 M 0.010 0.005 0.002 0.001 0.010 0.001 0.021 0.829 0.098 0.020 0.004 43 L 0.008 0.015 0.005 0.001 0.017 0.003 0.012 0.690 0.221 0.022 0.005 44 A 0.013 0.016 0.006 0.002 0.020 0.005 0.068 0.720 0.111 0.031 0.009 45 L 0.027 0.152 0.064 0.012 0.067 0.019 0.151 0.260 0.110 0.118 0.020 46 N 0.146 0.186 0.113 0.012 0.269 0.007 0.010 0.085 0.038 0.063 0.070 47 P 0.016 0.037 0.010 0.005 0.029 0.016 0.052 0.493 0.296 0.037 0.010 48 E 0.036 0.095 0.054 0.014 0.065 0.020 0.113 0.321 0.110 0.149 0.023 49 R 0.170 0.088 0.036 0.013 0.170 0.010 0.016 0.175 0.093 0.138 0.092 50 K 0.054 0.146 0.057 0.017 0.128 0.044 0.060 0.289 0.124 0.057 0.025 51 D 0.134 0.099 0.027 0.013 0.178 0.023 0.062 0.210 0.074 0.121 0.060 52 F 0.214 0.132 0.027 0.008 0.395 0.009 0.019 0.091 0.032 0.035 0.039 53 L 0.156 0.143 0.024 0.009 0.347 0.018 0.028 0.156 0.041 0.031 0.047 54 W 0.244 0.097 0.024 0.010 0.281 0.014 0.024 0.145 0.047 0.039 0.075 55 K 0.057 0.108 0.063 0.059 0.110 0.107 0.111 0.204 0.059 0.080 0.042 56 N 0.131 0.193 0.093 0.030 0.227 0.016 0.018 0.094 0.038 0.109 0.052 57 Q 0.043 0.040 0.012 0.008 0.064 0.017 0.025 0.323 0.246 0.195 0.026 58 S 0.030 0.069 0.045 0.008 0.072 0.011 0.028 0.543 0.151 0.034 0.010 59 E 0.019 0.020 0.008 0.003 0.025 0.008 0.033 0.670 0.148 0.053 0.012 60 M 0.043 0.056 0.019 0.015 0.051 0.017 0.046 0.503 0.130 0.094 0.027 61 N 0.035 0.045 0.024 0.011 0.051 0.017 0.019 0.533 0.120 0.110 0.034 62 S 0.020 0.043 0.011 0.003 0.043 0.008 0.033 0.630 0.147 0.055 0.008 63 A 0.029 0.049 0.016 0.003 0.059 0.008 0.032 0.670 0.086 0.035 0.012 64 F 0.034 0.020 0.005 0.003 0.040 0.004 0.014 0.728 0.093 0.042 0.017 65 F 0.031 0.043 0.012 0.004 0.057 0.008 0.014 0.695 0.105 0.019 0.012 66 D 0.024 0.052 0.018 0.004 0.046 0.008 0.023 0.735 0.055 0.025 0.011 67 L 0.011 0.009 0.002 0.001 0.012 0.002 0.009 0.816 0.110 0.023 0.005 68 C 0.002 0.006 0.002 0.001 0.005 0.002 0.006 0.893 0.075 0.005 0.001 69 E 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.005 0.934 0.042 0.006 0.001 70 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.959 0.033 0.002 0.001 71 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.047 0.002 0.001 72 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.027 0.001 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.966 0.025 0.001 0.001 74 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.914 0.071 0.002 0.001 75 M 0.007 0.003 0.001 0.001 0.007 0.002 0.035 0.854 0.077 0.009 0.004 76 L 0.014 0.074 0.022 0.005 0.035 0.012 0.097 0.576 0.130 0.027 0.006 77 G 0.039 0.043 0.043 0.015 0.039 0.018 0.114 0.424 0.104 0.117 0.044 78 L 0.057 0.035 0.020 0.011 0.050 0.014 0.075 0.382 0.160 0.142 0.054 79 L 0.037 0.233 0.073 0.093 0.078 0.078 0.117 0.112 0.071 0.077 0.030 80 G 0.046 0.044 0.072 0.159 0.043 0.049 0.031 0.083 0.078 0.273 0.123 81 K 0.032 0.288 0.124 0.015 0.122 0.009 0.025 0.113 0.167 0.080 0.027 82 E 0.143 0.158 0.041 0.006 0.241 0.012 0.027 0.094 0.113 0.089 0.075 83 V 0.088 0.263 0.050 0.010 0.252 0.015 0.045 0.086 0.085 0.062 0.044 84 A 0.093 0.210 0.128 0.017 0.173 0.018 0.043 0.051 0.051 0.156 0.061 85 L 0.029 0.485 0.312 0.005 0.129 0.002 0.003 0.012 0.008 0.007 0.006 86 P 0.041 0.448 0.134 0.006 0.124 0.006 0.017 0.133 0.068 0.012 0.011 87 K 0.011 0.025 0.009 0.003 0.019 0.007 0.040 0.580 0.272 0.026 0.008 88 E 0.015 0.036 0.012 0.004 0.023 0.008 0.028 0.681 0.125 0.055 0.014 89 E 0.017 0.019 0.007 0.003 0.020 0.005 0.012 0.719 0.089 0.092 0.017 90 Q 0.011 0.015 0.006 0.002 0.017 0.003 0.007 0.848 0.067 0.018 0.006 91 A 0.006 0.011 0.003 0.001 0.011 0.003 0.009 0.900 0.046 0.008 0.002 92 F 0.011 0.007 0.001 0.001 0.014 0.001 0.005 0.919 0.035 0.004 0.002 93 W 0.005 0.003 0.001 0.001 0.010 0.001 0.003 0.942 0.033 0.001 0.001 94 I 0.007 0.003 0.001 0.001 0.010 0.001 0.005 0.936 0.034 0.002 0.002 95 M 0.009 0.006 0.001 0.001 0.012 0.002 0.011 0.911 0.041 0.003 0.003 96 Y 0.010 0.010 0.002 0.001 0.014 0.002 0.019 0.860 0.069 0.009 0.004 97 A 0.017 0.007 0.002 0.001 0.017 0.002 0.013 0.789 0.130 0.013 0.009 98 V 0.013 0.026 0.008 0.002 0.026 0.010 0.082 0.698 0.106 0.020 0.009 99 H 0.058 0.064 0.022 0.004 0.066 0.007 0.063 0.529 0.078 0.075 0.033 100 L 0.030 0.043 0.011 0.006 0.040 0.009 0.024 0.522 0.217 0.073 0.026 101 S 0.016 0.043 0.022 0.007 0.032 0.013 0.031 0.653 0.148 0.027 0.008 102 A 0.006 0.009 0.003 0.001 0.008 0.003 0.020 0.698 0.198 0.048 0.005 103 A 0.015 0.022 0.008 0.003 0.022 0.005 0.035 0.701 0.115 0.063 0.011 104 C 0.031 0.035 0.011 0.004 0.034 0.005 0.016 0.616 0.132 0.092 0.024 105 A 0.011 0.012 0.004 0.002 0.016 0.007 0.016 0.690 0.203 0.033 0.006 106 E 0.006 0.020 0.009 0.002 0.015 0.007 0.038 0.734 0.143 0.021 0.003 107 E 0.023 0.012 0.006 0.003 0.026 0.006 0.029 0.617 0.144 0.116 0.018 108 L 0.056 0.127 0.028 0.009 0.114 0.015 0.054 0.402 0.103 0.066 0.027 109 H 0.061 0.043 0.024 0.014 0.061 0.024 0.045 0.265 0.095 0.296 0.071 110 M 0.050 0.275 0.113 0.012 0.151 0.010 0.022 0.229 0.073 0.047 0.018 111 E 0.072 0.151 0.052 0.011 0.147 0.022 0.042 0.348 0.094 0.032 0.027 112 V 0.045 0.079 0.024 0.009 0.081 0.017 0.049 0.478 0.140 0.058 0.021 113 A 0.104 0.037 0.011 0.007 0.099 0.010 0.020 0.468 0.116 0.072 0.057 114 M 0.049 0.139 0.055 0.012 0.136 0.026 0.034 0.390 0.099 0.043 0.019 115 S 0.109 0.136 0.041 0.012 0.157 0.012 0.037 0.346 0.053 0.056 0.042 116 L 0.132 0.045 0.009 0.006 0.120 0.008 0.014 0.436 0.147 0.045 0.038 117 R 0.019 0.049 0.018 0.007 0.063 0.026 0.058 0.613 0.124 0.016 0.007 118 K 0.208 0.043 0.013 0.005 0.168 0.009 0.038 0.338 0.088 0.050 0.042 119 L 0.088 0.200 0.052 0.015 0.258 0.036 0.066 0.170 0.052 0.036 0.026 120 N 0.278 0.064 0.015 0.012 0.238 0.014 0.037 0.101 0.038 0.071 0.131 121 V 0.148 0.238 0.038 0.004 0.474 0.005 0.009 0.037 0.015 0.013 0.018 122 K 0.171 0.216 0.033 0.008 0.413 0.012 0.033 0.049 0.009 0.012 0.045 123 L 0.368 0.086 0.019 0.012 0.232 0.010 0.011 0.078 0.049 0.030 0.105 124 K 0.032 0.093 0.052 0.054 0.082 0.169 0.140 0.226 0.087 0.044 0.022 125 D 0.190 0.099 0.042 0.017 0.273 0.012 0.025 0.078 0.052 0.153 0.060 126 F 0.164 0.159 0.057 0.017 0.276 0.026 0.026 0.088 0.062 0.072 0.053 127 N 0.143 0.122 0.102 0.041 0.183 0.054 0.075 0.100 0.044 0.084 0.052 128 F 0.086 0.141 0.070 0.062 0.134 0.048 0.080 0.144 0.091 0.099 0.044 129 G 0.037 0.092 0.095 0.190 0.057 0.069 0.049 0.135 0.078 0.165 0.033 130 G 0.048 0.105 0.069 0.050 0.088 0.017 0.023 0.248 0.136 0.176 0.039 131 T 0.095 0.113 0.041 0.013 0.173 0.010 0.013 0.299 0.156 0.048 0.037 132 R 0.036 0.076 0.029 0.006 0.085 0.023 0.043 0.487 0.169 0.033 0.013 133 Y 0.078 0.063 0.022 0.005 0.084 0.009 0.058 0.415 0.167 0.070 0.030 134 F 0.064 0.045 0.018 0.010 0.065 0.014 0.020 0.310 0.346 0.077 0.032 135 K 0.012 0.064 0.021 0.015 0.033 0.039 0.152 0.397 0.222 0.036 0.008 136 D 0.026 0.024 0.018 0.008 0.040 0.007 0.047 0.094 0.101 0.581 0.054 137 M 0.018 0.451 0.326 0.007 0.117 0.004 0.008 0.016 0.018 0.029 0.007 138 P 0.039 0.544 0.242 0.003 0.118 0.002 0.004 0.019 0.010 0.008 0.013 139 P 0.035 0.199 0.040 0.004 0.071 0.005 0.023 0.347 0.247 0.018 0.011 140 E 0.008 0.029 0.008 0.002 0.018 0.009 0.038 0.684 0.179 0.020 0.007 141 E 0.031 0.026 0.007 0.002 0.044 0.003 0.014 0.662 0.123 0.068 0.019 142 K 0.020 0.024 0.006 0.002 0.037 0.004 0.012 0.766 0.087 0.032 0.010 143 K 0.026 0.023 0.007 0.002 0.041 0.004 0.012 0.771 0.079 0.023 0.010 144 R 0.026 0.065 0.016 0.003 0.067 0.006 0.022 0.699 0.072 0.017 0.008 145 R 0.038 0.032 0.009 0.004 0.058 0.006 0.028 0.700 0.081 0.029 0.015 146 M 0.017 0.033 0.009 0.003 0.034 0.005 0.018 0.744 0.113 0.018 0.008 147 E 0.021 0.033 0.012 0.003 0.034 0.008 0.030 0.740 0.077 0.029 0.011 148 R 0.016 0.044 0.012 0.003 0.031 0.004 0.016 0.754 0.088 0.025 0.007 149 K 0.019 0.015 0.005 0.002 0.021 0.004 0.009 0.785 0.099 0.027 0.016 150 Q 0.006 0.039 0.013 0.001 0.019 0.004 0.016 0.844 0.044 0.008 0.004 151 R 0.017 0.039 0.009 0.001 0.018 0.001 0.009 0.837 0.035 0.025 0.009 152 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.900 0.090 0.002 0.001 153 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.940 0.055 0.001 0.001 154 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.934 0.044 0.005 0.001 155 A 0.011 0.005 0.002 0.001 0.010 0.002 0.029 0.828 0.078 0.027 0.007 156 R 0.012 0.027 0.008 0.001 0.025 0.003 0.012 0.655 0.226 0.024 0.007 157 R 0.022 0.037 0.011 0.004 0.034 0.018 0.173 0.495 0.134 0.048 0.025 158 H 0.028 0.196 0.143 0.031 0.074 0.040 0.244 0.110 0.049 0.066 0.019 159 G 0.078 0.094 0.070 0.036 0.084 0.018 0.029 0.045 0.043 0.372 0.130 160 M 0.087 0.305 0.146 0.026 0.196 0.012 0.015 0.059 0.046 0.062 0.048 161 P 0.080 0.234 0.111 0.026 0.169 0.029 0.045 0.129 0.096 0.045 0.037