# TARGET T0561 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0561.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.79724 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.717 0.219 0.043 0.016 0.005 0.001 0.001 2 E 0.799 0.181 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 3 K 0.574 0.262 0.122 0.037 0.005 0.001 0.001 4 K 0.431 0.304 0.208 0.049 0.008 0.001 0.001 5 K 0.331 0.480 0.145 0.039 0.005 0.001 0.001 6 Y 0.037 0.125 0.302 0.355 0.157 0.023 0.001 7 L 0.045 0.080 0.209 0.356 0.260 0.050 0.001 8 D 0.342 0.409 0.169 0.060 0.017 0.002 0.001 9 S 0.383 0.412 0.139 0.052 0.012 0.002 0.001 10 E 0.277 0.396 0.207 0.098 0.019 0.003 0.001 11 F 0.039 0.137 0.275 0.330 0.175 0.041 0.002 12 L 0.047 0.067 0.118 0.230 0.338 0.180 0.021 13 L 0.052 0.171 0.285 0.282 0.155 0.053 0.003 14 H 0.117 0.314 0.285 0.180 0.080 0.023 0.002 15 C 0.041 0.117 0.220 0.300 0.231 0.083 0.008 16 I 0.028 0.053 0.103 0.213 0.341 0.231 0.031 17 S 0.094 0.213 0.266 0.234 0.131 0.056 0.006 18 A 0.302 0.360 0.207 0.095 0.028 0.007 0.001 19 Q 0.152 0.305 0.266 0.194 0.066 0.016 0.001 20 L 0.025 0.045 0.073 0.173 0.329 0.316 0.039 21 L 0.029 0.073 0.164 0.316 0.284 0.125 0.009 22 D 0.224 0.418 0.220 0.091 0.034 0.012 0.001 23 M 0.043 0.080 0.148 0.283 0.291 0.137 0.018 24 W 0.040 0.073 0.117 0.184 0.312 0.244 0.031 25 K 0.128 0.269 0.290 0.185 0.100 0.027 0.002 26 Q 0.298 0.390 0.184 0.088 0.031 0.007 0.001 27 A 0.074 0.112 0.160 0.242 0.279 0.122 0.011 28 R 0.068 0.131 0.232 0.282 0.196 0.084 0.007 29 A 0.355 0.358 0.189 0.070 0.022 0.006 0.001 30 R 0.132 0.257 0.303 0.229 0.065 0.014 0.001 31 W 0.025 0.046 0.074 0.154 0.314 0.343 0.043 32 L 0.019 0.053 0.133 0.299 0.333 0.154 0.010 33 E 0.139 0.473 0.253 0.093 0.033 0.008 0.001 34 L 0.014 0.045 0.122 0.302 0.354 0.152 0.011 35 V 0.018 0.058 0.129 0.222 0.347 0.212 0.013 36 G 0.109 0.246 0.314 0.242 0.075 0.013 0.001 37 K 0.515 0.379 0.076 0.022 0.006 0.001 0.001 38 E 0.262 0.331 0.199 0.150 0.047 0.011 0.001 39 W 0.074 0.086 0.200 0.299 0.265 0.074 0.003 40 A 0.341 0.361 0.205 0.071 0.018 0.004 0.001 41 H 0.305 0.298 0.215 0.124 0.046 0.011 0.001 42 M 0.176 0.159 0.175 0.223 0.186 0.075 0.005 43 L 0.184 0.198 0.241 0.211 0.126 0.038 0.002 44 A 0.481 0.316 0.132 0.049 0.017 0.005 0.001 45 L 0.306 0.239 0.201 0.163 0.073 0.017 0.001 46 N 0.460 0.274 0.140 0.078 0.038 0.010 0.001 47 P 0.430 0.256 0.161 0.102 0.041 0.009 0.001 48 E 0.580 0.301 0.077 0.028 0.011 0.003 0.001 49 R 0.192 0.187 0.251 0.247 0.094 0.027 0.002 50 K 0.407 0.297 0.167 0.084 0.036 0.009 0.001 51 D 0.317 0.340 0.198 0.104 0.031 0.009 0.001 52 F 0.091 0.075 0.119 0.236 0.310 0.154 0.016 53 L 0.163 0.267 0.226 0.192 0.103 0.046 0.004 54 W 0.144 0.168 0.221 0.219 0.160 0.079 0.009 55 K 0.243 0.261 0.225 0.166 0.075 0.028 0.004 56 N 0.287 0.198 0.177 0.162 0.119 0.050 0.007 57 Q 0.453 0.254 0.138 0.089 0.041 0.020 0.005 58 S 0.461 0.197 0.130 0.101 0.067 0.036 0.007 59 E 0.348 0.252 0.169 0.126 0.059 0.035 0.011 60 M 0.181 0.116 0.124 0.161 0.190 0.168 0.060 61 N 0.160 0.183 0.181 0.176 0.149 0.114 0.037 62 S 0.214 0.193 0.180 0.163 0.129 0.087 0.033 63 A 0.082 0.088 0.106 0.158 0.202 0.230 0.133 64 F 0.048 0.056 0.068 0.123 0.184 0.316 0.205 65 F 0.062 0.067 0.120 0.209 0.206 0.225 0.110 66 D 0.139 0.221 0.216 0.188 0.126 0.082 0.028 67 L 0.055 0.063 0.087 0.170 0.222 0.289 0.115 68 C 0.077 0.094 0.133 0.238 0.242 0.175 0.042 69 E 0.319 0.337 0.161 0.090 0.054 0.031 0.007 70 V 0.112 0.104 0.144 0.242 0.209 0.142 0.047 71 G 0.155 0.163 0.152 0.168 0.178 0.140 0.044 72 K 0.133 0.155 0.187 0.208 0.168 0.113 0.036 73 Q 0.223 0.156 0.144 0.160 0.152 0.117 0.049 74 V 0.140 0.102 0.106 0.165 0.172 0.205 0.111 75 M 0.126 0.079 0.081 0.136 0.171 0.239 0.167 76 L 0.152 0.134 0.135 0.160 0.165 0.169 0.084 77 G 0.195 0.193 0.157 0.162 0.134 0.112 0.047 78 L 0.132 0.115 0.126 0.174 0.186 0.182 0.085 79 L 0.139 0.117 0.127 0.183 0.206 0.171 0.057 80 G 0.324 0.245 0.180 0.127 0.077 0.039 0.008 81 K 0.321 0.252 0.174 0.143 0.073 0.032 0.004 82 E 0.300 0.246 0.171 0.134 0.099 0.046 0.004 83 V 0.198 0.162 0.217 0.235 0.138 0.047 0.003 84 A 0.516 0.288 0.122 0.049 0.020 0.005 0.001 85 L 0.432 0.243 0.179 0.106 0.033 0.007 0.001 86 P 0.708 0.212 0.052 0.020 0.008 0.001 0.001 87 K 0.630 0.273 0.065 0.024 0.007 0.001 0.001 88 E 0.360 0.255 0.178 0.137 0.057 0.012 0.001 89 E 0.377 0.326 0.184 0.082 0.025 0.006 0.001 90 Q 0.254 0.254 0.268 0.167 0.044 0.012 0.001 91 A 0.094 0.163 0.251 0.252 0.166 0.065 0.008 92 F 0.048 0.047 0.078 0.202 0.254 0.281 0.090 93 W 0.023 0.043 0.079 0.169 0.236 0.313 0.137 94 I 0.021 0.045 0.088 0.156 0.215 0.276 0.199 95 M 0.011 0.016 0.031 0.070 0.140 0.293 0.439 96 Y 0.003 0.007 0.010 0.024 0.070 0.304 0.580 97 A 0.009 0.016 0.032 0.089 0.144 0.281 0.428 98 V 0.010 0.022 0.041 0.102 0.173 0.331 0.320 99 H 0.009 0.022 0.041 0.088 0.197 0.354 0.290 100 L 0.011 0.019 0.029 0.070 0.159 0.366 0.346 101 S 0.041 0.123 0.181 0.220 0.218 0.161 0.056 102 A 0.064 0.143 0.221 0.256 0.168 0.117 0.031 103 A 0.038 0.053 0.079 0.163 0.267 0.316 0.083 104 C 0.035 0.070 0.113 0.209 0.267 0.251 0.054 105 A 0.084 0.107 0.157 0.244 0.242 0.137 0.028 106 E 0.333 0.387 0.153 0.076 0.037 0.012 0.001 107 E 0.296 0.302 0.190 0.139 0.051 0.019 0.003 108 L 0.139 0.126 0.188 0.241 0.203 0.091 0.011 109 H 0.233 0.259 0.220 0.170 0.075 0.038 0.006 110 M 0.176 0.111 0.152 0.216 0.200 0.122 0.024 111 E 0.409 0.298 0.150 0.084 0.040 0.016 0.003 112 V 0.309 0.249 0.174 0.138 0.081 0.041 0.008 113 A 0.283 0.204 0.152 0.149 0.116 0.074 0.021 114 M 0.253 0.162 0.164 0.175 0.131 0.090 0.025 115 S 0.342 0.241 0.161 0.114 0.071 0.052 0.019 116 L 0.178 0.114 0.128 0.174 0.181 0.163 0.061 117 R 0.234 0.190 0.150 0.145 0.138 0.109 0.034 118 K 0.217 0.205 0.184 0.157 0.116 0.088 0.033 119 L 0.151 0.132 0.135 0.176 0.185 0.163 0.058 120 N 0.193 0.221 0.178 0.165 0.132 0.086 0.025 121 V 0.127 0.107 0.139 0.198 0.211 0.168 0.050 122 K 0.150 0.213 0.192 0.184 0.152 0.089 0.020 123 L 0.117 0.098 0.141 0.216 0.213 0.173 0.043 124 K 0.226 0.234 0.199 0.168 0.112 0.052 0.009 125 D 0.348 0.267 0.158 0.118 0.066 0.035 0.008 126 F 0.183 0.105 0.147 0.238 0.190 0.110 0.027 127 N 0.437 0.309 0.128 0.069 0.034 0.019 0.005 128 F 0.210 0.116 0.145 0.202 0.163 0.124 0.040 129 G 0.395 0.230 0.136 0.105 0.070 0.047 0.016 130 G 0.197 0.152 0.141 0.167 0.130 0.143 0.070 131 T 0.209 0.133 0.121 0.146 0.160 0.151 0.079 132 R 0.171 0.163 0.164 0.161 0.150 0.133 0.058 133 Y 0.113 0.110 0.122 0.167 0.184 0.198 0.106 134 F 0.106 0.076 0.092 0.148 0.196 0.266 0.117 135 K 0.168 0.188 0.186 0.180 0.148 0.105 0.025 136 D 0.274 0.227 0.174 0.140 0.107 0.064 0.014 137 M 0.224 0.161 0.162 0.207 0.150 0.083 0.013 138 P 0.488 0.270 0.113 0.066 0.046 0.015 0.001 139 P 0.561 0.271 0.092 0.047 0.022 0.006 0.001 140 E 0.578 0.259 0.089 0.047 0.021 0.005 0.001 141 E 0.556 0.236 0.113 0.063 0.026 0.006 0.001 142 K 0.588 0.239 0.112 0.043 0.016 0.003 0.001 143 K 0.638 0.250 0.082 0.023 0.006 0.001 0.001 144 R 0.319 0.230 0.221 0.163 0.056 0.011 0.001 145 R 0.308 0.236 0.237 0.140 0.063 0.014 0.001 146 M 0.455 0.271 0.170 0.076 0.024 0.004 0.001 147 E 0.703 0.248 0.037 0.009 0.002 0.001 0.001 148 R 0.327 0.211 0.209 0.178 0.063 0.012 0.001 149 K 0.508 0.263 0.142 0.062 0.021 0.003 0.001 150 Q 0.753 0.217 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 151 R 0.428 0.369 0.131 0.054 0.015 0.002 0.001 152 I 0.117 0.099 0.179 0.283 0.240 0.078 0.005 153 E 0.247 0.296 0.242 0.138 0.064 0.012 0.001 154 E 0.467 0.376 0.115 0.031 0.008 0.002 0.001 155 A 0.109 0.116 0.204 0.292 0.212 0.064 0.004 156 R 0.207 0.232 0.240 0.189 0.104 0.027 0.001 157 R 0.412 0.269 0.178 0.092 0.040 0.010 0.001 158 H 0.602 0.255 0.094 0.036 0.010 0.002 0.001 159 G 0.671 0.194 0.076 0.041 0.014 0.004 0.001 160 M 0.727 0.161 0.067 0.032 0.010 0.003 0.001 161 P 0.829 0.131 0.027 0.009 0.003 0.001 0.001