# TARGET T0561 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0561.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.79724 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.418 0.137 0.127 0.115 0.096 0.050 0.026 0.016 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 2 E 0.513 0.198 0.115 0.083 0.050 0.021 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 3 K 0.363 0.179 0.118 0.140 0.106 0.049 0.020 0.011 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 4 K 0.361 0.194 0.148 0.136 0.089 0.040 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 5 K 0.514 0.202 0.130 0.080 0.042 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 Y 0.242 0.115 0.138 0.153 0.167 0.094 0.045 0.028 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.114 0.077 0.091 0.200 0.209 0.139 0.081 0.051 0.022 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 8 D 0.544 0.248 0.098 0.061 0.024 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 S 0.514 0.243 0.127 0.062 0.029 0.015 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.490 0.256 0.136 0.058 0.033 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 F 0.226 0.148 0.156 0.128 0.152 0.099 0.046 0.029 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 12 L 0.066 0.051 0.069 0.144 0.228 0.183 0.127 0.069 0.039 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 13 L 0.201 0.172 0.151 0.173 0.135 0.080 0.042 0.022 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 14 H 0.415 0.237 0.154 0.089 0.050 0.027 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 15 C 0.173 0.115 0.128 0.160 0.164 0.118 0.067 0.040 0.022 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 16 I 0.061 0.052 0.086 0.147 0.200 0.187 0.126 0.071 0.043 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 17 S 0.249 0.177 0.154 0.154 0.116 0.073 0.039 0.018 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 18 A 0.460 0.240 0.140 0.076 0.044 0.021 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.237 0.221 0.180 0.153 0.102 0.059 0.026 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.040 0.035 0.048 0.099 0.185 0.193 0.161 0.118 0.090 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 21 L 0.056 0.077 0.109 0.188 0.196 0.168 0.109 0.052 0.023 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 22 D 0.538 0.265 0.129 0.035 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 M 0.048 0.044 0.082 0.162 0.225 0.176 0.133 0.081 0.029 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 24 W 0.025 0.030 0.059 0.135 0.212 0.206 0.173 0.079 0.058 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 25 K 0.392 0.255 0.149 0.104 0.056 0.023 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 Q 0.473 0.251 0.152 0.069 0.028 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 A 0.099 0.077 0.108 0.157 0.218 0.168 0.085 0.050 0.026 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 28 R 0.058 0.079 0.134 0.186 0.227 0.147 0.091 0.050 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 29 A 0.389 0.208 0.143 0.099 0.081 0.042 0.019 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 30 R 0.121 0.131 0.145 0.206 0.174 0.112 0.056 0.030 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 31 W 0.018 0.018 0.033 0.105 0.179 0.190 0.187 0.136 0.092 0.029 0.008 0.003 0.001 0.001 32 L 0.028 0.036 0.059 0.098 0.133 0.206 0.183 0.132 0.068 0.030 0.018 0.006 0.003 0.001 33 E 0.328 0.272 0.175 0.097 0.062 0.032 0.017 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 L 0.052 0.052 0.098 0.175 0.209 0.160 0.125 0.074 0.030 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 35 V 0.016 0.018 0.042 0.115 0.204 0.233 0.196 0.090 0.061 0.019 0.004 0.002 0.001 0.001 36 G 0.241 0.202 0.184 0.168 0.105 0.047 0.027 0.013 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 37 K 0.607 0.230 0.092 0.043 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 E 0.349 0.244 0.156 0.107 0.082 0.038 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 W 0.077 0.072 0.123 0.187 0.228 0.149 0.088 0.045 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 40 A 0.532 0.188 0.121 0.070 0.047 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 H 0.463 0.210 0.132 0.095 0.058 0.021 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 M 0.110 0.082 0.101 0.167 0.194 0.141 0.099 0.068 0.024 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 43 L 0.131 0.093 0.129 0.165 0.195 0.128 0.077 0.050 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 44 A 0.481 0.169 0.117 0.099 0.064 0.033 0.019 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 45 L 0.284 0.136 0.137 0.164 0.134 0.080 0.033 0.013 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 46 N 0.387 0.177 0.161 0.124 0.084 0.034 0.015 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 47 P 0.456 0.162 0.121 0.112 0.073 0.040 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 48 E 0.501 0.222 0.110 0.080 0.049 0.020 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 R 0.188 0.133 0.147 0.161 0.159 0.095 0.054 0.033 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 50 K 0.285 0.144 0.123 0.130 0.121 0.086 0.051 0.031 0.014 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 51 D 0.200 0.124 0.144 0.150 0.166 0.085 0.050 0.032 0.024 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 52 F 0.056 0.029 0.039 0.095 0.132 0.165 0.124 0.135 0.085 0.080 0.032 0.018 0.008 0.002 53 L 0.070 0.068 0.084 0.154 0.176 0.134 0.112 0.078 0.064 0.030 0.017 0.011 0.003 0.002 54 W 0.070 0.047 0.055 0.115 0.116 0.154 0.120 0.116 0.077 0.070 0.040 0.013 0.005 0.002 55 K 0.287 0.187 0.158 0.116 0.098 0.063 0.037 0.019 0.019 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 56 N 0.140 0.095 0.119 0.160 0.163 0.119 0.071 0.056 0.037 0.023 0.012 0.003 0.001 0.001 57 Q 0.230 0.164 0.146 0.145 0.131 0.082 0.043 0.024 0.021 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 58 S 0.308 0.168 0.142 0.137 0.098 0.062 0.036 0.024 0.013 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 59 E 0.304 0.201 0.151 0.119 0.093 0.056 0.034 0.021 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 60 M 0.103 0.074 0.088 0.128 0.171 0.163 0.113 0.080 0.042 0.021 0.012 0.004 0.002 0.001 61 N 0.121 0.104 0.108 0.147 0.154 0.128 0.107 0.067 0.033 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 62 S 0.164 0.099 0.109 0.115 0.134 0.125 0.092 0.064 0.047 0.024 0.014 0.007 0.003 0.002 63 A 0.080 0.038 0.055 0.085 0.122 0.151 0.134 0.115 0.091 0.058 0.035 0.021 0.011 0.004 64 F 0.060 0.036 0.048 0.095 0.140 0.158 0.157 0.101 0.089 0.054 0.031 0.020 0.008 0.004 65 F 0.124 0.083 0.081 0.113 0.114 0.138 0.119 0.079 0.066 0.037 0.026 0.013 0.006 0.002 66 D 0.110 0.099 0.117 0.151 0.154 0.141 0.098 0.057 0.036 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 67 L 0.033 0.023 0.034 0.073 0.121 0.164 0.194 0.152 0.123 0.052 0.021 0.007 0.003 0.001 68 C 0.056 0.062 0.094 0.134 0.178 0.204 0.126 0.068 0.046 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 69 E 0.239 0.229 0.202 0.130 0.106 0.043 0.023 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 70 V 0.054 0.045 0.071 0.135 0.146 0.168 0.182 0.139 0.036 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 71 G 0.047 0.035 0.068 0.104 0.171 0.206 0.189 0.099 0.055 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 72 K 0.245 0.211 0.179 0.141 0.106 0.049 0.034 0.021 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 73 Q 0.252 0.182 0.160 0.128 0.101 0.077 0.051 0.028 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 74 V 0.076 0.045 0.079 0.110 0.156 0.170 0.166 0.108 0.051 0.024 0.010 0.004 0.001 0.001 75 M 0.079 0.059 0.075 0.122 0.175 0.158 0.145 0.080 0.058 0.026 0.013 0.007 0.002 0.001 76 L 0.149 0.092 0.093 0.123 0.133 0.138 0.097 0.065 0.048 0.028 0.018 0.010 0.005 0.002 77 G 0.254 0.119 0.110 0.127 0.111 0.095 0.069 0.038 0.034 0.019 0.014 0.006 0.003 0.002 78 L 0.108 0.063 0.075 0.128 0.164 0.148 0.113 0.066 0.067 0.033 0.021 0.008 0.003 0.002 79 L 0.107 0.062 0.073 0.124 0.139 0.157 0.125 0.071 0.063 0.034 0.027 0.011 0.005 0.002 80 G 0.348 0.192 0.162 0.110 0.071 0.045 0.033 0.017 0.011 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 81 K 0.340 0.159 0.130 0.115 0.102 0.064 0.039 0.023 0.013 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 82 E 0.264 0.159 0.136 0.142 0.136 0.070 0.045 0.024 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 83 V 0.186 0.103 0.133 0.153 0.152 0.111 0.077 0.048 0.020 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 84 A 0.341 0.135 0.143 0.127 0.117 0.067 0.036 0.017 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.293 0.127 0.133 0.177 0.148 0.056 0.030 0.017 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 86 P 0.582 0.199 0.112 0.058 0.027 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 K 0.426 0.173 0.144 0.112 0.084 0.034 0.012 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 88 E 0.244 0.126 0.106 0.180 0.149 0.092 0.049 0.033 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 89 E 0.286 0.209 0.136 0.152 0.114 0.057 0.021 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 90 Q 0.158 0.131 0.137 0.179 0.158 0.103 0.060 0.040 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 91 A 0.053 0.050 0.075 0.146 0.181 0.190 0.139 0.098 0.039 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 92 F 0.030 0.024 0.037 0.072 0.124 0.184 0.178 0.152 0.097 0.050 0.029 0.015 0.006 0.002 93 W 0.053 0.042 0.055 0.103 0.127 0.149 0.154 0.126 0.088 0.049 0.027 0.018 0.007 0.003 94 I 0.076 0.044 0.058 0.078 0.090 0.132 0.144 0.121 0.106 0.067 0.043 0.027 0.010 0.005 95 M 0.051 0.030 0.040 0.061 0.098 0.135 0.138 0.148 0.126 0.081 0.044 0.027 0.014 0.006 96 Y 0.044 0.028 0.041 0.070 0.105 0.134 0.155 0.140 0.117 0.085 0.040 0.022 0.012 0.007 97 A 0.058 0.043 0.054 0.092 0.137 0.159 0.151 0.106 0.090 0.056 0.026 0.015 0.007 0.005 98 V 0.092 0.067 0.081 0.113 0.140 0.149 0.126 0.081 0.068 0.039 0.022 0.012 0.006 0.003 99 H 0.065 0.059 0.073 0.143 0.163 0.158 0.151 0.099 0.048 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 100 L 0.046 0.036 0.055 0.081 0.125 0.192 0.187 0.127 0.083 0.037 0.020 0.008 0.003 0.001 101 S 0.121 0.109 0.148 0.150 0.188 0.125 0.074 0.044 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 102 A 0.171 0.146 0.159 0.157 0.164 0.086 0.050 0.031 0.019 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 103 A 0.118 0.065 0.088 0.157 0.185 0.147 0.101 0.078 0.035 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 104 C 0.069 0.055 0.078 0.165 0.192 0.156 0.129 0.066 0.055 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 105 A 0.206 0.129 0.121 0.159 0.121 0.107 0.068 0.038 0.032 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 106 E 0.492 0.248 0.119 0.069 0.034 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 E 0.408 0.224 0.155 0.090 0.066 0.029 0.013 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 108 L 0.136 0.087 0.124 0.173 0.196 0.139 0.072 0.041 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 109 H 0.320 0.142 0.153 0.120 0.114 0.067 0.041 0.023 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 110 M 0.211 0.094 0.087 0.157 0.156 0.117 0.070 0.049 0.027 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 111 E 0.376 0.235 0.144 0.101 0.069 0.034 0.019 0.010 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 112 V 0.214 0.130 0.143 0.151 0.138 0.096 0.054 0.034 0.019 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 113 A 0.143 0.087 0.094 0.126 0.160 0.143 0.107 0.061 0.046 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 114 M 0.121 0.072 0.087 0.138 0.148 0.142 0.107 0.077 0.045 0.031 0.019 0.007 0.004 0.001 115 S 0.285 0.173 0.142 0.129 0.098 0.065 0.048 0.023 0.018 0.007 0.007 0.003 0.001 0.001 116 L 0.081 0.050 0.070 0.107 0.152 0.172 0.120 0.084 0.073 0.047 0.026 0.011 0.005 0.002 117 R 0.233 0.136 0.124 0.146 0.123 0.082 0.068 0.037 0.022 0.012 0.009 0.004 0.002 0.001 118 K 0.185 0.130 0.138 0.123 0.136 0.093 0.069 0.050 0.036 0.021 0.011 0.004 0.002 0.001 119 L 0.080 0.034 0.051 0.088 0.136 0.167 0.129 0.105 0.075 0.070 0.032 0.019 0.011 0.004 120 N 0.103 0.086 0.117 0.171 0.186 0.107 0.092 0.048 0.043 0.026 0.011 0.007 0.002 0.002 121 V 0.077 0.030 0.038 0.075 0.096 0.136 0.122 0.129 0.108 0.105 0.049 0.023 0.010 0.003 122 K 0.129 0.122 0.118 0.165 0.147 0.102 0.078 0.055 0.041 0.019 0.014 0.007 0.003 0.002 123 L 0.058 0.035 0.045 0.068 0.095 0.121 0.128 0.154 0.111 0.093 0.052 0.027 0.011 0.004 124 K 0.112 0.085 0.102 0.137 0.146 0.132 0.101 0.080 0.047 0.029 0.016 0.008 0.004 0.002 125 D 0.148 0.105 0.114 0.133 0.152 0.105 0.076 0.052 0.049 0.031 0.019 0.009 0.003 0.002 126 F 0.088 0.045 0.057 0.100 0.122 0.148 0.126 0.108 0.080 0.065 0.033 0.017 0.009 0.003 127 N 0.156 0.133 0.133 0.158 0.136 0.093 0.080 0.046 0.035 0.014 0.009 0.004 0.002 0.001 128 F 0.076 0.044 0.059 0.094 0.122 0.165 0.125 0.108 0.078 0.069 0.036 0.015 0.007 0.002 129 G 0.210 0.132 0.122 0.125 0.128 0.097 0.068 0.045 0.033 0.016 0.013 0.007 0.003 0.001 130 G 0.110 0.081 0.084 0.133 0.140 0.125 0.096 0.070 0.062 0.048 0.030 0.012 0.005 0.003 131 T 0.095 0.082 0.090 0.125 0.142 0.118 0.109 0.077 0.076 0.040 0.026 0.012 0.004 0.002 132 R 0.107 0.080 0.087 0.105 0.096 0.114 0.106 0.111 0.076 0.049 0.046 0.013 0.007 0.003 133 Y 0.072 0.051 0.066 0.085 0.126 0.134 0.125 0.110 0.085 0.055 0.049 0.026 0.009 0.006 134 F 0.049 0.030 0.040 0.064 0.092 0.120 0.124 0.135 0.109 0.100 0.078 0.037 0.018 0.005 135 K 0.143 0.127 0.123 0.155 0.132 0.102 0.084 0.055 0.036 0.019 0.015 0.007 0.002 0.001 136 D 0.187 0.108 0.109 0.123 0.132 0.112 0.082 0.057 0.045 0.022 0.015 0.004 0.001 0.001 137 M 0.136 0.105 0.126 0.181 0.175 0.106 0.074 0.046 0.028 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 138 P 0.387 0.189 0.169 0.110 0.067 0.038 0.019 0.009 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 139 P 0.568 0.176 0.115 0.074 0.041 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 E 0.717 0.186 0.058 0.024 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 E 0.517 0.237 0.107 0.071 0.044 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 K 0.525 0.189 0.129 0.078 0.046 0.020 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 K 0.741 0.127 0.065 0.032 0.023 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 R 0.402 0.146 0.139 0.155 0.099 0.034 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 R 0.396 0.125 0.127 0.131 0.128 0.055 0.019 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 146 M 0.460 0.127 0.116 0.144 0.092 0.032 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 147 E 0.771 0.146 0.047 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 R 0.331 0.173 0.143 0.148 0.123 0.054 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 149 K 0.325 0.165 0.141 0.158 0.123 0.049 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 150 Q 0.650 0.161 0.083 0.056 0.028 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 R 0.375 0.196 0.151 0.134 0.085 0.036 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 I 0.060 0.039 0.058 0.154 0.232 0.176 0.109 0.085 0.058 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 153 E 0.384 0.261 0.131 0.118 0.052 0.027 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 E 0.624 0.219 0.102 0.028 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 A 0.067 0.039 0.072 0.142 0.235 0.193 0.133 0.072 0.026 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 156 R 0.167 0.137 0.178 0.165 0.159 0.090 0.059 0.027 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 157 R 0.505 0.150 0.108 0.089 0.072 0.038 0.018 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 158 H 0.351 0.158 0.139 0.141 0.102 0.053 0.029 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 159 G 0.288 0.118 0.123 0.129 0.135 0.094 0.049 0.031 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 160 M 0.236 0.134 0.125 0.160 0.145 0.092 0.050 0.029 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 161 P 0.370 0.143 0.121 0.110 0.087 0.070 0.043 0.023 0.015 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001