# TARGET T0561 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0561.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.79724 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.111 0.304 0.012 0.018 0.027 0.030 0.067 0.010 0.004 0.087 0.330 2 E 0.107 0.248 0.008 0.015 0.020 0.024 0.070 0.009 0.004 0.066 0.428 3 K 0.093 0.323 0.004 0.009 0.012 0.017 0.048 0.010 0.003 0.037 0.444 4 K 0.081 0.237 0.003 0.011 0.017 0.020 0.058 0.010 0.002 0.065 0.496 5 K 0.071 0.143 0.004 0.020 0.021 0.030 0.078 0.010 0.002 0.175 0.446 6 Y 0.041 0.220 0.006 0.018 0.014 0.015 0.096 0.006 0.003 0.126 0.456 7 L 0.065 0.374 0.009 0.017 0.013 0.011 0.062 0.012 0.005 0.090 0.342 8 D 0.081 0.711 0.003 0.005 0.004 0.006 0.018 0.009 0.003 0.025 0.135 9 S 0.050 0.794 0.001 0.002 0.002 0.003 0.014 0.004 0.001 0.021 0.107 10 E 0.036 0.623 0.006 0.006 0.006 0.007 0.034 0.008 0.003 0.126 0.145 11 F 0.053 0.697 0.012 0.005 0.003 0.006 0.026 0.010 0.006 0.073 0.109 12 L 0.076 0.724 0.009 0.004 0.004 0.003 0.014 0.009 0.004 0.032 0.122 13 L 0.079 0.294 0.011 0.011 0.012 0.012 0.041 0.018 0.007 0.198 0.317 14 H 0.054 0.413 0.009 0.013 0.008 0.011 0.059 0.008 0.006 0.129 0.291 15 C 0.050 0.402 0.013 0.019 0.008 0.007 0.065 0.008 0.007 0.114 0.307 16 I 0.027 0.619 0.013 0.008 0.004 0.004 0.045 0.010 0.006 0.043 0.221 17 S 0.050 0.872 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.002 0.013 0.044 18 A 0.093 0.704 0.005 0.003 0.002 0.002 0.015 0.011 0.003 0.063 0.099 19 Q 0.018 0.855 0.004 0.002 0.001 0.001 0.011 0.004 0.003 0.030 0.072 20 L 0.027 0.860 0.005 0.002 0.001 0.001 0.007 0.007 0.003 0.024 0.063 21 L 0.018 0.838 0.005 0.002 0.003 0.003 0.011 0.006 0.003 0.032 0.078 22 D 0.009 0.889 0.003 0.001 0.002 0.002 0.006 0.003 0.002 0.031 0.052 23 M 0.008 0.897 0.006 0.002 0.002 0.001 0.006 0.003 0.003 0.032 0.040 24 W 0.021 0.882 0.010 0.001 0.001 0.002 0.006 0.005 0.008 0.034 0.029 25 K 0.042 0.830 0.009 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.006 0.034 0.064 26 Q 0.037 0.723 0.013 0.002 0.002 0.002 0.014 0.007 0.009 0.074 0.115 27 A 0.047 0.682 0.016 0.003 0.002 0.002 0.021 0.008 0.013 0.086 0.120 28 R 0.024 0.836 0.007 0.002 0.001 0.001 0.012 0.005 0.004 0.028 0.080 29 A 0.013 0.830 0.004 0.002 0.002 0.002 0.013 0.003 0.002 0.035 0.093 30 R 0.011 0.851 0.006 0.003 0.004 0.005 0.010 0.004 0.003 0.047 0.056 31 W 0.016 0.865 0.006 0.004 0.003 0.005 0.009 0.004 0.003 0.036 0.049 32 L 0.018 0.806 0.009 0.007 0.009 0.008 0.014 0.005 0.004 0.044 0.078 33 E 0.024 0.698 0.008 0.010 0.010 0.014 0.021 0.006 0.005 0.079 0.126 34 L 0.020 0.709 0.010 0.006 0.007 0.006 0.017 0.005 0.006 0.074 0.138 35 V 0.044 0.713 0.012 0.005 0.004 0.005 0.018 0.012 0.011 0.054 0.123 36 G 0.024 0.891 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.013 0.056 37 K 0.026 0.792 0.003 0.002 0.002 0.002 0.012 0.006 0.003 0.051 0.102 38 E 0.010 0.927 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.002 0.019 0.027 39 W 0.027 0.927 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.012 0.020 40 A 0.049 0.815 0.010 0.001 0.002 0.002 0.008 0.006 0.005 0.033 0.068 41 H 0.108 0.585 0.016 0.002 0.003 0.005 0.023 0.011 0.010 0.090 0.147 42 M 0.275 0.155 0.028 0.006 0.009 0.011 0.030 0.031 0.016 0.136 0.302 43 L 0.152 0.035 0.007 0.012 0.009 0.010 0.080 0.007 0.008 0.065 0.614 44 A 0.012 0.015 0.003 0.014 0.007 0.011 0.098 0.002 0.002 0.022 0.814 45 L 0.010 0.033 0.004 0.006 0.007 0.006 0.130 0.005 0.002 0.020 0.776 46 N 0.531 0.175 0.003 0.004 0.004 0.006 0.042 0.023 0.003 0.053 0.154 47 P 0.228 0.106 0.005 0.010 0.005 0.004 0.071 0.006 0.002 0.052 0.512 48 E 0.034 0.125 0.006 0.019 0.005 0.009 0.094 0.004 0.002 0.040 0.662 49 R 0.113 0.109 0.008 0.022 0.009 0.024 0.087 0.017 0.003 0.076 0.531 50 K 0.095 0.074 0.004 0.053 0.044 0.046 0.160 0.008 0.001 0.086 0.427 51 D 0.017 0.068 0.002 0.081 0.050 0.099 0.117 0.004 0.001 0.065 0.496 52 F 0.019 0.062 0.006 0.109 0.152 0.102 0.081 0.006 0.001 0.080 0.382 53 L 0.121 0.040 0.006 0.115 0.088 0.156 0.085 0.014 0.003 0.113 0.259 54 W 0.106 0.012 0.002 0.071 0.042 0.067 0.086 0.006 0.001 0.099 0.508 55 K 0.021 0.008 0.001 0.071 0.035 0.027 0.090 0.002 0.001 0.054 0.691 56 N 0.052 0.063 0.002 0.046 0.027 0.036 0.121 0.007 0.002 0.056 0.590 57 Q 0.079 0.090 0.002 0.013 0.010 0.011 0.096 0.012 0.001 0.085 0.601 58 S 0.141 0.311 0.002 0.010 0.010 0.008 0.054 0.008 0.001 0.176 0.279 59 E 0.060 0.485 0.004 0.011 0.006 0.007 0.046 0.004 0.001 0.105 0.271 60 M 0.025 0.558 0.011 0.011 0.008 0.009 0.040 0.006 0.003 0.084 0.245 61 N 0.046 0.768 0.005 0.004 0.006 0.011 0.021 0.007 0.002 0.048 0.081 62 S 0.037 0.693 0.006 0.005 0.016 0.014 0.022 0.006 0.002 0.091 0.109 63 A 0.009 0.842 0.008 0.007 0.014 0.013 0.015 0.003 0.002 0.031 0.056 64 F 0.008 0.918 0.006 0.002 0.005 0.007 0.006 0.003 0.002 0.012 0.031 65 F 0.018 0.863 0.007 0.002 0.008 0.009 0.009 0.007 0.003 0.031 0.042 66 D 0.010 0.943 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.014 0.018 67 L 0.003 0.965 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.015 68 C 0.003 0.940 0.004 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.003 0.025 0.016 69 E 0.003 0.961 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.008 70 V 0.003 0.970 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.005 71 G 0.005 0.966 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.007 72 K 0.006 0.903 0.011 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.004 0.034 0.030 73 Q 0.008 0.725 0.078 0.006 0.007 0.009 0.016 0.010 0.029 0.072 0.040 74 V 0.079 0.734 0.027 0.004 0.006 0.011 0.018 0.013 0.019 0.038 0.051 75 M 0.119 0.473 0.026 0.019 0.014 0.014 0.029 0.021 0.013 0.081 0.190 76 L 0.032 0.216 0.074 0.045 0.028 0.024 0.090 0.014 0.031 0.078 0.369 77 G 0.233 0.134 0.034 0.035 0.019 0.074 0.074 0.039 0.029 0.073 0.257 78 L 0.238 0.055 0.008 0.023 0.018 0.015 0.096 0.024 0.005 0.047 0.472 79 L 0.057 0.079 0.005 0.041 0.026 0.027 0.112 0.009 0.003 0.031 0.611 80 G 0.153 0.040 0.004 0.033 0.026 0.063 0.072 0.015 0.003 0.052 0.540 81 K 0.085 0.022 0.003 0.026 0.039 0.045 0.081 0.011 0.001 0.043 0.643 82 E 0.050 0.009 0.001 0.025 0.030 0.034 0.091 0.004 0.001 0.054 0.702 83 V 0.031 0.008 0.002 0.051 0.041 0.049 0.116 0.003 0.001 0.036 0.663 84 A 0.009 0.013 0.001 0.021 0.016 0.018 0.096 0.001 0.001 0.015 0.811 85 L 0.064 0.120 0.002 0.014 0.020 0.022 0.099 0.009 0.001 0.043 0.607 86 P 0.230 0.362 0.002 0.007 0.007 0.008 0.050 0.009 0.001 0.048 0.275 87 K 0.100 0.514 0.002 0.005 0.003 0.004 0.028 0.005 0.001 0.049 0.289 88 E 0.042 0.625 0.004 0.004 0.003 0.004 0.032 0.005 0.002 0.049 0.230 89 E 0.023 0.757 0.004 0.003 0.004 0.006 0.020 0.004 0.002 0.057 0.120 90 Q 0.013 0.792 0.003 0.003 0.008 0.008 0.015 0.003 0.001 0.078 0.075 91 A 0.002 0.936 0.002 0.002 0.005 0.005 0.005 0.001 0.001 0.021 0.020 92 F 0.002 0.938 0.003 0.002 0.006 0.006 0.003 0.001 0.001 0.023 0.014 93 W 0.003 0.943 0.002 0.002 0.005 0.007 0.003 0.001 0.001 0.024 0.009 94 I 0.004 0.921 0.004 0.003 0.006 0.007 0.003 0.002 0.002 0.036 0.012 95 M 0.007 0.852 0.010 0.005 0.012 0.011 0.005 0.004 0.005 0.067 0.024 96 Y 0.017 0.858 0.010 0.005 0.009 0.010 0.005 0.005 0.006 0.051 0.024 97 A 0.037 0.329 0.019 0.016 0.021 0.024 0.028 0.013 0.013 0.356 0.143 98 V 0.030 0.431 0.047 0.021 0.020 0.020 0.044 0.011 0.029 0.165 0.181 99 H 0.100 0.500 0.028 0.013 0.009 0.012 0.040 0.017 0.022 0.063 0.197 100 L 0.114 0.420 0.024 0.008 0.007 0.007 0.036 0.032 0.016 0.053 0.284 101 S 0.132 0.598 0.005 0.004 0.003 0.004 0.031 0.016 0.006 0.031 0.169 102 A 0.055 0.646 0.007 0.006 0.003 0.004 0.036 0.009 0.004 0.045 0.185 103 A 0.024 0.590 0.020 0.009 0.006 0.006 0.054 0.011 0.007 0.060 0.213 104 C 0.117 0.590 0.026 0.006 0.004 0.008 0.028 0.024 0.013 0.066 0.119 105 A 0.273 0.264 0.045 0.011 0.013 0.010 0.033 0.033 0.018 0.076 0.225 106 E 0.162 0.180 0.016 0.019 0.014 0.020 0.075 0.018 0.010 0.061 0.425 107 E 0.097 0.115 0.008 0.023 0.011 0.017 0.083 0.013 0.005 0.058 0.569 108 L 0.037 0.094 0.008 0.032 0.023 0.022 0.121 0.011 0.004 0.052 0.595 109 H 0.044 0.201 0.007 0.021 0.016 0.028 0.083 0.013 0.004 0.046 0.536 110 M 0.076 0.250 0.007 0.025 0.028 0.023 0.065 0.016 0.003 0.059 0.449 111 E 0.084 0.129 0.010 0.037 0.026 0.029 0.076 0.017 0.005 0.178 0.407 112 V 0.099 0.325 0.009 0.033 0.014 0.018 0.078 0.011 0.005 0.070 0.339 113 A 0.051 0.353 0.007 0.035 0.017 0.022 0.059 0.011 0.003 0.058 0.385 114 M 0.037 0.406 0.014 0.033 0.034 0.043 0.056 0.009 0.005 0.068 0.296 115 S 0.086 0.322 0.020 0.029 0.030 0.059 0.054 0.015 0.006 0.135 0.244 116 L 0.112 0.068 0.059 0.040 0.058 0.049 0.069 0.019 0.013 0.152 0.362 117 R 0.198 0.045 0.020 0.053 0.047 0.101 0.155 0.012 0.009 0.069 0.289 118 K 0.039 0.008 0.004 0.056 0.038 0.072 0.069 0.005 0.001 0.029 0.679 119 L 0.010 0.007 0.002 0.161 0.135 0.110 0.142 0.002 0.001 0.016 0.415 120 N 0.007 0.004 0.001 0.152 0.060 0.311 0.116 0.002 0.001 0.026 0.321 121 V 0.003 0.014 0.003 0.148 0.131 0.050 0.139 0.001 0.001 0.015 0.496 122 K 0.077 0.018 0.003 0.333 0.086 0.216 0.070 0.014 0.001 0.049 0.134 123 L 0.120 0.010 0.002 0.134 0.033 0.042 0.065 0.007 0.001 0.094 0.493 124 K 0.034 0.011 0.002 0.322 0.042 0.033 0.077 0.003 0.001 0.047 0.428 125 D 0.022 0.010 0.003 0.161 0.023 0.056 0.095 0.004 0.001 0.057 0.567 126 F 0.050 0.021 0.003 0.077 0.045 0.045 0.095 0.010 0.001 0.054 0.600 127 N 0.085 0.031 0.002 0.051 0.051 0.067 0.100 0.012 0.001 0.063 0.537 128 F 0.038 0.090 0.003 0.079 0.069 0.065 0.096 0.004 0.001 0.040 0.515 129 G 0.027 0.086 0.004 0.102 0.099 0.170 0.094 0.008 0.001 0.047 0.362 130 G 0.025 0.111 0.002 0.067 0.127 0.192 0.093 0.006 0.001 0.048 0.329 131 T 0.023 0.117 0.003 0.119 0.156 0.177 0.104 0.003 0.001 0.083 0.213 132 R 0.013 0.056 0.007 0.101 0.234 0.272 0.057 0.003 0.001 0.051 0.207 133 Y 0.142 0.033 0.004 0.047 0.087 0.195 0.068 0.015 0.002 0.113 0.293 134 F 0.478 0.005 0.002 0.027 0.054 0.066 0.020 0.012 0.001 0.079 0.254 135 K 0.048 0.001 0.001 0.024 0.021 0.019 0.060 0.001 0.001 0.016 0.810 136 D 0.005 0.001 0.001 0.014 0.007 0.014 0.066 0.001 0.001 0.008 0.885 137 M 0.004 0.007 0.001 0.002 0.006 0.004 0.171 0.001 0.001 0.009 0.796 138 P 0.147 0.517 0.001 0.003 0.005 0.005 0.044 0.007 0.001 0.034 0.237 139 P 0.073 0.794 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.014 0.103 140 E 0.018 0.861 0.001 0.002 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.027 0.076 141 E 0.019 0.851 0.003 0.002 0.001 0.002 0.008 0.002 0.001 0.037 0.072 142 K 0.025 0.882 0.004 0.002 0.002 0.002 0.007 0.003 0.002 0.025 0.047 143 K 0.020 0.864 0.003 0.001 0.003 0.003 0.008 0.004 0.002 0.023 0.070 144 R 0.018 0.837 0.003 0.002 0.004 0.003 0.008 0.005 0.002 0.036 0.083 145 R 0.024 0.843 0.006 0.001 0.002 0.002 0.009 0.005 0.004 0.037 0.067 146 M 0.065 0.723 0.011 0.002 0.002 0.003 0.016 0.006 0.007 0.059 0.105 147 E 0.046 0.659 0.014 0.002 0.003 0.004 0.022 0.008 0.008 0.051 0.182 148 R 0.043 0.805 0.004 0.001 0.002 0.003 0.014 0.006 0.004 0.019 0.099 149 K 0.023 0.822 0.003 0.002 0.002 0.003 0.011 0.004 0.002 0.023 0.104 150 Q 0.008 0.844 0.005 0.002 0.002 0.002 0.012 0.003 0.002 0.027 0.092 151 R 0.009 0.930 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.003 0.014 0.028 152 I 0.032 0.892 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.003 0.021 0.031 153 E 0.035 0.820 0.007 0.004 0.003 0.003 0.010 0.005 0.004 0.045 0.064 154 E 0.062 0.491 0.023 0.011 0.007 0.009 0.031 0.008 0.011 0.155 0.190 155 A 0.153 0.136 0.086 0.022 0.017 0.030 0.063 0.021 0.035 0.156 0.282 156 R 0.297 0.026 0.012 0.013 0.010 0.021 0.067 0.014 0.007 0.052 0.482 157 R 0.109 0.004 0.002 0.017 0.011 0.017 0.063 0.004 0.001 0.034 0.738 158 H 0.011 0.001 0.001 0.016 0.009 0.010 0.127 0.001 0.001 0.014 0.809 159 G 0.013 0.002 0.001 0.014 0.008 0.016 0.110 0.001 0.001 0.015 0.820 160 M 0.056 0.004 0.001 0.014 0.013 0.015 0.144 0.002 0.001 0.029 0.721 161 P 0.044 0.011 0.001 0.027 0.018 0.025 0.120 0.002 0.001 0.030 0.723