# TARGET T0561 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0561.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.79724 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.222 0.144 0.009 0.031 0.022 0.051 0.041 0.480 2 E 0.187 0.157 0.011 0.018 0.028 0.046 0.032 0.521 3 K 0.200 0.129 0.011 0.018 0.027 0.067 0.030 0.518 4 K 0.195 0.218 0.013 0.020 0.040 0.058 0.043 0.413 5 K 0.079 0.059 0.024 0.025 0.050 0.091 0.107 0.566 6 Y 0.038 0.177 0.037 0.044 0.053 0.113 0.095 0.442 7 L 0.054 0.244 0.062 0.019 0.023 0.090 0.101 0.406 8 D 0.081 0.627 0.009 0.008 0.004 0.031 0.078 0.163 9 S 0.087 0.703 0.004 0.002 0.002 0.020 0.059 0.124 10 E 0.033 0.609 0.017 0.005 0.004 0.031 0.096 0.204 11 F 0.071 0.673 0.014 0.005 0.007 0.025 0.051 0.154 12 L 0.125 0.712 0.017 0.004 0.006 0.017 0.043 0.077 13 L 0.095 0.208 0.034 0.010 0.012 0.063 0.275 0.304 14 H 0.090 0.164 0.021 0.015 0.015 0.079 0.127 0.489 15 C 0.070 0.175 0.054 0.007 0.016 0.095 0.064 0.518 16 I 0.035 0.442 0.029 0.006 0.006 0.060 0.033 0.389 17 S 0.107 0.752 0.002 0.001 0.001 0.017 0.051 0.068 18 A 0.046 0.643 0.010 0.004 0.002 0.033 0.122 0.140 19 Q 0.030 0.782 0.008 0.001 0.003 0.014 0.054 0.107 20 L 0.024 0.894 0.005 0.001 0.002 0.008 0.036 0.032 21 L 0.005 0.939 0.003 0.002 0.002 0.006 0.025 0.019 22 D 0.007 0.946 0.002 0.001 0.002 0.003 0.028 0.012 23 M 0.004 0.943 0.002 0.001 0.002 0.003 0.032 0.012 24 W 0.007 0.923 0.004 0.002 0.002 0.003 0.052 0.007 25 K 0.024 0.879 0.003 0.003 0.002 0.006 0.059 0.024 26 Q 0.034 0.785 0.007 0.003 0.003 0.013 0.087 0.067 27 A 0.025 0.830 0.007 0.003 0.003 0.013 0.051 0.069 28 R 0.030 0.873 0.004 0.002 0.002 0.009 0.036 0.045 29 A 0.035 0.747 0.006 0.005 0.003 0.024 0.058 0.122 30 R 0.031 0.837 0.005 0.005 0.007 0.012 0.027 0.076 31 W 0.073 0.762 0.016 0.004 0.010 0.016 0.049 0.070 32 L 0.033 0.590 0.029 0.027 0.019 0.035 0.138 0.129 33 E 0.064 0.547 0.029 0.021 0.030 0.036 0.090 0.183 34 L 0.087 0.484 0.035 0.018 0.024 0.038 0.085 0.228 35 V 0.047 0.650 0.017 0.016 0.014 0.033 0.055 0.167 36 G 0.057 0.801 0.004 0.003 0.005 0.017 0.020 0.094 37 K 0.024 0.713 0.008 0.007 0.006 0.020 0.100 0.122 38 E 0.020 0.880 0.003 0.003 0.005 0.008 0.035 0.047 39 W 0.080 0.787 0.005 0.004 0.004 0.008 0.070 0.040 40 A 0.061 0.651 0.014 0.017 0.010 0.027 0.047 0.172 41 H 0.228 0.488 0.018 0.006 0.017 0.023 0.058 0.161 42 M 0.337 0.226 0.027 0.016 0.015 0.044 0.077 0.257 43 L 0.426 0.016 0.012 0.007 0.016 0.056 0.065 0.401 44 A 0.003 0.006 0.019 0.008 0.021 0.155 0.015 0.773 45 L 0.005 0.024 0.030 0.008 0.014 0.106 0.008 0.804 46 N 0.557 0.122 0.005 0.009 0.004 0.042 0.100 0.161 47 P 0.167 0.057 0.013 0.004 0.003 0.084 0.081 0.590 48 E 0.060 0.056 0.047 0.003 0.011 0.072 0.071 0.680 49 R 0.128 0.084 0.043 0.007 0.011 0.101 0.066 0.561 50 K 0.045 0.103 0.028 0.031 0.036 0.116 0.043 0.598 51 D 0.036 0.121 0.042 0.037 0.114 0.102 0.076 0.472 52 F 0.026 0.106 0.127 0.076 0.145 0.072 0.162 0.286 53 L 0.090 0.106 0.132 0.113 0.135 0.071 0.133 0.221 54 W 0.084 0.054 0.049 0.066 0.081 0.102 0.111 0.452 55 K 0.020 0.059 0.049 0.035 0.054 0.102 0.047 0.635 56 N 0.122 0.376 0.022 0.012 0.019 0.072 0.070 0.308 57 Q 0.149 0.339 0.012 0.011 0.009 0.073 0.147 0.260 58 S 0.127 0.213 0.013 0.011 0.014 0.075 0.220 0.328 59 E 0.055 0.237 0.023 0.010 0.017 0.091 0.143 0.425 60 M 0.064 0.312 0.034 0.010 0.017 0.090 0.123 0.349 61 N 0.094 0.556 0.008 0.009 0.007 0.039 0.130 0.157 62 S 0.067 0.408 0.011 0.008 0.009 0.060 0.113 0.325 63 A 0.046 0.654 0.016 0.008 0.018 0.030 0.057 0.171 64 F 0.042 0.727 0.013 0.006 0.011 0.029 0.052 0.120 65 F 0.040 0.546 0.016 0.015 0.014 0.047 0.162 0.160 66 D 0.024 0.784 0.005 0.005 0.008 0.015 0.105 0.054 67 L 0.019 0.787 0.009 0.002 0.004 0.013 0.115 0.051 68 C 0.006 0.875 0.004 0.004 0.002 0.008 0.073 0.028 69 E 0.008 0.930 0.003 0.002 0.002 0.004 0.035 0.017 70 V 0.005 0.947 0.004 0.001 0.002 0.003 0.023 0.016 71 G 0.006 0.898 0.006 0.002 0.002 0.003 0.072 0.010 72 K 0.007 0.865 0.011 0.005 0.004 0.005 0.092 0.013 73 Q 0.032 0.586 0.031 0.012 0.017 0.016 0.239 0.069 74 V 0.032 0.657 0.054 0.032 0.026 0.023 0.079 0.097 75 M 0.089 0.468 0.099 0.017 0.060 0.040 0.077 0.151 76 L 0.066 0.143 0.104 0.054 0.047 0.083 0.183 0.320 77 G 0.169 0.068 0.034 0.048 0.063 0.087 0.108 0.423 78 L 0.246 0.044 0.049 0.020 0.052 0.084 0.052 0.454 79 L 0.057 0.024 0.034 0.020 0.032 0.099 0.029 0.706 80 G 0.127 0.035 0.028 0.027 0.034 0.144 0.062 0.544 81 K 0.107 0.030 0.028 0.037 0.041 0.099 0.046 0.612 82 E 0.074 0.010 0.026 0.018 0.044 0.095 0.033 0.700 83 V 0.014 0.008 0.036 0.034 0.044 0.156 0.027 0.680 84 A 0.015 0.019 0.019 0.017 0.032 0.139 0.019 0.739 85 L 0.120 0.218 0.014 0.021 0.022 0.086 0.076 0.443 86 P 0.161 0.377 0.007 0.013 0.010 0.051 0.098 0.282 87 K 0.138 0.379 0.014 0.008 0.011 0.053 0.130 0.267 88 E 0.116 0.479 0.011 0.007 0.013 0.041 0.084 0.249 89 E 0.090 0.490 0.011 0.012 0.021 0.045 0.154 0.177 90 Q 0.010 0.803 0.004 0.015 0.020 0.019 0.036 0.092 91 A 0.015 0.848 0.005 0.007 0.034 0.008 0.043 0.040 92 F 0.002 0.869 0.009 0.036 0.022 0.004 0.049 0.010 93 W 0.009 0.849 0.011 0.020 0.039 0.003 0.056 0.013 94 I 0.017 0.812 0.014 0.033 0.032 0.005 0.072 0.016 95 M 0.024 0.520 0.048 0.052 0.058 0.016 0.241 0.041 96 Y 0.046 0.639 0.032 0.033 0.050 0.017 0.131 0.051 97 A 0.046 0.279 0.083 0.032 0.056 0.056 0.283 0.165 98 V 0.020 0.358 0.084 0.086 0.049 0.070 0.142 0.191 99 H 0.082 0.490 0.028 0.015 0.023 0.055 0.073 0.235 100 L 0.063 0.647 0.019 0.010 0.007 0.036 0.060 0.158 101 S 0.099 0.642 0.006 0.003 0.005 0.023 0.084 0.139 102 A 0.049 0.522 0.016 0.007 0.008 0.049 0.110 0.239 103 A 0.053 0.606 0.020 0.008 0.014 0.035 0.067 0.198 104 C 0.127 0.644 0.010 0.005 0.007 0.023 0.062 0.122 105 A 0.165 0.337 0.021 0.011 0.009 0.053 0.192 0.212 106 E 0.148 0.293 0.012 0.010 0.012 0.051 0.094 0.381 107 E 0.225 0.143 0.021 0.005 0.013 0.067 0.071 0.456 108 L 0.084 0.229 0.017 0.016 0.017 0.087 0.045 0.505 109 H 0.128 0.362 0.012 0.007 0.019 0.073 0.042 0.356 110 M 0.087 0.375 0.016 0.015 0.017 0.072 0.073 0.344 111 E 0.089 0.227 0.023 0.023 0.028 0.066 0.264 0.280 112 V 0.099 0.298 0.027 0.027 0.032 0.065 0.104 0.347 113 A 0.132 0.272 0.036 0.024 0.051 0.068 0.075 0.341 114 M 0.054 0.255 0.045 0.054 0.066 0.073 0.055 0.398 115 S 0.086 0.267 0.042 0.040 0.097 0.070 0.094 0.303 116 L 0.088 0.073 0.063 0.104 0.095 0.085 0.190 0.302 117 R 0.093 0.052 0.078 0.086 0.121 0.080 0.119 0.371 118 K 0.055 0.023 0.069 0.045 0.092 0.103 0.069 0.544 119 L 0.008 0.019 0.156 0.097 0.141 0.095 0.039 0.446 120 N 0.009 0.016 0.228 0.147 0.242 0.065 0.057 0.235 121 V 0.006 0.006 0.219 0.145 0.149 0.059 0.032 0.384 122 K 0.034 0.017 0.276 0.151 0.184 0.055 0.053 0.230 123 L 0.109 0.011 0.127 0.050 0.075 0.088 0.066 0.475 124 K 0.047 0.019 0.165 0.061 0.093 0.099 0.070 0.446 125 D 0.060 0.015 0.057 0.024 0.054 0.131 0.054 0.604 126 F 0.056 0.019 0.085 0.057 0.090 0.138 0.105 0.450 127 N 0.098 0.030 0.044 0.031 0.053 0.152 0.092 0.499 128 F 0.074 0.030 0.025 0.034 0.047 0.149 0.060 0.580 129 G 0.053 0.053 0.037 0.038 0.082 0.145 0.062 0.530 130 G 0.038 0.059 0.025 0.074 0.097 0.120 0.070 0.517 131 T 0.050 0.044 0.022 0.117 0.153 0.102 0.061 0.451 132 R 0.066 0.051 0.045 0.171 0.285 0.062 0.053 0.267 133 Y 0.102 0.012 0.031 0.085 0.168 0.084 0.032 0.486 134 F 0.065 0.018 0.046 0.094 0.243 0.099 0.081 0.354 135 K 0.016 0.010 0.037 0.050 0.112 0.126 0.023 0.627 136 D 0.013 0.010 0.014 0.024 0.039 0.155 0.037 0.708 137 M 0.006 0.034 0.017 0.018 0.023 0.179 0.049 0.673 138 P 0.073 0.633 0.005 0.004 0.006 0.040 0.084 0.155 139 P 0.085 0.758 0.001 0.001 0.001 0.013 0.080 0.062 140 E 0.015 0.829 0.002 0.001 0.001 0.013 0.059 0.079 141 E 0.016 0.875 0.003 0.001 0.004 0.010 0.044 0.047 142 K 0.030 0.835 0.003 0.004 0.006 0.012 0.065 0.044 143 K 0.012 0.812 0.003 0.010 0.010 0.019 0.068 0.065 144 R 0.008 0.853 0.004 0.009 0.017 0.013 0.042 0.054 145 R 0.018 0.870 0.005 0.011 0.012 0.009 0.045 0.031 146 M 0.041 0.691 0.014 0.023 0.018 0.024 0.106 0.084 147 E 0.031 0.690 0.020 0.020 0.016 0.024 0.104 0.095 148 R 0.055 0.787 0.006 0.005 0.008 0.013 0.034 0.092 149 K 0.034 0.800 0.005 0.007 0.006 0.017 0.038 0.092 150 Q 0.007 0.850 0.006 0.007 0.009 0.013 0.034 0.075 151 R 0.012 0.918 0.004 0.003 0.007 0.005 0.031 0.022 152 I 0.016 0.904 0.004 0.009 0.005 0.005 0.039 0.017 153 E 0.027 0.801 0.009 0.019 0.018 0.010 0.058 0.058 154 E 0.070 0.538 0.030 0.023 0.053 0.023 0.113 0.151 155 A 0.062 0.208 0.149 0.088 0.069 0.053 0.204 0.168 156 R 0.284 0.043 0.055 0.046 0.060 0.055 0.118 0.340 157 R 0.106 0.010 0.022 0.017 0.024 0.073 0.036 0.712 158 H 0.015 0.005 0.046 0.017 0.031 0.107 0.021 0.758 159 G 0.031 0.004 0.027 0.014 0.020 0.124 0.024 0.757 160 M 0.054 0.008 0.019 0.021 0.016 0.119 0.031 0.731 161 P 0.070 0.009 0.026 0.014 0.025 0.105 0.036 0.714