# TARGET T0561 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0561.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.79724 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.076 0.033 0.008 0.022 0.030 0.045 0.081 0.002 0.001 0.003 0.701 2 E 0.011 0.013 0.001 0.016 0.012 0.022 0.077 0.001 0.001 0.001 0.847 3 K 0.046 0.040 0.002 0.026 0.020 0.040 0.118 0.001 0.001 0.003 0.705 4 K 0.146 0.129 0.004 0.042 0.019 0.041 0.130 0.002 0.001 0.008 0.479 5 K 0.210 0.174 0.007 0.042 0.020 0.037 0.140 0.004 0.001 0.005 0.360 6 Y 0.227 0.336 0.020 0.039 0.014 0.025 0.071 0.009 0.001 0.003 0.257 7 L 0.101 0.422 0.012 0.035 0.019 0.043 0.047 0.010 0.001 0.002 0.309 8 D 0.080 0.264 0.006 0.020 0.014 0.032 0.084 0.010 0.001 0.003 0.488 9 S 0.137 0.215 0.009 0.012 0.006 0.017 0.054 0.007 0.001 0.004 0.540 10 E 0.085 0.188 0.008 0.008 0.002 0.006 0.177 0.003 0.001 0.004 0.519 11 F 0.160 0.280 0.011 0.006 0.001 0.002 0.267 0.004 0.001 0.002 0.266 12 L 0.095 0.651 0.010 0.004 0.002 0.003 0.029 0.005 0.001 0.001 0.199 13 L 0.037 0.744 0.005 0.007 0.003 0.006 0.021 0.007 0.001 0.001 0.169 14 H 0.087 0.695 0.004 0.004 0.002 0.004 0.013 0.014 0.001 0.001 0.176 15 C 0.125 0.729 0.008 0.003 0.002 0.003 0.011 0.018 0.001 0.001 0.101 16 I 0.050 0.804 0.014 0.003 0.001 0.003 0.020 0.013 0.001 0.001 0.092 17 S 0.057 0.650 0.011 0.004 0.002 0.005 0.033 0.015 0.001 0.001 0.220 18 A 0.049 0.360 0.007 0.003 0.001 0.002 0.028 0.005 0.001 0.001 0.544 19 Q 0.075 0.386 0.007 0.003 0.001 0.001 0.150 0.004 0.001 0.001 0.371 20 L 0.097 0.713 0.012 0.002 0.001 0.001 0.061 0.004 0.001 0.001 0.110 21 L 0.009 0.933 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.041 22 D 0.007 0.904 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.075 23 M 0.010 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.052 24 W 0.006 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.020 25 K 0.004 0.961 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.024 26 Q 0.006 0.962 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.021 27 A 0.009 0.966 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.013 28 R 0.011 0.960 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.014 29 A 0.014 0.932 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.033 30 R 0.033 0.872 0.009 0.001 0.001 0.002 0.007 0.009 0.001 0.001 0.065 31 W 0.059 0.778 0.011 0.001 0.002 0.002 0.014 0.009 0.001 0.001 0.123 32 L 0.023 0.856 0.032 0.003 0.006 0.007 0.010 0.006 0.001 0.001 0.056 33 E 0.012 0.815 0.008 0.003 0.014 0.017 0.018 0.005 0.001 0.001 0.107 34 L 0.017 0.828 0.006 0.003 0.007 0.009 0.012 0.006 0.001 0.001 0.111 35 V 0.016 0.914 0.005 0.003 0.005 0.011 0.007 0.005 0.001 0.001 0.035 36 G 0.021 0.836 0.005 0.003 0.007 0.017 0.010 0.009 0.001 0.001 0.092 37 K 0.030 0.748 0.010 0.003 0.005 0.010 0.013 0.008 0.001 0.001 0.173 38 E 0.052 0.682 0.007 0.002 0.002 0.004 0.043 0.008 0.001 0.001 0.199 39 W 0.064 0.729 0.008 0.001 0.002 0.004 0.033 0.006 0.001 0.001 0.152 40 A 0.030 0.795 0.011 0.001 0.003 0.006 0.019 0.005 0.001 0.001 0.129 41 H 0.030 0.837 0.005 0.002 0.002 0.003 0.015 0.006 0.001 0.001 0.100 42 M 0.055 0.867 0.005 0.001 0.003 0.003 0.004 0.008 0.001 0.001 0.053 43 L 0.041 0.885 0.007 0.002 0.005 0.006 0.003 0.017 0.001 0.001 0.034 44 A 0.065 0.769 0.020 0.004 0.008 0.015 0.005 0.040 0.001 0.001 0.074 45 L 0.198 0.524 0.028 0.006 0.008 0.019 0.013 0.073 0.001 0.002 0.130 46 N 0.228 0.286 0.038 0.010 0.038 0.023 0.042 0.062 0.001 0.003 0.270 47 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 48 E 0.009 0.006 0.010 0.012 0.009 0.036 0.524 0.001 0.001 0.004 0.388 49 R 0.516 0.018 0.009 0.009 0.009 0.008 0.128 0.002 0.001 0.029 0.271 50 K 0.179 0.214 0.015 0.027 0.045 0.029 0.080 0.003 0.001 0.007 0.401 51 D 0.037 0.057 0.010 0.049 0.031 0.047 0.135 0.002 0.001 0.007 0.624 52 F 0.116 0.083 0.005 0.195 0.083 0.117 0.096 0.003 0.001 0.007 0.294 53 L 0.039 0.096 0.004 0.173 0.181 0.169 0.099 0.003 0.001 0.003 0.233 54 W 0.025 0.072 0.009 0.128 0.141 0.246 0.056 0.003 0.001 0.003 0.317 55 K 0.036 0.089 0.010 0.122 0.097 0.222 0.106 0.004 0.001 0.006 0.310 56 N 0.120 0.054 0.005 0.042 0.049 0.092 0.135 0.004 0.001 0.011 0.489 57 Q 0.218 0.063 0.010 0.037 0.022 0.064 0.110 0.004 0.001 0.008 0.463 58 S 0.038 0.031 0.005 0.014 0.008 0.017 0.304 0.002 0.001 0.005 0.577 59 E 0.152 0.042 0.008 0.007 0.004 0.007 0.241 0.002 0.001 0.006 0.532 60 M 0.150 0.267 0.008 0.014 0.007 0.013 0.144 0.004 0.001 0.005 0.389 61 N 0.164 0.313 0.006 0.010 0.013 0.017 0.094 0.009 0.001 0.003 0.370 62 S 0.081 0.569 0.013 0.008 0.004 0.008 0.034 0.006 0.001 0.002 0.276 63 A 0.033 0.546 0.007 0.012 0.009 0.019 0.115 0.005 0.001 0.002 0.253 64 F 0.082 0.569 0.008 0.011 0.010 0.017 0.128 0.008 0.001 0.002 0.168 65 F 0.025 0.831 0.009 0.009 0.008 0.009 0.015 0.007 0.001 0.001 0.085 66 D 0.014 0.831 0.011 0.005 0.007 0.008 0.020 0.005 0.001 0.001 0.098 67 L 0.011 0.848 0.004 0.002 0.001 0.003 0.030 0.003 0.001 0.001 0.097 68 C 0.013 0.817 0.002 0.003 0.003 0.009 0.043 0.003 0.001 0.001 0.108 69 E 0.009 0.785 0.003 0.001 0.002 0.003 0.043 0.002 0.001 0.001 0.152 70 V 0.006 0.913 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.062 71 G 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 72 K 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 73 Q 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 74 V 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 75 M 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 76 L 0.015 0.950 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.011 77 G 0.080 0.793 0.018 0.002 0.002 0.003 0.003 0.065 0.001 0.001 0.033 78 L 0.067 0.757 0.097 0.002 0.002 0.003 0.005 0.037 0.001 0.001 0.029 79 L 0.066 0.634 0.042 0.011 0.006 0.011 0.033 0.035 0.001 0.001 0.162 80 G 0.228 0.227 0.060 0.021 0.017 0.031 0.060 0.041 0.001 0.008 0.308 81 K 0.248 0.123 0.074 0.020 0.015 0.015 0.047 0.012 0.001 0.005 0.441 82 E 0.043 0.036 0.015 0.019 0.010 0.013 0.127 0.003 0.001 0.002 0.732 83 V 0.134 0.043 0.027 0.057 0.049 0.067 0.125 0.005 0.001 0.005 0.489 84 A 0.057 0.052 0.011 0.057 0.036 0.067 0.094 0.005 0.001 0.004 0.617 85 L 0.040 0.042 0.015 0.041 0.066 0.069 0.121 0.003 0.001 0.003 0.601 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.987 87 K 0.010 0.008 0.001 0.008 0.012 0.044 0.118 0.001 0.001 0.001 0.797 88 E 0.087 0.035 0.001 0.004 0.004 0.010 0.211 0.001 0.001 0.009 0.638 89 E 0.178 0.237 0.005 0.003 0.005 0.009 0.134 0.002 0.001 0.005 0.423 90 Q 0.110 0.600 0.012 0.002 0.005 0.007 0.055 0.003 0.001 0.003 0.204 91 A 0.037 0.767 0.003 0.001 0.003 0.004 0.032 0.002 0.001 0.001 0.150 92 F 0.025 0.836 0.003 0.002 0.004 0.006 0.018 0.003 0.001 0.001 0.104 93 W 0.010 0.894 0.003 0.001 0.005 0.007 0.011 0.002 0.001 0.001 0.067 94 I 0.005 0.924 0.002 0.001 0.003 0.004 0.008 0.002 0.001 0.001 0.051 95 M 0.005 0.951 0.002 0.001 0.002 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.029 96 Y 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 97 A 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 98 V 0.007 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.011 99 H 0.018 0.948 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.016 100 L 0.027 0.909 0.009 0.001 0.001 0.002 0.003 0.016 0.001 0.001 0.031 101 S 0.043 0.804 0.020 0.002 0.002 0.004 0.012 0.022 0.001 0.001 0.090 102 A 0.068 0.650 0.020 0.003 0.001 0.003 0.024 0.016 0.001 0.001 0.215 103 A 0.065 0.667 0.015 0.003 0.001 0.002 0.050 0.010 0.001 0.001 0.185 104 C 0.091 0.656 0.012 0.003 0.001 0.002 0.038 0.012 0.001 0.001 0.184 105 A 0.047 0.791 0.015 0.004 0.002 0.003 0.013 0.010 0.001 0.001 0.115 106 E 0.040 0.748 0.008 0.004 0.003 0.005 0.019 0.012 0.001 0.001 0.161 107 E 0.130 0.659 0.008 0.003 0.002 0.003 0.015 0.018 0.001 0.001 0.162 108 L 0.130 0.730 0.015 0.004 0.003 0.004 0.013 0.018 0.001 0.001 0.083 109 H 0.133 0.513 0.016 0.006 0.006 0.008 0.035 0.035 0.001 0.001 0.246 110 M 0.130 0.395 0.074 0.012 0.007 0.011 0.025 0.019 0.001 0.002 0.324 111 E 0.045 0.128 0.009 0.014 0.009 0.014 0.060 0.006 0.001 0.002 0.713 112 V 0.072 0.109 0.012 0.010 0.010 0.014 0.128 0.004 0.001 0.002 0.640 113 A 0.097 0.310 0.014 0.025 0.018 0.039 0.070 0.006 0.001 0.004 0.417 114 M 0.074 0.351 0.013 0.020 0.020 0.034 0.080 0.005 0.001 0.004 0.399 115 S 0.080 0.364 0.005 0.018 0.011 0.017 0.084 0.005 0.001 0.002 0.414 116 L 0.119 0.343 0.008 0.025 0.022 0.040 0.048 0.008 0.001 0.003 0.384 117 R 0.057 0.509 0.016 0.026 0.049 0.068 0.074 0.012 0.001 0.003 0.186 118 K 0.094 0.402 0.014 0.018 0.025 0.035 0.036 0.014 0.001 0.003 0.359 119 L 0.098 0.499 0.026 0.051 0.073 0.066 0.030 0.020 0.001 0.002 0.134 120 N 0.137 0.170 0.010 0.041 0.094 0.151 0.043 0.030 0.001 0.004 0.320 121 V 0.064 0.074 0.181 0.197 0.102 0.102 0.048 0.010 0.001 0.005 0.216 122 K 0.009 0.009 0.002 0.154 0.174 0.151 0.066 0.002 0.001 0.001 0.430 123 L 0.010 0.004 0.006 0.071 0.081 0.160 0.021 0.001 0.001 0.001 0.645 124 K 0.015 0.009 0.002 0.293 0.165 0.291 0.055 0.001 0.001 0.005 0.163 125 D 0.037 0.004 0.004 0.052 0.025 0.070 0.083 0.001 0.001 0.012 0.712 126 F 0.206 0.016 0.009 0.353 0.068 0.102 0.054 0.002 0.001 0.008 0.181 127 N 0.023 0.005 0.002 0.084 0.048 0.054 0.290 0.001 0.001 0.006 0.489 128 F 0.044 0.014 0.011 0.127 0.068 0.068 0.139 0.002 0.001 0.017 0.511 129 G 0.033 0.011 0.009 0.075 0.097 0.183 0.232 0.001 0.001 0.034 0.325 130 G 0.060 0.006 0.002 0.061 0.056 0.059 0.245 0.001 0.001 0.010 0.501 131 T 0.059 0.025 0.008 0.094 0.102 0.194 0.103 0.001 0.001 0.011 0.402 132 R 0.030 0.027 0.003 0.096 0.188 0.298 0.111 0.001 0.001 0.006 0.241 133 Y 0.025 0.037 0.002 0.089 0.119 0.245 0.121 0.001 0.001 0.003 0.358 134 F 0.038 0.021 0.004 0.095 0.192 0.373 0.027 0.001 0.001 0.002 0.248 135 K 0.034 0.052 0.005 0.071 0.127 0.178 0.107 0.003 0.001 0.003 0.420 136 D 0.187 0.029 0.017 0.054 0.052 0.089 0.060 0.008 0.001 0.011 0.493 137 M 0.346 0.025 0.033 0.040 0.028 0.057 0.062 0.005 0.001 0.004 0.399 138 P 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.066 0.001 0.001 0.001 0.921 139 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 140 E 0.009 0.009 0.001 0.004 0.007 0.048 0.284 0.001 0.001 0.003 0.636 141 E 0.311 0.061 0.001 0.002 0.002 0.003 0.253 0.001 0.001 0.009 0.357 142 K 0.131 0.705 0.004 0.002 0.002 0.003 0.029 0.002 0.001 0.001 0.122 143 K 0.024 0.899 0.005 0.001 0.002 0.003 0.011 0.003 0.001 0.001 0.053 144 R 0.018 0.891 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.004 0.001 0.001 0.071 145 R 0.031 0.829 0.001 0.001 0.003 0.003 0.016 0.008 0.001 0.001 0.108 146 M 0.033 0.832 0.010 0.001 0.003 0.004 0.010 0.009 0.001 0.001 0.098 147 E 0.018 0.824 0.026 0.001 0.003 0.004 0.024 0.008 0.001 0.001 0.090 148 R 0.033 0.831 0.013 0.001 0.002 0.003 0.023 0.008 0.001 0.001 0.086 149 K 0.039 0.869 0.007 0.001 0.002 0.003 0.006 0.006 0.001 0.001 0.067 150 Q 0.025 0.873 0.008 0.001 0.002 0.003 0.018 0.005 0.001 0.001 0.066 151 R 0.029 0.751 0.004 0.001 0.001 0.002 0.051 0.005 0.001 0.001 0.156 152 I 0.019 0.834 0.008 0.001 0.002 0.003 0.015 0.004 0.001 0.001 0.113 153 E 0.006 0.879 0.003 0.001 0.001 0.002 0.012 0.002 0.001 0.001 0.093 154 E 0.016 0.891 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 0.001 0.001 0.071 155 A 0.026 0.943 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.015 156 R 0.007 0.971 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.005 157 R 0.022 0.912 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.028 158 H 0.227 0.591 0.021 0.004 0.004 0.005 0.004 0.083 0.001 0.001 0.061 159 G 0.377 0.173 0.079 0.006 0.007 0.009 0.012 0.119 0.001 0.002 0.216 160 M 0.071 0.045 0.456 0.010 0.016 0.012 0.045 0.013 0.001 0.002 0.330 161 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995