# TARGET T0561 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0561.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.79724 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.034 0.026 0.028 0.032 0.060 0.035 0.004 0.781 2 E 0.012 0.015 0.012 0.017 0.035 0.086 0.002 0.820 3 K 0.043 0.036 0.016 0.026 0.060 0.104 0.005 0.710 4 K 0.101 0.140 0.038 0.037 0.078 0.076 0.011 0.519 5 K 0.137 0.206 0.038 0.039 0.047 0.102 0.014 0.418 6 Y 0.181 0.229 0.038 0.031 0.057 0.042 0.015 0.407 7 L 0.104 0.345 0.059 0.052 0.103 0.073 0.013 0.249 8 D 0.054 0.157 0.020 0.023 0.041 0.082 0.012 0.613 9 S 0.043 0.122 0.015 0.006 0.013 0.057 0.010 0.735 10 E 0.051 0.115 0.013 0.004 0.005 0.382 0.014 0.416 11 F 0.193 0.206 0.009 0.004 0.005 0.281 0.022 0.281 12 L 0.063 0.671 0.032 0.006 0.013 0.050 0.007 0.159 13 L 0.041 0.730 0.044 0.008 0.014 0.037 0.005 0.122 14 H 0.062 0.712 0.021 0.005 0.008 0.020 0.007 0.166 15 C 0.083 0.747 0.017 0.003 0.006 0.012 0.011 0.121 16 I 0.061 0.742 0.021 0.005 0.009 0.034 0.014 0.114 17 S 0.060 0.652 0.016 0.005 0.007 0.038 0.017 0.204 18 A 0.029 0.429 0.010 0.001 0.002 0.035 0.007 0.487 19 Q 0.024 0.423 0.007 0.001 0.001 0.201 0.008 0.335 20 L 0.059 0.772 0.008 0.001 0.001 0.036 0.006 0.116 21 L 0.017 0.929 0.008 0.001 0.001 0.008 0.002 0.036 22 D 0.008 0.963 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.021 23 M 0.010 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 24 W 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 25 K 0.010 0.960 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.017 26 Q 0.016 0.953 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.019 27 A 0.011 0.966 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 28 R 0.013 0.957 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 29 A 0.016 0.925 0.009 0.001 0.002 0.002 0.008 0.037 30 R 0.050 0.847 0.008 0.007 0.004 0.009 0.021 0.054 31 W 0.052 0.827 0.013 0.004 0.005 0.009 0.017 0.074 32 L 0.024 0.773 0.046 0.040 0.031 0.011 0.008 0.067 33 E 0.021 0.752 0.042 0.041 0.032 0.019 0.005 0.089 34 L 0.034 0.785 0.021 0.019 0.025 0.015 0.006 0.095 35 V 0.024 0.835 0.023 0.020 0.046 0.009 0.005 0.038 36 G 0.029 0.709 0.017 0.024 0.048 0.015 0.009 0.150 37 K 0.038 0.558 0.012 0.023 0.041 0.031 0.013 0.285 38 E 0.048 0.547 0.009 0.005 0.009 0.083 0.013 0.285 39 W 0.022 0.730 0.010 0.005 0.011 0.022 0.006 0.195 40 A 0.012 0.802 0.011 0.004 0.007 0.039 0.003 0.122 41 H 0.024 0.876 0.006 0.002 0.003 0.022 0.004 0.063 42 M 0.042 0.914 0.006 0.001 0.002 0.002 0.005 0.027 43 L 0.022 0.943 0.009 0.002 0.002 0.002 0.004 0.015 44 A 0.072 0.798 0.009 0.009 0.011 0.007 0.023 0.070 45 L 0.171 0.626 0.012 0.008 0.014 0.010 0.061 0.097 46 N 0.297 0.275 0.026 0.019 0.016 0.061 0.081 0.225 47 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 48 E 0.014 0.019 0.016 0.009 0.012 0.640 0.008 0.283 49 R 0.699 0.018 0.006 0.005 0.004 0.089 0.015 0.164 50 K 0.163 0.271 0.064 0.025 0.032 0.053 0.013 0.379 51 D 0.047 0.089 0.066 0.016 0.024 0.070 0.009 0.680 52 F 0.138 0.087 0.070 0.058 0.085 0.049 0.011 0.503 53 L 0.094 0.203 0.072 0.115 0.168 0.117 0.012 0.219 54 W 0.062 0.157 0.074 0.105 0.168 0.078 0.011 0.344 55 K 0.074 0.167 0.120 0.066 0.108 0.125 0.020 0.320 56 N 0.105 0.096 0.088 0.068 0.087 0.102 0.025 0.429 57 Q 0.124 0.066 0.064 0.026 0.040 0.136 0.025 0.518 58 S 0.045 0.057 0.027 0.024 0.026 0.361 0.015 0.445 59 E 0.063 0.055 0.016 0.010 0.018 0.212 0.013 0.612 60 M 0.066 0.131 0.023 0.008 0.020 0.399 0.014 0.339 61 N 0.232 0.219 0.025 0.016 0.022 0.169 0.034 0.281 62 S 0.170 0.372 0.047 0.010 0.013 0.052 0.014 0.323 63 A 0.045 0.381 0.043 0.016 0.024 0.144 0.011 0.336 64 F 0.128 0.430 0.033 0.019 0.042 0.090 0.020 0.237 65 F 0.103 0.569 0.052 0.021 0.030 0.045 0.013 0.167 66 D 0.050 0.512 0.046 0.018 0.018 0.073 0.011 0.270 67 L 0.061 0.555 0.033 0.006 0.012 0.070 0.011 0.252 68 C 0.043 0.641 0.020 0.014 0.025 0.047 0.009 0.203 69 E 0.024 0.574 0.010 0.007 0.008 0.144 0.005 0.227 70 V 0.020 0.817 0.008 0.002 0.004 0.018 0.004 0.127 71 G 0.008 0.940 0.010 0.001 0.003 0.004 0.002 0.033 72 K 0.010 0.906 0.005 0.003 0.004 0.007 0.003 0.062 73 Q 0.014 0.926 0.004 0.002 0.003 0.004 0.003 0.044 74 V 0.008 0.966 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 75 M 0.005 0.965 0.006 0.002 0.004 0.002 0.002 0.014 76 L 0.017 0.918 0.026 0.006 0.008 0.001 0.004 0.019 77 G 0.035 0.853 0.029 0.012 0.015 0.003 0.017 0.036 78 L 0.121 0.613 0.037 0.018 0.021 0.010 0.034 0.146 79 L 0.038 0.568 0.099 0.044 0.059 0.028 0.027 0.136 80 G 0.086 0.125 0.054 0.029 0.052 0.045 0.044 0.565 81 K 0.199 0.086 0.083 0.068 0.058 0.078 0.035 0.393 82 E 0.079 0.029 0.039 0.025 0.026 0.081 0.014 0.707 83 V 0.053 0.028 0.045 0.074 0.087 0.043 0.006 0.664 84 A 0.040 0.047 0.054 0.055 0.133 0.065 0.006 0.601 85 L 0.078 0.033 0.032 0.057 0.104 0.114 0.006 0.577 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 87 K 0.009 0.009 0.005 0.008 0.021 0.044 0.001 0.902 88 E 0.117 0.075 0.012 0.013 0.025 0.222 0.008 0.527 89 E 0.230 0.259 0.007 0.007 0.017 0.072 0.014 0.394 90 Q 0.120 0.513 0.021 0.011 0.020 0.039 0.010 0.266 91 A 0.048 0.513 0.018 0.007 0.014 0.051 0.010 0.338 92 F 0.034 0.680 0.013 0.012 0.024 0.022 0.007 0.207 93 W 0.013 0.814 0.016 0.018 0.022 0.026 0.002 0.089 94 I 0.007 0.852 0.011 0.013 0.016 0.020 0.002 0.080 95 M 0.003 0.948 0.007 0.006 0.011 0.005 0.001 0.019 96 Y 0.002 0.981 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 97 A 0.003 0.987 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 98 V 0.004 0.984 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 99 H 0.049 0.894 0.002 0.002 0.004 0.002 0.019 0.028 100 L 0.027 0.919 0.014 0.002 0.004 0.003 0.011 0.020 101 S 0.037 0.749 0.016 0.004 0.004 0.034 0.032 0.124 102 A 0.086 0.586 0.013 0.002 0.002 0.025 0.020 0.267 103 A 0.039 0.641 0.027 0.002 0.002 0.068 0.015 0.207 104 C 0.083 0.661 0.019 0.004 0.003 0.055 0.014 0.160 105 A 0.030 0.855 0.029 0.003 0.004 0.008 0.003 0.067 106 E 0.023 0.878 0.018 0.003 0.004 0.009 0.006 0.060 107 E 0.104 0.701 0.007 0.002 0.003 0.013 0.024 0.145 108 L 0.099 0.769 0.019 0.003 0.004 0.010 0.024 0.071 109 H 0.102 0.573 0.046 0.011 0.012 0.036 0.043 0.179 110 M 0.107 0.354 0.093 0.023 0.021 0.029 0.021 0.353 111 E 0.051 0.190 0.068 0.021 0.020 0.075 0.012 0.565 112 V 0.052 0.150 0.040 0.023 0.031 0.066 0.008 0.631 113 A 0.067 0.341 0.089 0.032 0.061 0.040 0.013 0.356 114 M 0.089 0.301 0.071 0.057 0.064 0.054 0.014 0.349 115 S 0.131 0.258 0.041 0.048 0.068 0.072 0.019 0.363 116 L 0.113 0.317 0.098 0.063 0.108 0.029 0.017 0.256 117 R 0.053 0.205 0.070 0.176 0.170 0.077 0.015 0.234 118 K 0.086 0.119 0.056 0.050 0.063 0.093 0.017 0.516 119 L 0.109 0.154 0.142 0.135 0.201 0.036 0.024 0.199 120 N 0.100 0.073 0.146 0.114 0.159 0.058 0.025 0.327 121 V 0.036 0.023 0.233 0.140 0.125 0.034 0.004 0.407 122 K 0.013 0.018 0.141 0.137 0.212 0.139 0.005 0.336 123 L 0.033 0.013 0.100 0.118 0.194 0.072 0.005 0.466 124 K 0.024 0.021 0.153 0.094 0.167 0.124 0.006 0.411 125 D 0.046 0.011 0.060 0.037 0.053 0.112 0.009 0.672 126 F 0.105 0.025 0.107 0.067 0.098 0.081 0.013 0.504 127 N 0.060 0.021 0.044 0.053 0.064 0.403 0.013 0.342 128 F 0.088 0.026 0.073 0.061 0.094 0.121 0.019 0.519 129 G 0.094 0.023 0.071 0.043 0.073 0.186 0.020 0.492 130 G 0.057 0.016 0.064 0.078 0.086 0.141 0.009 0.549 131 T 0.061 0.023 0.045 0.076 0.134 0.123 0.010 0.528 132 R 0.037 0.021 0.035 0.096 0.147 0.080 0.004 0.578 133 Y 0.039 0.040 0.051 0.088 0.182 0.112 0.006 0.483 134 F 0.071 0.080 0.050 0.142 0.212 0.113 0.009 0.323 135 K 0.100 0.066 0.040 0.067 0.104 0.059 0.013 0.551 136 D 0.149 0.046 0.035 0.043 0.080 0.072 0.019 0.556 137 M 0.160 0.046 0.075 0.040 0.076 0.120 0.023 0.460 138 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.001 0.968 139 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 140 E 0.012 0.011 0.014 0.005 0.014 0.188 0.001 0.755 141 E 0.181 0.039 0.003 0.003 0.004 0.224 0.003 0.544 142 K 0.127 0.624 0.007 0.004 0.011 0.023 0.003 0.202 143 K 0.041 0.833 0.013 0.003 0.007 0.009 0.004 0.091 144 R 0.035 0.846 0.009 0.005 0.007 0.007 0.006 0.085 145 R 0.031 0.888 0.008 0.003 0.005 0.004 0.007 0.055 146 M 0.027 0.837 0.012 0.009 0.013 0.004 0.008 0.089 147 E 0.025 0.787 0.016 0.010 0.014 0.031 0.013 0.103 148 R 0.081 0.657 0.017 0.013 0.016 0.025 0.018 0.174 149 K 0.060 0.670 0.030 0.008 0.015 0.017 0.018 0.180 150 Q 0.074 0.555 0.035 0.025 0.018 0.053 0.017 0.223 151 R 0.064 0.442 0.023 0.009 0.017 0.070 0.012 0.363 152 I 0.029 0.502 0.029 0.022 0.043 0.024 0.004 0.347 153 E 0.010 0.645 0.025 0.022 0.034 0.083 0.004 0.177 154 E 0.035 0.541 0.008 0.009 0.015 0.084 0.005 0.303 155 A 0.016 0.929 0.015 0.004 0.010 0.002 0.002 0.023 156 R 0.016 0.933 0.013 0.005 0.008 0.002 0.004 0.020 157 R 0.052 0.834 0.008 0.007 0.010 0.005 0.016 0.068 158 H 0.122 0.678 0.017 0.008 0.012 0.007 0.063 0.093 159 G 0.330 0.175 0.035 0.014 0.023 0.017 0.160 0.247 160 M 0.133 0.054 0.159 0.033 0.023 0.069 0.028 0.501 161 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996