# TARGET T0561 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0561.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.79724 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.126 0.408 0.261 0.035 0.113 0.021 0.007 0.002 0.023 0.003 0.001 2 E 0.286 0.223 0.321 0.051 0.019 0.062 0.012 0.001 0.020 0.001 0.003 3 K 0.427 0.214 0.141 0.111 0.047 0.030 0.011 0.003 0.014 0.002 0.001 4 K 0.512 0.179 0.129 0.114 0.020 0.017 0.014 0.002 0.010 0.001 0.001 5 K 0.405 0.235 0.141 0.117 0.033 0.017 0.037 0.003 0.010 0.001 0.001 6 Y 0.219 0.242 0.239 0.113 0.069 0.059 0.031 0.005 0.020 0.002 0.001 7 L 0.364 0.228 0.256 0.084 0.023 0.021 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 8 D 0.419 0.109 0.264 0.058 0.020 0.085 0.018 0.003 0.016 0.006 0.002 9 S 0.926 0.008 0.025 0.030 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.957 0.006 0.011 0.023 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 11 F 0.876 0.011 0.014 0.081 0.004 0.010 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 12 L 0.960 0.005 0.008 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.971 0.010 0.008 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 H 0.918 0.009 0.006 0.050 0.005 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 15 C 0.886 0.012 0.041 0.044 0.003 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 16 I 0.853 0.023 0.029 0.072 0.002 0.011 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 17 S 0.916 0.006 0.032 0.026 0.004 0.008 0.004 0.001 0.003 0.002 0.001 18 A 0.991 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.985 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.985 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.989 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 D 0.980 0.003 0.004 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 23 M 0.976 0.004 0.004 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 W 0.964 0.004 0.012 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 K 0.989 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 Q 0.976 0.003 0.003 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 27 A 0.946 0.002 0.007 0.039 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 R 0.978 0.001 0.005 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 A 0.985 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 30 R 0.979 0.003 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 W 0.971 0.005 0.009 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 L 0.971 0.012 0.004 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 E 0.964 0.025 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 L 0.946 0.017 0.017 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 35 V 0.820 0.026 0.031 0.101 0.003 0.008 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 36 G 0.881 0.003 0.032 0.046 0.007 0.005 0.009 0.005 0.002 0.009 0.001 37 K 0.959 0.006 0.008 0.019 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 38 E 0.953 0.008 0.017 0.013 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 W 0.975 0.001 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 A 0.985 0.004 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 H 0.940 0.004 0.002 0.046 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 M 0.928 0.005 0.015 0.045 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 43 L 0.837 0.032 0.045 0.063 0.002 0.006 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 44 A 0.755 0.032 0.063 0.095 0.009 0.011 0.026 0.002 0.003 0.001 0.001 45 L 0.410 0.054 0.100 0.401 0.011 0.011 0.004 0.002 0.007 0.001 0.001 46 N 0.030 0.065 0.353 0.007 0.018 0.037 0.020 0.001 0.464 0.005 0.001 47 P 0.901 0.001 0.081 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 48 E 0.700 0.031 0.046 0.197 0.003 0.007 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 49 R 0.545 0.082 0.105 0.197 0.025 0.012 0.015 0.002 0.015 0.001 0.001 50 K 0.631 0.086 0.150 0.087 0.009 0.010 0.015 0.002 0.008 0.001 0.001 51 D 0.583 0.089 0.087 0.115 0.030 0.024 0.047 0.012 0.008 0.003 0.001 52 F 0.299 0.266 0.206 0.105 0.061 0.029 0.007 0.001 0.024 0.001 0.001 53 L 0.348 0.284 0.229 0.059 0.017 0.035 0.006 0.001 0.019 0.001 0.001 54 W 0.482 0.194 0.149 0.089 0.029 0.027 0.009 0.001 0.015 0.002 0.001 55 K 0.381 0.098 0.099 0.289 0.046 0.021 0.040 0.008 0.013 0.004 0.001 56 N 0.225 0.073 0.118 0.230 0.080 0.046 0.131 0.053 0.025 0.019 0.001 57 Q 0.485 0.083 0.145 0.173 0.017 0.022 0.051 0.005 0.014 0.003 0.001 58 S 0.558 0.114 0.192 0.064 0.018 0.020 0.016 0.004 0.008 0.004 0.001 59 E 0.660 0.037 0.058 0.208 0.007 0.019 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 60 M 0.694 0.064 0.053 0.130 0.029 0.010 0.008 0.002 0.009 0.001 0.001 61 N 0.701 0.059 0.105 0.064 0.011 0.025 0.018 0.002 0.011 0.002 0.001 62 S 0.878 0.021 0.026 0.043 0.013 0.005 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 63 A 0.914 0.028 0.020 0.020 0.009 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 64 F 0.754 0.047 0.027 0.137 0.006 0.016 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 65 F 0.815 0.045 0.037 0.056 0.015 0.009 0.012 0.001 0.008 0.001 0.001 66 D 0.688 0.031 0.081 0.095 0.016 0.042 0.025 0.002 0.018 0.002 0.001 67 L 0.916 0.006 0.020 0.048 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 68 C 0.950 0.011 0.012 0.017 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.965 0.007 0.012 0.007 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 V 0.981 0.005 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 G 0.984 0.002 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.988 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Q 0.985 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 V 0.984 0.007 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 M 0.962 0.010 0.012 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 76 L 0.859 0.017 0.017 0.088 0.001 0.007 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 77 G 0.719 0.011 0.035 0.056 0.072 0.006 0.024 0.053 0.004 0.021 0.001 78 L 0.752 0.043 0.057 0.115 0.005 0.013 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 79 L 0.413 0.055 0.095 0.367 0.009 0.011 0.035 0.001 0.013 0.001 0.001 80 G 0.088 0.008 0.036 0.046 0.077 0.009 0.125 0.423 0.004 0.185 0.001 81 K 0.334 0.164 0.247 0.151 0.036 0.019 0.026 0.006 0.013 0.002 0.002 82 E 0.215 0.284 0.299 0.114 0.015 0.044 0.011 0.001 0.014 0.001 0.002 83 V 0.119 0.443 0.272 0.075 0.032 0.026 0.010 0.001 0.021 0.001 0.001 84 A 0.125 0.239 0.380 0.089 0.034 0.077 0.028 0.004 0.017 0.004 0.004 85 L 0.016 0.279 0.443 0.006 0.079 0.029 0.004 0.001 0.139 0.004 0.001 86 P 0.273 0.005 0.645 0.012 0.003 0.029 0.001 0.001 0.003 0.004 0.025 87 K 0.626 0.074 0.175 0.064 0.012 0.021 0.010 0.004 0.011 0.001 0.001 88 E 0.743 0.072 0.113 0.046 0.005 0.010 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 89 E 0.809 0.023 0.034 0.117 0.004 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 90 Q 0.793 0.038 0.046 0.066 0.019 0.008 0.021 0.003 0.004 0.001 0.001 91 A 0.873 0.034 0.039 0.030 0.011 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 92 F 0.861 0.062 0.028 0.035 0.007 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 93 W 0.937 0.040 0.009 0.003 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 I 0.956 0.037 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 M 0.978 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 Y 0.937 0.028 0.006 0.018 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 97 A 0.966 0.014 0.006 0.004 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 98 V 0.978 0.012 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 99 H 0.880 0.017 0.038 0.021 0.012 0.020 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 100 L 0.926 0.006 0.009 0.052 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 101 S 0.967 0.006 0.008 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.935 0.005 0.005 0.045 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 103 A 0.915 0.010 0.020 0.042 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 104 C 0.789 0.031 0.066 0.067 0.006 0.015 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 105 A 0.975 0.002 0.012 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 E 0.923 0.008 0.006 0.059 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 E 0.910 0.012 0.014 0.054 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 108 L 0.702 0.023 0.036 0.218 0.003 0.004 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 109 H 0.426 0.039 0.063 0.204 0.031 0.027 0.165 0.028 0.010 0.007 0.001 110 M 0.427 0.127 0.261 0.088 0.037 0.022 0.013 0.003 0.019 0.003 0.001 111 E 0.644 0.058 0.208 0.038 0.005 0.030 0.006 0.001 0.006 0.001 0.002 112 V 0.674 0.100 0.066 0.114 0.017 0.013 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 113 A 0.682 0.079 0.119 0.045 0.024 0.018 0.015 0.004 0.010 0.003 0.001 114 M 0.699 0.096 0.081 0.077 0.015 0.010 0.011 0.001 0.008 0.001 0.001 115 S 0.553 0.110 0.143 0.047 0.063 0.027 0.020 0.006 0.025 0.006 0.001 116 L 0.756 0.051 0.078 0.086 0.006 0.012 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 117 R 0.708 0.122 0.059 0.050 0.017 0.008 0.024 0.002 0.010 0.001 0.001 118 K 0.534 0.130 0.138 0.084 0.026 0.030 0.038 0.003 0.014 0.001 0.001 119 L 0.292 0.259 0.180 0.181 0.044 0.015 0.009 0.001 0.018 0.001 0.001 120 N 0.124 0.158 0.292 0.076 0.028 0.130 0.154 0.013 0.019 0.003 0.002 121 V 0.079 0.606 0.190 0.024 0.041 0.036 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 122 K 0.043 0.186 0.559 0.009 0.016 0.142 0.005 0.001 0.037 0.002 0.001 123 L 0.230 0.127 0.459 0.047 0.011 0.095 0.007 0.001 0.019 0.001 0.003 124 K 0.432 0.210 0.165 0.055 0.073 0.021 0.013 0.006 0.014 0.009 0.001 125 D 0.147 0.156 0.238 0.191 0.078 0.107 0.037 0.008 0.032 0.005 0.003 126 F 0.212 0.241 0.227 0.147 0.086 0.036 0.012 0.005 0.028 0.004 0.002 127 N 0.228 0.188 0.250 0.141 0.035 0.067 0.036 0.007 0.033 0.010 0.005 128 F 0.199 0.159 0.181 0.256 0.041 0.025 0.085 0.006 0.041 0.005 0.002 129 G 0.055 0.018 0.086 0.045 0.158 0.006 0.085 0.239 0.008 0.296 0.002 130 G 0.149 0.031 0.159 0.066 0.170 0.017 0.031 0.206 0.007 0.160 0.004 131 T 0.285 0.229 0.197 0.172 0.043 0.035 0.016 0.003 0.017 0.001 0.002 132 R 0.397 0.274 0.151 0.043 0.070 0.021 0.015 0.003 0.023 0.002 0.001 133 Y 0.361 0.206 0.238 0.061 0.036 0.055 0.012 0.002 0.023 0.002 0.003 134 F 0.433 0.218 0.172 0.103 0.020 0.017 0.010 0.001 0.022 0.001 0.003 135 K 0.439 0.208 0.142 0.100 0.046 0.011 0.026 0.006 0.014 0.005 0.004 136 D 0.068 0.082 0.128 0.400 0.052 0.066 0.160 0.019 0.015 0.004 0.004 137 M 0.044 0.259 0.478 0.043 0.070 0.015 0.015 0.003 0.065 0.006 0.001 138 P 0.007 0.013 0.870 0.001 0.005 0.042 0.002 0.001 0.053 0.006 0.002 139 P 0.576 0.001 0.380 0.014 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 140 E 0.908 0.017 0.046 0.022 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 141 E 0.867 0.023 0.025 0.076 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 142 K 0.846 0.030 0.030 0.072 0.009 0.004 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 143 K 0.875 0.039 0.036 0.033 0.003 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 144 R 0.768 0.076 0.050 0.076 0.013 0.007 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 145 R 0.687 0.072 0.118 0.072 0.010 0.020 0.012 0.002 0.008 0.001 0.001 146 M 0.686 0.098 0.118 0.057 0.012 0.014 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 147 E 0.736 0.059 0.103 0.064 0.006 0.017 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 148 R 0.647 0.087 0.076 0.125 0.030 0.014 0.007 0.001 0.011 0.001 0.001 149 K 0.800 0.029 0.073 0.070 0.005 0.009 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 150 Q 0.732 0.057 0.057 0.112 0.011 0.009 0.016 0.002 0.004 0.001 0.001 151 R 0.631 0.105 0.153 0.038 0.012 0.045 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 152 I 0.946 0.015 0.020 0.012 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 E 0.975 0.011 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 E 0.942 0.014 0.005 0.030 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 155 A 0.929 0.009 0.016 0.033 0.005 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 156 R 0.915 0.020 0.030 0.022 0.002 0.003 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 157 R 0.840 0.026 0.022 0.091 0.005 0.003 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 158 H 0.397 0.040 0.070 0.400 0.011 0.008 0.055 0.006 0.011 0.001 0.001 159 G 0.129 0.039 0.142 0.110 0.042 0.024 0.230 0.233 0.015 0.034 0.003 160 M 0.046 0.228 0.556 0.013 0.040 0.020 0.012 0.001 0.075 0.009 0.001 161 P 0.143 0.009 0.736 0.018 0.005 0.036 0.002 0.001 0.003 0.007 0.042