# TARGET T0561 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0561.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.79724 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.083 0.192 0.048 0.011 0.170 0.016 0.031 0.286 0.085 0.044 0.034 2 E 0.085 0.172 0.058 0.011 0.152 0.016 0.035 0.319 0.072 0.043 0.038 3 K 0.090 0.071 0.020 0.008 0.122 0.012 0.021 0.425 0.140 0.063 0.028 4 K 0.031 0.040 0.015 0.009 0.058 0.016 0.043 0.553 0.188 0.034 0.012 5 K 0.042 0.050 0.019 0.008 0.066 0.012 0.086 0.526 0.109 0.060 0.023 6 Y 0.105 0.078 0.024 0.008 0.094 0.008 0.045 0.363 0.068 0.150 0.057 7 L 0.029 0.286 0.111 0.023 0.080 0.039 0.041 0.195 0.063 0.100 0.032 8 D 0.124 0.264 0.066 0.007 0.203 0.005 0.009 0.221 0.031 0.043 0.026 9 S 0.002 0.008 0.003 0.001 0.004 0.001 0.002 0.661 0.301 0.015 0.002 10 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.889 0.087 0.006 0.001 11 F 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.879 0.078 0.027 0.002 12 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.778 0.156 0.045 0.002 13 L 0.002 0.007 0.003 0.002 0.004 0.004 0.023 0.783 0.155 0.015 0.001 14 H 0.008 0.015 0.009 0.003 0.016 0.005 0.052 0.696 0.111 0.079 0.005 15 C 0.042 0.030 0.013 0.002 0.034 0.004 0.051 0.653 0.087 0.071 0.012 16 I 0.031 0.143 0.052 0.008 0.043 0.013 0.032 0.373 0.113 0.168 0.023 17 S 0.034 0.065 0.015 0.004 0.056 0.004 0.009 0.683 0.086 0.030 0.014 18 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.826 0.157 0.004 0.001 19 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.919 0.058 0.008 0.001 20 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.898 0.063 0.031 0.001 21 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.929 0.057 0.003 0.001 22 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.966 0.019 0.002 0.001 23 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.953 0.033 0.005 0.001 24 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.039 0.002 0.001 25 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.948 0.047 0.001 0.001 26 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.960 0.023 0.004 0.001 27 A 0.002 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.009 0.929 0.038 0.008 0.001 28 R 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.890 0.081 0.011 0.002 29 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.934 0.048 0.004 0.001 30 R 0.002 0.008 0.003 0.001 0.003 0.002 0.017 0.893 0.058 0.011 0.001 31 W 0.011 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.007 0.856 0.090 0.018 0.003 32 L 0.011 0.012 0.003 0.002 0.024 0.003 0.009 0.816 0.109 0.008 0.004 33 E 0.015 0.021 0.007 0.002 0.029 0.002 0.045 0.808 0.059 0.008 0.005 34 L 0.052 0.011 0.004 0.003 0.016 0.002 0.069 0.738 0.044 0.049 0.010 35 V 0.016 0.208 0.053 0.018 0.048 0.019 0.050 0.394 0.085 0.091 0.018 36 G 0.018 0.061 0.025 0.016 0.035 0.011 0.016 0.637 0.113 0.047 0.020 37 K 0.003 0.024 0.014 0.003 0.012 0.007 0.023 0.737 0.149 0.024 0.004 38 E 0.016 0.049 0.013 0.002 0.019 0.003 0.025 0.720 0.081 0.064 0.008 39 W 0.005 0.006 0.002 0.001 0.005 0.001 0.002 0.779 0.162 0.033 0.004 40 A 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.003 0.007 0.874 0.097 0.005 0.001 41 H 0.004 0.008 0.003 0.001 0.004 0.003 0.021 0.808 0.097 0.050 0.002 42 M 0.005 0.005 0.002 0.001 0.008 0.003 0.018 0.778 0.137 0.041 0.002 43 L 0.008 0.014 0.005 0.003 0.014 0.012 0.028 0.661 0.220 0.032 0.005 44 A 0.029 0.021 0.009 0.004 0.041 0.009 0.081 0.548 0.146 0.102 0.012 45 L 0.046 0.116 0.083 0.010 0.096 0.025 0.094 0.151 0.065 0.285 0.029 46 N 0.183 0.216 0.071 0.003 0.422 0.002 0.004 0.022 0.010 0.010 0.055 47 P 0.011 0.027 0.007 0.002 0.020 0.006 0.020 0.411 0.465 0.026 0.005 48 E 0.018 0.031 0.018 0.006 0.023 0.017 0.110 0.424 0.171 0.166 0.015 49 R 0.103 0.143 0.026 0.009 0.148 0.010 0.020 0.268 0.103 0.129 0.040 50 K 0.074 0.077 0.037 0.029 0.099 0.042 0.056 0.361 0.123 0.064 0.037 51 D 0.091 0.078 0.028 0.017 0.125 0.026 0.054 0.295 0.133 0.106 0.047 52 F 0.087 0.114 0.030 0.014 0.211 0.015 0.040 0.280 0.100 0.076 0.034 53 L 0.143 0.104 0.034 0.012 0.210 0.019 0.049 0.241 0.075 0.063 0.050 54 W 0.165 0.106 0.032 0.014 0.230 0.018 0.037 0.162 0.073 0.089 0.073 55 K 0.057 0.104 0.068 0.042 0.130 0.090 0.106 0.141 0.081 0.131 0.050 56 N 0.179 0.182 0.076 0.014 0.331 0.009 0.011 0.050 0.028 0.060 0.060 57 Q 0.027 0.037 0.012 0.006 0.042 0.008 0.013 0.235 0.461 0.138 0.020 58 S 0.031 0.079 0.036 0.012 0.063 0.019 0.037 0.447 0.188 0.071 0.020 59 E 0.035 0.038 0.012 0.004 0.041 0.008 0.024 0.543 0.183 0.092 0.019 60 M 0.042 0.046 0.027 0.012 0.053 0.019 0.047 0.509 0.127 0.097 0.020 61 N 0.052 0.062 0.021 0.013 0.071 0.017 0.024 0.504 0.133 0.078 0.025 62 S 0.019 0.022 0.008 0.005 0.040 0.007 0.020 0.598 0.228 0.040 0.012 63 A 0.020 0.049 0.017 0.007 0.037 0.009 0.046 0.668 0.099 0.040 0.008 64 F 0.083 0.029 0.010 0.005 0.069 0.006 0.025 0.484 0.100 0.142 0.047 65 F 0.039 0.129 0.030 0.010 0.135 0.016 0.027 0.479 0.095 0.023 0.018 66 D 0.056 0.083 0.031 0.008 0.074 0.009 0.032 0.591 0.066 0.034 0.016 67 L 0.016 0.007 0.003 0.001 0.015 0.001 0.006 0.688 0.208 0.046 0.009 68 C 0.006 0.019 0.005 0.002 0.018 0.004 0.009 0.852 0.074 0.007 0.003 69 E 0.005 0.008 0.003 0.001 0.006 0.001 0.007 0.928 0.035 0.005 0.002 70 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.032 0.004 0.001 71 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.930 0.060 0.002 0.001 72 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.953 0.038 0.002 0.001 73 Q 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.959 0.025 0.003 0.001 74 V 0.012 0.006 0.001 0.001 0.013 0.001 0.022 0.901 0.038 0.004 0.001 75 M 0.023 0.003 0.001 0.004 0.010 0.002 0.046 0.845 0.049 0.013 0.003 76 L 0.013 0.052 0.024 0.018 0.040 0.015 0.070 0.617 0.101 0.040 0.009 77 G 0.031 0.060 0.065 0.029 0.056 0.014 0.027 0.375 0.155 0.122 0.065 78 L 0.054 0.034 0.018 0.011 0.044 0.013 0.107 0.474 0.127 0.093 0.027 79 L 0.017 0.389 0.169 0.050 0.068 0.040 0.082 0.082 0.037 0.046 0.020 80 G 0.065 0.062 0.065 0.102 0.060 0.033 0.027 0.087 0.068 0.276 0.154 81 K 0.073 0.195 0.058 0.016 0.191 0.021 0.040 0.159 0.144 0.073 0.029 82 E 0.151 0.126 0.034 0.013 0.205 0.024 0.054 0.108 0.105 0.121 0.058 83 V 0.125 0.207 0.070 0.021 0.265 0.016 0.035 0.066 0.056 0.076 0.061 84 A 0.101 0.183 0.127 0.045 0.156 0.023 0.050 0.071 0.047 0.131 0.065 85 L 0.021 0.330 0.482 0.037 0.062 0.005 0.008 0.018 0.011 0.014 0.014 86 P 0.027 0.412 0.257 0.026 0.080 0.008 0.017 0.100 0.046 0.015 0.012 87 K 0.020 0.060 0.023 0.006 0.040 0.011 0.035 0.536 0.231 0.027 0.011 88 E 0.009 0.026 0.014 0.005 0.017 0.010 0.033 0.625 0.208 0.044 0.008 89 E 0.017 0.013 0.008 0.003 0.017 0.006 0.022 0.685 0.136 0.080 0.014 90 Q 0.018 0.033 0.010 0.004 0.031 0.007 0.015 0.750 0.100 0.023 0.009 91 A 0.024 0.015 0.005 0.004 0.025 0.004 0.016 0.812 0.069 0.018 0.009 92 F 0.032 0.015 0.003 0.002 0.045 0.002 0.008 0.828 0.050 0.009 0.006 93 W 0.015 0.009 0.002 0.001 0.031 0.001 0.009 0.903 0.027 0.002 0.002 94 I 0.019 0.003 0.001 0.001 0.016 0.001 0.009 0.927 0.018 0.002 0.002 95 M 0.022 0.006 0.001 0.002 0.022 0.001 0.010 0.901 0.029 0.003 0.003 96 Y 0.011 0.007 0.002 0.002 0.018 0.002 0.008 0.901 0.043 0.004 0.004 97 A 0.014 0.007 0.002 0.001 0.025 0.001 0.007 0.884 0.051 0.004 0.003 98 V 0.013 0.008 0.002 0.002 0.016 0.001 0.045 0.872 0.034 0.004 0.002 99 H 0.049 0.023 0.007 0.004 0.029 0.001 0.044 0.788 0.032 0.013 0.010 100 L 0.010 0.017 0.006 0.003 0.016 0.004 0.011 0.753 0.142 0.029 0.009 101 S 0.004 0.015 0.006 0.003 0.009 0.005 0.014 0.805 0.119 0.016 0.004 102 A 0.004 0.010 0.004 0.001 0.006 0.002 0.017 0.819 0.107 0.027 0.003 103 A 0.007 0.031 0.008 0.002 0.010 0.002 0.019 0.844 0.056 0.018 0.003 104 C 0.008 0.014 0.004 0.001 0.010 0.002 0.006 0.846 0.087 0.018 0.005 105 A 0.003 0.004 0.002 0.001 0.004 0.003 0.007 0.816 0.148 0.010 0.002 106 E 0.002 0.005 0.003 0.001 0.004 0.004 0.033 0.809 0.111 0.025 0.001 107 E 0.016 0.013 0.007 0.002 0.020 0.005 0.044 0.644 0.139 0.100 0.009 108 L 0.032 0.102 0.024 0.007 0.066 0.011 0.069 0.523 0.103 0.049 0.014 109 H 0.073 0.055 0.028 0.012 0.055 0.013 0.048 0.400 0.103 0.166 0.047 110 M 0.056 0.185 0.053 0.014 0.128 0.014 0.029 0.335 0.103 0.057 0.026 111 E 0.046 0.063 0.030 0.013 0.068 0.018 0.044 0.527 0.131 0.040 0.020 112 V 0.028 0.049 0.018 0.007 0.044 0.013 0.054 0.560 0.147 0.065 0.016 113 A 0.068 0.058 0.018 0.007 0.099 0.009 0.029 0.466 0.123 0.095 0.028 114 M 0.054 0.086 0.029 0.013 0.093 0.020 0.054 0.464 0.114 0.048 0.025 115 S 0.083 0.176 0.049 0.007 0.148 0.010 0.033 0.322 0.082 0.053 0.037 116 L 0.058 0.029 0.007 0.004 0.067 0.007 0.014 0.448 0.269 0.078 0.020 117 R 0.024 0.060 0.020 0.010 0.059 0.027 0.071 0.495 0.190 0.035 0.009 118 K 0.167 0.023 0.011 0.007 0.111 0.013 0.080 0.290 0.106 0.142 0.049 119 L 0.072 0.306 0.052 0.016 0.238 0.029 0.079 0.117 0.041 0.030 0.019 120 N 0.285 0.071 0.018 0.009 0.344 0.012 0.017 0.043 0.022 0.062 0.117 121 V 0.204 0.187 0.010 0.004 0.498 0.005 0.009 0.029 0.015 0.012 0.027 122 K 0.187 0.147 0.039 0.005 0.492 0.009 0.022 0.033 0.008 0.011 0.047 123 L 0.350 0.106 0.020 0.007 0.324 0.008 0.010 0.052 0.029 0.030 0.063 124 K 0.092 0.132 0.053 0.040 0.202 0.073 0.097 0.144 0.077 0.048 0.042 125 D 0.191 0.097 0.043 0.013 0.274 0.016 0.032 0.104 0.064 0.082 0.086 126 F 0.132 0.171 0.042 0.017 0.251 0.017 0.038 0.123 0.082 0.077 0.050 127 N 0.130 0.088 0.061 0.049 0.145 0.051 0.063 0.131 0.070 0.119 0.093 128 F 0.062 0.222 0.101 0.064 0.122 0.056 0.073 0.120 0.057 0.081 0.042 129 G 0.030 0.057 0.075 0.203 0.032 0.076 0.062 0.112 0.059 0.239 0.056 130 G 0.037 0.198 0.326 0.114 0.068 0.019 0.011 0.073 0.043 0.081 0.028 131 T 0.079 0.160 0.038 0.007 0.197 0.011 0.023 0.309 0.119 0.033 0.025 132 R 0.062 0.138 0.039 0.010 0.113 0.016 0.042 0.422 0.098 0.040 0.021 133 Y 0.124 0.102 0.029 0.008 0.139 0.007 0.035 0.370 0.082 0.061 0.042 134 F 0.076 0.066 0.023 0.013 0.089 0.024 0.022 0.382 0.216 0.063 0.026 135 K 0.016 0.030 0.014 0.013 0.027 0.040 0.141 0.438 0.219 0.051 0.011 136 D 0.044 0.043 0.022 0.008 0.067 0.011 0.055 0.129 0.093 0.490 0.038 137 M 0.030 0.452 0.222 0.024 0.094 0.010 0.032 0.034 0.019 0.057 0.027 138 P 0.016 0.441 0.451 0.012 0.042 0.002 0.002 0.012 0.005 0.006 0.012 139 P 0.015 0.132 0.017 0.002 0.044 0.004 0.014 0.599 0.157 0.011 0.005 140 E 0.002 0.009 0.004 0.001 0.004 0.004 0.010 0.798 0.154 0.011 0.002 141 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.899 0.072 0.011 0.001 142 K 0.004 0.004 0.003 0.001 0.006 0.003 0.004 0.886 0.069 0.017 0.002 143 K 0.005 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.014 0.908 0.050 0.008 0.002 144 R 0.007 0.008 0.004 0.002 0.007 0.001 0.019 0.910 0.030 0.009 0.002 145 R 0.010 0.007 0.003 0.001 0.009 0.001 0.011 0.925 0.022 0.009 0.003 146 M 0.004 0.006 0.002 0.001 0.005 0.001 0.004 0.923 0.051 0.004 0.002 147 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.935 0.042 0.004 0.001 148 R 0.002 0.006 0.003 0.001 0.004 0.002 0.007 0.900 0.059 0.014 0.002 149 K 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.923 0.050 0.006 0.002 150 Q 0.002 0.007 0.003 0.001 0.004 0.001 0.011 0.931 0.034 0.004 0.001 151 R 0.010 0.011 0.004 0.001 0.006 0.001 0.008 0.918 0.026 0.012 0.003 152 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.943 0.044 0.003 0.001 153 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.951 0.042 0.001 0.001 154 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.953 0.030 0.004 0.001 155 A 0.003 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.012 0.888 0.064 0.016 0.001 156 R 0.010 0.009 0.005 0.002 0.012 0.006 0.031 0.725 0.154 0.037 0.008 157 R 0.011 0.036 0.016 0.009 0.020 0.020 0.136 0.598 0.104 0.044 0.008 158 H 0.025 0.373 0.163 0.030 0.073 0.022 0.075 0.081 0.044 0.094 0.020 159 G 0.072 0.096 0.105 0.096 0.055 0.018 0.023 0.040 0.046 0.283 0.168 160 M 0.040 0.318 0.344 0.042 0.093 0.011 0.022 0.040 0.033 0.029 0.030 161 P 0.056 0.322 0.114 0.017 0.140 0.021 0.048 0.117 0.087 0.042 0.034