# TARGET T0561 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0561.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.79724 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.798 0.138 0.051 0.011 0.002 0.001 0.001 2 E 0.777 0.165 0.047 0.009 0.001 0.001 0.001 3 K 0.726 0.197 0.063 0.011 0.002 0.001 0.001 4 K 0.577 0.264 0.126 0.029 0.005 0.001 0.001 5 K 0.466 0.395 0.101 0.032 0.005 0.001 0.001 6 Y 0.139 0.234 0.304 0.216 0.097 0.010 0.001 7 L 0.055 0.085 0.214 0.390 0.209 0.046 0.001 8 D 0.383 0.278 0.229 0.080 0.025 0.005 0.001 9 S 0.559 0.258 0.135 0.037 0.009 0.002 0.001 10 E 0.561 0.281 0.124 0.026 0.007 0.002 0.001 11 F 0.099 0.187 0.276 0.252 0.147 0.037 0.003 12 L 0.057 0.077 0.099 0.217 0.309 0.220 0.022 13 L 0.113 0.194 0.279 0.245 0.129 0.037 0.003 14 H 0.213 0.353 0.234 0.131 0.050 0.017 0.002 15 C 0.070 0.126 0.221 0.252 0.223 0.100 0.009 16 I 0.059 0.074 0.114 0.222 0.300 0.196 0.036 17 S 0.157 0.286 0.241 0.195 0.087 0.030 0.003 18 A 0.381 0.317 0.164 0.095 0.033 0.009 0.001 19 Q 0.230 0.295 0.267 0.129 0.055 0.021 0.003 20 L 0.048 0.061 0.099 0.205 0.298 0.250 0.040 21 L 0.051 0.109 0.173 0.287 0.238 0.127 0.014 22 D 0.242 0.325 0.251 0.117 0.043 0.019 0.003 23 M 0.074 0.115 0.193 0.270 0.221 0.111 0.016 24 W 0.064 0.075 0.111 0.179 0.290 0.243 0.037 25 K 0.176 0.250 0.233 0.216 0.087 0.034 0.004 26 Q 0.362 0.285 0.207 0.088 0.040 0.016 0.002 27 A 0.128 0.161 0.199 0.212 0.185 0.102 0.013 28 R 0.115 0.179 0.201 0.263 0.145 0.085 0.013 29 A 0.383 0.287 0.206 0.079 0.031 0.012 0.002 30 R 0.140 0.271 0.241 0.203 0.103 0.037 0.005 31 W 0.029 0.046 0.082 0.164 0.311 0.314 0.054 32 L 0.021 0.045 0.114 0.231 0.298 0.255 0.035 33 E 0.085 0.277 0.364 0.188 0.061 0.022 0.003 34 L 0.021 0.060 0.144 0.254 0.320 0.181 0.019 35 V 0.017 0.036 0.073 0.192 0.394 0.264 0.024 36 G 0.134 0.272 0.314 0.195 0.067 0.017 0.001 37 K 0.473 0.340 0.120 0.051 0.013 0.003 0.001 38 E 0.351 0.326 0.216 0.073 0.025 0.007 0.001 39 W 0.094 0.112 0.160 0.321 0.234 0.075 0.004 40 A 0.435 0.321 0.164 0.061 0.016 0.003 0.001 41 H 0.334 0.327 0.179 0.108 0.041 0.010 0.001 42 M 0.240 0.163 0.206 0.194 0.148 0.047 0.002 43 L 0.225 0.218 0.209 0.221 0.096 0.029 0.001 44 A 0.616 0.240 0.109 0.026 0.008 0.002 0.001 45 L 0.313 0.257 0.187 0.160 0.069 0.014 0.001 46 N 0.529 0.291 0.116 0.047 0.013 0.004 0.001 47 P 0.433 0.270 0.151 0.105 0.034 0.007 0.001 48 E 0.492 0.283 0.150 0.054 0.017 0.004 0.001 49 R 0.133 0.207 0.228 0.274 0.126 0.031 0.001 50 K 0.281 0.306 0.223 0.132 0.047 0.010 0.001 51 D 0.313 0.383 0.186 0.089 0.023 0.006 0.001 52 F 0.040 0.063 0.104 0.261 0.349 0.174 0.010 53 L 0.103 0.223 0.291 0.247 0.102 0.031 0.002 54 W 0.109 0.144 0.172 0.281 0.209 0.078 0.005 55 K 0.363 0.310 0.211 0.077 0.028 0.009 0.001 56 N 0.197 0.200 0.177 0.206 0.142 0.069 0.009 57 Q 0.403 0.261 0.178 0.095 0.043 0.016 0.003 58 S 0.344 0.282 0.131 0.142 0.069 0.029 0.004 59 E 0.384 0.215 0.189 0.109 0.064 0.032 0.007 60 M 0.173 0.140 0.143 0.188 0.181 0.137 0.039 61 N 0.168 0.175 0.159 0.190 0.153 0.116 0.038 62 S 0.173 0.165 0.169 0.170 0.153 0.122 0.048 63 A 0.102 0.088 0.098 0.148 0.190 0.233 0.141 64 F 0.085 0.084 0.089 0.129 0.179 0.267 0.167 65 F 0.111 0.107 0.124 0.178 0.184 0.207 0.089 66 D 0.100 0.143 0.220 0.219 0.172 0.106 0.040 67 L 0.065 0.057 0.069 0.129 0.215 0.345 0.120 68 C 0.084 0.129 0.178 0.224 0.214 0.131 0.040 69 E 0.191 0.310 0.240 0.155 0.053 0.038 0.013 70 V 0.054 0.086 0.136 0.252 0.265 0.171 0.035 71 G 0.067 0.106 0.128 0.197 0.226 0.207 0.068 72 K 0.091 0.163 0.183 0.231 0.170 0.123 0.039 73 Q 0.108 0.129 0.158 0.193 0.186 0.162 0.065 74 V 0.072 0.093 0.099 0.153 0.186 0.262 0.135 75 M 0.099 0.100 0.092 0.144 0.185 0.238 0.143 76 L 0.110 0.115 0.124 0.184 0.189 0.189 0.089 77 G 0.156 0.177 0.184 0.180 0.141 0.119 0.043 78 L 0.132 0.125 0.161 0.195 0.188 0.155 0.044 79 L 0.149 0.118 0.136 0.197 0.215 0.154 0.032 80 G 0.421 0.252 0.185 0.088 0.036 0.015 0.003 81 K 0.376 0.263 0.170 0.116 0.054 0.020 0.002 82 E 0.318 0.240 0.206 0.134 0.073 0.027 0.002 83 V 0.291 0.204 0.192 0.190 0.094 0.027 0.002 84 A 0.539 0.303 0.108 0.037 0.010 0.002 0.001 85 L 0.399 0.255 0.175 0.124 0.041 0.006 0.001 86 P 0.774 0.161 0.049 0.012 0.002 0.001 0.001 87 K 0.651 0.250 0.069 0.023 0.006 0.001 0.001 88 E 0.353 0.254 0.212 0.117 0.055 0.009 0.001 89 E 0.350 0.326 0.167 0.118 0.030 0.008 0.001 90 Q 0.297 0.263 0.198 0.150 0.072 0.019 0.001 91 A 0.125 0.169 0.230 0.222 0.170 0.076 0.009 92 F 0.054 0.075 0.108 0.177 0.241 0.265 0.080 93 W 0.078 0.109 0.125 0.178 0.188 0.210 0.111 94 I 0.086 0.112 0.115 0.166 0.176 0.201 0.144 95 M 0.064 0.076 0.075 0.116 0.175 0.243 0.251 96 Y 0.044 0.045 0.043 0.082 0.137 0.288 0.362 97 A 0.051 0.056 0.068 0.117 0.175 0.273 0.260 98 V 0.071 0.083 0.098 0.142 0.186 0.242 0.177 99 H 0.069 0.079 0.095 0.156 0.202 0.221 0.177 100 L 0.052 0.043 0.052 0.095 0.183 0.336 0.239 101 S 0.109 0.164 0.182 0.219 0.159 0.121 0.048 102 A 0.121 0.170 0.191 0.208 0.152 0.116 0.041 103 A 0.095 0.098 0.138 0.195 0.217 0.207 0.050 104 C 0.124 0.134 0.167 0.207 0.201 0.137 0.030 105 A 0.190 0.173 0.175 0.207 0.153 0.086 0.016 106 E 0.435 0.257 0.164 0.085 0.038 0.017 0.003 107 E 0.369 0.281 0.172 0.112 0.042 0.021 0.004 108 L 0.224 0.160 0.159 0.203 0.163 0.081 0.010 109 H 0.345 0.243 0.177 0.128 0.067 0.034 0.006 110 M 0.322 0.178 0.152 0.166 0.118 0.055 0.009 111 E 0.496 0.246 0.134 0.077 0.031 0.013 0.003 112 V 0.379 0.211 0.168 0.118 0.076 0.040 0.008 113 A 0.334 0.183 0.153 0.147 0.100 0.069 0.015 114 M 0.320 0.190 0.166 0.148 0.105 0.058 0.013 115 S 0.341 0.256 0.180 0.119 0.061 0.034 0.008 116 L 0.177 0.110 0.132 0.170 0.199 0.173 0.040 117 R 0.198 0.213 0.183 0.187 0.121 0.080 0.019 118 K 0.201 0.195 0.227 0.169 0.110 0.076 0.022 119 L 0.078 0.089 0.112 0.210 0.244 0.217 0.050 120 N 0.110 0.174 0.239 0.202 0.142 0.103 0.031 121 V 0.081 0.117 0.129 0.209 0.227 0.187 0.050 122 K 0.096 0.181 0.252 0.245 0.139 0.072 0.015 123 L 0.063 0.062 0.087 0.182 0.286 0.263 0.057 124 K 0.196 0.241 0.229 0.186 0.092 0.045 0.010 125 D 0.267 0.227 0.175 0.150 0.104 0.061 0.016 126 F 0.169 0.146 0.145 0.235 0.171 0.110 0.024 127 N 0.502 0.232 0.152 0.064 0.027 0.018 0.006 128 F 0.257 0.193 0.152 0.165 0.127 0.082 0.024 129 G 0.282 0.197 0.155 0.126 0.107 0.096 0.037 130 G 0.193 0.158 0.138 0.156 0.144 0.145 0.067 131 T 0.194 0.149 0.180 0.175 0.147 0.104 0.051 132 R 0.115 0.125 0.142 0.170 0.193 0.187 0.068 133 Y 0.112 0.089 0.130 0.174 0.217 0.213 0.065 134 F 0.117 0.075 0.100 0.145 0.249 0.252 0.062 135 K 0.204 0.251 0.227 0.191 0.084 0.036 0.006 136 D 0.312 0.216 0.194 0.147 0.092 0.036 0.004 137 M 0.342 0.213 0.204 0.154 0.065 0.020 0.001 138 P 0.715 0.192 0.069 0.018 0.005 0.001 0.001 139 P 0.732 0.194 0.053 0.016 0.004 0.001 0.001 140 E 0.761 0.170 0.053 0.012 0.003 0.001 0.001 141 E 0.631 0.238 0.087 0.036 0.007 0.001 0.001 142 K 0.746 0.171 0.063 0.017 0.003 0.001 0.001 143 K 0.723 0.200 0.056 0.018 0.003 0.001 0.001 144 R 0.464 0.245 0.179 0.082 0.026 0.003 0.001 145 R 0.503 0.245 0.169 0.065 0.016 0.002 0.001 146 M 0.585 0.213 0.141 0.050 0.010 0.001 0.001 147 E 0.799 0.157 0.038 0.005 0.001 0.001 0.001 148 R 0.433 0.227 0.196 0.104 0.036 0.004 0.001 149 K 0.651 0.211 0.100 0.032 0.005 0.001 0.001 150 Q 0.776 0.159 0.052 0.011 0.002 0.001 0.001 151 R 0.555 0.288 0.121 0.028 0.007 0.001 0.001 152 I 0.097 0.104 0.167 0.294 0.270 0.067 0.002 153 E 0.265 0.292 0.223 0.170 0.041 0.009 0.001 154 E 0.515 0.270 0.163 0.037 0.012 0.003 0.001 155 A 0.140 0.152 0.179 0.265 0.190 0.069 0.004 156 R 0.180 0.216 0.219 0.210 0.129 0.045 0.003 157 R 0.385 0.272 0.176 0.110 0.044 0.013 0.001 158 H 0.602 0.205 0.114 0.057 0.018 0.004 0.001 159 G 0.578 0.205 0.130 0.058 0.023 0.006 0.001 160 M 0.753 0.155 0.062 0.022 0.006 0.001 0.001 161 P 0.810 0.126 0.047 0.013 0.004 0.001 0.001