# TARGET T0561 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0561.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.79724 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.323 0.170 0.128 0.138 0.113 0.066 0.034 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 2 E 0.583 0.180 0.112 0.056 0.031 0.018 0.012 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 3 K 0.275 0.164 0.167 0.139 0.101 0.084 0.045 0.011 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 4 K 0.330 0.178 0.195 0.123 0.088 0.044 0.026 0.006 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 5 K 0.498 0.216 0.174 0.051 0.026 0.022 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 Y 0.116 0.115 0.118 0.229 0.202 0.112 0.059 0.029 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.082 0.090 0.078 0.195 0.268 0.133 0.073 0.047 0.025 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 8 D 0.431 0.261 0.148 0.058 0.032 0.044 0.014 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 S 0.506 0.149 0.131 0.084 0.056 0.038 0.026 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.560 0.167 0.172 0.040 0.024 0.019 0.011 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 F 0.119 0.115 0.129 0.182 0.186 0.148 0.061 0.038 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.081 0.054 0.044 0.123 0.183 0.174 0.160 0.103 0.047 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 13 L 0.150 0.118 0.155 0.193 0.161 0.103 0.056 0.032 0.020 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 14 H 0.401 0.179 0.141 0.107 0.075 0.048 0.022 0.012 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 15 C 0.120 0.125 0.137 0.163 0.173 0.125 0.074 0.049 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 16 I 0.067 0.044 0.050 0.095 0.162 0.187 0.166 0.128 0.061 0.023 0.010 0.003 0.002 0.001 17 S 0.107 0.131 0.154 0.197 0.153 0.135 0.065 0.029 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 18 A 0.458 0.185 0.162 0.097 0.050 0.027 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.227 0.210 0.254 0.142 0.082 0.053 0.017 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.028 0.028 0.043 0.098 0.148 0.197 0.200 0.158 0.065 0.019 0.011 0.003 0.002 0.001 21 L 0.062 0.094 0.064 0.176 0.220 0.162 0.128 0.060 0.023 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 22 D 0.455 0.262 0.177 0.056 0.021 0.019 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 M 0.060 0.052 0.079 0.180 0.232 0.175 0.111 0.067 0.026 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 24 W 0.027 0.037 0.059 0.137 0.199 0.218 0.171 0.093 0.041 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 25 K 0.414 0.190 0.164 0.102 0.067 0.038 0.015 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 Q 0.529 0.202 0.163 0.053 0.027 0.015 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 A 0.075 0.057 0.076 0.150 0.214 0.191 0.130 0.060 0.033 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 28 R 0.063 0.091 0.126 0.222 0.213 0.152 0.079 0.032 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 29 A 0.619 0.206 0.088 0.043 0.021 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 R 0.184 0.199 0.181 0.174 0.128 0.082 0.029 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 31 W 0.023 0.024 0.041 0.091 0.143 0.201 0.200 0.163 0.071 0.022 0.014 0.004 0.003 0.001 32 L 0.058 0.085 0.075 0.188 0.209 0.163 0.122 0.061 0.025 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 33 E 0.422 0.241 0.197 0.067 0.031 0.027 0.007 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 L 0.070 0.068 0.094 0.193 0.218 0.153 0.098 0.065 0.023 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 35 V 0.032 0.043 0.054 0.147 0.225 0.213 0.151 0.083 0.036 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 36 G 0.274 0.197 0.219 0.131 0.089 0.053 0.022 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 K 0.654 0.127 0.134 0.041 0.023 0.012 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 E 0.418 0.200 0.165 0.092 0.057 0.039 0.019 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 W 0.090 0.079 0.080 0.163 0.204 0.191 0.112 0.054 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 40 A 0.534 0.181 0.107 0.066 0.050 0.028 0.021 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 41 H 0.401 0.171 0.140 0.104 0.076 0.058 0.024 0.012 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 42 M 0.145 0.113 0.094 0.173 0.194 0.131 0.076 0.038 0.020 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 43 L 0.153 0.096 0.120 0.166 0.184 0.122 0.074 0.047 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 44 A 0.493 0.179 0.114 0.081 0.056 0.035 0.023 0.008 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 45 L 0.254 0.144 0.132 0.147 0.150 0.091 0.041 0.021 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 46 N 0.415 0.195 0.166 0.081 0.058 0.041 0.025 0.007 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 47 P 0.427 0.168 0.112 0.120 0.085 0.047 0.026 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 48 E 0.559 0.187 0.124 0.054 0.032 0.022 0.013 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 R 0.180 0.131 0.148 0.170 0.161 0.105 0.057 0.023 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 50 K 0.286 0.171 0.144 0.129 0.103 0.075 0.052 0.015 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 51 D 0.398 0.216 0.127 0.082 0.062 0.066 0.024 0.009 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 52 F 0.081 0.059 0.075 0.131 0.176 0.175 0.113 0.092 0.044 0.027 0.012 0.010 0.005 0.001 53 L 0.081 0.065 0.084 0.142 0.189 0.140 0.117 0.085 0.050 0.023 0.012 0.006 0.002 0.001 54 W 0.125 0.062 0.065 0.115 0.140 0.138 0.106 0.095 0.066 0.039 0.023 0.017 0.006 0.002 55 K 0.401 0.169 0.150 0.082 0.064 0.049 0.037 0.018 0.016 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 56 N 0.189 0.103 0.126 0.137 0.150 0.117 0.074 0.045 0.029 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 57 Q 0.199 0.135 0.126 0.151 0.134 0.101 0.075 0.038 0.023 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 58 S 0.324 0.149 0.117 0.125 0.104 0.077 0.050 0.026 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 59 E 0.267 0.171 0.138 0.130 0.110 0.081 0.047 0.028 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 60 M 0.103 0.059 0.073 0.111 0.151 0.152 0.131 0.102 0.058 0.032 0.016 0.007 0.003 0.001 61 N 0.117 0.095 0.103 0.159 0.168 0.133 0.097 0.065 0.032 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 62 S 0.263 0.145 0.131 0.123 0.107 0.082 0.059 0.040 0.024 0.013 0.006 0.004 0.002 0.001 63 A 0.081 0.053 0.065 0.090 0.139 0.149 0.162 0.116 0.070 0.038 0.020 0.009 0.004 0.002 64 F 0.044 0.034 0.048 0.082 0.127 0.171 0.170 0.153 0.081 0.044 0.028 0.010 0.006 0.003 65 F 0.187 0.146 0.111 0.147 0.132 0.098 0.079 0.050 0.024 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 66 D 0.168 0.143 0.137 0.168 0.160 0.101 0.058 0.036 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 67 L 0.030 0.029 0.045 0.087 0.131 0.187 0.190 0.155 0.083 0.033 0.018 0.006 0.004 0.001 68 C 0.068 0.067 0.075 0.136 0.202 0.182 0.139 0.075 0.033 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 69 E 0.439 0.257 0.187 0.063 0.024 0.020 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 V 0.109 0.070 0.102 0.172 0.202 0.150 0.103 0.056 0.022 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 71 G 0.055 0.051 0.069 0.140 0.178 0.197 0.159 0.092 0.038 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 72 K 0.275 0.151 0.151 0.152 0.118 0.081 0.040 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Q 0.305 0.169 0.118 0.131 0.116 0.074 0.044 0.023 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 74 V 0.091 0.050 0.070 0.093 0.144 0.160 0.155 0.110 0.055 0.031 0.024 0.010 0.005 0.002 75 M 0.080 0.057 0.076 0.112 0.152 0.160 0.138 0.111 0.057 0.030 0.014 0.006 0.004 0.002 76 L 0.199 0.098 0.078 0.115 0.130 0.109 0.100 0.074 0.041 0.026 0.016 0.008 0.005 0.002 77 G 0.204 0.116 0.129 0.143 0.141 0.106 0.068 0.043 0.025 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 78 L 0.085 0.056 0.092 0.118 0.165 0.145 0.130 0.094 0.055 0.029 0.018 0.007 0.004 0.002 79 L 0.103 0.066 0.067 0.107 0.173 0.152 0.137 0.090 0.054 0.027 0.015 0.006 0.003 0.001 80 G 0.325 0.183 0.158 0.124 0.082 0.060 0.032 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 81 K 0.273 0.130 0.131 0.139 0.130 0.085 0.055 0.029 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 82 E 0.243 0.127 0.123 0.136 0.147 0.092 0.067 0.030 0.021 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 83 V 0.272 0.118 0.103 0.132 0.138 0.101 0.062 0.041 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 84 A 0.441 0.173 0.105 0.089 0.080 0.047 0.036 0.012 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 85 L 0.240 0.142 0.132 0.152 0.147 0.089 0.049 0.025 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 86 P 0.609 0.160 0.099 0.054 0.036 0.020 0.012 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 87 K 0.481 0.189 0.127 0.080 0.054 0.037 0.020 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 88 E 0.256 0.137 0.106 0.150 0.150 0.095 0.063 0.020 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 89 E 0.371 0.212 0.134 0.100 0.071 0.062 0.030 0.007 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 90 Q 0.310 0.199 0.134 0.118 0.087 0.089 0.036 0.012 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 91 A 0.076 0.088 0.104 0.172 0.206 0.161 0.093 0.053 0.027 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 92 F 0.037 0.028 0.042 0.074 0.126 0.151 0.183 0.163 0.088 0.049 0.032 0.016 0.009 0.003 93 W 0.060 0.042 0.052 0.088 0.127 0.143 0.148 0.129 0.091 0.055 0.031 0.022 0.009 0.004 94 I 0.075 0.047 0.054 0.080 0.106 0.115 0.134 0.121 0.092 0.075 0.042 0.035 0.016 0.008 95 M 0.045 0.038 0.045 0.062 0.096 0.122 0.161 0.138 0.111 0.078 0.050 0.030 0.016 0.008 96 Y 0.028 0.027 0.035 0.064 0.115 0.152 0.172 0.139 0.119 0.078 0.038 0.018 0.010 0.006 97 A 0.036 0.049 0.055 0.103 0.136 0.153 0.165 0.145 0.070 0.044 0.023 0.010 0.007 0.004 98 V 0.089 0.087 0.074 0.120 0.157 0.136 0.132 0.090 0.049 0.032 0.016 0.010 0.006 0.003 99 H 0.042 0.072 0.095 0.134 0.154 0.166 0.134 0.105 0.054 0.024 0.009 0.005 0.002 0.001 100 L 0.030 0.024 0.032 0.060 0.107 0.165 0.221 0.180 0.087 0.042 0.036 0.008 0.006 0.002 101 S 0.062 0.127 0.160 0.220 0.182 0.137 0.064 0.028 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.273 0.162 0.155 0.151 0.117 0.074 0.034 0.016 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 103 A 0.113 0.090 0.096 0.179 0.202 0.143 0.090 0.056 0.019 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 104 C 0.074 0.049 0.062 0.101 0.172 0.163 0.172 0.116 0.054 0.018 0.012 0.004 0.003 0.001 105 A 0.181 0.163 0.136 0.155 0.167 0.091 0.056 0.025 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 106 E 0.570 0.188 0.110 0.051 0.028 0.032 0.012 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 E 0.350 0.168 0.136 0.123 0.091 0.077 0.037 0.007 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 108 L 0.137 0.087 0.094 0.139 0.198 0.167 0.093 0.053 0.019 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 109 H 0.299 0.161 0.127 0.132 0.120 0.073 0.046 0.022 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 110 M 0.223 0.094 0.091 0.135 0.150 0.113 0.079 0.054 0.030 0.014 0.009 0.004 0.002 0.001 111 E 0.365 0.182 0.153 0.101 0.075 0.055 0.034 0.014 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 112 V 0.205 0.101 0.125 0.135 0.150 0.119 0.070 0.043 0.026 0.014 0.006 0.004 0.002 0.001 113 A 0.129 0.087 0.080 0.125 0.155 0.140 0.113 0.082 0.045 0.023 0.011 0.005 0.003 0.001 114 M 0.159 0.082 0.088 0.114 0.148 0.122 0.111 0.080 0.041 0.025 0.017 0.008 0.004 0.002 115 S 0.214 0.145 0.124 0.132 0.120 0.102 0.061 0.042 0.031 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 116 L 0.072 0.045 0.057 0.089 0.132 0.141 0.146 0.130 0.074 0.046 0.039 0.015 0.010 0.004 117 R 0.118 0.090 0.096 0.137 0.160 0.136 0.101 0.068 0.045 0.026 0.013 0.007 0.003 0.002 118 K 0.113 0.084 0.098 0.122 0.147 0.132 0.102 0.082 0.056 0.032 0.020 0.007 0.004 0.002 119 L 0.046 0.025 0.028 0.052 0.100 0.129 0.160 0.142 0.104 0.088 0.068 0.034 0.018 0.006 120 N 0.051 0.052 0.070 0.112 0.149 0.156 0.124 0.113 0.077 0.049 0.022 0.014 0.007 0.005 121 V 0.067 0.026 0.029 0.035 0.054 0.077 0.112 0.114 0.128 0.137 0.122 0.060 0.031 0.008 122 K 0.070 0.067 0.084 0.134 0.161 0.144 0.125 0.101 0.051 0.028 0.020 0.008 0.003 0.004 123 L 0.049 0.027 0.039 0.050 0.071 0.091 0.112 0.117 0.143 0.111 0.104 0.049 0.028 0.009 124 K 0.108 0.090 0.082 0.150 0.168 0.133 0.103 0.083 0.039 0.022 0.012 0.005 0.002 0.002 125 D 0.169 0.142 0.147 0.139 0.121 0.106 0.064 0.040 0.037 0.017 0.011 0.004 0.001 0.001 126 F 0.072 0.056 0.060 0.108 0.182 0.169 0.132 0.105 0.055 0.030 0.017 0.009 0.005 0.001 127 N 0.304 0.176 0.172 0.112 0.076 0.071 0.036 0.018 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 128 F 0.159 0.082 0.092 0.120 0.148 0.130 0.102 0.078 0.041 0.023 0.013 0.007 0.003 0.001 129 G 0.220 0.135 0.153 0.121 0.112 0.088 0.067 0.043 0.032 0.013 0.011 0.003 0.001 0.001 130 G 0.155 0.080 0.110 0.135 0.137 0.117 0.091 0.072 0.047 0.030 0.015 0.007 0.003 0.002 131 T 0.115 0.075 0.076 0.112 0.137 0.123 0.121 0.096 0.066 0.036 0.027 0.010 0.004 0.003 132 R 0.144 0.086 0.108 0.112 0.131 0.107 0.093 0.077 0.057 0.040 0.025 0.012 0.005 0.003 133 Y 0.059 0.042 0.052 0.081 0.125 0.123 0.141 0.139 0.088 0.067 0.046 0.022 0.010 0.005 134 F 0.046 0.029 0.034 0.051 0.073 0.103 0.119 0.134 0.132 0.107 0.089 0.046 0.029 0.008 135 K 0.117 0.099 0.103 0.133 0.136 0.117 0.102 0.085 0.047 0.031 0.018 0.008 0.003 0.002 136 D 0.173 0.127 0.128 0.136 0.132 0.101 0.071 0.050 0.041 0.021 0.013 0.005 0.002 0.001 137 M 0.115 0.080 0.081 0.150 0.192 0.149 0.099 0.068 0.035 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 138 P 0.278 0.146 0.163 0.130 0.119 0.069 0.051 0.017 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 139 P 0.494 0.153 0.131 0.080 0.070 0.032 0.023 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 140 E 0.680 0.142 0.099 0.034 0.022 0.010 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 E 0.616 0.167 0.068 0.057 0.043 0.023 0.021 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 142 K 0.588 0.168 0.070 0.057 0.051 0.032 0.026 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 143 K 0.702 0.144 0.058 0.035 0.026 0.018 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 R 0.559 0.152 0.093 0.075 0.061 0.035 0.017 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 145 R 0.343 0.152 0.154 0.111 0.113 0.069 0.036 0.009 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 146 M 0.321 0.147 0.153 0.141 0.124 0.062 0.030 0.010 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 147 E 0.703 0.165 0.062 0.029 0.017 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 R 0.311 0.141 0.166 0.131 0.111 0.079 0.038 0.009 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 149 K 0.244 0.147 0.167 0.146 0.142 0.077 0.051 0.012 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 150 Q 0.680 0.158 0.083 0.036 0.019 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 R 0.359 0.203 0.158 0.117 0.083 0.050 0.019 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 152 I 0.037 0.037 0.047 0.110 0.196 0.200 0.167 0.115 0.058 0.017 0.009 0.005 0.003 0.001 153 E 0.212 0.158 0.207 0.155 0.129 0.067 0.035 0.013 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 154 E 0.555 0.231 0.095 0.044 0.025 0.031 0.009 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 A 0.073 0.062 0.074 0.170 0.210 0.193 0.108 0.059 0.028 0.011 0.005 0.005 0.002 0.001 156 R 0.148 0.118 0.142 0.174 0.184 0.112 0.068 0.028 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 157 R 0.497 0.159 0.101 0.079 0.066 0.049 0.026 0.011 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 158 H 0.373 0.155 0.118 0.110 0.104 0.068 0.037 0.017 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 159 G 0.376 0.149 0.113 0.104 0.098 0.073 0.047 0.016 0.011 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 160 M 0.321 0.141 0.120 0.119 0.111 0.082 0.053 0.026 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 161 P 0.413 0.146 0.119 0.097 0.086 0.057 0.038 0.019 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001