This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA V A 2 2 NATAA E A 3 3 NATAA K A 4 4 NATAA K A 5 5 NATAA K A 6 6 NATAA Y A 7 7 NATAA L A 8 8 NATAA D A 9 9 NATAA S A 10 10 NATAA E A 11 11 NATAA F A 12 12 NATAA L A 13 13 NATAA L A 14 14 NATAA H A 15 15 NATRO C A 16 16 NATAA I A 17 17 NATAA S A 18 18 NATAA A A 19 19 NATAA Q A 20 20 NATAA L A 21 21 NATAA L A 22 22 NATAA D A 23 23 NATAA M A 24 24 NATAA W A 25 25 NATAA K A 26 26 NATAA Q A 27 27 NATAA A A 28 28 NATAA R A 29 29 NATAA A A 30 30 NATAA R A 31 31 NATAA W A 32 32 NATAA L A 33 33 NATAA E A 34 34 NATAA L A 35 35 NATAA V A 36 36 NATAA G A 37 37 NATAA K A 38 38 NATAA E A 39 39 NATAA W A 40 40 NATAA A A 41 41 NATAA H A 42 42 NATAA M A 43 43 NATAA L A 44 44 NATAA A A 45 45 NATAA L A 46 46 NATAA N A 47 47 NATRO P A 48 48 NATAA E A 49 49 NATAA R A 50 50 NATAA K A 51 51 NATAA D A 52 52 NATAA F A 53 53 NATAA L A 54 54 NATAA W A 55 55 NATAA K A 56 56 NATAA N A 57 57 NATAA Q A 58 58 NATAA S A 59 59 NATAA E A 60 60 NATAA M A 61 61 NATAA N A 62 62 NATAA S A 63 63 NATAA A A 64 64 NATAA F A 65 65 NATAA F A 66 66 NATAA D A 67 67 NATAA L A 68 68 NATRO C A 69 69 NATAA E A 70 70 NATAA V A 71 71 NATAA G A 72 72 NATAA K A 73 73 NATAA Q A 74 74 NATAA V A 75 75 NATAA M A 76 76 NATAA L A 77 77 NATAA G A 78 78 NATAA L A 79 79 NATAA L A 80 80 NATAA G A 81 81 NATAA K A 82 82 NATAA E A 83 83 NATAA V A 84 84 NATAA A A 85 85 NATAA L A 86 86 NATRO P A 87 87 NATAA K A 88 88 NATAA E A 89 89 NATAA E A 90 90 NATAA Q A 91 91 NATAA A A 92 92 NATAA F A 93 93 NATAA W A 94 94 NATAA I A 95 95 NATAA M A 96 96 NATAA Y A 97 97 NATAA A A 98 98 NATAA V A 99 99 NATAA H A 100 100 NATAA L A 101 101 NATAA S A 102 102 NATAA A A 103 103 NATAA A A 104 104 NATRO C A 105 105 NATAA A A 106 106 NATAA E A 107 107 NATAA E A 108 108 NATAA L A 109 109 NATAA H A 110 110 NATAA M A 111 111 NATAA E A 112 112 NATAA V A 113 113 NATAA A A 114 114 NATAA M A 115 115 NATAA S A 116 116 NATAA L A 117 117 NATAA R A 118 118 NATAA K A 119 119 NATAA L A 120 120 NATAA N A 121 121 NATAA V A 122 122 NATAA K A 123 123 NATAA L A 124 124 NATAA K A 125 125 NATAA D A 126 126 NATAA F A 127 127 NATAA N A 128 128 NATAA F A 129 129 NATAA G A 130 130 NATAA G A 131 131 NATAA T A 132 132 NATAA R A 133 133 NATAA Y A 134 134 NATAA F A 135 135 NATAA K A 136 136 NATAA D A 137 137 NATAA M A 138 138 NATRO P A 139 139 NATRO P A 140 140 NATAA E A 141 141 NATAA E A 142 142 NATAA K A 143 143 NATAA K A 144 144 NATAA R A 145 145 NATAA R A 146 146 NATAA M A 147 147 NATAA E A 148 148 NATAA R A 149 149 NATAA K A 150 150 NATAA Q A 151 151 NATAA R A 152 152 NATAA I A 153 153 NATAA E A 154 154 NATAA E A 155 155 NATAA A A 156 156 NATAA R A 157 157 NATAA R A 158 158 NATAA H A 159 159 NATAA G A 160 160 NATAA M A 161 161 NATRO P