# TARGET T0561 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0561.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.043 0.010 0.009 0.100 0.150 0.688 2 E 0.061 0.011 0.015 0.190 0.127 0.596 3 K 0.097 0.019 0.029 0.289 0.135 0.431 4 K 0.102 0.015 0.038 0.312 0.150 0.383 5 K 0.111 0.012 0.036 0.355 0.151 0.335 6 Y 0.085 0.014 0.048 0.464 0.145 0.243 7 L 0.062 0.015 0.052 0.483 0.162 0.225 8 D 0.066 0.010 0.052 0.503 0.139 0.230 9 S 0.026 0.004 0.072 0.630 0.130 0.138 10 E 0.009 0.002 0.068 0.675 0.137 0.109 11 F 0.004 0.002 0.054 0.784 0.100 0.056 12 L 0.003 0.002 0.043 0.831 0.087 0.033 13 L 0.002 0.001 0.036 0.845 0.083 0.033 14 H 0.001 0.001 0.049 0.834 0.079 0.036 15 C 0.002 0.003 0.026 0.746 0.128 0.095 16 I 0.001 0.005 0.018 0.743 0.072 0.161 17 S 0.002 0.003 0.007 0.376 0.093 0.519 18 A 0.001 0.001 0.019 0.914 0.026 0.039 19 Q 0.001 0.001 0.019 0.943 0.022 0.015 20 L 0.001 0.001 0.012 0.965 0.012 0.009 21 L 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.004 22 D 0.001 0.001 0.002 0.984 0.006 0.008 23 M 0.001 0.001 0.002 0.965 0.009 0.024 24 W 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.005 25 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.003 26 Q 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 27 A 0.001 0.001 0.004 0.986 0.006 0.003 28 R 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.003 29 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.003 30 R 0.001 0.001 0.001 0.978 0.008 0.013 31 W 0.001 0.001 0.005 0.981 0.006 0.006 32 L 0.003 0.001 0.011 0.961 0.014 0.010 33 E 0.004 0.001 0.024 0.942 0.017 0.012 34 L 0.005 0.001 0.033 0.908 0.024 0.029 35 V 0.015 0.002 0.012 0.849 0.031 0.091 36 G 0.015 0.002 0.011 0.802 0.059 0.110 37 K 0.004 0.001 0.010 0.892 0.035 0.058 38 E 0.007 0.002 0.017 0.893 0.040 0.041 39 W 0.008 0.002 0.020 0.906 0.041 0.023 40 A 0.004 0.001 0.024 0.923 0.035 0.014 41 H 0.003 0.001 0.020 0.933 0.027 0.016 42 M 0.004 0.001 0.024 0.861 0.062 0.048 43 L 0.007 0.004 0.029 0.803 0.098 0.060 44 A 0.014 0.012 0.020 0.670 0.182 0.102 45 L 0.014 0.012 0.024 0.447 0.235 0.268 46 N 0.011 0.009 0.026 0.052 0.467 0.435 47 P 0.006 0.004 0.269 0.042 0.505 0.174 48 E 0.010 0.007 0.312 0.028 0.514 0.129 49 R 0.025 0.011 0.374 0.025 0.448 0.117 50 K 0.084 0.025 0.141 0.027 0.411 0.312 51 D 0.143 0.017 0.069 0.025 0.318 0.427 52 F 0.337 0.039 0.041 0.024 0.258 0.302 53 L 0.451 0.030 0.016 0.024 0.195 0.284 54 W 0.462 0.029 0.024 0.048 0.238 0.199 55 K 0.228 0.012 0.044 0.075 0.391 0.250 56 N 0.191 0.021 0.025 0.056 0.407 0.301 57 Q 0.118 0.020 0.031 0.083 0.429 0.319 58 S 0.081 0.019 0.030 0.077 0.341 0.452 59 E 0.087 0.023 0.059 0.144 0.348 0.339 60 M 0.056 0.011 0.055 0.146 0.360 0.373 61 N 0.058 0.012 0.031 0.233 0.279 0.387 62 S 0.073 0.014 0.038 0.347 0.211 0.317 63 A 0.075 0.010 0.048 0.553 0.136 0.178 64 F 0.120 0.018 0.057 0.618 0.107 0.080 65 F 0.141 0.007 0.050 0.629 0.108 0.065 66 D 0.174 0.015 0.034 0.595 0.112 0.069 67 L 0.032 0.004 0.035 0.766 0.105 0.058 68 C 0.004 0.001 0.023 0.877 0.057 0.039 69 E 0.001 0.001 0.017 0.936 0.025 0.021 70 V 0.002 0.002 0.021 0.949 0.018 0.008 71 G 0.001 0.001 0.007 0.967 0.008 0.016 72 K 0.003 0.001 0.006 0.984 0.004 0.004 73 Q 0.005 0.001 0.005 0.980 0.007 0.003 74 V 0.006 0.001 0.005 0.968 0.013 0.008 75 M 0.007 0.003 0.006 0.967 0.012 0.006 76 L 0.005 0.002 0.021 0.940 0.024 0.008 77 G 0.007 0.001 0.035 0.865 0.067 0.026 78 L 0.013 0.005 0.036 0.695 0.181 0.070 79 L 0.024 0.030 0.036 0.498 0.274 0.138 80 G 0.020 0.006 0.015 0.090 0.514 0.354 81 K 0.022 0.008 0.070 0.093 0.425 0.381 82 E 0.078 0.039 0.049 0.082 0.326 0.427 83 V 0.054 0.035 0.032 0.094 0.270 0.515 84 A 0.023 0.022 0.014 0.090 0.210 0.640 85 L 0.007 0.004 0.008 0.074 0.164 0.743 86 P 0.003 0.002 0.045 0.539 0.182 0.231 87 K 0.002 0.001 0.057 0.720 0.146 0.075 88 E 0.002 0.002 0.086 0.691 0.158 0.060 89 E 0.004 0.002 0.041 0.810 0.085 0.059 90 Q 0.002 0.001 0.010 0.892 0.038 0.058 91 A 0.002 0.002 0.004 0.917 0.020 0.056 92 F 0.001 0.001 0.001 0.977 0.003 0.016 93 W 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 94 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 95 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 96 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 97 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.004 0.001 98 V 0.001 0.001 0.004 0.981 0.008 0.006 99 H 0.002 0.003 0.011 0.853 0.055 0.076 100 L 0.005 0.009 0.026 0.780 0.084 0.096 101 S 0.002 0.003 0.039 0.697 0.117 0.142 102 A 0.001 0.001 0.071 0.845 0.053 0.030 103 A 0.001 0.001 0.062 0.886 0.039 0.010 104 C 0.002 0.002 0.056 0.855 0.069 0.017 105 A 0.003 0.002 0.077 0.816 0.080 0.022 106 E 0.003 0.001 0.086 0.719 0.128 0.063 107 E 0.004 0.004 0.135 0.610 0.175 0.073 108 L 0.005 0.010 0.082 0.608 0.166 0.130 109 H 0.005 0.007 0.054 0.243 0.261 0.431 110 M 0.003 0.003 0.068 0.190 0.313 0.423 111 E 0.004 0.005 0.192 0.229 0.342 0.228 112 V 0.013 0.008 0.187 0.238 0.405 0.151 113 A 0.033 0.014 0.161 0.259 0.375 0.157 114 M 0.094 0.016 0.117 0.206 0.347 0.220 115 S 0.199 0.023 0.078 0.140 0.261 0.300 116 L 0.208 0.043 0.221 0.184 0.224 0.121 117 R 0.263 0.020 0.189 0.155 0.249 0.124 118 K 0.369 0.009 0.168 0.151 0.209 0.095 119 L 0.348 0.016 0.088 0.169 0.215 0.164 120 N 0.498 0.011 0.019 0.058 0.152 0.262 121 V 0.671 0.018 0.009 0.029 0.080 0.192 122 K 0.750 0.025 0.007 0.020 0.059 0.139 123 L 0.637 0.031 0.035 0.026 0.121 0.151 124 K 0.343 0.013 0.092 0.027 0.309 0.217 125 D 0.180 0.010 0.138 0.025 0.440 0.208 126 F 0.156 0.037 0.130 0.039 0.448 0.190 127 N 0.114 0.033 0.038 0.068 0.514 0.233 128 F 0.050 0.015 0.031 0.117 0.534 0.254 129 G 0.037 0.009 0.022 0.203 0.461 0.269 130 G 0.058 0.057 0.041 0.369 0.305 0.170 131 T 0.064 0.019 0.037 0.361 0.232 0.287 132 R 0.108 0.020 0.081 0.484 0.150 0.157 133 Y 0.112 0.035 0.104 0.458 0.169 0.123 134 F 0.065 0.036 0.151 0.343 0.371 0.034 135 K 0.041 0.003 0.113 0.275 0.508 0.060 136 D 0.019 0.004 0.064 0.174 0.632 0.107 137 M 0.012 0.022 0.010 0.084 0.421 0.452 138 P 0.006 0.009 0.016 0.161 0.195 0.612 139 P 0.002 0.002 0.098 0.624 0.182 0.091 140 E 0.002 0.002 0.077 0.703 0.151 0.064 141 E 0.002 0.001 0.030 0.770 0.137 0.059 142 K 0.002 0.001 0.009 0.718 0.128 0.142 143 K 0.002 0.006 0.005 0.829 0.096 0.064 144 R 0.001 0.002 0.003 0.784 0.117 0.093 145 R 0.001 0.001 0.003 0.755 0.130 0.110 146 M 0.001 0.001 0.003 0.807 0.094 0.094 147 E 0.001 0.001 0.004 0.818 0.085 0.092 148 R 0.001 0.001 0.005 0.847 0.071 0.076 149 K 0.001 0.001 0.005 0.861 0.066 0.068 150 Q 0.001 0.001 0.003 0.886 0.040 0.070 151 R 0.001 0.001 0.003 0.866 0.029 0.100 152 I 0.001 0.001 0.003 0.963 0.013 0.020 153 E 0.001 0.001 0.003 0.963 0.017 0.015 154 E 0.001 0.001 0.004 0.951 0.024 0.020 155 A 0.001 0.001 0.006 0.942 0.028 0.023 156 R 0.001 0.001 0.010 0.905 0.052 0.032 157 R 0.001 0.001 0.016 0.848 0.092 0.043 158 H 0.001 0.001 0.024 0.737 0.132 0.104 159 G 0.002 0.003 0.024 0.237 0.206 0.529 160 M 0.001 0.002 0.011 0.062 0.149 0.775 161 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.968