# TARGET T0561 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0561.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 2 E 0.022 0.025 0.009 0.115 0.005 0.032 0.792 3 K 0.017 0.010 0.054 0.263 0.156 0.106 0.393 4 K 0.017 0.003 0.178 0.306 0.083 0.161 0.253 5 K 0.028 0.005 0.234 0.306 0.090 0.118 0.219 6 Y 0.052 0.020 0.139 0.300 0.133 0.102 0.254 7 L 0.075 0.031 0.081 0.257 0.123 0.079 0.355 8 D 0.051 0.011 0.057 0.300 0.081 0.084 0.415 9 S 0.008 0.004 0.074 0.723 0.048 0.072 0.072 10 E 0.006 0.002 0.059 0.762 0.035 0.082 0.053 11 F 0.004 0.004 0.050 0.686 0.042 0.152 0.062 12 L 0.004 0.005 0.062 0.713 0.046 0.090 0.081 13 L 0.003 0.001 0.142 0.657 0.034 0.122 0.040 14 H 0.004 0.001 0.136 0.573 0.029 0.225 0.034 15 C 0.002 0.010 0.154 0.442 0.046 0.254 0.091 16 I 0.007 0.016 0.042 0.346 0.260 0.166 0.162 17 S 0.007 0.003 0.031 0.332 0.101 0.110 0.416 18 A 0.001 0.001 0.032 0.878 0.023 0.042 0.023 19 Q 0.001 0.001 0.021 0.925 0.007 0.034 0.012 20 L 0.001 0.001 0.007 0.964 0.006 0.015 0.007 21 L 0.001 0.001 0.002 0.977 0.005 0.009 0.006 22 D 0.001 0.001 0.002 0.972 0.004 0.017 0.004 23 M 0.001 0.001 0.002 0.978 0.003 0.013 0.004 24 W 0.001 0.001 0.002 0.983 0.003 0.009 0.003 25 K 0.001 0.001 0.001 0.979 0.003 0.014 0.002 26 Q 0.001 0.001 0.001 0.966 0.004 0.025 0.003 27 A 0.001 0.001 0.002 0.952 0.003 0.037 0.006 28 R 0.001 0.001 0.002 0.955 0.005 0.026 0.010 29 A 0.001 0.001 0.004 0.968 0.004 0.019 0.004 30 R 0.001 0.001 0.003 0.954 0.005 0.034 0.004 31 W 0.001 0.001 0.003 0.981 0.002 0.011 0.003 32 L 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.004 0.002 33 E 0.002 0.001 0.008 0.971 0.002 0.015 0.002 34 L 0.003 0.001 0.015 0.926 0.005 0.045 0.005 35 V 0.004 0.002 0.006 0.929 0.010 0.037 0.012 36 G 0.002 0.001 0.006 0.961 0.007 0.017 0.007 37 K 0.001 0.001 0.007 0.962 0.007 0.016 0.006 38 E 0.001 0.001 0.010 0.959 0.005 0.018 0.007 39 W 0.001 0.001 0.008 0.965 0.005 0.014 0.006 40 A 0.001 0.001 0.008 0.957 0.007 0.020 0.007 41 H 0.001 0.001 0.013 0.938 0.005 0.038 0.006 42 M 0.001 0.001 0.015 0.903 0.018 0.041 0.020 43 L 0.004 0.004 0.027 0.840 0.019 0.082 0.023 44 A 0.006 0.001 0.030 0.649 0.045 0.218 0.051 45 L 0.005 0.006 0.018 0.420 0.167 0.249 0.135 46 N 0.004 0.005 0.005 0.019 0.174 0.026 0.767 47 P 0.007 0.005 0.163 0.087 0.155 0.367 0.216 48 E 0.020 0.008 0.244 0.071 0.129 0.348 0.178 49 R 0.033 0.016 0.296 0.055 0.145 0.146 0.309 50 K 0.115 0.016 0.086 0.048 0.163 0.124 0.449 51 D 0.200 0.015 0.043 0.029 0.171 0.094 0.448 52 F 0.372 0.074 0.019 0.025 0.097 0.030 0.383 53 L 0.360 0.035 0.011 0.024 0.048 0.022 0.499 54 W 0.254 0.041 0.025 0.040 0.109 0.081 0.451 55 K 0.120 0.018 0.027 0.046 0.202 0.130 0.456 56 N 0.032 0.012 0.031 0.054 0.330 0.144 0.399 57 Q 0.011 0.008 0.034 0.096 0.293 0.105 0.454 58 S 0.012 0.007 0.065 0.169 0.287 0.168 0.291 59 E 0.009 0.007 0.078 0.349 0.120 0.237 0.200 60 M 0.007 0.007 0.075 0.620 0.068 0.113 0.111 61 N 0.005 0.003 0.034 0.775 0.059 0.064 0.061 62 S 0.007 0.002 0.029 0.873 0.023 0.042 0.024 63 A 0.008 0.001 0.053 0.850 0.013 0.058 0.017 64 F 0.007 0.001 0.065 0.846 0.011 0.057 0.012 65 F 0.010 0.001 0.128 0.789 0.010 0.038 0.024 66 D 0.003 0.002 0.098 0.793 0.015 0.072 0.016 67 L 0.001 0.001 0.028 0.901 0.010 0.045 0.014 68 C 0.001 0.001 0.008 0.953 0.008 0.014 0.015 69 E 0.001 0.001 0.002 0.949 0.011 0.027 0.010 70 V 0.001 0.001 0.002 0.965 0.004 0.023 0.006 71 G 0.001 0.001 0.001 0.957 0.006 0.023 0.010 72 K 0.007 0.001 0.002 0.931 0.014 0.032 0.013 73 Q 0.023 0.001 0.004 0.905 0.017 0.029 0.021 74 V 0.010 0.002 0.009 0.906 0.010 0.048 0.014 75 M 0.053 0.008 0.015 0.796 0.015 0.070 0.045 76 L 0.040 0.004 0.041 0.674 0.023 0.166 0.051 77 G 0.060 0.004 0.044 0.480 0.069 0.277 0.067 78 L 0.060 0.011 0.056 0.279 0.147 0.251 0.195 79 L 0.049 0.015 0.056 0.171 0.205 0.365 0.140 80 G 0.044 0.006 0.042 0.050 0.228 0.373 0.256 81 K 0.064 0.017 0.045 0.059 0.297 0.229 0.288 82 E 0.149 0.041 0.033 0.061 0.217 0.124 0.374 83 V 0.135 0.055 0.029 0.038 0.215 0.076 0.452 84 A 0.063 0.076 0.017 0.036 0.197 0.048 0.563 85 L 0.017 0.013 0.010 0.038 0.166 0.028 0.729 86 P 0.004 0.004 0.095 0.367 0.174 0.143 0.213 87 K 0.002 0.003 0.132 0.583 0.065 0.146 0.069 88 E 0.002 0.002 0.188 0.554 0.042 0.126 0.085 89 E 0.003 0.001 0.089 0.716 0.036 0.075 0.080 90 Q 0.004 0.002 0.033 0.807 0.027 0.063 0.063 91 A 0.003 0.002 0.010 0.891 0.020 0.040 0.034 92 F 0.003 0.001 0.004 0.947 0.009 0.018 0.018 93 W 0.002 0.001 0.002 0.986 0.003 0.004 0.003 94 I 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.002 0.001 95 M 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.003 0.001 96 Y 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.006 0.001 97 A 0.001 0.001 0.005 0.981 0.001 0.012 0.001 98 V 0.001 0.001 0.007 0.952 0.002 0.037 0.001 99 H 0.001 0.001 0.006 0.925 0.004 0.059 0.005 100 L 0.001 0.001 0.012 0.926 0.010 0.028 0.023 101 S 0.001 0.001 0.017 0.925 0.009 0.039 0.008 102 A 0.001 0.001 0.015 0.901 0.011 0.065 0.007 103 A 0.001 0.001 0.010 0.911 0.018 0.043 0.016 104 C 0.004 0.003 0.006 0.883 0.017 0.050 0.037 105 A 0.005 0.002 0.014 0.876 0.018 0.046 0.038 106 E 0.005 0.001 0.017 0.861 0.019 0.069 0.027 107 E 0.004 0.004 0.022 0.721 0.027 0.186 0.036 108 L 0.005 0.005 0.017 0.371 0.088 0.414 0.101 109 H 0.004 0.006 0.023 0.139 0.042 0.453 0.332 110 M 0.001 0.002 0.007 0.026 0.023 0.011 0.931 111 E 0.014 0.011 0.062 0.125 0.040 0.111 0.636 112 V 0.012 0.004 0.102 0.156 0.198 0.222 0.306 113 A 0.025 0.014 0.110 0.125 0.108 0.194 0.424 114 M 0.050 0.011 0.086 0.115 0.169 0.169 0.401 115 S 0.119 0.013 0.082 0.122 0.155 0.142 0.366 116 L 0.162 0.012 0.143 0.290 0.116 0.083 0.195 117 R 0.286 0.018 0.094 0.338 0.063 0.053 0.150 118 K 0.427 0.020 0.068 0.296 0.031 0.037 0.121 119 L 0.433 0.009 0.071 0.290 0.047 0.059 0.092 120 N 0.649 0.005 0.025 0.102 0.059 0.038 0.122 121 V 0.669 0.007 0.017 0.108 0.038 0.021 0.141 122 K 0.709 0.043 0.013 0.092 0.026 0.023 0.095 123 L 0.537 0.010 0.029 0.086 0.057 0.074 0.207 124 K 0.322 0.026 0.054 0.066 0.218 0.141 0.172 125 D 0.150 0.018 0.040 0.031 0.204 0.083 0.473 126 F 0.102 0.013 0.063 0.020 0.156 0.423 0.223 127 N 0.169 0.044 0.043 0.015 0.196 0.311 0.223 128 F 0.106 0.013 0.043 0.010 0.270 0.232 0.327 129 G 0.091 0.017 0.029 0.017 0.257 0.231 0.359 130 G 0.210 0.038 0.052 0.023 0.212 0.087 0.379 131 T 0.303 0.013 0.046 0.039 0.145 0.073 0.380 132 R 0.502 0.024 0.063 0.071 0.084 0.061 0.196 133 Y 0.465 0.082 0.058 0.147 0.031 0.042 0.175 134 F 0.199 0.032 0.075 0.189 0.061 0.081 0.362 135 K 0.104 0.009 0.047 0.090 0.340 0.157 0.253 136 D 0.047 0.014 0.014 0.030 0.429 0.113 0.353 137 M 0.020 0.028 0.005 0.026 0.248 0.023 0.650 138 P 0.006 0.007 0.003 0.020 0.123 0.017 0.823 139 P 0.001 0.003 0.070 0.417 0.153 0.223 0.133 140 E 0.001 0.001 0.054 0.678 0.033 0.125 0.107 141 E 0.001 0.001 0.039 0.659 0.025 0.034 0.243 142 K 0.001 0.002 0.012 0.853 0.016 0.032 0.084 143 K 0.002 0.003 0.012 0.859 0.028 0.045 0.052 144 R 0.001 0.001 0.010 0.896 0.017 0.038 0.037 145 R 0.001 0.001 0.006 0.933 0.011 0.027 0.021 146 M 0.001 0.001 0.005 0.939 0.011 0.029 0.013 147 E 0.001 0.001 0.004 0.937 0.007 0.039 0.011 148 R 0.001 0.001 0.003 0.921 0.010 0.039 0.027 149 K 0.001 0.001 0.004 0.940 0.009 0.030 0.015 150 Q 0.001 0.001 0.004 0.947 0.008 0.028 0.011 151 R 0.001 0.001 0.003 0.954 0.008 0.023 0.012 152 I 0.001 0.001 0.002 0.966 0.009 0.010 0.011 153 E 0.001 0.001 0.002 0.974 0.005 0.010 0.008 154 E 0.002 0.001 0.003 0.965 0.006 0.017 0.008 155 A 0.001 0.001 0.005 0.947 0.008 0.023 0.016 156 R 0.002 0.002 0.008 0.919 0.012 0.039 0.018 157 R 0.003 0.001 0.016 0.827 0.021 0.106 0.026 158 H 0.002 0.001 0.012 0.578 0.048 0.316 0.042 159 G 0.003 0.007 0.009 0.272 0.179 0.211 0.318 160 M 0.003 0.010 0.004 0.039 0.008 0.052 0.884 161 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999