# TARGET T0558 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0558.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 64 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.371 0.162 0.131 0.137 0.103 0.070 0.025 2 K 0.226 0.183 0.183 0.180 0.113 0.081 0.033 3 N 0.168 0.151 0.156 0.181 0.159 0.131 0.053 4 F 0.094 0.109 0.125 0.176 0.192 0.196 0.107 5 I 0.065 0.050 0.059 0.122 0.168 0.283 0.251 6 L 0.042 0.038 0.048 0.103 0.142 0.282 0.346 7 L 0.030 0.029 0.039 0.084 0.128 0.279 0.410 8 V 0.025 0.031 0.046 0.094 0.134 0.267 0.402 9 A 0.025 0.039 0.056 0.112 0.154 0.279 0.335 10 L 0.029 0.047 0.068 0.129 0.193 0.286 0.250 11 F 0.034 0.056 0.075 0.145 0.203 0.275 0.212 12 L 0.045 0.056 0.072 0.156 0.204 0.280 0.187 13 V 0.058 0.079 0.093 0.157 0.214 0.260 0.139 14 A 0.087 0.106 0.120 0.189 0.198 0.201 0.098 15 P 0.101 0.110 0.120 0.180 0.204 0.206 0.078 16 F 0.116 0.148 0.177 0.218 0.176 0.125 0.039 17 A 0.161 0.140 0.134 0.185 0.201 0.144 0.035 18 Q 0.215 0.217 0.188 0.173 0.125 0.069 0.013 19 G 0.244 0.218 0.189 0.177 0.111 0.054 0.008 20 S 0.286 0.254 0.191 0.146 0.081 0.036 0.005 21 S 0.257 0.192 0.179 0.184 0.126 0.055 0.007 22 P 0.361 0.276 0.169 0.111 0.055 0.024 0.004 23 Q 0.257 0.252 0.217 0.162 0.073 0.033 0.006 24 H 0.106 0.172 0.223 0.251 0.152 0.081 0.015 25 L 0.035 0.059 0.090 0.178 0.282 0.286 0.070 26 L 0.022 0.032 0.044 0.097 0.184 0.386 0.235 27 V 0.018 0.022 0.029 0.061 0.123 0.353 0.395 28 G 0.024 0.030 0.040 0.080 0.140 0.289 0.397 29 G 0.026 0.037 0.047 0.080 0.154 0.314 0.341 30 S 0.037 0.062 0.083 0.141 0.181 0.288 0.208 31 G 0.063 0.103 0.133 0.189 0.206 0.210 0.096 32 W 0.111 0.150 0.185 0.195 0.173 0.138 0.047 33 N 0.243 0.244 0.201 0.144 0.095 0.055 0.017 34 K 0.205 0.244 0.196 0.164 0.110 0.062 0.019 35 I 0.071 0.112 0.123 0.207 0.264 0.190 0.033 36 A 0.052 0.112 0.147 0.224 0.252 0.192 0.020 37 I 0.058 0.134 0.207 0.248 0.212 0.129 0.013 38 I 0.047 0.094 0.174 0.248 0.269 0.155 0.013 39 N 0.086 0.152 0.250 0.280 0.179 0.051 0.002 40 K 0.436 0.333 0.143 0.063 0.021 0.004 0.001 41 D 0.629 0.273 0.063 0.026 0.007 0.001 0.001 42 T 0.577 0.244 0.109 0.054 0.014 0.003 0.001 43 K 0.513 0.291 0.125 0.054 0.014 0.002 0.001 44 E 0.493 0.381 0.091 0.027 0.006 0.001 0.001 45 I 0.065 0.145 0.216 0.303 0.225 0.045 0.001 46 V 0.062 0.187 0.268 0.274 0.161 0.046 0.001 47 W 0.047 0.114 0.220 0.303 0.235 0.078 0.003 48 E 0.169 0.324 0.290 0.151 0.054 0.012 0.001 49 Y 0.070 0.124 0.250 0.326 0.186 0.042 0.001 50 P 0.307 0.391 0.185 0.081 0.029 0.007 0.001 51 L 0.092 0.123 0.220 0.318 0.189 0.056 0.002 52 E 0.454 0.334 0.134 0.055 0.018 0.004 0.001 53 K 0.383 0.352 0.161 0.077 0.021 0.005 0.001 54 G 0.245 0.295 0.196 0.156 0.081 0.025 0.002 55 W 0.053 0.093 0.183 0.274 0.264 0.124 0.011 56 E 0.071 0.192 0.270 0.246 0.134 0.073 0.014 57 C 0.020 0.029 0.052 0.107 0.245 0.391 0.156 58 N 0.021 0.053 0.091 0.165 0.244 0.307 0.119 59 S 0.031 0.068 0.096 0.149 0.217 0.284 0.155 60 V 0.015 0.023 0.036 0.076 0.167 0.387 0.296 61 A 0.019 0.052 0.088 0.142 0.235 0.317 0.148 62 A 0.025 0.077 0.150 0.244 0.248 0.194 0.062 63 T 0.041 0.096 0.159 0.236 0.284 0.158 0.026 64 K 0.161 0.293 0.216 0.160 0.115 0.048 0.008 65 A 0.117 0.248 0.234 0.195 0.127 0.065 0.014 66 G 0.016 0.053 0.124 0.275 0.305 0.200 0.027 67 E 0.008 0.036 0.101 0.235 0.291 0.286 0.044 68 I 0.002 0.003 0.006 0.016 0.076 0.477 0.420 69 L 0.001 0.003 0.007 0.018 0.065 0.332 0.573 70 F 0.004 0.009 0.023 0.074 0.152 0.298 0.440 71 S 0.005 0.019 0.054 0.098 0.229 0.349 0.245 72 Y 0.006 0.022 0.046 0.088 0.194 0.427 0.217 73 S 0.049 0.161 0.249 0.221 0.176 0.113 0.031 74 K 0.038 0.138 0.259 0.317 0.147 0.085 0.015 75 G 0.021 0.064 0.132 0.220 0.316 0.213 0.034 76 A 0.013 0.018 0.021 0.068 0.234 0.516 0.130 77 K 0.021 0.116 0.221 0.304 0.215 0.115 0.008 78 M 0.035 0.101 0.154 0.205 0.261 0.217 0.027 79 I 0.018 0.056 0.141 0.238 0.306 0.220 0.022 80 T 0.084 0.189 0.261 0.252 0.172 0.040 0.002 81 R 0.267 0.378 0.198 0.108 0.042 0.007 0.001 82 D 0.495 0.337 0.100 0.046 0.019 0.004 0.001 83 G 0.291 0.309 0.214 0.134 0.042 0.009 0.001 84 R 0.370 0.384 0.169 0.062 0.013 0.002 0.001 85 E 0.063 0.250 0.314 0.268 0.090 0.014 0.001 86 L 0.024 0.070 0.122 0.224 0.366 0.188 0.006 87 W 0.016 0.073 0.189 0.381 0.254 0.086 0.002 88 N 0.135 0.348 0.313 0.152 0.043 0.009 0.001 89 I 0.030 0.072 0.227 0.380 0.241 0.048 0.001 90 A 0.343 0.398 0.159 0.070 0.025 0.004 0.001 91 A 0.207 0.286 0.258 0.178 0.059 0.012 0.001 92 P 0.555 0.298 0.095 0.039 0.011 0.002 0.001 93 A 0.485 0.317 0.128 0.053 0.015 0.003 0.001 94 G 0.369 0.378 0.165 0.064 0.019 0.004 0.001 95 C 0.057 0.109 0.233 0.326 0.218 0.055 0.003 96 E 0.066 0.259 0.309 0.232 0.096 0.035 0.002 97 M 0.028 0.044 0.080 0.172 0.293 0.330 0.051 98 Q 0.035 0.117 0.203 0.293 0.220 0.118 0.012 99 T 0.042 0.116 0.155 0.224 0.238 0.185 0.040 100 A 0.016 0.039 0.084 0.165 0.305 0.318 0.073 101 R 0.046 0.184 0.233 0.254 0.192 0.082 0.009 102 I 0.018 0.080 0.172 0.257 0.284 0.166 0.022 103 L 0.027 0.068 0.144 0.302 0.316 0.131 0.012 104 P 0.136 0.292 0.245 0.157 0.129 0.038 0.003 105 D 0.135 0.299 0.223 0.187 0.104 0.045 0.007 106 G 0.019 0.051 0.119 0.213 0.336 0.230 0.032 107 N 0.009 0.043 0.174 0.329 0.223 0.189 0.034 108 A 0.001 0.002 0.009 0.026 0.164 0.534 0.263 109 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.244 0.734 110 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.112 0.881 111 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.147 0.830 112 W 0.001 0.004 0.012 0.032 0.102 0.351 0.499 113 C 0.002 0.008 0.029 0.070 0.220 0.493 0.179 114 G 0.019 0.099 0.219 0.285 0.242 0.122 0.015 115 H 0.083 0.205 0.217 0.198 0.194 0.092 0.010 116 P 0.093 0.218 0.224 0.208 0.175 0.075 0.007 117 S 0.165 0.327 0.202 0.172 0.090 0.041 0.004 118 T 0.010 0.062 0.168 0.322 0.281 0.146 0.012 119 I 0.008 0.016 0.025 0.056 0.224 0.541 0.130 120 L 0.006 0.032 0.103 0.244 0.305 0.278 0.033 121 E 0.018 0.088 0.168 0.205 0.249 0.238 0.035 122 V 0.006 0.032 0.121 0.286 0.352 0.190 0.013 123 N 0.104 0.249 0.269 0.230 0.122 0.024 0.001 124 M 0.183 0.321 0.238 0.162 0.079 0.016 0.001 125 K 0.536 0.354 0.075 0.025 0.009 0.002 0.001 126 G 0.232 0.330 0.243 0.151 0.037 0.006 0.001 127 E 0.212 0.430 0.240 0.093 0.022 0.003 0.001 128 V 0.021 0.075 0.167 0.308 0.323 0.102 0.004 129 L 0.026 0.081 0.167 0.311 0.292 0.118 0.005 130 S 0.063 0.252 0.305 0.233 0.112 0.033 0.001 131 K 0.074 0.237 0.307 0.272 0.088 0.020 0.002 132 T 0.015 0.033 0.090 0.204 0.417 0.227 0.014 133 E 0.096 0.318 0.300 0.198 0.066 0.020 0.001 134 F 0.047 0.082 0.156 0.270 0.296 0.140 0.009 135 E 0.232 0.332 0.233 0.140 0.050 0.013 0.001 136 T 0.253 0.245 0.215 0.176 0.081 0.027 0.001 137 G 0.311 0.281 0.193 0.130 0.065 0.019 0.001 138 I 0.247 0.214 0.228 0.188 0.093 0.029 0.002 139 E 0.541 0.277 0.104 0.050 0.021 0.007 0.001 140 R 0.352 0.268 0.198 0.119 0.046 0.015 0.002 141 P 0.277 0.252 0.194 0.153 0.086 0.034 0.005 142 H 0.108 0.178 0.211 0.232 0.164 0.095 0.012 143 A 0.077 0.129 0.171 0.222 0.227 0.148 0.024 144 Q 0.051 0.134 0.184 0.226 0.211 0.160 0.034 145 F 0.022 0.035 0.051 0.109 0.250 0.396 0.136 146 R 0.031 0.086 0.157 0.233 0.246 0.201 0.046 147 Q 0.046 0.099 0.126 0.185 0.244 0.231 0.069 148 I 0.026 0.047 0.081 0.152 0.287 0.328 0.080 149 N 0.064 0.178 0.252 0.229 0.171 0.093 0.012 150 K 0.052 0.156 0.272 0.283 0.160 0.070 0.007 151 N 0.097 0.133 0.189 0.269 0.228 0.077 0.006 152 K 0.278 0.330 0.193 0.108 0.072 0.018 0.001 153 K 0.309 0.407 0.153 0.083 0.034 0.012 0.002 154 G 0.023 0.075 0.160 0.279 0.301 0.147 0.014 155 N 0.009 0.053 0.173 0.343 0.244 0.161 0.016 156 Y 0.002 0.004 0.015 0.042 0.187 0.563 0.188 157 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.031 0.293 0.669 158 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.165 0.811 159 P 0.001 0.002 0.004 0.010 0.041 0.208 0.735 160 L 0.002 0.010 0.027 0.066 0.163 0.386 0.347 161 F 0.005 0.027 0.083 0.161 0.312 0.323 0.089 162 A 0.023 0.085 0.156 0.221 0.268 0.211 0.037 163 T 0.082 0.217 0.227 0.184 0.174 0.103 0.013 164 S 0.135 0.252 0.239 0.220 0.103 0.045 0.005 165 E 0.025 0.114 0.265 0.323 0.193 0.071 0.009 166 V 0.009 0.014 0.015 0.041 0.226 0.583 0.112 167 R 0.010 0.073 0.210 0.409 0.214 0.083 0.003 168 E 0.053 0.216 0.239 0.219 0.157 0.108 0.008 169 I 0.007 0.029 0.130 0.325 0.344 0.156 0.008 170 A 0.055 0.119 0.227 0.321 0.228 0.049 0.002 171 P 0.358 0.444 0.134 0.043 0.018 0.003 0.001 172 N 0.577 0.341 0.058 0.019 0.004 0.001 0.001 173 G 0.218 0.254 0.241 0.199 0.073 0.013 0.001 174 Q 0.279 0.437 0.194 0.071 0.017 0.003 0.001 175 L 0.028 0.099 0.211 0.317 0.262 0.079 0.004 176 L 0.033 0.085 0.157 0.271 0.310 0.137 0.007 177 N 0.043 0.170 0.268 0.288 0.176 0.053 0.002 178 S 0.082 0.253 0.292 0.233 0.109 0.029 0.002 179 V 0.018 0.046 0.136 0.295 0.364 0.134 0.007 180 K 0.153 0.356 0.268 0.150 0.059 0.014 0.001 181 L 0.107 0.175 0.236 0.269 0.162 0.049 0.003 182 S 0.391 0.359 0.147 0.072 0.024 0.007 0.001 183 G 0.233 0.257 0.239 0.186 0.061 0.022 0.002 184 T 0.088 0.176 0.257 0.256 0.150 0.065 0.009 185 P 0.047 0.051 0.073 0.152 0.270 0.325 0.082 186 F 0.029 0.045 0.068 0.122 0.202 0.343 0.191 187 S 0.023 0.041 0.059 0.101 0.185 0.335 0.256 188 S 0.018 0.035 0.058 0.086 0.187 0.336 0.279 189 A 0.020 0.069 0.105 0.147 0.230 0.290 0.140 190 F 0.010 0.048 0.131 0.221 0.318 0.220 0.052 191 L 0.020 0.060 0.126 0.310 0.339 0.132 0.014 192 D 0.192 0.427 0.176 0.081 0.097 0.025 0.001 193 N 0.127 0.299 0.216 0.221 0.096 0.036 0.004 194 G 0.026 0.096 0.242 0.274 0.238 0.115 0.008 195 D 0.008 0.043 0.217 0.456 0.162 0.104 0.011 196 C 0.001 0.002 0.012 0.037 0.228 0.563 0.157 197 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.251 0.736 198 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.118 0.869 199 A 0.001 0.001 0.002 0.005 0.020 0.133 0.839 200 C 0.001 0.002 0.005 0.015 0.071 0.316 0.590 201 G 0.001 0.007 0.021 0.051 0.196 0.445 0.279 202 D 0.010 0.060 0.137 0.202 0.233 0.252 0.107 203 A 0.029 0.101 0.151 0.163 0.264 0.229 0.062 204 H 0.014 0.053 0.124 0.227 0.300 0.228 0.054 205 C 0.005 0.026 0.071 0.141 0.295 0.366 0.095 206 F 0.002 0.004 0.007 0.020 0.097 0.493 0.377 207 V 0.002 0.014 0.037 0.113 0.264 0.461 0.108 208 Q 0.012 0.051 0.133 0.212 0.259 0.269 0.065 209 L 0.002 0.009 0.025 0.055 0.196 0.595 0.119 210 N 0.024 0.112 0.276 0.316 0.209 0.061 0.003 211 L 0.070 0.182 0.282 0.311 0.128 0.026 0.001 212 E 0.627 0.314 0.039 0.012 0.007 0.001 0.001 213 S 0.611 0.286 0.063 0.030 0.008 0.002 0.001 214 N 0.480 0.356 0.120 0.035 0.009 0.001 0.001 215 R 0.286 0.453 0.192 0.059 0.008 0.001 0.001 216 I 0.033 0.081 0.167 0.280 0.354 0.082 0.003 217 V 0.025 0.104 0.200 0.338 0.253 0.078 0.002 218 R 0.043 0.184 0.298 0.261 0.169 0.044 0.001 219 R 0.058 0.238 0.344 0.253 0.091 0.015 0.001 220 V 0.028 0.060 0.177 0.327 0.324 0.082 0.002 221 N 0.200 0.328 0.266 0.143 0.053 0.009 0.001 222 A 0.470 0.327 0.139 0.052 0.010 0.002 0.001 223 N 0.553 0.316 0.089 0.034 0.007 0.001 0.001 224 D 0.406 0.362 0.148 0.066 0.015 0.003 0.001 225 I 0.105 0.110 0.266 0.313 0.177 0.028 0.001 226 E 0.537 0.368 0.073 0.017 0.004 0.001 0.001 227 G 0.285 0.371 0.199 0.103 0.034 0.008 0.001 228 V 0.054 0.129 0.216 0.320 0.214 0.063 0.005 229 Q 0.026 0.130 0.233 0.300 0.192 0.108 0.011 230 L 0.011 0.017 0.032 0.080 0.219 0.451 0.191 231 F 0.010 0.035 0.083 0.184 0.260 0.319 0.109 232 F 0.006 0.017 0.033 0.075 0.176 0.372 0.321 233 V 0.004 0.008 0.018 0.044 0.101 0.343 0.481 234 A 0.006 0.016 0.031 0.064 0.161 0.355 0.367 235 Q 0.019 0.055 0.084 0.141 0.197 0.272 0.233 236 L 0.013 0.028 0.046 0.100 0.211 0.389 0.212 237 F 0.022 0.051 0.089 0.167 0.257 0.304 0.109 238 P 0.048 0.122 0.180 0.219 0.225 0.166 0.040 239 L 0.054 0.109 0.166 0.253 0.249 0.143 0.026 240 Q 0.167 0.242 0.212 0.165 0.140 0.064 0.009 241 N 0.115 0.237 0.210 0.198 0.138 0.082 0.021 242 G 0.012 0.031 0.066 0.152 0.347 0.318 0.074 243 G 0.005 0.023 0.082 0.201 0.298 0.314 0.076 244 L 0.001 0.001 0.003 0.007 0.063 0.462 0.463 245 Y 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.183 0.792 246 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.118 0.870 247 C 0.001 0.001 0.002 0.005 0.031 0.182 0.779 248 N 0.001 0.005 0.011 0.031 0.096 0.331 0.524 249 W 0.004 0.015 0.036 0.079 0.222 0.421 0.224 250 Q 0.021 0.067 0.130 0.229 0.242 0.245 0.066 251 G 0.049 0.093 0.148 0.208 0.258 0.209 0.034 252 H 0.124 0.169 0.192 0.216 0.177 0.107 0.015 253 D 0.249 0.249 0.186 0.144 0.111 0.055 0.006 254 R 0.294 0.228 0.201 0.155 0.086 0.033 0.003 255 E 0.456 0.263 0.139 0.088 0.039 0.014 0.001 256 A 0.354 0.243 0.186 0.130 0.062 0.024 0.002 257 G 0.323 0.200 0.208 0.168 0.073 0.025 0.002 258 K 0.621 0.241 0.084 0.035 0.013 0.005 0.001 259 G 0.489 0.257 0.139 0.077 0.028 0.009 0.001 260 K 0.401 0.302 0.154 0.086 0.042 0.012 0.001 261 H 0.132 0.283 0.228 0.187 0.117 0.047 0.005 262 P 0.026 0.080 0.144 0.273 0.299 0.164 0.015 263 Q 0.010 0.061 0.139 0.270 0.288 0.215 0.017 264 L 0.005 0.017 0.036 0.076 0.229 0.530 0.107 265 V 0.006 0.020 0.057 0.127 0.278 0.426 0.086 266 E 0.014 0.071 0.161 0.190 0.251 0.266 0.046 267 I 0.007 0.037 0.139 0.319 0.335 0.151 0.012 268 D 0.108 0.245 0.263 0.224 0.138 0.022 0.001 269 S 0.380 0.415 0.112 0.058 0.030 0.005 0.001 270 E 0.641 0.305 0.039 0.011 0.003 0.001 0.001 271 G 0.186 0.336 0.295 0.154 0.024 0.004 0.001 272 K 0.161 0.384 0.311 0.121 0.021 0.003 0.001 273 V 0.010 0.040 0.116 0.261 0.418 0.149 0.006 274 V 0.012 0.054 0.111 0.225 0.347 0.238 0.012 275 W 0.008 0.053 0.151 0.284 0.288 0.207 0.009 276 Q 0.033 0.180 0.353 0.313 0.100 0.020 0.001 277 L 0.009 0.028 0.097 0.220 0.386 0.251 0.009 278 N 0.167 0.297 0.276 0.182 0.067 0.011 0.001 279 D 0.408 0.377 0.131 0.061 0.019 0.004 0.001 280 K 0.522 0.299 0.110 0.052 0.015 0.002 0.001 281 V 0.573 0.267 0.097 0.045 0.015 0.003 0.001 282 K 0.491 0.327 0.117 0.047 0.015 0.003 0.001 283 F 0.249 0.237 0.237 0.176 0.078 0.021 0.002 284 G 0.236 0.253 0.214 0.161 0.095 0.036 0.004 285 M 0.100 0.158 0.200 0.228 0.181 0.111 0.021 286 I 0.070 0.078 0.113 0.185 0.242 0.241 0.070 287 S 0.077 0.105 0.133 0.170 0.208 0.231 0.076 288 T 0.105 0.140 0.152 0.200 0.195 0.151 0.057 289 I 0.078 0.077 0.096 0.161 0.230 0.275 0.083 290 C 0.129 0.190 0.210 0.192 0.160 0.103 0.016 291 P 0.237 0.252 0.201 0.169 0.089 0.046 0.006 292 I 0.218 0.151 0.184 0.232 0.142 0.065 0.007 293 R 0.654 0.211 0.078 0.037 0.015 0.004 0.001 294 E 0.825 0.143 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001