# TARGET T0558 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0558.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2888 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.242 0.166 0.163 0.215 0.137 0.067 0.010 2 K 0.514 0.238 0.155 0.060 0.021 0.011 0.002 3 N 0.276 0.237 0.188 0.151 0.091 0.048 0.011 4 F 0.150 0.140 0.144 0.194 0.190 0.144 0.037 5 I 0.144 0.147 0.155 0.195 0.177 0.137 0.046 6 L 0.171 0.162 0.162 0.181 0.152 0.123 0.050 7 L 0.120 0.118 0.128 0.171 0.189 0.183 0.091 8 V 0.109 0.085 0.089 0.134 0.188 0.246 0.148 9 A 0.167 0.163 0.155 0.169 0.140 0.128 0.078 10 L 0.123 0.127 0.133 0.157 0.171 0.181 0.107 11 F 0.080 0.090 0.099 0.143 0.178 0.228 0.183 12 L 0.071 0.102 0.124 0.170 0.183 0.198 0.153 13 V 0.050 0.084 0.103 0.156 0.212 0.238 0.158 14 A 0.024 0.044 0.074 0.135 0.202 0.262 0.260 15 P 0.006 0.008 0.013 0.026 0.083 0.341 0.524 16 F 0.008 0.014 0.024 0.060 0.127 0.320 0.446 17 A 0.005 0.007 0.012 0.032 0.088 0.281 0.576 18 Q 0.004 0.006 0.010 0.020 0.057 0.317 0.586 19 G 0.007 0.019 0.037 0.100 0.165 0.368 0.304 20 S 0.008 0.020 0.050 0.118 0.236 0.400 0.168 21 S 0.013 0.058 0.113 0.210 0.288 0.242 0.075 22 P 0.032 0.146 0.185 0.237 0.193 0.143 0.065 23 Q 0.038 0.179 0.205 0.285 0.168 0.098 0.028 24 H 0.009 0.056 0.162 0.311 0.287 0.154 0.021 25 L 0.002 0.008 0.032 0.132 0.385 0.372 0.069 26 L 0.001 0.001 0.003 0.008 0.046 0.467 0.474 27 V 0.001 0.002 0.004 0.012 0.032 0.297 0.653 28 G 0.001 0.004 0.007 0.028 0.076 0.355 0.528 29 G 0.004 0.016 0.045 0.146 0.229 0.352 0.208 30 S 0.009 0.033 0.083 0.134 0.234 0.382 0.126 31 G 0.019 0.111 0.153 0.226 0.245 0.192 0.054 32 W 0.030 0.157 0.189 0.305 0.190 0.109 0.020 33 N 0.051 0.174 0.221 0.255 0.199 0.089 0.011 34 K 0.011 0.062 0.226 0.353 0.236 0.096 0.017 35 I 0.001 0.002 0.008 0.031 0.231 0.615 0.112 36 A 0.005 0.040 0.129 0.233 0.257 0.266 0.070 37 I 0.003 0.010 0.022 0.058 0.165 0.534 0.208 38 I 0.005 0.018 0.055 0.185 0.364 0.319 0.053 39 N 0.044 0.155 0.258 0.275 0.177 0.081 0.010 40 K 0.207 0.273 0.264 0.169 0.066 0.019 0.001 41 D 0.492 0.349 0.112 0.035 0.009 0.003 0.001 42 T 0.284 0.328 0.185 0.141 0.052 0.010 0.001 43 K 0.501 0.292 0.137 0.053 0.013 0.002 0.001 44 E 0.422 0.395 0.121 0.050 0.010 0.002 0.001 45 I 0.043 0.098 0.201 0.329 0.268 0.059 0.001 46 V 0.057 0.149 0.250 0.300 0.186 0.055 0.003 47 W 0.084 0.195 0.237 0.262 0.173 0.048 0.002 48 E 0.162 0.360 0.269 0.145 0.051 0.012 0.001 49 Y 0.041 0.067 0.116 0.296 0.334 0.139 0.007 50 P 0.318 0.332 0.234 0.088 0.023 0.006 0.001 51 L 0.211 0.245 0.196 0.233 0.095 0.019 0.001 52 E 0.569 0.280 0.115 0.028 0.007 0.002 0.001 53 K 0.315 0.313 0.201 0.102 0.053 0.015 0.002 54 G 0.137 0.318 0.206 0.221 0.084 0.030 0.004 55 W 0.041 0.117 0.178 0.255 0.281 0.118 0.010 56 E 0.018 0.070 0.173 0.285 0.267 0.147 0.040 57 C 0.001 0.004 0.015 0.037 0.159 0.489 0.295 58 N 0.001 0.005 0.015 0.045 0.132 0.428 0.374 59 S 0.001 0.003 0.008 0.029 0.104 0.354 0.501 60 V 0.001 0.001 0.002 0.005 0.027 0.296 0.669 61 A 0.001 0.004 0.012 0.042 0.101 0.389 0.451 62 A 0.001 0.005 0.015 0.051 0.191 0.501 0.235 63 T 0.004 0.022 0.084 0.221 0.367 0.254 0.047 64 K 0.084 0.306 0.255 0.201 0.097 0.048 0.008 65 A 0.087 0.307 0.257 0.194 0.100 0.049 0.007 66 G 0.021 0.093 0.186 0.294 0.271 0.123 0.012 67 E 0.021 0.144 0.229 0.356 0.182 0.062 0.006 68 I 0.003 0.017 0.059 0.173 0.396 0.317 0.034 69 L 0.001 0.005 0.012 0.029 0.100 0.633 0.220 70 F 0.002 0.007 0.020 0.074 0.162 0.502 0.232 71 S 0.004 0.016 0.046 0.127 0.278 0.367 0.162 72 Y 0.008 0.054 0.114 0.264 0.255 0.219 0.086 73 S 0.080 0.198 0.291 0.196 0.115 0.094 0.027 74 K 0.062 0.220 0.239 0.231 0.154 0.083 0.011 75 G 0.013 0.072 0.180 0.292 0.287 0.139 0.017 76 A 0.003 0.008 0.025 0.077 0.298 0.517 0.071 77 K 0.020 0.129 0.256 0.310 0.174 0.099 0.011 78 M 0.017 0.057 0.116 0.212 0.310 0.254 0.034 79 I 0.016 0.039 0.097 0.267 0.366 0.197 0.017 80 T 0.188 0.295 0.283 0.160 0.059 0.014 0.001 81 R 0.359 0.351 0.166 0.093 0.025 0.006 0.001 82 D 0.618 0.243 0.112 0.019 0.006 0.002 0.001 83 G 0.200 0.339 0.200 0.184 0.064 0.012 0.001 84 R 0.347 0.371 0.167 0.085 0.024 0.005 0.001 85 E 0.097 0.184 0.226 0.258 0.181 0.051 0.003 86 L 0.054 0.094 0.200 0.286 0.253 0.105 0.008 87 W 0.054 0.137 0.201 0.271 0.234 0.096 0.008 88 N 0.139 0.272 0.286 0.186 0.086 0.028 0.003 89 I 0.064 0.086 0.115 0.239 0.299 0.176 0.020 90 A 0.235 0.277 0.244 0.157 0.063 0.021 0.003 91 A 0.339 0.286 0.169 0.130 0.056 0.017 0.002 92 P 0.447 0.315 0.143 0.062 0.023 0.009 0.001 93 A 0.183 0.222 0.210 0.181 0.138 0.057 0.010 94 G 0.125 0.287 0.221 0.219 0.093 0.045 0.010 95 C 0.031 0.089 0.142 0.231 0.308 0.175 0.024 96 E 0.013 0.054 0.134 0.257 0.286 0.190 0.067 97 M 0.001 0.004 0.013 0.033 0.138 0.445 0.366 98 Q 0.001 0.005 0.015 0.039 0.117 0.428 0.394 99 T 0.001 0.004 0.013 0.055 0.158 0.329 0.439 100 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.331 0.637 101 R 0.001 0.007 0.022 0.074 0.135 0.354 0.408 102 I 0.001 0.004 0.011 0.037 0.152 0.485 0.309 103 L 0.006 0.026 0.092 0.240 0.345 0.235 0.056 104 P 0.079 0.230 0.235 0.217 0.132 0.088 0.020 105 D 0.096 0.277 0.292 0.166 0.096 0.058 0.014 106 G 0.017 0.084 0.152 0.250 0.292 0.173 0.033 107 N 0.010 0.096 0.155 0.348 0.258 0.115 0.018 108 A 0.002 0.008 0.029 0.100 0.324 0.430 0.108 109 L 0.001 0.001 0.002 0.007 0.043 0.474 0.472 110 V 0.001 0.001 0.002 0.010 0.036 0.239 0.713 111 A 0.001 0.001 0.003 0.007 0.027 0.234 0.726 112 W 0.002 0.006 0.016 0.069 0.169 0.360 0.377 113 C 0.005 0.017 0.041 0.108 0.229 0.400 0.199 114 G 0.033 0.130 0.198 0.188 0.190 0.206 0.055 115 H 0.022 0.078 0.124 0.238 0.270 0.213 0.054 116 P 0.091 0.215 0.232 0.240 0.127 0.075 0.021 117 S 0.097 0.203 0.239 0.209 0.165 0.075 0.012 118 T 0.021 0.072 0.176 0.285 0.275 0.143 0.029 119 I 0.003 0.004 0.014 0.040 0.202 0.554 0.183 120 L 0.010 0.064 0.141 0.237 0.260 0.244 0.043 121 E 0.020 0.094 0.173 0.268 0.240 0.167 0.038 122 V 0.010 0.021 0.052 0.154 0.343 0.372 0.049 123 N 0.078 0.187 0.257 0.260 0.159 0.052 0.006 124 M 0.129 0.234 0.239 0.277 0.094 0.027 0.001 125 K 0.714 0.197 0.077 0.009 0.002 0.001 0.001 126 G 0.320 0.403 0.141 0.106 0.026 0.005 0.001 127 E 0.536 0.303 0.109 0.039 0.011 0.002 0.001 128 V 0.119 0.198 0.213 0.284 0.154 0.031 0.001 129 L 0.164 0.192 0.265 0.242 0.106 0.031 0.001 130 S 0.242 0.311 0.236 0.131 0.066 0.013 0.001 131 K 0.351 0.384 0.148 0.089 0.022 0.005 0.001 132 T 0.150 0.178 0.198 0.272 0.155 0.045 0.002 133 E 0.307 0.303 0.266 0.088 0.027 0.007 0.001 134 F 0.089 0.108 0.167 0.294 0.272 0.067 0.003 135 E 0.359 0.352 0.170 0.094 0.021 0.004 0.001 136 T 0.475 0.360 0.119 0.033 0.010 0.003 0.001 137 G 0.214 0.205 0.234 0.219 0.106 0.022 0.001 138 I 0.276 0.331 0.170 0.170 0.044 0.008 0.001 139 E 0.610 0.272 0.075 0.031 0.009 0.002 0.001 140 R 0.397 0.223 0.191 0.123 0.051 0.014 0.001 141 P 0.333 0.268 0.224 0.103 0.051 0.018 0.003 142 H 0.163 0.280 0.192 0.222 0.100 0.037 0.006 143 A 0.183 0.237 0.203 0.167 0.131 0.068 0.011 144 Q 0.041 0.104 0.143 0.211 0.226 0.199 0.076 145 F 0.013 0.025 0.064 0.123 0.227 0.351 0.197 146 R 0.019 0.057 0.112 0.176 0.222 0.250 0.164 147 Q 0.013 0.032 0.061 0.131 0.254 0.337 0.172 148 I 0.005 0.007 0.019 0.045 0.182 0.487 0.255 149 N 0.010 0.030 0.066 0.127 0.232 0.400 0.135 150 K 0.023 0.118 0.230 0.316 0.189 0.107 0.018 151 N 0.029 0.075 0.158 0.276 0.309 0.138 0.014 152 K 0.144 0.336 0.230 0.194 0.068 0.024 0.003 153 K 0.277 0.392 0.219 0.075 0.025 0.011 0.002 154 G 0.022 0.115 0.216 0.281 0.263 0.095 0.007 155 N 0.009 0.082 0.168 0.383 0.249 0.099 0.010 156 Y 0.001 0.004 0.017 0.064 0.273 0.520 0.121 157 L 0.001 0.001 0.002 0.006 0.032 0.475 0.484 158 V 0.001 0.001 0.002 0.009 0.032 0.261 0.696 159 P 0.001 0.001 0.003 0.011 0.043 0.296 0.645 160 L 0.002 0.009 0.030 0.120 0.222 0.396 0.221 161 F 0.005 0.023 0.070 0.134 0.255 0.402 0.111 162 A 0.020 0.100 0.165 0.231 0.241 0.198 0.045 163 T 0.092 0.245 0.249 0.232 0.114 0.059 0.010 164 S 0.105 0.252 0.224 0.226 0.136 0.052 0.005 165 E 0.047 0.143 0.315 0.282 0.153 0.053 0.007 166 V 0.004 0.007 0.022 0.077 0.319 0.496 0.074 167 R 0.014 0.088 0.186 0.279 0.244 0.171 0.018 168 E 0.027 0.109 0.162 0.237 0.241 0.188 0.037 169 I 0.016 0.035 0.072 0.205 0.318 0.312 0.042 170 A 0.097 0.201 0.251 0.256 0.142 0.047 0.005 171 P 0.137 0.216 0.239 0.259 0.106 0.039 0.003 172 N 0.633 0.234 0.111 0.015 0.005 0.002 0.001 173 G 0.270 0.414 0.148 0.124 0.036 0.008 0.001 174 Q 0.329 0.366 0.177 0.090 0.030 0.008 0.001 175 L 0.038 0.079 0.155 0.298 0.310 0.116 0.004 176 L 0.047 0.089 0.219 0.305 0.246 0.087 0.007 177 N 0.072 0.228 0.268 0.219 0.155 0.053 0.004 178 S 0.109 0.254 0.273 0.225 0.106 0.031 0.003 179 V 0.040 0.063 0.105 0.291 0.336 0.155 0.010 180 K 0.339 0.370 0.208 0.060 0.016 0.006 0.001 181 L 0.104 0.188 0.213 0.268 0.177 0.046 0.005 182 S 0.285 0.382 0.195 0.097 0.026 0.012 0.002 183 G 0.081 0.192 0.194 0.236 0.206 0.080 0.009 184 T 0.031 0.107 0.202 0.267 0.244 0.121 0.028 185 P 0.002 0.007 0.022 0.056 0.181 0.492 0.239 186 F 0.001 0.006 0.017 0.051 0.142 0.443 0.341 187 S 0.001 0.003 0.007 0.027 0.100 0.346 0.516 188 S 0.001 0.001 0.002 0.004 0.022 0.276 0.695 189 A 0.001 0.003 0.009 0.035 0.094 0.362 0.496 190 F 0.001 0.004 0.014 0.051 0.179 0.489 0.263 191 L 0.005 0.026 0.094 0.217 0.370 0.236 0.054 192 D 0.057 0.261 0.236 0.246 0.120 0.066 0.014 193 N 0.077 0.269 0.309 0.179 0.099 0.056 0.010 194 G 0.005 0.039 0.105 0.268 0.382 0.183 0.018 195 D 0.004 0.053 0.171 0.379 0.275 0.103 0.015 196 C 0.001 0.002 0.007 0.026 0.163 0.627 0.176 197 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.031 0.447 0.516 198 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.150 0.838 199 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.157 0.830 200 C 0.001 0.003 0.012 0.061 0.125 0.318 0.481 201 G 0.002 0.008 0.022 0.054 0.153 0.392 0.369 202 D 0.006 0.032 0.065 0.116 0.185 0.335 0.261 203 A 0.010 0.060 0.115 0.222 0.246 0.239 0.108 204 H 0.013 0.075 0.137 0.233 0.274 0.206 0.063 205 C 0.005 0.019 0.066 0.166 0.339 0.301 0.105 206 F 0.001 0.002 0.009 0.023 0.127 0.497 0.341 207 V 0.002 0.013 0.040 0.094 0.201 0.454 0.196 208 Q 0.004 0.016 0.044 0.095 0.204 0.398 0.240 209 L 0.003 0.008 0.020 0.063 0.169 0.533 0.204 210 N 0.021 0.115 0.250 0.288 0.216 0.095 0.015 211 L 0.013 0.039 0.102 0.343 0.340 0.153 0.009 212 E 0.323 0.377 0.219 0.058 0.017 0.005 0.001 213 S 0.404 0.412 0.110 0.055 0.015 0.004 0.001 214 N 0.347 0.336 0.183 0.095 0.033 0.005 0.001 215 R 0.262 0.411 0.192 0.101 0.025 0.007 0.001 216 I 0.020 0.064 0.171 0.311 0.338 0.093 0.003 217 V 0.021 0.059 0.182 0.286 0.303 0.137 0.012 218 R 0.052 0.193 0.257 0.238 0.174 0.077 0.008 219 R 0.061 0.197 0.293 0.252 0.142 0.048 0.006 220 V 0.020 0.029 0.050 0.157 0.343 0.352 0.050 221 N 0.124 0.271 0.303 0.194 0.077 0.028 0.003 222 A 0.129 0.222 0.200 0.230 0.153 0.061 0.005 223 N 0.254 0.258 0.224 0.166 0.072 0.024 0.002 224 D 0.415 0.321 0.143 0.080 0.030 0.010 0.001 225 I 0.308 0.257 0.179 0.155 0.075 0.023 0.002 226 E 0.477 0.237 0.164 0.078 0.031 0.012 0.002 227 G 0.421 0.321 0.137 0.081 0.027 0.011 0.002 228 V 0.124 0.145 0.171 0.219 0.218 0.106 0.017 229 Q 0.094 0.142 0.158 0.210 0.189 0.154 0.054 230 L 0.038 0.063 0.100 0.167 0.226 0.269 0.138 231 F 0.033 0.090 0.115 0.181 0.243 0.221 0.117 232 F 0.008 0.030 0.050 0.121 0.226 0.282 0.284 233 V 0.002 0.005 0.011 0.023 0.072 0.307 0.581 234 A 0.002 0.005 0.012 0.034 0.102 0.364 0.482 235 Q 0.002 0.008 0.021 0.071 0.176 0.289 0.433 236 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.027 0.304 0.660 237 F 0.001 0.003 0.008 0.027 0.076 0.365 0.519 238 P 0.002 0.007 0.016 0.052 0.152 0.451 0.320 239 L 0.007 0.031 0.088 0.204 0.325 0.257 0.088 240 Q 0.041 0.186 0.199 0.242 0.168 0.123 0.042 241 N 0.036 0.170 0.229 0.237 0.172 0.121 0.035 242 G 0.006 0.038 0.092 0.227 0.352 0.246 0.039 243 G 0.005 0.046 0.148 0.336 0.302 0.142 0.022 244 L 0.001 0.004 0.017 0.055 0.231 0.512 0.178 245 Y 0.001 0.001 0.002 0.006 0.033 0.476 0.482 246 I 0.001 0.001 0.003 0.013 0.044 0.310 0.629 247 C 0.001 0.002 0.005 0.020 0.069 0.366 0.537 248 N 0.005 0.029 0.095 0.244 0.255 0.268 0.105 249 W 0.007 0.026 0.078 0.188 0.296 0.341 0.064 250 Q 0.088 0.246 0.259 0.203 0.129 0.066 0.009 251 G 0.293 0.366 0.162 0.115 0.045 0.017 0.002 252 H 0.194 0.277 0.198 0.195 0.101 0.033 0.003 253 D 0.152 0.232 0.289 0.191 0.095 0.038 0.003 254 R 0.061 0.128 0.188 0.302 0.227 0.086 0.008 255 E 0.082 0.201 0.273 0.253 0.139 0.050 0.003 256 A 0.055 0.085 0.133 0.216 0.318 0.179 0.013 257 G 0.096 0.164 0.236 0.304 0.150 0.047 0.002 258 K 0.461 0.335 0.147 0.041 0.013 0.003 0.001 259 G 0.195 0.237 0.226 0.251 0.072 0.018 0.001 260 K 0.663 0.225 0.090 0.016 0.005 0.002 0.001 261 H 0.319 0.397 0.148 0.105 0.027 0.004 0.001 262 P 0.477 0.327 0.130 0.050 0.013 0.003 0.001 263 Q 0.058 0.153 0.234 0.287 0.215 0.052 0.002 264 L 0.033 0.060 0.167 0.312 0.308 0.115 0.007 265 V 0.069 0.225 0.274 0.230 0.150 0.048 0.003 266 E 0.097 0.285 0.308 0.205 0.081 0.021 0.002 267 I 0.026 0.039 0.070 0.218 0.402 0.230 0.015 268 D 0.216 0.332 0.252 0.146 0.039 0.013 0.001 269 S 0.209 0.285 0.233 0.152 0.089 0.030 0.002 270 E 0.167 0.289 0.229 0.183 0.090 0.036 0.006 271 G 0.194 0.318 0.217 0.178 0.065 0.025 0.005 272 K 0.154 0.280 0.244 0.184 0.102 0.032 0.003 273 V 0.026 0.065 0.160 0.290 0.312 0.133 0.013 274 V 0.011 0.016 0.043 0.093 0.276 0.480 0.080 275 W 0.026 0.099 0.168 0.232 0.237 0.209 0.029 276 Q 0.042 0.191 0.249 0.271 0.153 0.084 0.010 277 L 0.018 0.041 0.126 0.295 0.348 0.160 0.012 278 N 0.097 0.336 0.213 0.239 0.085 0.028 0.003 279 D 0.252 0.331 0.247 0.107 0.050 0.012 0.001 280 K 0.205 0.383 0.257 0.117 0.028 0.010 0.001 281 V 0.026 0.143 0.255 0.312 0.202 0.059 0.003 282 K 0.003 0.021 0.079 0.282 0.432 0.169 0.015 283 F 0.001 0.001 0.003 0.009 0.056 0.608 0.323 284 G 0.001 0.003 0.007 0.019 0.049 0.340 0.582 285 M 0.002 0.004 0.008 0.027 0.070 0.327 0.563 286 I 0.007 0.016 0.042 0.136 0.243 0.295 0.261 287 S 0.019 0.034 0.060 0.111 0.208 0.367 0.201 288 T 0.077 0.171 0.227 0.209 0.176 0.115 0.026 289 I 0.194 0.292 0.209 0.170 0.092 0.038 0.004 290 C 0.253 0.245 0.177 0.194 0.096 0.033 0.002 291 P 0.349 0.338 0.188 0.081 0.033 0.009 0.001 292 I 0.139 0.137 0.231 0.280 0.172 0.039 0.001 293 R 0.397 0.371 0.148 0.067 0.015 0.002 0.001 294 E 0.677 0.266 0.036 0.017 0.003 0.001 0.001