This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA K A 3 3 NATAA N A 4 4 NATAA F A 5 5 NATAA I A 6 6 NATAA L A 7 7 NATAA L A 8 8 NATAA V A 9 9 NATAA A A 10 10 NATAA L A 11 11 NATAA F A 12 12 NATAA L A 13 13 NATAA V A 14 14 NATAA A A 15 15 NATRO P A 16 16 NATAA F A 17 17 NATAA A A 18 18 NATAA Q A 19 19 NATAA G A 20 20 NATAA S A 21 21 NATAA S A 22 22 NATRO P A 23 23 NATAA Q A 24 24 NATAA H A 25 25 NATAA L A 26 26 NATAA L A 27 27 NATAA V A 28 28 NATAA G A 29 29 NATAA G A 30 30 NATAA S A 31 31 NATAA G A 32 32 NATAA W A 33 33 NATAA N A 34 34 NATAA K A 35 35 NATAA I A 36 36 NATAA A A 37 37 NATAA I A 38 38 NATAA I A 39 39 NATAA N A 40 40 NATAA K A 41 41 NATAA D A 42 42 NATAA T A 43 43 NATAA K A 44 44 NATAA E A 45 45 NATAA I A 46 46 NATAA V A 47 47 NATAA W A 48 48 NATAA E A 49 49 NATAA Y A 50 50 NATRO P A 51 51 NATAA L A 52 52 NATAA E A 53 53 NATAA K A 54 54 NATAA G A 55 55 NATAA W A 56 56 NATAA E A 57 57 NATRO C A 58 58 NATAA N A 59 59 NATAA S A 60 60 NATAA V A 61 61 NATAA A A 62 62 NATAA A A 63 63 NATAA T A 64 64 NATAA K A 65 65 NATAA A A 66 66 NATAA G A 67 67 NATAA E A 68 68 NATAA I A 69 69 NATAA L A 70 70 NATAA F A 71 71 NATAA S A 72 72 NATAA Y A 73 73 NATAA S A 74 74 NATAA K A 75 75 NATAA G A 76 76 NATAA A A 77 77 NATAA K A 78 78 NATAA M A 79 79 NATAA I A 80 80 NATAA T A 81 81 NATAA R A 82 82 NATAA D A 83 83 NATAA G A 84 84 NATAA R A 85 85 NATAA E A 86 86 NATAA L A 87 87 NATAA W A 88 88 NATAA N A 89 89 NATAA I A 90 90 NATAA A A 91 91 NATAA A A 92 92 NATRO P A 93 93 NATAA A A 94 94 NATAA G A 95 95 NATRO C A 96 96 NATAA E A 97 97 NATAA M A 98 98 NATAA Q A 99 99 NATAA T A 100 100 NATAA A A 101 101 NATAA R A 102 102 NATAA I A 103 103 NATAA L A 104 104 NATRO P A 105 105 NATAA D A 106 106 NATAA G A 107 107 NATAA N A 108 108 NATAA A A 109 109 NATAA L A 110 110 NATAA V A 111 111 NATAA A A 112 112 NATAA W A 113 113 NATRO C A 114 114 NATAA G A 115 115 NATAA H A 116 116 NATRO P A 117 117 NATAA S A 118 118 NATAA T A 119 119 NATAA I A 120 120 NATAA L A 121 121 NATAA E A 122 122 NATAA V A 123 123 NATAA N A 124 124 NATAA M A 125 125 NATAA K A 126 126 NATAA G A 127 127 NATAA E A 128 128 NATAA V A 129 129 NATAA L A 130 130 NATAA S A 131 131 NATAA K A 132 132 NATAA T A 133 133 NATAA E A 134 134 NATAA F A 135 135 NATAA E A 136 136 NATAA T A 137 137 NATAA G A 138 138 NATAA I A 139 139 NATAA E A 140 140 NATAA R A 141 141 NATRO P A 142 142 NATAA H A 143 143 NATAA A A 144 144 NATAA Q A 145 145 NATAA F A 146 146 NATAA R A 147 147 NATAA Q A 148 148 NATAA I A 149 149 NATAA N A 150 150 NATAA K A 151 151 NATAA N A 152 152 NATAA K A 153 153 NATAA K A 154 154 NATAA G A 155 155 NATAA N A 156 156 NATAA Y A 157 157 NATAA L A 158 158 NATAA V A 159 159 NATRO P A 160 160 NATAA L A 161 161 NATAA F A 162 162 NATAA A A 163 163 NATAA T A 164 164 NATAA S A 165 165 NATAA E A 166 166 NATAA V A 167 167 NATAA R A 168 168 NATAA E A 169 169 NATAA I A 170 170 NATAA A A 171 171 NATRO P A 172 172 NATAA N A 173 173 NATAA G A 174 174 NATAA Q A 175 175 NATAA L A 176 176 NATAA L A 177 177 NATAA N A 178 178 NATAA S A 179 179 NATAA V A 180 180 NATAA K A 181 181 NATAA L A 182 182 NATAA S A 183 183 NATAA G A 184 184 NATAA T A 185 185 NATRO P A 186 186 NATAA F A 187 187 NATAA S A 188 188 NATAA S A 189 189 NATAA A A 190 190 NATAA F A 191 191 NATAA L A 192 192 NATAA D A 193 193 NATAA N A 194 194 NATAA G A 195 195 NATAA D A 196 196 NATRO C A 197 197 NATAA L A 198 198 NATAA V A 199 199 NATAA A A 200 200 NATRO C A 201 201 NATAA G A 202 202 NATAA D A 203 203 NATAA A A 204 204 NATAA H A 205 205 NATRO C A 206 206 NATAA F A 207 207 NATAA V A 208 208 NATAA Q A 209 209 NATAA L A 210 210 NATAA N A 211 211 NATAA L A 212 212 NATAA E A 213 213 NATAA S A 214 214 NATAA N A 215 215 NATAA R A 216 216 NATAA I A 217 217 NATAA V A 218 218 NATAA R A 219 219 NATAA R A 220 220 NATAA V A 221 221 NATAA N A 222 222 NATAA A A 223 223 NATAA N A 224 224 NATAA D A 225 225 NATAA I A 226 226 NATAA E A 227 227 NATAA G A 228 228 NATAA V A 229 229 NATAA Q A 230 230 NATAA L A 231 231 NATAA F A 232 232 NATAA F A 233 233 NATAA V A 234 234 NATAA A A 235 235 NATAA Q A 236 236 NATAA L A 237 237 NATAA F A 238 238 NATRO P A 239 239 NATAA L A 240 240 NATAA Q A 241 241 NATAA N A 242 242 NATAA G A 243 243 NATAA G A 244 244 NATAA L A 245 245 NATAA Y A 246 246 NATAA I A 247 247 NATRO C A 248 248 NATAA N A 249 249 NATAA W A 250 250 NATAA Q A 251 251 NATAA G A 252 252 NATAA H A 253 253 NATAA D A 254 254 NATAA R A 255 255 NATAA E A 256 256 NATAA A A 257 257 NATAA G A 258 258 NATAA K A 259 259 NATAA G A 260 260 NATAA K A 261 261 NATAA H A 262 262 NATRO P A 263 263 NATAA Q A 264 264 NATAA L A 265 265 NATAA V A 266 266 NATAA E A 267 267 NATAA I A 268 268 NATAA D A 269 269 NATAA S A 270 270 NATAA E A 271 271 NATAA G A 272 272 NATAA K A 273 273 NATAA V A 274 274 NATAA V A 275 275 NATAA W A 276 276 NATAA Q A 277 277 NATAA L A 278 278 NATAA N A 279 279 NATAA D A 280 280 NATAA K A 281 281 NATAA V A 282 282 NATAA K A 283 283 NATAA F A 284 284 NATAA G A 285 285 NATAA M A 286 286 NATAA I A 287 287 NATAA S A 288 288 NATAA T A 289 289 NATAA I A 290 290 NATRO C A 291 291 NATRO P A 292 292 NATAA I A 293 293 NATAA R A 294 294 NATAA E