# TARGET T0558 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0558.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 97 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.002 0.003 0.274 0.107 0.601 2 K 0.027 0.010 0.005 0.636 0.042 0.280 3 N 0.032 0.006 0.010 0.794 0.027 0.130 4 F 0.025 0.003 0.021 0.889 0.016 0.047 5 I 0.024 0.002 0.025 0.902 0.015 0.032 6 L 0.036 0.003 0.025 0.891 0.019 0.027 7 L 0.043 0.002 0.023 0.885 0.024 0.024 8 V 0.043 0.001 0.017 0.889 0.026 0.024 9 A 0.042 0.002 0.014 0.887 0.030 0.026 10 L 0.027 0.001 0.015 0.896 0.034 0.027 11 F 0.016 0.002 0.014 0.902 0.034 0.033 12 L 0.015 0.002 0.017 0.875 0.041 0.051 13 V 0.022 0.003 0.015 0.833 0.051 0.077 14 A 0.048 0.006 0.018 0.613 0.109 0.207 15 P 0.072 0.007 0.032 0.476 0.159 0.254 16 F 0.099 0.005 0.066 0.417 0.195 0.217 17 A 0.124 0.008 0.124 0.379 0.203 0.162 18 Q 0.201 0.011 0.114 0.302 0.206 0.165 19 G 0.296 0.016 0.090 0.204 0.221 0.173 20 S 0.303 0.023 0.058 0.154 0.239 0.223 21 S 0.169 0.018 0.050 0.096 0.525 0.143 22 P 0.061 0.006 0.067 0.080 0.688 0.097 23 Q 0.049 0.004 0.060 0.039 0.772 0.076 24 H 0.170 0.006 0.036 0.020 0.651 0.116 25 L 0.681 0.010 0.007 0.008 0.143 0.152 26 L 0.917 0.007 0.002 0.003 0.028 0.043 27 V 0.945 0.003 0.001 0.003 0.019 0.030 28 G 0.946 0.004 0.002 0.003 0.020 0.026 29 G 0.925 0.003 0.004 0.003 0.035 0.031 30 S 0.845 0.003 0.006 0.004 0.095 0.046 31 G 0.614 0.008 0.013 0.008 0.280 0.078 32 W 0.232 0.008 0.028 0.015 0.642 0.075 33 N 0.136 0.005 0.042 0.026 0.708 0.083 34 K 0.525 0.007 0.015 0.015 0.323 0.114 35 I 0.904 0.003 0.002 0.006 0.041 0.044 36 A 0.967 0.002 0.001 0.002 0.007 0.021 37 I 0.981 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 38 I 0.978 0.001 0.001 0.002 0.007 0.010 39 N 0.960 0.003 0.002 0.003 0.016 0.017 40 K 0.738 0.003 0.009 0.011 0.215 0.024 41 D 0.283 0.003 0.037 0.038 0.603 0.036 42 T 0.110 0.005 0.032 0.027 0.790 0.037 43 K 0.173 0.006 0.013 0.014 0.700 0.095 44 E 0.655 0.007 0.002 0.004 0.110 0.223 45 I 0.924 0.011 0.001 0.002 0.025 0.037 46 V 0.928 0.003 0.001 0.003 0.021 0.044 47 W 0.923 0.006 0.002 0.004 0.025 0.040 48 E 0.879 0.005 0.005 0.008 0.042 0.062 49 Y 0.824 0.007 0.006 0.009 0.069 0.084 50 P 0.614 0.011 0.009 0.012 0.179 0.174 51 L 0.329 0.016 0.030 0.017 0.427 0.181 52 E 0.160 0.013 0.047 0.016 0.568 0.195 53 K 0.140 0.011 0.046 0.012 0.595 0.196 54 G 0.292 0.017 0.032 0.012 0.411 0.236 55 W 0.516 0.019 0.017 0.013 0.192 0.243 56 E 0.723 0.016 0.011 0.007 0.102 0.141 57 C 0.774 0.012 0.008 0.005 0.092 0.109 58 N 0.755 0.004 0.009 0.005 0.111 0.117 59 S 0.809 0.006 0.010 0.005 0.078 0.092 60 V 0.872 0.007 0.007 0.004 0.053 0.057 61 A 0.915 0.005 0.006 0.002 0.038 0.035 62 A 0.895 0.012 0.003 0.001 0.046 0.043 63 T 0.471 0.021 0.008 0.004 0.463 0.034 64 K 0.053 0.003 0.024 0.008 0.882 0.030 65 A 0.043 0.002 0.016 0.003 0.911 0.026 66 G 0.360 0.005 0.010 0.004 0.573 0.048 67 E 0.904 0.007 0.001 0.001 0.025 0.061 68 I 0.985 0.003 0.001 0.001 0.003 0.008 69 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 70 F 0.985 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 71 S 0.897 0.003 0.003 0.001 0.062 0.034 72 Y 0.468 0.007 0.010 0.003 0.410 0.102 73 S 0.079 0.002 0.017 0.003 0.827 0.072 74 K 0.118 0.004 0.019 0.003 0.763 0.093 75 G 0.705 0.004 0.007 0.001 0.190 0.093 76 A 0.950 0.003 0.001 0.001 0.015 0.031 77 K 0.976 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 78 M 0.980 0.002 0.001 0.001 0.006 0.011 79 I 0.968 0.008 0.001 0.001 0.008 0.016 80 T 0.650 0.012 0.001 0.001 0.313 0.024 81 R 0.029 0.001 0.008 0.002 0.952 0.008 82 D 0.010 0.001 0.007 0.001 0.975 0.006 83 G 0.041 0.007 0.008 0.002 0.929 0.013 84 R 0.441 0.014 0.002 0.002 0.185 0.355 85 E 0.903 0.026 0.001 0.001 0.018 0.052 86 L 0.949 0.005 0.001 0.001 0.015 0.030 87 W 0.918 0.006 0.002 0.002 0.026 0.045 88 N 0.800 0.012 0.008 0.008 0.064 0.108 89 I 0.654 0.011 0.017 0.015 0.129 0.173 90 A 0.483 0.013 0.017 0.014 0.251 0.222 91 A 0.231 0.017 0.020 0.010 0.523 0.199 92 P 0.116 0.014 0.029 0.007 0.642 0.191 93 A 0.100 0.009 0.022 0.004 0.673 0.192 94 G 0.246 0.012 0.013 0.002 0.458 0.269 95 C 0.456 0.015 0.007 0.002 0.194 0.327 96 E 0.718 0.008 0.003 0.001 0.070 0.200 97 M 0.885 0.013 0.002 0.001 0.031 0.068 98 Q 0.855 0.002 0.002 0.001 0.044 0.097 99 T 0.912 0.004 0.002 0.001 0.022 0.059 100 A 0.928 0.003 0.001 0.001 0.013 0.055 101 R 0.938 0.003 0.001 0.001 0.014 0.044 102 I 0.889 0.053 0.001 0.001 0.014 0.044 103 L 0.443 0.041 0.002 0.001 0.487 0.026 104 P 0.044 0.002 0.006 0.002 0.924 0.021 105 D 0.016 0.001 0.002 0.001 0.967 0.014 106 G 0.041 0.009 0.001 0.001 0.914 0.034 107 N 0.310 0.010 0.001 0.001 0.072 0.607 108 A 0.920 0.026 0.001 0.001 0.011 0.042 109 L 0.974 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 110 V 0.974 0.003 0.001 0.001 0.008 0.013 111 A 0.916 0.004 0.004 0.003 0.030 0.043 112 W 0.838 0.006 0.009 0.004 0.069 0.074 113 C 0.478 0.011 0.021 0.005 0.289 0.195 114 G 0.146 0.013 0.012 0.003 0.663 0.163 115 H 0.052 0.014 0.030 0.004 0.813 0.087 116 P 0.072 0.005 0.032 0.003 0.787 0.101 117 S 0.413 0.007 0.015 0.002 0.440 0.123 118 T 0.892 0.003 0.001 0.001 0.041 0.062 119 I 0.975 0.003 0.001 0.001 0.004 0.018 120 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 121 E 0.979 0.002 0.001 0.001 0.004 0.014 122 V 0.933 0.014 0.001 0.001 0.013 0.040 123 N 0.328 0.012 0.001 0.001 0.633 0.027 124 M 0.013 0.001 0.003 0.001 0.976 0.006 125 K 0.007 0.001 0.002 0.001 0.984 0.005 126 G 0.060 0.005 0.002 0.001 0.916 0.017 127 E 0.602 0.007 0.001 0.001 0.079 0.311 128 V 0.944 0.026 0.001 0.001 0.008 0.021 129 L 0.967 0.004 0.001 0.001 0.008 0.021 130 S 0.952 0.002 0.001 0.001 0.012 0.033 131 K 0.928 0.004 0.001 0.001 0.019 0.047 132 T 0.899 0.007 0.002 0.002 0.025 0.066 133 E 0.773 0.011 0.003 0.003 0.058 0.151 134 F 0.457 0.025 0.021 0.009 0.203 0.285 135 E 0.196 0.015 0.041 0.015 0.365 0.369 136 T 0.141 0.022 0.050 0.028 0.452 0.307 137 G 0.085 0.021 0.031 0.031 0.527 0.305 138 I 0.056 0.017 0.044 0.054 0.542 0.287 139 E 0.030 0.011 0.063 0.077 0.579 0.239 140 R 0.044 0.018 0.067 0.067 0.614 0.189 141 P 0.081 0.021 0.068 0.079 0.460 0.291 142 H 0.221 0.037 0.056 0.052 0.328 0.305 143 A 0.272 0.020 0.070 0.060 0.317 0.261 144 Q 0.400 0.023 0.046 0.046 0.202 0.283 145 F 0.560 0.023 0.065 0.035 0.158 0.159 146 R 0.573 0.004 0.069 0.031 0.155 0.168 147 Q 0.734 0.011 0.042 0.017 0.077 0.119 148 I 0.840 0.008 0.006 0.006 0.039 0.101 149 N 0.882 0.005 0.004 0.004 0.029 0.076 150 K 0.882 0.052 0.001 0.002 0.018 0.045 151 N 0.429 0.039 0.004 0.005 0.505 0.017 152 K 0.037 0.001 0.008 0.006 0.938 0.011 153 K 0.014 0.001 0.002 0.001 0.976 0.006 154 G 0.045 0.009 0.001 0.001 0.925 0.019 155 N 0.415 0.010 0.001 0.001 0.078 0.497 156 Y 0.944 0.021 0.001 0.001 0.008 0.027 157 L 0.960 0.002 0.001 0.001 0.009 0.028 158 V 0.952 0.006 0.001 0.001 0.014 0.026 159 P 0.885 0.008 0.009 0.002 0.045 0.050 160 L 0.770 0.004 0.025 0.004 0.126 0.072 161 F 0.414 0.007 0.052 0.007 0.445 0.074 162 A 0.185 0.014 0.047 0.006 0.686 0.063 163 T 0.083 0.005 0.023 0.002 0.831 0.055 164 S 0.198 0.003 0.013 0.001 0.659 0.125 165 E 0.885 0.003 0.001 0.001 0.064 0.046 166 V 0.973 0.003 0.001 0.001 0.006 0.018 167 R 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 168 E 0.982 0.002 0.001 0.001 0.003 0.013 169 I 0.955 0.015 0.001 0.001 0.006 0.023 170 A 0.459 0.012 0.001 0.001 0.511 0.018 171 P 0.016 0.001 0.001 0.001 0.976 0.005 172 N 0.006 0.001 0.001 0.001 0.988 0.004 173 G 0.035 0.007 0.001 0.001 0.945 0.013 174 Q 0.449 0.009 0.001 0.001 0.082 0.460 175 L 0.945 0.020 0.001 0.001 0.008 0.026 176 L 0.969 0.003 0.001 0.001 0.006 0.021 177 N 0.963 0.003 0.001 0.001 0.007 0.027 178 S 0.928 0.004 0.001 0.001 0.018 0.048 179 V 0.892 0.008 0.003 0.001 0.027 0.069 180 K 0.758 0.013 0.004 0.003 0.128 0.094 181 L 0.451 0.017 0.011 0.003 0.398 0.120 182 S 0.126 0.008 0.010 0.002 0.687 0.168 183 G 0.079 0.014 0.010 0.003 0.717 0.177 184 T 0.248 0.018 0.005 0.002 0.368 0.358 185 P 0.533 0.025 0.007 0.002 0.184 0.248 186 F 0.758 0.004 0.007 0.001 0.100 0.129 187 S 0.899 0.010 0.005 0.001 0.035 0.050 188 S 0.930 0.004 0.001 0.001 0.017 0.048 189 A 0.951 0.002 0.002 0.001 0.014 0.032 190 F 0.953 0.020 0.001 0.001 0.008 0.019 191 L 0.655 0.020 0.003 0.001 0.304 0.017 192 D 0.039 0.001 0.011 0.002 0.937 0.009 193 N 0.012 0.001 0.006 0.001 0.975 0.005 194 G 0.031 0.008 0.005 0.001 0.942 0.013 195 D 0.451 0.008 0.001 0.001 0.152 0.387 196 C 0.962 0.012 0.001 0.001 0.007 0.018 197 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 198 V 0.985 0.002 0.001 0.001 0.005 0.008 199 A 0.967 0.004 0.001 0.001 0.010 0.017 200 C 0.864 0.002 0.007 0.001 0.070 0.055 201 G 0.443 0.007 0.021 0.004 0.421 0.104 202 D 0.117 0.011 0.022 0.003 0.775 0.071 203 A 0.035 0.004 0.030 0.003 0.882 0.046 204 H 0.124 0.004 0.018 0.002 0.711 0.142 205 C 0.846 0.009 0.002 0.001 0.075 0.067 206 F 0.968 0.001 0.001 0.001 0.006 0.025 207 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 208 Q 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 209 L 0.977 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 210 N 0.931 0.008 0.001 0.001 0.023 0.038 211 L 0.200 0.017 0.005 0.001 0.757 0.020 212 E 0.010 0.001 0.018 0.002 0.962 0.007 213 S 0.009 0.002 0.018 0.001 0.965 0.004 214 N 0.053 0.004 0.007 0.001 0.910 0.026 215 R 0.654 0.012 0.001 0.001 0.089 0.244 216 I 0.950 0.015 0.001 0.001 0.010 0.024 217 V 0.970 0.002 0.001 0.001 0.008 0.019 218 R 0.968 0.005 0.001 0.001 0.007 0.019 219 R 0.915 0.004 0.002 0.002 0.026 0.052 220 V 0.842 0.013 0.002 0.002 0.045 0.095 221 N 0.363 0.030 0.008 0.007 0.392 0.200 222 A 0.075 0.010 0.043 0.012 0.714 0.145 223 N 0.031 0.011 0.052 0.009 0.767 0.129 224 D 0.034 0.027 0.053 0.011 0.763 0.112 225 I 0.052 0.025 0.063 0.017 0.678 0.166 226 E 0.060 0.015 0.079 0.021 0.570 0.255 227 G 0.144 0.017 0.093 0.022 0.527 0.198 228 V 0.329 0.037 0.036 0.016 0.364 0.218 229 Q 0.379 0.024 0.022 0.017 0.206 0.353 230 L 0.597 0.030 0.031 0.019 0.137 0.187 231 F 0.645 0.028 0.026 0.018 0.129 0.155 232 F 0.607 0.020 0.024 0.019 0.187 0.144 233 V 0.423 0.015 0.031 0.014 0.378 0.139 234 A 0.291 0.004 0.029 0.011 0.480 0.186 235 Q 0.495 0.012 0.019 0.006 0.310 0.158 236 L 0.822 0.015 0.003 0.002 0.059 0.099 237 F 0.903 0.006 0.002 0.001 0.028 0.059 238 P 0.866 0.062 0.001 0.001 0.020 0.049 239 L 0.348 0.033 0.003 0.002 0.594 0.021 240 Q 0.041 0.001 0.006 0.004 0.925 0.023 241 N 0.030 0.002 0.001 0.001 0.942 0.025 242 G 0.115 0.030 0.001 0.001 0.799 0.056 243 G 0.306 0.004 0.001 0.001 0.039 0.650 244 L 0.947 0.016 0.001 0.001 0.006 0.030 245 Y 0.977 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 246 I 0.966 0.003 0.001 0.001 0.010 0.020 247 C 0.766 0.013 0.004 0.003 0.066 0.149 248 N 0.339 0.015 0.013 0.007 0.309 0.316 249 W 0.076 0.010 0.043 0.012 0.630 0.230 250 Q 0.049 0.012 0.053 0.011 0.651 0.224 251 G 0.094 0.027 0.071 0.014 0.607 0.187 252 H 0.207 0.013 0.041 0.013 0.395 0.331 253 D 0.492 0.017 0.041 0.017 0.216 0.218 254 R 0.645 0.018 0.029 0.018 0.141 0.149 255 E 0.746 0.011 0.019 0.016 0.102 0.107 256 A 0.714 0.012 0.015 0.015 0.129 0.115 257 G 0.623 0.029 0.015 0.013 0.172 0.149 258 K 0.287 0.019 0.024 0.011 0.515 0.144 259 G 0.065 0.008 0.044 0.009 0.781 0.093 260 K 0.046 0.008 0.038 0.005 0.777 0.126 261 H 0.183 0.016 0.016 0.002 0.571 0.212 262 P 0.550 0.012 0.003 0.001 0.142 0.292 263 Q 0.883 0.003 0.001 0.001 0.034 0.079 264 L 0.971 0.002 0.001 0.001 0.007 0.019 265 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 266 E 0.982 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 267 I 0.972 0.007 0.001 0.001 0.007 0.015 268 D 0.623 0.010 0.001 0.001 0.343 0.023 269 S 0.041 0.002 0.007 0.001 0.936 0.013 270 E 0.012 0.002 0.007 0.001 0.971 0.008 271 G 0.035 0.007 0.011 0.001 0.928 0.018 272 K 0.341 0.006 0.002 0.001 0.155 0.494 273 V 0.936 0.015 0.001 0.001 0.014 0.034 274 V 0.972 0.002 0.001 0.001 0.006 0.021 275 W 0.982 0.002 0.001 0.001 0.004 0.011 276 Q 0.955 0.003 0.001 0.001 0.012 0.028 277 L 0.842 0.006 0.004 0.002 0.051 0.096 278 N 0.358 0.009 0.012 0.005 0.315 0.302 279 D 0.102 0.014 0.018 0.004 0.574 0.288 280 K 0.047 0.017 0.055 0.004 0.752 0.125 281 V 0.049 0.006 0.078 0.007 0.735 0.124 282 K 0.168 0.009 0.068 0.007 0.567 0.181 283 F 0.568 0.016 0.012 0.002 0.232 0.169 284 G 0.739 0.008 0.004 0.001 0.091 0.157 285 M 0.898 0.010 0.001 0.001 0.026 0.064 286 I 0.914 0.005 0.001 0.001 0.026 0.052 287 S 0.852 0.002 0.002 0.001 0.050 0.093 288 T 0.865 0.003 0.003 0.003 0.051 0.076 289 I 0.863 0.011 0.002 0.002 0.042 0.079 290 C 0.827 0.006 0.001 0.003 0.041 0.120 291 P 0.638 0.016 0.006 0.006 0.091 0.244 292 I 0.248 0.027 0.008 0.010 0.115 0.593 293 R 0.043 0.010 0.007 0.010 0.110 0.820 294 E 0.001 0.002 0.002 0.003 0.044 0.948