# TARGET T0558 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0558.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 97 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.002 0.036 0.003 0.002 0.955 2 K 0.029 0.014 0.005 0.677 0.003 0.018 0.255 3 N 0.014 0.004 0.006 0.808 0.024 0.020 0.124 4 F 0.009 0.002 0.005 0.898 0.016 0.020 0.051 5 I 0.006 0.001 0.004 0.940 0.014 0.014 0.022 6 L 0.006 0.001 0.003 0.959 0.009 0.008 0.014 7 L 0.010 0.001 0.002 0.965 0.006 0.007 0.009 8 V 0.013 0.001 0.002 0.964 0.005 0.008 0.007 9 A 0.011 0.001 0.003 0.958 0.005 0.014 0.007 10 L 0.009 0.001 0.006 0.946 0.007 0.020 0.011 11 F 0.009 0.001 0.017 0.916 0.007 0.039 0.012 12 L 0.014 0.001 0.030 0.836 0.012 0.090 0.017 13 V 0.019 0.003 0.044 0.730 0.025 0.148 0.032 14 A 0.040 0.007 0.039 0.616 0.077 0.131 0.091 15 P 0.055 0.008 0.046 0.522 0.110 0.093 0.166 16 F 0.057 0.007 0.088 0.457 0.088 0.138 0.165 17 A 0.059 0.008 0.162 0.435 0.063 0.154 0.120 18 Q 0.094 0.009 0.205 0.363 0.064 0.132 0.134 19 G 0.165 0.012 0.156 0.277 0.090 0.138 0.163 20 S 0.189 0.018 0.088 0.214 0.129 0.129 0.232 21 S 0.142 0.015 0.064 0.111 0.163 0.115 0.389 22 P 0.074 0.008 0.089 0.088 0.169 0.330 0.242 23 Q 0.062 0.005 0.078 0.037 0.185 0.473 0.160 24 H 0.170 0.006 0.058 0.030 0.227 0.312 0.197 25 L 0.516 0.015 0.018 0.011 0.093 0.068 0.279 26 L 0.814 0.019 0.007 0.006 0.023 0.009 0.121 27 V 0.894 0.010 0.006 0.005 0.011 0.007 0.068 28 G 0.906 0.005 0.006 0.005 0.014 0.007 0.057 29 G 0.882 0.007 0.007 0.006 0.018 0.013 0.068 30 S 0.751 0.009 0.009 0.007 0.038 0.049 0.137 31 G 0.422 0.007 0.017 0.009 0.135 0.258 0.152 32 W 0.145 0.005 0.021 0.005 0.284 0.415 0.125 33 N 0.098 0.004 0.021 0.003 0.319 0.441 0.113 34 K 0.480 0.011 0.012 0.002 0.150 0.111 0.233 35 I 0.876 0.008 0.002 0.001 0.015 0.005 0.094 36 A 0.954 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.034 37 I 0.971 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.021 38 I 0.962 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.027 39 N 0.931 0.005 0.002 0.002 0.006 0.002 0.052 40 K 0.785 0.005 0.008 0.004 0.024 0.028 0.146 41 D 0.467 0.005 0.021 0.008 0.106 0.296 0.097 42 T 0.118 0.004 0.022 0.006 0.187 0.607 0.057 43 K 0.147 0.004 0.010 0.003 0.348 0.319 0.168 44 E 0.572 0.012 0.003 0.002 0.071 0.022 0.318 45 I 0.919 0.014 0.001 0.001 0.008 0.002 0.055 46 V 0.948 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.039 47 W 0.933 0.005 0.003 0.002 0.007 0.003 0.046 48 E 0.893 0.007 0.004 0.004 0.016 0.004 0.073 49 Y 0.783 0.010 0.008 0.005 0.036 0.009 0.148 50 P 0.596 0.013 0.010 0.009 0.076 0.030 0.266 51 L 0.374 0.020 0.017 0.009 0.149 0.070 0.362 52 E 0.146 0.011 0.042 0.015 0.276 0.252 0.259 53 K 0.091 0.013 0.047 0.013 0.343 0.263 0.231 54 G 0.151 0.016 0.073 0.023 0.248 0.157 0.333 55 W 0.396 0.025 0.039 0.018 0.136 0.095 0.291 56 E 0.581 0.033 0.031 0.014 0.089 0.039 0.213 57 C 0.671 0.026 0.022 0.013 0.053 0.034 0.181 58 N 0.650 0.012 0.026 0.010 0.069 0.040 0.194 59 S 0.721 0.008 0.024 0.008 0.053 0.025 0.160 60 V 0.818 0.007 0.013 0.007 0.029 0.014 0.111 61 A 0.871 0.020 0.007 0.005 0.016 0.008 0.073 62 A 0.786 0.032 0.006 0.005 0.025 0.013 0.132 63 T 0.405 0.015 0.015 0.005 0.080 0.065 0.415 64 K 0.046 0.003 0.018 0.003 0.164 0.720 0.045 65 A 0.027 0.001 0.010 0.001 0.164 0.762 0.034 66 G 0.317 0.004 0.005 0.001 0.320 0.063 0.289 67 E 0.743 0.028 0.001 0.001 0.019 0.005 0.203 68 I 0.949 0.010 0.001 0.001 0.004 0.001 0.035 69 L 0.964 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.026 70 F 0.943 0.003 0.002 0.001 0.006 0.003 0.042 71 S 0.809 0.004 0.005 0.002 0.024 0.040 0.116 72 Y 0.396 0.013 0.019 0.003 0.134 0.293 0.143 73 S 0.068 0.003 0.028 0.001 0.287 0.548 0.065 74 K 0.086 0.003 0.021 0.001 0.299 0.492 0.098 75 G 0.672 0.006 0.006 0.001 0.091 0.042 0.182 76 A 0.941 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.048 77 K 0.983 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 78 M 0.976 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.019 79 I 0.936 0.011 0.001 0.001 0.005 0.001 0.047 80 T 0.523 0.010 0.002 0.001 0.012 0.007 0.446 81 R 0.071 0.002 0.008 0.001 0.078 0.777 0.064 82 D 0.012 0.002 0.008 0.001 0.132 0.831 0.014 83 G 0.045 0.002 0.004 0.001 0.693 0.137 0.117 84 R 0.286 0.014 0.002 0.001 0.086 0.019 0.592 85 E 0.844 0.092 0.001 0.001 0.005 0.001 0.057 86 L 0.939 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.047 87 W 0.918 0.005 0.005 0.002 0.012 0.004 0.055 88 N 0.823 0.014 0.008 0.006 0.020 0.006 0.122 89 I 0.719 0.016 0.012 0.008 0.046 0.016 0.184 90 A 0.563 0.018 0.011 0.010 0.087 0.041 0.270 91 A 0.223 0.023 0.017 0.009 0.212 0.098 0.419 92 P 0.069 0.011 0.026 0.008 0.266 0.220 0.401 93 A 0.049 0.013 0.033 0.010 0.381 0.285 0.229 94 G 0.059 0.013 0.034 0.009 0.332 0.197 0.356 95 C 0.201 0.023 0.018 0.010 0.274 0.056 0.419 96 E 0.381 0.051 0.017 0.009 0.112 0.034 0.395 97 M 0.578 0.049 0.019 0.007 0.051 0.025 0.271 98 Q 0.702 0.012 0.017 0.002 0.058 0.020 0.189 99 T 0.762 0.006 0.018 0.002 0.046 0.013 0.153 100 A 0.834 0.008 0.009 0.002 0.020 0.006 0.121 101 R 0.899 0.010 0.005 0.001 0.017 0.003 0.065 102 I 0.891 0.043 0.002 0.001 0.011 0.002 0.051 103 L 0.345 0.017 0.007 0.001 0.013 0.012 0.605 104 P 0.047 0.005 0.011 0.001 0.072 0.812 0.052 105 D 0.012 0.003 0.008 0.001 0.103 0.859 0.015 106 G 0.029 0.001 0.002 0.001 0.788 0.100 0.080 107 N 0.195 0.006 0.001 0.001 0.175 0.059 0.563 108 A 0.913 0.030 0.001 0.001 0.005 0.002 0.051 109 L 0.979 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 110 V 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 111 A 0.970 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 112 W 0.890 0.004 0.001 0.001 0.009 0.006 0.089 113 C 0.596 0.009 0.009 0.001 0.074 0.145 0.167 114 G 0.094 0.005 0.015 0.001 0.258 0.491 0.136 115 H 0.044 0.007 0.018 0.001 0.398 0.390 0.143 116 P 0.055 0.007 0.020 0.001 0.319 0.493 0.106 117 S 0.292 0.015 0.021 0.001 0.221 0.213 0.238 118 T 0.850 0.007 0.002 0.001 0.020 0.004 0.118 119 I 0.961 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.031 120 L 0.979 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 121 E 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 122 V 0.944 0.013 0.001 0.001 0.004 0.001 0.038 123 N 0.515 0.009 0.001 0.001 0.013 0.008 0.454 124 M 0.050 0.002 0.006 0.001 0.098 0.796 0.048 125 K 0.010 0.002 0.006 0.001 0.138 0.832 0.011 126 G 0.074 0.002 0.003 0.001 0.645 0.102 0.173 127 E 0.405 0.026 0.001 0.001 0.050 0.007 0.509 128 V 0.881 0.064 0.001 0.001 0.004 0.001 0.049 129 L 0.950 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.038 130 S 0.955 0.002 0.002 0.001 0.007 0.001 0.032 131 K 0.943 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.042 132 T 0.899 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.081 133 E 0.798 0.010 0.001 0.002 0.020 0.004 0.165 134 F 0.488 0.026 0.008 0.011 0.083 0.032 0.352 135 E 0.203 0.018 0.022 0.021 0.174 0.158 0.403 136 T 0.065 0.019 0.040 0.040 0.306 0.249 0.280 137 G 0.036 0.017 0.048 0.054 0.278 0.191 0.376 138 I 0.035 0.014 0.057 0.087 0.263 0.261 0.284 139 E 0.031 0.011 0.065 0.119 0.247 0.312 0.215 140 R 0.038 0.013 0.053 0.109 0.285 0.211 0.290 141 P 0.064 0.026 0.065 0.125 0.159 0.157 0.404 142 H 0.129 0.031 0.081 0.127 0.143 0.142 0.346 143 A 0.160 0.019 0.088 0.113 0.162 0.150 0.307 144 Q 0.203 0.030 0.072 0.080 0.156 0.095 0.365 145 F 0.330 0.029 0.065 0.066 0.115 0.072 0.322 146 R 0.516 0.011 0.067 0.024 0.097 0.070 0.214 147 Q 0.624 0.007 0.061 0.016 0.054 0.043 0.195 148 I 0.715 0.010 0.033 0.012 0.041 0.018 0.170 149 N 0.826 0.009 0.016 0.007 0.036 0.009 0.097 150 K 0.842 0.057 0.004 0.004 0.017 0.004 0.072 151 N 0.325 0.017 0.010 0.002 0.015 0.012 0.618 152 K 0.028 0.002 0.012 0.002 0.039 0.890 0.027 153 K 0.010 0.001 0.008 0.001 0.061 0.908 0.010 154 G 0.061 0.002 0.003 0.001 0.695 0.120 0.118 155 N 0.273 0.010 0.002 0.001 0.142 0.085 0.488 156 Y 0.921 0.026 0.001 0.001 0.005 0.002 0.045 157 L 0.972 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 158 V 0.976 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.019 159 P 0.947 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.041 160 L 0.836 0.012 0.008 0.002 0.015 0.013 0.115 161 F 0.426 0.004 0.028 0.004 0.094 0.245 0.199 162 A 0.184 0.010 0.045 0.003 0.220 0.362 0.177 163 T 0.029 0.002 0.026 0.001 0.232 0.652 0.058 164 S 0.101 0.005 0.016 0.001 0.381 0.372 0.125 165 E 0.733 0.008 0.002 0.001 0.042 0.005 0.210 166 V 0.955 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.038 167 R 0.984 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 168 E 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 169 I 0.950 0.011 0.001 0.001 0.004 0.001 0.034 170 A 0.473 0.010 0.001 0.001 0.010 0.004 0.501 171 P 0.048 0.002 0.006 0.001 0.115 0.746 0.082 172 N 0.009 0.002 0.005 0.001 0.184 0.786 0.015 173 G 0.040 0.002 0.001 0.001 0.766 0.062 0.128 174 Q 0.243 0.018 0.001 0.001 0.064 0.010 0.664 175 L 0.868 0.071 0.001 0.001 0.005 0.001 0.053 176 L 0.960 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.030 177 N 0.970 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.023 178 S 0.955 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.036 179 V 0.937 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.049 180 K 0.862 0.005 0.002 0.001 0.017 0.005 0.108 181 L 0.526 0.014 0.006 0.003 0.086 0.042 0.323 182 S 0.138 0.007 0.015 0.003 0.280 0.353 0.204 183 G 0.065 0.006 0.013 0.002 0.435 0.324 0.156 184 T 0.195 0.018 0.010 0.003 0.310 0.046 0.418 185 P 0.576 0.028 0.010 0.004 0.076 0.032 0.274 186 F 0.832 0.011 0.011 0.002 0.032 0.012 0.101 187 S 0.888 0.004 0.011 0.001 0.013 0.006 0.078 188 S 0.923 0.003 0.007 0.001 0.012 0.004 0.052 189 A 0.952 0.004 0.003 0.001 0.008 0.001 0.031 190 F 0.930 0.017 0.001 0.001 0.006 0.001 0.045 191 L 0.619 0.011 0.005 0.001 0.012 0.009 0.344 192 D 0.096 0.004 0.016 0.002 0.073 0.759 0.050 193 N 0.015 0.002 0.011 0.001 0.099 0.857 0.015 194 G 0.068 0.002 0.005 0.001 0.639 0.168 0.118 195 D 0.297 0.007 0.002 0.001 0.139 0.062 0.493 196 C 0.906 0.017 0.001 0.001 0.008 0.002 0.067 197 L 0.969 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 198 V 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 199 A 0.959 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.034 200 C 0.810 0.010 0.002 0.001 0.012 0.009 0.157 201 G 0.369 0.005 0.012 0.002 0.103 0.289 0.220 202 D 0.069 0.008 0.020 0.001 0.287 0.531 0.084 203 A 0.013 0.002 0.013 0.001 0.331 0.600 0.041 204 H 0.062 0.005 0.013 0.001 0.347 0.409 0.163 205 C 0.718 0.014 0.002 0.001 0.036 0.010 0.220 206 F 0.972 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 207 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 208 Q 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 209 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 210 N 0.944 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 211 L 0.373 0.003 0.044 0.003 0.052 0.433 0.092 212 E 0.032 0.001 0.044 0.001 0.080 0.826 0.017 213 S 0.010 0.001 0.035 0.001 0.111 0.832 0.011 214 N 0.058 0.002 0.008 0.001 0.251 0.535 0.144 215 R 0.692 0.020 0.001 0.001 0.022 0.008 0.257 216 I 0.945 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.041 217 V 0.970 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.023 218 R 0.970 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.024 219 R 0.956 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.035 220 V 0.825 0.014 0.001 0.001 0.012 0.003 0.144 221 N 0.451 0.016 0.005 0.002 0.086 0.034 0.406 222 A 0.126 0.013 0.025 0.005 0.310 0.280 0.242 223 N 0.054 0.015 0.038 0.006 0.302 0.418 0.167 224 D 0.046 0.026 0.036 0.006 0.344 0.203 0.339 225 I 0.063 0.031 0.042 0.010 0.308 0.109 0.436 226 E 0.079 0.026 0.052 0.015 0.236 0.342 0.249 227 G 0.136 0.019 0.063 0.012 0.245 0.257 0.268 228 V 0.304 0.032 0.024 0.013 0.159 0.050 0.416 229 Q 0.541 0.062 0.016 0.014 0.067 0.028 0.272 230 L 0.627 0.032 0.015 0.011 0.041 0.022 0.250 231 F 0.600 0.031 0.019 0.011 0.079 0.036 0.226 232 F 0.516 0.049 0.016 0.010 0.111 0.029 0.269 233 V 0.407 0.018 0.029 0.009 0.108 0.099 0.329 234 A 0.417 0.009 0.034 0.004 0.151 0.196 0.189 235 Q 0.488 0.006 0.045 0.004 0.155 0.105 0.196 236 L 0.732 0.015 0.014 0.003 0.049 0.014 0.173 237 F 0.851 0.025 0.007 0.002 0.024 0.004 0.088 238 P 0.838 0.081 0.002 0.001 0.011 0.002 0.064 239 L 0.340 0.013 0.008 0.001 0.014 0.018 0.605 240 Q 0.040 0.004 0.011 0.001 0.061 0.841 0.043 241 N 0.014 0.003 0.008 0.001 0.105 0.851 0.019 242 G 0.037 0.002 0.002 0.001 0.780 0.092 0.087 243 G 0.227 0.008 0.001 0.001 0.123 0.037 0.603 244 L 0.914 0.020 0.001 0.001 0.006 0.002 0.058 245 Y 0.979 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 246 I 0.971 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.023 247 C 0.912 0.007 0.001 0.001 0.009 0.002 0.070 248 N 0.702 0.014 0.003 0.001 0.040 0.018 0.221 249 W 0.245 0.008 0.014 0.003 0.175 0.268 0.286 250 Q 0.069 0.009 0.022 0.005 0.343 0.396 0.157 251 G 0.048 0.007 0.038 0.011 0.421 0.285 0.191 252 H 0.124 0.020 0.044 0.018 0.329 0.167 0.297 253 D 0.360 0.050 0.040 0.023 0.144 0.074 0.309 254 R 0.541 0.043 0.038 0.030 0.079 0.058 0.211 255 E 0.580 0.029 0.041 0.038 0.076 0.062 0.174 256 A 0.515 0.036 0.037 0.039 0.101 0.071 0.201 257 G 0.299 0.044 0.034 0.026 0.136 0.081 0.381 258 K 0.167 0.027 0.045 0.012 0.152 0.155 0.442 259 G 0.071 0.007 0.042 0.011 0.211 0.506 0.151 260 K 0.064 0.009 0.026 0.007 0.398 0.353 0.142 261 H 0.158 0.009 0.007 0.002 0.342 0.050 0.433 262 P 0.401 0.019 0.002 0.001 0.069 0.009 0.500 263 Q 0.881 0.007 0.001 0.001 0.027 0.001 0.083 264 L 0.948 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.044 265 V 0.975 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 266 E 0.971 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 267 I 0.892 0.017 0.001 0.001 0.008 0.001 0.081 268 D 0.318 0.011 0.003 0.001 0.033 0.023 0.612 269 S 0.021 0.002 0.007 0.001 0.153 0.766 0.051 270 E 0.008 0.003 0.009 0.001 0.231 0.722 0.026 271 G 0.033 0.002 0.003 0.001 0.773 0.093 0.096 272 K 0.249 0.024 0.002 0.001 0.073 0.024 0.627 273 V 0.856 0.059 0.001 0.001 0.006 0.002 0.077 274 V 0.958 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.032 275 W 0.957 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.033 276 Q 0.936 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.050 277 L 0.845 0.011 0.002 0.001 0.011 0.005 0.125 278 N 0.645 0.007 0.006 0.003 0.091 0.071 0.178 279 D 0.188 0.009 0.008 0.005 0.348 0.191 0.251 280 K 0.089 0.012 0.043 0.006 0.302 0.215 0.333 281 V 0.059 0.010 0.083 0.010 0.256 0.472 0.110 282 K 0.082 0.012 0.106 0.007 0.192 0.497 0.104 283 F 0.358 0.014 0.028 0.004 0.133 0.093 0.369 284 G 0.660 0.018 0.005 0.001 0.075 0.039 0.202 285 M 0.827 0.013 0.004 0.001 0.024 0.006 0.126 286 I 0.902 0.008 0.002 0.001 0.010 0.003 0.074 287 S 0.867 0.003 0.004 0.001 0.021 0.006 0.097 288 T 0.896 0.003 0.004 0.001 0.019 0.005 0.072 289 I 0.884 0.006 0.002 0.001 0.010 0.003 0.094 290 C 0.877 0.008 0.001 0.002 0.015 0.002 0.095 291 P 0.792 0.015 0.002 0.003 0.019 0.004 0.164 292 I 0.516 0.039 0.004 0.006 0.059 0.023 0.352 293 R 0.193 0.012 0.005 0.011 0.052 0.062 0.666 294 E 0.008 0.002 0.009 0.018 0.033 0.027 0.903