# TARGET T0557 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 113.814 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.024 0.406 0.006 0.028 0.290 0.002 0.001 0.020 0.074 0.036 0.051 0.051 2 R 0.006 0.016 0.296 0.006 0.031 0.455 0.001 0.001 0.014 0.055 0.045 0.022 0.051 3 S 0.003 0.010 0.169 0.006 0.044 0.590 0.001 0.001 0.006 0.061 0.077 0.014 0.020 4 A 0.001 0.002 0.061 0.001 0.032 0.832 0.001 0.001 0.002 0.024 0.035 0.002 0.008 5 T 0.001 0.001 0.024 0.001 0.022 0.922 0.001 0.001 0.001 0.009 0.015 0.002 0.003 6 D 0.001 0.001 0.017 0.001 0.024 0.939 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.002 0.003 7 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.013 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 8 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 9 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 10 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.015 0.958 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 12 N 0.001 0.001 0.023 0.001 0.025 0.822 0.001 0.001 0.001 0.015 0.106 0.003 0.003 13 A 0.002 0.003 0.049 0.001 0.023 0.673 0.001 0.001 0.001 0.026 0.211 0.002 0.010 14 V 0.002 0.005 0.210 0.002 0.019 0.529 0.001 0.001 0.003 0.071 0.135 0.012 0.012 15 D 0.003 0.005 0.180 0.003 0.042 0.535 0.001 0.001 0.003 0.050 0.136 0.016 0.028 16 E 0.003 0.003 0.073 0.005 0.041 0.641 0.001 0.001 0.001 0.049 0.148 0.011 0.022 17 S 0.004 0.002 0.059 0.006 0.021 0.733 0.001 0.001 0.001 0.047 0.104 0.010 0.014 18 A 0.007 0.002 0.061 0.002 0.008 0.829 0.001 0.001 0.001 0.016 0.037 0.011 0.027 19 R 0.010 0.001 0.027 0.001 0.003 0.911 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.015 0.024 20 I 0.014 0.001 0.009 0.001 0.003 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.016 21 E 0.014 0.001 0.005 0.001 0.005 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.015 22 A 0.005 0.001 0.002 0.001 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.003 23 K 0.004 0.001 0.003 0.001 0.006 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.002 0.005 24 R 0.004 0.001 0.009 0.001 0.022 0.909 0.001 0.001 0.001 0.003 0.036 0.004 0.012 25 A 0.003 0.001 0.034 0.001 0.041 0.760 0.001 0.001 0.001 0.029 0.109 0.010 0.012 26 S 0.001 0.002 0.045 0.001 0.058 0.432 0.001 0.001 0.001 0.038 0.417 0.003 0.004 27 D 0.001 0.004 0.064 0.001 0.052 0.305 0.001 0.001 0.001 0.044 0.526 0.002 0.003 28 M 0.001 0.009 0.364 0.001 0.039 0.241 0.001 0.001 0.003 0.169 0.163 0.005 0.006 29 G 0.001 0.010 0.381 0.002 0.047 0.292 0.001 0.001 0.003 0.097 0.157 0.003 0.008 30 K 0.001 0.014 0.241 0.006 0.083 0.339 0.001 0.001 0.006 0.157 0.125 0.017 0.009 31 S 0.003 0.013 0.250 0.006 0.091 0.310 0.001 0.002 0.015 0.093 0.134 0.008 0.073 32 V 0.014 0.014 0.171 0.022 0.080 0.378 0.004 0.004 0.034 0.099 0.073 0.060 0.047 33 M 0.047 0.008 0.122 0.033 0.045 0.406 0.010 0.006 0.044 0.046 0.058 0.023 0.150 34 E 0.105 0.006 0.113 0.082 0.035 0.269 0.007 0.006 0.027 0.052 0.046 0.184 0.069 35 T 0.203 0.002 0.053 0.018 0.013 0.272 0.020 0.008 0.031 0.015 0.015 0.039 0.310 36 V 0.387 0.002 0.023 0.020 0.008 0.201 0.029 0.011 0.023 0.008 0.006 0.198 0.085 37 I 0.508 0.001 0.017 0.040 0.008 0.142 0.032 0.010 0.011 0.004 0.008 0.063 0.156 38 A 0.489 0.002 0.025 0.017 0.011 0.145 0.018 0.005 0.014 0.006 0.024 0.174 0.069 39 F 0.334 0.005 0.055 0.024 0.029 0.161 0.016 0.003 0.014 0.023 0.066 0.035 0.234 40 A 0.160 0.012 0.162 0.007 0.022 0.049 0.006 0.002 0.013 0.054 0.103 0.297 0.114 41 N 0.032 0.020 0.202 0.006 0.013 0.017 0.003 0.002 0.008 0.249 0.229 0.044 0.175 42 E 0.003 0.011 0.585 0.002 0.007 0.006 0.001 0.001 0.002 0.273 0.057 0.032 0.022 43 P 0.001 0.008 0.146 0.002 0.056 0.018 0.001 0.001 0.001 0.149 0.602 0.005 0.011 44 G 0.001 0.018 0.180 0.003 0.086 0.012 0.001 0.001 0.002 0.182 0.490 0.013 0.013 45 L 0.002 0.009 0.222 0.008 0.078 0.010 0.001 0.001 0.002 0.350 0.288 0.009 0.022 46 D 0.013 0.014 0.164 0.035 0.042 0.005 0.001 0.001 0.004 0.283 0.366 0.036 0.038 47 G 0.102 0.015 0.148 0.070 0.017 0.009 0.011 0.003 0.013 0.303 0.137 0.053 0.118 48 G 0.315 0.005 0.069 0.053 0.002 0.004 0.047 0.017 0.027 0.097 0.021 0.196 0.147 49 Y 0.555 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.174 0.072 0.014 0.001 0.001 0.030 0.138 50 L 0.565 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.235 0.098 0.011 0.001 0.001 0.071 0.014 51 L 0.694 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.138 0.064 0.022 0.001 0.001 0.031 0.041 52 L 0.580 0.001 0.016 0.074 0.002 0.002 0.094 0.023 0.052 0.003 0.003 0.075 0.075 53 G 0.356 0.004 0.071 0.032 0.003 0.005 0.043 0.006 0.103 0.024 0.017 0.144 0.191 54 V 0.197 0.012 0.150 0.009 0.016 0.013 0.012 0.002 0.024 0.035 0.031 0.058 0.439 55 D 0.078 0.015 0.154 0.017 0.036 0.028 0.006 0.001 0.021 0.055 0.054 0.420 0.115 56 W 0.021 0.024 0.183 0.006 0.079 0.068 0.001 0.002 0.006 0.157 0.257 0.038 0.158 57 A 0.007 0.022 0.223 0.011 0.116 0.066 0.001 0.001 0.003 0.116 0.377 0.023 0.034 58 I 0.003 0.008 0.151 0.009 0.058 0.028 0.001 0.001 0.001 0.218 0.479 0.019 0.024 59 N 0.005 0.015 0.232 0.010 0.039 0.018 0.001 0.001 0.002 0.301 0.311 0.036 0.030 60 D 0.011 0.031 0.307 0.019 0.052 0.033 0.002 0.001 0.004 0.189 0.243 0.023 0.085 61 K 0.017 0.028 0.357 0.036 0.024 0.024 0.005 0.002 0.017 0.181 0.131 0.125 0.054 62 G 0.031 0.034 0.349 0.033 0.015 0.017 0.014 0.005 0.033 0.101 0.080 0.046 0.240 63 D 0.048 0.021 0.293 0.053 0.010 0.011 0.010 0.008 0.047 0.067 0.021 0.337 0.074 64 T 0.110 0.014 0.150 0.047 0.012 0.014 0.037 0.015 0.080 0.040 0.015 0.079 0.388 65 V 0.112 0.019 0.097 0.029 0.010 0.012 0.048 0.031 0.154 0.031 0.016 0.339 0.104 66 Y 0.097 0.030 0.137 0.022 0.012 0.009 0.051 0.030 0.096 0.027 0.014 0.042 0.432 67 R 0.023 0.019 0.327 0.023 0.008 0.006 0.008 0.008 0.075 0.085 0.017 0.354 0.047 68 P 0.006 0.017 0.420 0.011 0.033 0.021 0.004 0.007 0.044 0.133 0.136 0.012 0.156 69 V 0.002 0.014 0.301 0.009 0.076 0.021 0.002 0.003 0.015 0.159 0.363 0.026 0.009 70 G 0.001 0.011 0.290 0.002 0.042 0.008 0.001 0.001 0.010 0.354 0.258 0.007 0.017 71 L 0.001 0.032 0.522 0.001 0.016 0.006 0.001 0.001 0.006 0.309 0.085 0.011 0.010 72 P 0.001 0.067 0.618 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.004 0.240 0.044 0.006 0.008 73 D 0.001 0.023 0.821 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 0.002 0.118 0.007 0.001 0.005 74 P 0.001 0.001 0.037 0.001 0.043 0.878 0.001 0.001 0.001 0.012 0.027 0.001 0.001 75 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.044 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 76 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.041 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 77 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 78 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 79 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 80 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.008 0.949 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.019 0.001 0.012 0.878 0.001 0.001 0.001 0.010 0.079 0.001 0.001 83 S 0.001 0.001 0.022 0.001 0.011 0.851 0.001 0.001 0.001 0.021 0.094 0.001 0.001 84 Q 0.001 0.001 0.018 0.001 0.018 0.905 0.001 0.001 0.001 0.013 0.044 0.001 0.001 85 C 0.001 0.003 0.048 0.001 0.052 0.791 0.001 0.001 0.002 0.018 0.083 0.001 0.003 86 A 0.001 0.003 0.059 0.003 0.172 0.676 0.001 0.001 0.003 0.019 0.056 0.003 0.003 87 S 0.001 0.003 0.035 0.005 0.149 0.641 0.001 0.001 0.004 0.027 0.126 0.003 0.005 88 M 0.003 0.007 0.056 0.006 0.127 0.486 0.001 0.001 0.009 0.047 0.241 0.006 0.011 89 L 0.008 0.013 0.219 0.011 0.082 0.331 0.003 0.002 0.033 0.108 0.134 0.013 0.042 90 N 0.008 0.011 0.473 0.012 0.035 0.129 0.002 0.002 0.037 0.128 0.073 0.063 0.029 91 V 0.010 0.015 0.356 0.010 0.057 0.145 0.003 0.003 0.042 0.111 0.143 0.022 0.084 92 A 0.007 0.022 0.384 0.010 0.040 0.092 0.004 0.003 0.063 0.147 0.136 0.065 0.029 93 L 0.005 0.031 0.469 0.006 0.025 0.042 0.003 0.004 0.055 0.159 0.070 0.018 0.113 94 R 0.002 0.008 0.746 0.013 0.006 0.005 0.001 0.001 0.029 0.116 0.015 0.040 0.020 95 P 0.005 0.010 0.385 0.039 0.054 0.022 0.003 0.002 0.035 0.153 0.200 0.023 0.068 96 E 0.017 0.022 0.291 0.048 0.066 0.013 0.006 0.004 0.074 0.116 0.190 0.078 0.075 97 M 0.083 0.012 0.236 0.025 0.023 0.007 0.017 0.007 0.115 0.033 0.009 0.074 0.357 98 Q 0.125 0.008 0.086 0.028 0.003 0.004 0.013 0.004 0.089 0.011 0.003 0.538 0.090 99 L 0.193 0.004 0.027 0.013 0.003 0.002 0.020 0.004 0.021 0.003 0.001 0.031 0.678 100 E 0.146 0.003 0.017 0.024 0.002 0.002 0.013 0.003 0.021 0.003 0.002 0.729 0.036 101 Q 0.093 0.006 0.026 0.002 0.003 0.002 0.009 0.002 0.014 0.003 0.003 0.019 0.817 102 V 0.023 0.002 0.123 0.055 0.007 0.002 0.003 0.002 0.013 0.029 0.042 0.631 0.069 103 G 0.002 0.001 0.037 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.727 0.023 0.062 104 G 0.003 0.001 0.075 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.420 0.440 0.024 0.013 105 K 0.047 0.010 0.388 0.042 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.157 0.010 0.244 0.091 106 T 0.173 0.003 0.040 0.006 0.001 0.001 0.062 0.007 0.041 0.008 0.002 0.052 0.605 107 L 0.399 0.001 0.005 0.066 0.001 0.001 0.330 0.073 0.032 0.001 0.001 0.049 0.044 108 L 0.474 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.296 0.131 0.020 0.001 0.001 0.051 0.012 109 V 0.507 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.249 0.176 0.015 0.001 0.001 0.012 0.034 110 V 0.272 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.490 0.137 0.073 0.001 0.001 0.019 0.008 111 Y 0.360 0.003 0.020 0.005 0.001 0.001 0.310 0.120 0.093 0.003 0.001 0.014 0.072 112 V 0.056 0.005 0.485 0.006 0.001 0.001 0.013 0.008 0.132 0.033 0.002 0.210 0.047 113 P 0.008 0.005 0.561 0.014 0.013 0.003 0.003 0.001 0.057 0.178 0.096 0.007 0.052 114 E 0.003 0.023 0.343 0.004 0.162 0.010 0.001 0.001 0.009 0.187 0.235 0.009 0.013 115 A 0.004 0.023 0.403 0.004 0.122 0.008 0.001 0.001 0.008 0.268 0.119 0.020 0.021 116 D 0.004 0.019 0.668 0.001 0.073 0.008 0.001 0.001 0.003 0.129 0.048 0.012 0.036 117 V 0.002 0.015 0.199 0.005 0.227 0.065 0.001 0.001 0.002 0.094 0.370 0.005 0.015 118 T 0.003 0.017 0.175 0.008 0.091 0.027 0.001 0.001 0.003 0.124 0.511 0.029 0.012 119 H 0.006 0.024 0.425 0.007 0.033 0.024 0.001 0.001 0.007 0.226 0.140 0.017 0.091 120 K 0.007 0.017 0.636 0.011 0.005 0.014 0.001 0.001 0.009 0.159 0.022 0.088 0.031 121 P 0.035 0.018 0.464 0.018 0.016 0.030 0.005 0.001 0.017 0.044 0.035 0.060 0.257 122 I 0.154 0.017 0.141 0.026 0.026 0.044 0.020 0.005 0.037 0.016 0.017 0.264 0.234 123 Y 0.347 0.011 0.044 0.034 0.025 0.033 0.042 0.007 0.037 0.006 0.007 0.152 0.252 124 K 0.286 0.018 0.062 0.028 0.025 0.024 0.021 0.006 0.034 0.007 0.014 0.201 0.273 125 K 0.126 0.015 0.146 0.039 0.032 0.025 0.010 0.003 0.031 0.036 0.080 0.162 0.296 126 A 0.036 0.009 0.206 0.017 0.032 0.016 0.003 0.001 0.009 0.154 0.254 0.101 0.163 127 T 0.013 0.015 0.209 0.008 0.026 0.009 0.001 0.001 0.005 0.171 0.364 0.119 0.060 128 G 0.008 0.072 0.246 0.003 0.018 0.007 0.001 0.002 0.004 0.290 0.215 0.041 0.093 129 L 0.002 0.037 0.585 0.003 0.008 0.003 0.001 0.001 0.004 0.223 0.056 0.038 0.039 130 P 0.002 0.017 0.197 0.014 0.044 0.009 0.001 0.001 0.002 0.175 0.469 0.015 0.055 131 G 0.001 0.005 0.043 0.015 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.150 0.749 0.010 0.008 132 G 0.013 0.013 0.228 0.033 0.017 0.003 0.002 0.001 0.002 0.394 0.192 0.054 0.049 133 A 0.114 0.030 0.282 0.015 0.008 0.007 0.011 0.002 0.013 0.076 0.022 0.204 0.216 134 Y 0.281 0.018 0.070 0.007 0.004 0.007 0.042 0.009 0.018 0.010 0.006 0.128 0.399 135 R 0.324 0.011 0.050 0.038 0.004 0.006 0.046 0.010 0.018 0.007 0.004 0.366 0.117 136 R 0.276 0.013 0.066 0.019 0.004 0.006 0.040 0.008 0.031 0.011 0.009 0.193 0.325 137 I 0.148 0.019 0.197 0.045 0.010 0.009 0.029 0.007 0.027 0.053 0.050 0.146 0.260 138 G 0.031 0.011 0.286 0.021 0.007 0.006 0.006 0.002 0.016 0.199 0.123 0.163 0.130 139 S 0.014 0.016 0.229 0.008 0.018 0.014 0.002 0.001 0.005 0.260 0.282 0.031 0.119 140 S 0.009 0.023 0.253 0.011 0.043 0.028 0.002 0.002 0.006 0.239 0.303 0.053 0.029 141 D 0.012 0.026 0.399 0.008 0.086 0.048 0.002 0.002 0.008 0.177 0.127 0.021 0.085 142 Q 0.025 0.028 0.302 0.009 0.123 0.089 0.005 0.002 0.011 0.160 0.142 0.045 0.058 143 R 0.038 0.066 0.322 0.009 0.097 0.072 0.007 0.002 0.013 0.101 0.139 0.054 0.079 144 C 0.023 0.065 0.434 0.008 0.037 0.037 0.004 0.002 0.013 0.174 0.062 0.066 0.074 145 V 0.004 0.012 0.758 0.005 0.011 0.014 0.001 0.001 0.004 0.114 0.020 0.016 0.041