# TARGET T0557 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 113.814 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.060 0.029 0.171 0.251 0.005 0.069 0.013 0.007 0.006 0.003 0.053 0.042 0.261 0.002 0.008 0.020 2 R 0.013 0.075 0.176 0.199 0.008 0.131 0.014 0.006 0.003 0.004 0.033 0.076 0.238 0.005 0.002 0.016 3 S 0.006 0.021 0.015 0.066 0.002 0.379 0.002 0.008 0.001 0.002 0.102 0.069 0.318 0.001 0.004 0.004 4 A 0.002 0.022 0.008 0.013 0.002 0.064 0.002 0.001 0.002 0.001 0.308 0.186 0.378 0.002 0.001 0.007 5 T 0.004 0.008 0.005 0.008 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.410 0.454 0.001 0.003 0.001 6 D 0.001 0.005 0.005 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.087 0.876 0.001 0.001 0.006 7 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.016 0.961 0.001 0.001 0.002 8 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.982 0.001 0.001 0.001 9 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.002 10 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.930 0.033 0.002 0.011 11 L 0.002 0.003 0.016 0.003 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.856 0.029 0.050 0.015 12 N 0.004 0.010 0.032 0.006 0.001 0.008 0.013 0.002 0.001 0.001 0.004 0.011 0.667 0.031 0.043 0.167 13 A 0.065 0.019 0.060 0.017 0.002 0.019 0.039 0.002 0.003 0.002 0.021 0.011 0.446 0.047 0.035 0.213 14 V 0.038 0.048 0.248 0.022 0.002 0.053 0.040 0.006 0.002 0.001 0.036 0.033 0.354 0.013 0.036 0.067 15 D 0.017 0.058 0.076 0.023 0.005 0.245 0.030 0.007 0.003 0.003 0.083 0.063 0.320 0.016 0.011 0.039 16 E 0.019 0.063 0.050 0.025 0.002 0.049 0.009 0.010 0.003 0.002 0.353 0.130 0.244 0.004 0.018 0.019 17 S 0.006 0.024 0.030 0.013 0.001 0.063 0.003 0.002 0.003 0.002 0.054 0.490 0.293 0.002 0.005 0.009 18 A 0.007 0.013 0.023 0.013 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.093 0.705 0.001 0.002 0.010 19 R 0.004 0.012 0.027 0.021 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.028 0.179 0.712 0.001 0.001 0.004 20 I 0.001 0.004 0.017 0.020 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.930 0.001 0.001 0.002 21 E 0.001 0.002 0.006 0.012 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.958 0.001 0.001 0.002 22 A 0.001 0.002 0.003 0.014 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.950 0.005 0.001 0.002 23 K 0.001 0.011 0.009 0.013 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.027 0.876 0.010 0.013 0.023 24 R 0.005 0.011 0.017 0.018 0.003 0.010 0.015 0.001 0.002 0.001 0.006 0.015 0.709 0.061 0.013 0.113 25 A 0.018 0.009 0.095 0.010 0.005 0.019 0.060 0.005 0.001 0.001 0.015 0.008 0.516 0.112 0.084 0.041 26 S 0.015 0.030 0.040 0.012 0.002 0.062 0.014 0.015 0.004 0.003 0.046 0.032 0.560 0.010 0.088 0.065 27 D 0.032 0.088 0.036 0.020 0.024 0.025 0.077 0.005 0.007 0.006 0.109 0.059 0.154 0.229 0.011 0.118 28 M 0.058 0.034 0.176 0.041 0.001 0.029 0.018 0.044 0.004 0.001 0.030 0.075 0.149 0.004 0.312 0.023 29 G 0.007 0.024 0.162 0.018 0.002 0.180 0.018 0.002 0.018 0.015 0.031 0.027 0.331 0.003 0.006 0.154 30 K 0.185 0.101 0.075 0.078 0.001 0.015 0.002 0.009 0.002 0.001 0.228 0.073 0.209 0.001 0.005 0.017 31 S 0.002 0.014 0.035 0.014 0.001 0.501 0.003 0.001 0.002 0.001 0.014 0.222 0.184 0.001 0.001 0.004 32 V 0.002 0.023 0.027 0.015 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.478 0.012 0.417 0.001 0.002 0.005 33 M 0.002 0.050 0.024 0.052 0.001 0.009 0.003 0.001 0.002 0.001 0.010 0.502 0.336 0.002 0.002 0.005 34 E 0.004 0.009 0.060 0.058 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.826 0.001 0.001 0.022 35 T 0.006 0.024 0.173 0.119 0.002 0.058 0.016 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.552 0.005 0.002 0.023 36 V 0.012 0.035 0.152 0.258 0.001 0.014 0.003 0.003 0.001 0.001 0.040 0.013 0.452 0.001 0.008 0.008 37 I 0.004 0.023 0.101 0.472 0.011 0.034 0.005 0.001 0.002 0.002 0.003 0.032 0.286 0.010 0.001 0.013 38 A 0.012 0.010 0.065 0.334 0.018 0.024 0.006 0.007 0.001 0.001 0.024 0.005 0.468 0.012 0.008 0.007 39 F 0.003 0.100 0.065 0.325 0.038 0.066 0.017 0.013 0.007 0.005 0.008 0.027 0.266 0.020 0.009 0.032 40 A 0.019 0.025 0.021 0.211 0.119 0.133 0.094 0.037 0.005 0.008 0.054 0.008 0.160 0.078 0.017 0.010 41 N 0.025 0.259 0.070 0.211 0.014 0.016 0.018 0.065 0.044 0.009 0.033 0.024 0.057 0.003 0.070 0.083 42 E 0.021 0.005 0.024 0.056 0.361 0.024 0.245 0.005 0.016 0.053 0.011 0.020 0.016 0.134 0.002 0.008 43 P 0.063 0.029 0.102 0.069 0.010 0.018 0.011 0.465 0.002 0.001 0.027 0.006 0.017 0.003 0.170 0.005 44 G 0.004 0.015 0.008 0.034 0.066 0.092 0.011 0.012 0.329 0.245 0.057 0.040 0.028 0.006 0.004 0.049 45 L 0.291 0.023 0.010 0.024 0.183 0.022 0.050 0.038 0.005 0.005 0.154 0.099 0.022 0.066 0.004 0.003 46 D 0.007 0.084 0.057 0.029 0.020 0.025 0.047 0.403 0.024 0.011 0.027 0.032 0.012 0.011 0.205 0.005 47 G 0.021 0.054 0.137 0.112 0.001 0.006 0.004 0.016 0.318 0.040 0.005 0.006 0.009 0.001 0.030 0.244 48 G 0.506 0.012 0.260 0.153 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 0.006 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.037 49 Y 0.042 0.009 0.628 0.311 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.001 0.015 0.084 0.873 0.005 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.001 0.008 0.008 0.815 0.139 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.001 0.027 0.006 0.892 0.002 0.008 0.001 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 53 G 0.002 0.021 0.027 0.707 0.024 0.102 0.001 0.002 0.059 0.036 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 54 V 0.097 0.067 0.064 0.678 0.006 0.045 0.001 0.015 0.001 0.001 0.018 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 55 D 0.001 0.040 0.011 0.088 0.006 0.830 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 56 W 0.007 0.173 0.008 0.096 0.025 0.041 0.003 0.007 0.002 0.001 0.603 0.017 0.013 0.001 0.001 0.003 57 A 0.004 0.093 0.031 0.113 0.112 0.074 0.050 0.022 0.005 0.006 0.034 0.367 0.027 0.054 0.005 0.003 58 I 0.010 0.043 0.089 0.062 0.010 0.018 0.023 0.219 0.014 0.004 0.045 0.019 0.075 0.012 0.342 0.013 59 N 0.020 0.032 0.039 0.063 0.008 0.065 0.015 0.012 0.177 0.054 0.028 0.038 0.113 0.005 0.022 0.308 60 D 0.352 0.035 0.078 0.034 0.067 0.031 0.091 0.010 0.005 0.006 0.071 0.026 0.050 0.115 0.006 0.021 61 K 0.028 0.141 0.290 0.092 0.004 0.027 0.012 0.124 0.011 0.002 0.014 0.020 0.023 0.002 0.199 0.012 62 G 0.021 0.036 0.202 0.234 0.009 0.062 0.014 0.006 0.093 0.094 0.014 0.015 0.051 0.002 0.005 0.142 63 D 0.329 0.037 0.116 0.244 0.027 0.095 0.010 0.016 0.006 0.004 0.041 0.023 0.036 0.007 0.004 0.007 64 T 0.015 0.144 0.161 0.434 0.013 0.068 0.009 0.019 0.011 0.003 0.053 0.031 0.022 0.003 0.006 0.007 65 V 0.015 0.120 0.100 0.604 0.006 0.060 0.006 0.008 0.010 0.004 0.008 0.021 0.019 0.001 0.002 0.014 66 Y 0.025 0.034 0.163 0.637 0.013 0.038 0.012 0.006 0.007 0.005 0.016 0.008 0.024 0.001 0.002 0.009 67 R 0.016 0.028 0.054 0.211 0.051 0.468 0.006 0.019 0.005 0.004 0.036 0.031 0.065 0.001 0.002 0.004 68 P 0.002 0.024 0.007 0.035 0.467 0.028 0.045 0.013 0.002 0.004 0.147 0.021 0.011 0.192 0.001 0.001 69 V 0.002 0.036 0.006 0.038 0.001 0.007 0.001 0.397 0.005 0.001 0.009 0.032 0.009 0.001 0.455 0.001 70 G 0.003 0.005 0.021 0.019 0.001 0.003 0.005 0.001 0.190 0.052 0.002 0.004 0.017 0.001 0.001 0.677 71 L 0.875 0.003 0.047 0.019 0.002 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.018 0.001 0.001 0.002 72 P 0.004 0.183 0.623 0.102 0.001 0.025 0.002 0.012 0.002 0.001 0.015 0.010 0.012 0.001 0.003 0.006 73 D 0.001 0.002 0.002 0.015 0.002 0.902 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.039 0.024 0.001 0.001 0.001 74 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.928 0.012 0.044 0.001 0.001 0.001 75 D 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.921 0.040 0.001 0.001 0.001 76 K 0.001 0.002 0.006 0.003 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.034 0.932 0.001 0.001 0.012 77 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.979 0.001 0.001 0.002 78 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.970 0.002 0.001 0.001 79 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.987 0.001 0.001 0.002 80 D 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.948 0.007 0.001 0.020 81 L 0.002 0.002 0.014 0.002 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.921 0.011 0.008 0.012 82 A 0.002 0.018 0.045 0.006 0.001 0.005 0.011 0.002 0.001 0.001 0.006 0.025 0.801 0.020 0.021 0.036 83 S 0.005 0.004 0.011 0.006 0.001 0.039 0.011 0.001 0.001 0.001 0.011 0.017 0.825 0.023 0.014 0.031 84 Q 0.008 0.033 0.032 0.006 0.001 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 0.194 0.025 0.575 0.014 0.025 0.066 85 C 0.008 0.030 0.023 0.009 0.002 0.019 0.009 0.002 0.003 0.001 0.021 0.268 0.553 0.015 0.016 0.023 86 A 0.007 0.004 0.026 0.004 0.003 0.014 0.032 0.001 0.001 0.001 0.030 0.020 0.781 0.056 0.011 0.011 87 S 0.007 0.079 0.033 0.015 0.001 0.014 0.004 0.024 0.002 0.001 0.035 0.056 0.598 0.004 0.096 0.032 88 M 0.014 0.044 0.062 0.055 0.001 0.016 0.044 0.001 0.023 0.005 0.009 0.025 0.251 0.017 0.005 0.429 89 L 0.109 0.012 0.637 0.061 0.001 0.006 0.011 0.002 0.001 0.001 0.006 0.006 0.116 0.001 0.021 0.013 90 N 0.010 0.034 0.421 0.216 0.006 0.125 0.013 0.002 0.004 0.003 0.005 0.014 0.115 0.004 0.002 0.025 91 V 0.049 0.041 0.090 0.478 0.011 0.082 0.005 0.011 0.001 0.001 0.102 0.010 0.105 0.003 0.003 0.007 92 A 0.005 0.162 0.085 0.461 0.014 0.095 0.008 0.006 0.006 0.001 0.018 0.069 0.047 0.008 0.004 0.010 93 L 0.019 0.122 0.109 0.585 0.003 0.023 0.007 0.011 0.007 0.002 0.017 0.013 0.053 0.001 0.007 0.021 94 R 0.017 0.029 0.188 0.309 0.031 0.277 0.036 0.003 0.010 0.005 0.009 0.015 0.048 0.004 0.001 0.017 95 P 0.046 0.068 0.102 0.278 0.007 0.128 0.005 0.042 0.001 0.001 0.253 0.014 0.042 0.002 0.008 0.004 96 E 0.005 0.456 0.039 0.387 0.002 0.013 0.002 0.002 0.030 0.002 0.004 0.037 0.004 0.001 0.001 0.016 97 M 0.057 0.010 0.146 0.748 0.001 0.008 0.003 0.001 0.003 0.001 0.003 0.006 0.011 0.001 0.002 0.003 98 Q 0.007 0.031 0.380 0.483 0.001 0.081 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.004 99 L 0.005 0.009 0.022 0.890 0.014 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 100 E 0.002 0.078 0.020 0.855 0.008 0.009 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 101 Q 0.001 0.001 0.003 0.047 0.894 0.029 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 102 V 0.001 0.004 0.004 0.012 0.630 0.006 0.031 0.286 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 103 G 0.001 0.008 0.001 0.005 0.012 0.022 0.002 0.745 0.092 0.058 0.004 0.004 0.001 0.001 0.045 0.002 104 G 0.030 0.034 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.007 0.730 0.065 0.005 0.002 0.001 0.001 0.006 0.102 105 K 0.698 0.039 0.166 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 106 T 0.026 0.014 0.898 0.059 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 L 0.002 0.009 0.260 0.727 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 L 0.001 0.003 0.006 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 V 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 V 0.001 0.002 0.001 0.993 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 Y 0.001 0.011 0.001 0.968 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 V 0.001 0.031 0.001 0.719 0.023 0.221 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 P 0.001 0.065 0.002 0.277 0.038 0.565 0.001 0.019 0.001 0.001 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 114 E 0.002 0.451 0.004 0.343 0.009 0.037 0.001 0.018 0.020 0.003 0.083 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 115 A 0.013 0.090 0.083 0.579 0.005 0.035 0.003 0.008 0.019 0.015 0.020 0.118 0.005 0.001 0.002 0.005 116 D 0.008 0.016 0.034 0.035 0.006 0.833 0.002 0.005 0.002 0.001 0.010 0.018 0.024 0.001 0.002 0.002 117 V 0.003 0.035 0.009 0.018 0.005 0.021 0.002 0.002 0.001 0.001 0.873 0.005 0.018 0.002 0.001 0.004 118 T 0.011 0.247 0.017 0.061 0.002 0.019 0.004 0.008 0.003 0.001 0.008 0.583 0.014 0.007 0.012 0.003 119 H 0.017 0.102 0.407 0.181 0.001 0.006 0.017 0.003 0.027 0.001 0.004 0.004 0.046 0.001 0.032 0.151 120 K 0.050 0.007 0.621 0.268 0.001 0.009 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.019 121 P 0.039 0.011 0.381 0.408 0.014 0.122 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 122 I 0.002 0.046 0.017 0.888 0.005 0.017 0.001 0.004 0.002 0.001 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 123 Y 0.003 0.029 0.012 0.846 0.012 0.066 0.001 0.004 0.003 0.002 0.002 0.011 0.008 0.001 0.001 0.001 124 K 0.008 0.037 0.045 0.572 0.048 0.148 0.007 0.046 0.003 0.003 0.040 0.006 0.030 0.002 0.004 0.002 125 K 0.006 0.103 0.019 0.294 0.059 0.249 0.006 0.042 0.041 0.011 0.077 0.039 0.036 0.002 0.005 0.012 126 A 0.010 0.029 0.015 0.072 0.413 0.018 0.197 0.011 0.008 0.012 0.054 0.024 0.011 0.120 0.001 0.004 127 T 0.009 0.025 0.044 0.060 0.002 0.011 0.005 0.417 0.006 0.001 0.006 0.009 0.009 0.001 0.394 0.002 128 G 0.005 0.016 0.034 0.043 0.004 0.006 0.006 0.001 0.303 0.114 0.007 0.002 0.010 0.001 0.001 0.447 129 L 0.645 0.005 0.025 0.035 0.175 0.023 0.044 0.004 0.002 0.001 0.009 0.011 0.007 0.013 0.001 0.001 130 P 0.003 0.038 0.080 0.031 0.185 0.075 0.088 0.386 0.001 0.002 0.050 0.006 0.004 0.031 0.019 0.001 131 G 0.004 0.114 0.013 0.136 0.005 0.013 0.002 0.215 0.342 0.043 0.012 0.011 0.003 0.001 0.067 0.021 132 G 0.269 0.007 0.032 0.175 0.001 0.010 0.002 0.002 0.271 0.108 0.009 0.031 0.009 0.001 0.001 0.071 133 A 0.412 0.044 0.339 0.175 0.001 0.010 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.003 134 Y 0.005 0.017 0.215 0.693 0.006 0.050 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 135 R 0.003 0.032 0.054 0.892 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 136 R 0.001 0.002 0.014 0.435 0.437 0.084 0.011 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 137 I 0.004 0.109 0.023 0.485 0.046 0.031 0.004 0.254 0.004 0.001 0.021 0.003 0.004 0.001 0.009 0.001 138 G 0.002 0.029 0.007 0.177 0.065 0.284 0.009 0.028 0.126 0.198 0.024 0.023 0.007 0.002 0.001 0.017 139 S 0.172 0.105 0.026 0.058 0.022 0.163 0.008 0.071 0.018 0.008 0.252 0.047 0.024 0.004 0.014 0.009 140 S 0.024 0.315 0.077 0.100 0.002 0.034 0.005 0.020 0.052 0.015 0.134 0.142 0.029 0.002 0.014 0.036 141 D 0.128 0.087 0.187 0.131 0.004 0.101 0.011 0.004 0.023 0.006 0.018 0.180 0.078 0.004 0.010 0.027 142 Q 0.045 0.034 0.435 0.182 0.005 0.029 0.009 0.007 0.002 0.002 0.079 0.019 0.120 0.003 0.010 0.019 143 R 0.019 0.108 0.158 0.334 0.025 0.127 0.016 0.010 0.007 0.003 0.014 0.069 0.079 0.009 0.004 0.019 144 C 0.019 0.042 0.117 0.365 0.058 0.091 0.054 0.018 0.006 0.004 0.065 0.016 0.113 0.010 0.009 0.013 145 V 0.012 0.083 0.067 0.186 0.061 0.216 0.049 0.065 0.011 0.010 0.050 0.057 0.094 0.013 0.014 0.012