# TARGET T0557 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 113.814 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.038 0.115 0.006 0.027 0.032 0.034 0.100 0.005 0.001 0.252 0.389 2 R 0.030 0.275 0.009 0.024 0.023 0.028 0.084 0.008 0.002 0.128 0.387 3 S 0.043 0.786 0.001 0.004 0.003 0.004 0.017 0.006 0.001 0.023 0.112 4 A 0.021 0.898 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.001 0.007 0.048 5 T 0.025 0.853 0.003 0.001 0.002 0.004 0.011 0.005 0.001 0.037 0.058 6 D 0.016 0.904 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.017 0.049 7 L 0.020 0.894 0.003 0.001 0.001 0.002 0.008 0.007 0.001 0.026 0.038 8 L 0.064 0.389 0.044 0.004 0.004 0.007 0.024 0.020 0.017 0.352 0.075 9 D 0.197 0.533 0.018 0.005 0.003 0.004 0.022 0.019 0.012 0.059 0.127 10 E 0.117 0.506 0.011 0.003 0.004 0.006 0.028 0.028 0.006 0.040 0.251 11 L 0.096 0.339 0.018 0.005 0.005 0.010 0.053 0.021 0.008 0.057 0.387 12 N 0.071 0.291 0.005 0.005 0.007 0.013 0.059 0.005 0.002 0.044 0.497 13 A 0.030 0.113 0.009 0.016 0.009 0.012 0.087 0.007 0.002 0.110 0.605 14 V 0.086 0.181 0.017 0.025 0.015 0.015 0.119 0.013 0.005 0.141 0.382 15 D 0.195 0.424 0.004 0.008 0.004 0.005 0.039 0.012 0.001 0.044 0.264 16 E 0.055 0.533 0.003 0.009 0.002 0.003 0.037 0.007 0.001 0.035 0.314 17 S 0.016 0.792 0.003 0.004 0.002 0.005 0.020 0.004 0.001 0.022 0.131 18 A 0.013 0.909 0.001 0.003 0.002 0.004 0.007 0.003 0.001 0.014 0.043 19 R 0.012 0.910 0.001 0.002 0.005 0.006 0.006 0.003 0.001 0.018 0.037 20 I 0.010 0.915 0.001 0.003 0.005 0.010 0.004 0.002 0.001 0.021 0.028 21 E 0.032 0.869 0.003 0.002 0.004 0.008 0.006 0.008 0.001 0.026 0.043 22 A 0.080 0.258 0.028 0.010 0.028 0.028 0.031 0.008 0.006 0.421 0.103 23 K 0.106 0.190 0.058 0.014 0.022 0.035 0.054 0.014 0.021 0.189 0.297 24 R 0.359 0.202 0.011 0.009 0.011 0.011 0.048 0.034 0.007 0.048 0.260 25 A 0.257 0.055 0.020 0.004 0.004 0.006 0.057 0.033 0.019 0.050 0.496 26 S 0.040 0.027 0.004 0.005 0.008 0.010 0.092 0.002 0.001 0.027 0.785 27 D 0.022 0.035 0.002 0.006 0.003 0.004 0.068 0.002 0.001 0.029 0.829 28 M 0.050 0.131 0.003 0.011 0.007 0.005 0.164 0.005 0.001 0.108 0.516 29 G 0.042 0.641 0.001 0.003 0.001 0.002 0.036 0.005 0.001 0.030 0.239 30 K 0.038 0.644 0.001 0.005 0.002 0.003 0.031 0.003 0.001 0.064 0.210 31 S 0.014 0.510 0.002 0.019 0.002 0.007 0.032 0.004 0.001 0.284 0.126 32 V 0.010 0.791 0.003 0.007 0.005 0.009 0.015 0.004 0.001 0.093 0.063 33 M 0.016 0.735 0.003 0.009 0.008 0.007 0.008 0.002 0.001 0.171 0.039 34 E 0.008 0.855 0.004 0.004 0.006 0.013 0.009 0.002 0.001 0.063 0.037 35 T 0.019 0.830 0.005 0.003 0.005 0.018 0.014 0.007 0.002 0.053 0.045 36 V 0.140 0.558 0.034 0.015 0.019 0.031 0.021 0.028 0.010 0.078 0.067 37 I 0.161 0.130 0.033 0.021 0.052 0.109 0.064 0.006 0.009 0.162 0.255 38 A 0.054 0.034 0.009 0.039 0.043 0.118 0.085 0.006 0.003 0.093 0.516 39 F 0.229 0.014 0.007 0.061 0.045 0.068 0.121 0.006 0.004 0.130 0.316 40 A 0.004 0.002 0.003 0.049 0.106 0.144 0.148 0.001 0.001 0.038 0.504 41 N 0.044 0.007 0.002 0.024 0.025 0.044 0.069 0.002 0.001 0.025 0.758 42 E 0.636 0.004 0.002 0.023 0.046 0.023 0.041 0.004 0.001 0.066 0.155 43 P 0.024 0.002 0.004 0.019 0.008 0.011 0.127 0.002 0.001 0.060 0.741 44 G 0.133 0.002 0.007 0.022 0.023 0.027 0.092 0.002 0.001 0.075 0.617 45 L 0.247 0.002 0.002 0.015 0.018 0.024 0.134 0.003 0.001 0.089 0.466 46 D 0.014 0.002 0.001 0.027 0.019 0.052 0.216 0.001 0.001 0.102 0.565 47 G 0.002 0.001 0.001 0.071 0.046 0.139 0.156 0.001 0.001 0.079 0.504 48 G 0.001 0.001 0.001 0.229 0.200 0.366 0.044 0.001 0.001 0.060 0.099 49 Y 0.001 0.001 0.001 0.384 0.216 0.274 0.013 0.001 0.001 0.047 0.064 50 L 0.001 0.001 0.001 0.489 0.248 0.181 0.009 0.001 0.001 0.029 0.041 51 L 0.002 0.002 0.001 0.715 0.105 0.098 0.009 0.001 0.001 0.028 0.042 52 L 0.002 0.003 0.001 0.570 0.128 0.164 0.028 0.001 0.001 0.037 0.066 53 G 0.006 0.010 0.002 0.298 0.109 0.190 0.085 0.002 0.001 0.055 0.242 54 V 0.026 0.021 0.003 0.123 0.109 0.163 0.147 0.008 0.001 0.071 0.328 55 D 0.169 0.023 0.012 0.050 0.038 0.076 0.107 0.016 0.006 0.233 0.270 56 W 0.214 0.026 0.008 0.024 0.016 0.031 0.128 0.012 0.004 0.054 0.482 57 A 0.207 0.022 0.006 0.013 0.012 0.028 0.104 0.009 0.002 0.040 0.558 58 I 0.098 0.008 0.007 0.015 0.012 0.033 0.131 0.006 0.002 0.047 0.641 59 N 0.043 0.006 0.002 0.015 0.025 0.043 0.135 0.002 0.001 0.033 0.696 60 D 0.032 0.003 0.002 0.018 0.036 0.056 0.131 0.001 0.001 0.049 0.671 61 K 0.009 0.003 0.001 0.052 0.089 0.118 0.172 0.001 0.001 0.050 0.504 62 G 0.014 0.006 0.001 0.059 0.060 0.112 0.105 0.002 0.001 0.035 0.605 63 D 0.014 0.003 0.001 0.088 0.126 0.132 0.104 0.001 0.001 0.042 0.489 64 T 0.017 0.005 0.001 0.113 0.116 0.180 0.088 0.001 0.001 0.048 0.431 65 V 0.006 0.003 0.001 0.084 0.108 0.145 0.109 0.001 0.001 0.029 0.514 66 Y 0.030 0.005 0.003 0.067 0.101 0.120 0.090 0.002 0.001 0.041 0.541 67 R 0.156 0.008 0.002 0.057 0.089 0.083 0.083 0.005 0.001 0.039 0.478 68 P 0.167 0.004 0.002 0.015 0.013 0.016 0.078 0.003 0.001 0.027 0.674 69 V 0.011 0.002 0.001 0.019 0.023 0.036 0.134 0.001 0.001 0.017 0.757 70 G 0.037 0.004 0.001 0.010 0.004 0.008 0.075 0.001 0.001 0.014 0.847 71 L 0.008 0.003 0.001 0.010 0.017 0.013 0.184 0.001 0.001 0.031 0.733 72 P 0.004 0.052 0.001 0.011 0.003 0.005 0.085 0.002 0.001 0.021 0.817 73 D 0.152 0.660 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 0.012 0.001 0.026 0.132 74 P 0.038 0.870 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.001 0.025 0.050 75 D 0.011 0.843 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.078 0.052 76 K 0.015 0.892 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.058 0.020 77 V 0.017 0.927 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.002 0.025 0.015 78 Q 0.029 0.911 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.002 0.020 0.021 79 R 0.042 0.520 0.018 0.001 0.001 0.002 0.020 0.010 0.006 0.268 0.113 80 D 0.052 0.316 0.028 0.003 0.001 0.002 0.047 0.016 0.015 0.323 0.198 81 L 0.091 0.647 0.014 0.003 0.001 0.001 0.031 0.018 0.003 0.073 0.118 82 A 0.050 0.550 0.008 0.001 0.001 0.001 0.038 0.021 0.004 0.050 0.276 83 S 0.094 0.304 0.016 0.002 0.001 0.002 0.069 0.008 0.006 0.201 0.296 84 Q 0.062 0.297 0.025 0.012 0.002 0.004 0.072 0.014 0.012 0.145 0.355 85 C 0.221 0.274 0.021 0.018 0.004 0.006 0.076 0.038 0.007 0.069 0.268 86 A 0.148 0.057 0.012 0.018 0.005 0.014 0.117 0.019 0.011 0.109 0.491 87 S 0.041 0.031 0.004 0.047 0.010 0.018 0.101 0.003 0.001 0.054 0.689 88 M 0.021 0.029 0.004 0.082 0.025 0.050 0.124 0.002 0.001 0.082 0.580 89 L 0.014 0.021 0.004 0.075 0.037 0.033 0.160 0.003 0.001 0.047 0.604 90 N 0.156 0.044 0.004 0.058 0.043 0.054 0.094 0.014 0.002 0.061 0.470 91 V 0.110 0.013 0.002 0.034 0.025 0.034 0.115 0.003 0.001 0.065 0.599 92 A 0.007 0.006 0.002 0.028 0.034 0.073 0.155 0.001 0.001 0.039 0.655 93 L 0.033 0.020 0.003 0.037 0.030 0.063 0.133 0.003 0.001 0.034 0.645 94 R 0.317 0.026 0.004 0.031 0.020 0.026 0.076 0.011 0.002 0.076 0.412 95 P 0.061 0.036 0.002 0.036 0.051 0.075 0.111 0.005 0.001 0.028 0.593 96 E 0.015 0.015 0.002 0.028 0.042 0.139 0.084 0.001 0.001 0.045 0.627 97 M 0.004 0.005 0.001 0.016 0.210 0.242 0.096 0.001 0.001 0.027 0.398 98 Q 0.024 0.034 0.001 0.054 0.185 0.368 0.041 0.003 0.001 0.042 0.248 99 L 0.061 0.010 0.004 0.011 0.128 0.165 0.057 0.004 0.003 0.081 0.475 100 E 0.022 0.001 0.006 0.012 0.265 0.373 0.045 0.001 0.002 0.053 0.221 101 Q 0.141 0.001 0.003 0.006 0.047 0.105 0.033 0.001 0.001 0.053 0.609 102 V 0.525 0.001 0.002 0.004 0.015 0.011 0.047 0.001 0.001 0.093 0.303 103 G 0.011 0.001 0.001 0.007 0.009 0.012 0.114 0.001 0.001 0.028 0.818 104 G 0.004 0.001 0.001 0.006 0.017 0.020 0.063 0.001 0.001 0.025 0.864 105 K 0.001 0.001 0.001 0.043 0.395 0.155 0.070 0.001 0.001 0.084 0.251 106 T 0.001 0.001 0.001 0.224 0.206 0.372 0.018 0.001 0.001 0.122 0.057 107 L 0.001 0.001 0.001 0.199 0.285 0.390 0.013 0.001 0.001 0.039 0.074 108 L 0.001 0.001 0.001 0.767 0.127 0.081 0.002 0.001 0.001 0.006 0.016 109 V 0.001 0.001 0.001 0.531 0.244 0.159 0.006 0.001 0.001 0.022 0.037 110 V 0.001 0.001 0.001 0.522 0.209 0.199 0.020 0.001 0.001 0.012 0.038 111 Y 0.003 0.002 0.001 0.473 0.104 0.130 0.060 0.001 0.001 0.029 0.197 112 V 0.050 0.006 0.002 0.148 0.109 0.089 0.126 0.007 0.001 0.134 0.328 113 P 0.196 0.025 0.002 0.031 0.017 0.033 0.159 0.014 0.002 0.082 0.440 114 E 0.038 0.007 0.003 0.012 0.007 0.020 0.172 0.003 0.001 0.059 0.679 115 A 0.030 0.005 0.015 0.016 0.014 0.034 0.135 0.005 0.003 0.058 0.685 116 D 0.410 0.008 0.006 0.007 0.011 0.017 0.070 0.008 0.002 0.046 0.415 117 V 0.159 0.003 0.002 0.003 0.011 0.013 0.096 0.003 0.001 0.038 0.672 118 T 0.008 0.003 0.001 0.008 0.014 0.033 0.122 0.001 0.001 0.015 0.795 119 H 0.005 0.003 0.001 0.008 0.016 0.041 0.103 0.001 0.001 0.014 0.810 120 K 0.005 0.005 0.001 0.027 0.207 0.190 0.128 0.001 0.001 0.032 0.404 121 P 0.008 0.016 0.001 0.068 0.110 0.271 0.059 0.001 0.001 0.060 0.405 122 I 0.008 0.005 0.001 0.063 0.192 0.342 0.059 0.001 0.001 0.032 0.297 123 Y 0.007 0.001 0.001 0.144 0.190 0.355 0.038 0.001 0.001 0.055 0.208 124 K 0.012 0.001 0.002 0.123 0.240 0.314 0.035 0.001 0.001 0.046 0.226 125 K 0.229 0.003 0.001 0.054 0.077 0.085 0.053 0.003 0.001 0.025 0.470 126 A 0.252 0.001 0.001 0.012 0.040 0.035 0.065 0.001 0.001 0.027 0.566 127 T 0.005 0.001 0.001 0.025 0.037 0.046 0.096 0.001 0.001 0.014 0.775 128 G 0.045 0.001 0.001 0.008 0.025 0.024 0.063 0.001 0.001 0.014 0.818 129 L 0.399 0.001 0.001 0.004 0.088 0.037 0.077 0.002 0.001 0.042 0.349 130 P 0.034 0.004 0.001 0.010 0.027 0.043 0.127 0.001 0.001 0.036 0.717 131 G 0.007 0.001 0.001 0.017 0.046 0.124 0.108 0.001 0.001 0.033 0.663 132 G 0.002 0.001 0.001 0.025 0.172 0.328 0.105 0.001 0.001 0.026 0.341 133 A 0.001 0.001 0.001 0.042 0.286 0.482 0.029 0.001 0.001 0.021 0.139 134 Y 0.001 0.001 0.001 0.045 0.261 0.410 0.034 0.001 0.001 0.032 0.216 135 R 0.004 0.001 0.001 0.112 0.308 0.329 0.039 0.001 0.001 0.033 0.173 136 R 0.045 0.002 0.001 0.219 0.172 0.217 0.036 0.001 0.001 0.075 0.231 137 I 0.031 0.002 0.001 0.122 0.074 0.076 0.108 0.001 0.001 0.055 0.530 138 G 0.055 0.004 0.002 0.059 0.045 0.043 0.098 0.002 0.001 0.037 0.655 139 S 0.078 0.006 0.002 0.025 0.049 0.046 0.099 0.003 0.001 0.042 0.649 140 S 0.035 0.013 0.002 0.030 0.046 0.061 0.119 0.005 0.001 0.048 0.640 141 D 0.117 0.015 0.003 0.020 0.051 0.070 0.095 0.006 0.001 0.081 0.542 142 Q 0.054 0.008 0.001 0.037 0.125 0.176 0.096 0.002 0.001 0.052 0.449 143 R 0.011 0.005 0.001 0.019 0.058 0.120 0.086 0.001 0.001 0.032 0.667 144 C 0.027 0.005 0.002 0.027 0.124 0.155 0.111 0.002 0.001 0.043 0.504 145 V 0.169 0.019 0.002 0.024 0.053 0.068 0.098 0.005 0.001 0.047 0.514