# TARGET T0557 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 113.814 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.082 0.050 0.044 0.030 0.040 0.127 0.129 0.497 2 R 0.058 0.093 0.039 0.018 0.026 0.127 0.079 0.560 3 S 0.064 0.380 0.016 0.012 0.017 0.074 0.062 0.375 4 A 0.038 0.733 0.006 0.003 0.006 0.029 0.020 0.164 5 T 0.067 0.710 0.009 0.005 0.007 0.032 0.056 0.114 6 D 0.023 0.861 0.005 0.004 0.005 0.016 0.029 0.058 7 L 0.023 0.912 0.003 0.001 0.003 0.009 0.015 0.035 8 L 0.062 0.558 0.020 0.004 0.005 0.018 0.271 0.063 9 D 0.065 0.702 0.011 0.004 0.006 0.026 0.087 0.099 10 E 0.132 0.520 0.014 0.006 0.010 0.036 0.071 0.209 11 L 0.094 0.403 0.026 0.008 0.012 0.056 0.103 0.298 12 N 0.044 0.399 0.008 0.007 0.012 0.065 0.050 0.414 13 A 0.031 0.199 0.027 0.009 0.014 0.071 0.144 0.504 14 V 0.058 0.255 0.028 0.010 0.011 0.080 0.165 0.393 15 D 0.159 0.515 0.008 0.005 0.004 0.034 0.075 0.199 16 E 0.030 0.668 0.006 0.002 0.004 0.025 0.021 0.243 17 S 0.019 0.754 0.006 0.003 0.007 0.025 0.031 0.155 18 A 0.012 0.836 0.008 0.005 0.013 0.014 0.035 0.076 19 R 0.011 0.896 0.005 0.006 0.009 0.008 0.019 0.046 20 I 0.013 0.885 0.009 0.010 0.017 0.006 0.021 0.039 21 E 0.021 0.849 0.011 0.009 0.016 0.008 0.034 0.051 22 A 0.101 0.494 0.040 0.024 0.029 0.022 0.183 0.107 23 K 0.117 0.289 0.062 0.033 0.037 0.051 0.160 0.251 24 R 0.230 0.128 0.026 0.015 0.022 0.066 0.050 0.462 25 A 0.208 0.044 0.019 0.008 0.011 0.064 0.060 0.586 26 S 0.046 0.010 0.006 0.004 0.006 0.101 0.019 0.808 27 D 0.017 0.010 0.004 0.003 0.005 0.101 0.026 0.832 28 M 0.030 0.041 0.008 0.004 0.005 0.134 0.061 0.716 29 G 0.166 0.251 0.008 0.004 0.006 0.072 0.084 0.408 30 K 0.067 0.296 0.012 0.008 0.013 0.083 0.057 0.466 31 S 0.031 0.181 0.071 0.015 0.036 0.084 0.268 0.314 32 V 0.028 0.281 0.076 0.034 0.071 0.073 0.184 0.252 33 M 0.028 0.440 0.080 0.046 0.072 0.049 0.073 0.213 34 E 0.019 0.281 0.127 0.088 0.163 0.036 0.106 0.180 35 T 0.012 0.365 0.103 0.060 0.181 0.031 0.075 0.172 36 V 0.020 0.158 0.164 0.182 0.208 0.041 0.092 0.135 37 I 0.037 0.044 0.208 0.152 0.149 0.046 0.217 0.147 38 A 0.092 0.032 0.086 0.120 0.296 0.054 0.078 0.242 39 F 0.055 0.010 0.059 0.100 0.134 0.093 0.077 0.471 40 A 0.003 0.001 0.058 0.120 0.227 0.136 0.021 0.432 41 N 0.027 0.003 0.032 0.027 0.060 0.110 0.054 0.687 42 E 0.620 0.005 0.007 0.016 0.008 0.051 0.141 0.153 43 P 0.040 0.006 0.008 0.003 0.010 0.113 0.040 0.779 44 G 0.119 0.004 0.009 0.011 0.023 0.126 0.053 0.654 45 L 0.039 0.004 0.041 0.121 0.108 0.178 0.046 0.463 46 D 0.009 0.003 0.051 0.087 0.192 0.115 0.071 0.472 47 G 0.005 0.003 0.054 0.138 0.408 0.086 0.048 0.259 48 G 0.001 0.001 0.097 0.159 0.670 0.011 0.017 0.043 49 Y 0.001 0.002 0.098 0.385 0.340 0.014 0.086 0.074 50 L 0.001 0.001 0.104 0.379 0.470 0.006 0.016 0.023 51 L 0.010 0.002 0.092 0.320 0.355 0.029 0.075 0.117 52 L 0.002 0.001 0.038 0.361 0.522 0.014 0.011 0.050 53 G 0.009 0.015 0.043 0.245 0.350 0.061 0.038 0.239 54 V 0.042 0.032 0.046 0.220 0.183 0.088 0.066 0.322 55 D 0.289 0.055 0.030 0.033 0.035 0.063 0.230 0.264 56 W 0.145 0.022 0.020 0.030 0.048 0.085 0.069 0.582 57 A 0.108 0.008 0.012 0.018 0.025 0.078 0.056 0.695 58 I 0.078 0.004 0.008 0.015 0.019 0.104 0.037 0.735 59 N 0.054 0.004 0.011 0.023 0.033 0.097 0.030 0.748 60 D 0.047 0.003 0.017 0.033 0.048 0.107 0.047 0.698 61 K 0.017 0.003 0.048 0.069 0.084 0.115 0.036 0.627 62 G 0.019 0.006 0.059 0.066 0.131 0.096 0.038 0.585 63 D 0.026 0.006 0.075 0.104 0.120 0.095 0.052 0.523 64 T 0.014 0.008 0.145 0.160 0.207 0.071 0.045 0.350 65 V 0.008 0.006 0.105 0.122 0.224 0.074 0.033 0.428 66 Y 0.021 0.005 0.163 0.107 0.096 0.091 0.052 0.466 67 R 0.282 0.032 0.070 0.048 0.045 0.065 0.100 0.358 68 P 0.180 0.014 0.013 0.008 0.017 0.082 0.047 0.639 69 V 0.019 0.005 0.014 0.017 0.020 0.130 0.019 0.776 70 G 0.052 0.011 0.019 0.013 0.026 0.091 0.031 0.757 71 L 0.041 0.012 0.014 0.030 0.022 0.152 0.056 0.673 72 P 0.005 0.022 0.011 0.006 0.010 0.143 0.013 0.789 73 D 0.143 0.660 0.002 0.001 0.001 0.018 0.080 0.094 74 P 0.044 0.852 0.002 0.001 0.001 0.012 0.027 0.060 75 D 0.029 0.850 0.003 0.002 0.002 0.014 0.023 0.078 76 K 0.044 0.784 0.007 0.002 0.003 0.017 0.089 0.055 77 V 0.027 0.875 0.007 0.001 0.002 0.010 0.038 0.040 78 Q 0.051 0.799 0.006 0.002 0.003 0.011 0.057 0.071 79 R 0.064 0.577 0.015 0.002 0.003 0.030 0.137 0.171 80 D 0.043 0.621 0.017 0.003 0.003 0.038 0.120 0.155 81 L 0.031 0.791 0.010 0.002 0.002 0.020 0.045 0.099 82 A 0.030 0.793 0.006 0.001 0.002 0.018 0.029 0.122 83 S 0.066 0.468 0.019 0.003 0.005 0.042 0.189 0.208 84 Q 0.070 0.414 0.049 0.005 0.007 0.049 0.227 0.178 85 C 0.194 0.315 0.043 0.009 0.013 0.066 0.106 0.254 86 A 0.167 0.067 0.057 0.007 0.012 0.084 0.103 0.504 87 S 0.094 0.051 0.037 0.013 0.020 0.110 0.052 0.624 88 M 0.025 0.024 0.036 0.014 0.030 0.137 0.034 0.700 89 L 0.023 0.019 0.044 0.026 0.030 0.148 0.036 0.675 90 N 0.186 0.039 0.033 0.021 0.035 0.081 0.132 0.472 91 V 0.060 0.015 0.031 0.022 0.027 0.114 0.052 0.679 92 A 0.012 0.004 0.059 0.024 0.047 0.125 0.032 0.695 93 L 0.031 0.008 0.061 0.027 0.040 0.110 0.048 0.674 94 R 0.217 0.018 0.030 0.012 0.015 0.090 0.160 0.457 95 P 0.024 0.020 0.050 0.048 0.049 0.123 0.038 0.648 96 E 0.009 0.011 0.054 0.037 0.167 0.081 0.045 0.597 97 M 0.013 0.007 0.063 0.291 0.143 0.088 0.049 0.345 98 Q 0.006 0.008 0.066 0.222 0.479 0.028 0.027 0.162 99 L 0.021 0.004 0.045 0.170 0.170 0.061 0.080 0.449 100 E 0.005 0.001 0.090 0.327 0.392 0.024 0.025 0.136 101 Q 0.070 0.001 0.024 0.039 0.111 0.047 0.036 0.673 102 V 0.787 0.001 0.004 0.008 0.004 0.021 0.043 0.133 103 G 0.007 0.001 0.008 0.001 0.008 0.076 0.006 0.893 104 G 0.017 0.001 0.016 0.006 0.013 0.157 0.008 0.782 105 K 0.001 0.001 0.142 0.215 0.337 0.057 0.010 0.239 106 T 0.001 0.001 0.289 0.102 0.186 0.035 0.142 0.246 107 L 0.001 0.001 0.315 0.225 0.323 0.016 0.043 0.078 108 L 0.001 0.001 0.469 0.263 0.187 0.007 0.028 0.044 109 V 0.003 0.001 0.303 0.255 0.327 0.011 0.047 0.054 110 V 0.001 0.001 0.258 0.330 0.350 0.013 0.007 0.041 111 Y 0.004 0.001 0.174 0.204 0.214 0.108 0.033 0.262 112 V 0.037 0.005 0.062 0.249 0.225 0.115 0.041 0.265 113 P 0.268 0.037 0.021 0.070 0.077 0.078 0.123 0.325 114 E 0.110 0.016 0.014 0.039 0.070 0.095 0.080 0.575 115 A 0.015 0.004 0.012 0.028 0.027 0.084 0.031 0.799 116 D 0.305 0.017 0.006 0.011 0.014 0.057 0.074 0.516 117 V 0.223 0.008 0.003 0.007 0.007 0.072 0.041 0.639 118 T 0.010 0.005 0.008 0.018 0.033 0.086 0.013 0.827 119 H 0.013 0.020 0.007 0.016 0.032 0.071 0.027 0.815 120 K 0.016 0.039 0.037 0.165 0.119 0.109 0.052 0.463 121 P 0.017 0.046 0.089 0.086 0.203 0.058 0.064 0.437 122 I 0.014 0.024 0.056 0.269 0.247 0.045 0.049 0.297 123 Y 0.019 0.007 0.231 0.181 0.213 0.039 0.092 0.219 124 K 0.034 0.003 0.108 0.142 0.216 0.058 0.069 0.370 125 K 0.171 0.003 0.026 0.064 0.083 0.058 0.051 0.544 126 A 0.091 0.002 0.007 0.019 0.026 0.066 0.033 0.757 127 T 0.006 0.001 0.010 0.022 0.045 0.104 0.011 0.801 128 G 0.010 0.001 0.012 0.036 0.069 0.056 0.013 0.803 129 L 0.242 0.002 0.005 0.047 0.018 0.081 0.070 0.536 130 P 0.109 0.004 0.008 0.009 0.014 0.121 0.026 0.709 131 G 0.013 0.003 0.010 0.017 0.085 0.097 0.019 0.756 132 G 0.004 0.002 0.036 0.136 0.438 0.055 0.032 0.296 133 A 0.002 0.002 0.049 0.478 0.307 0.023 0.031 0.107 134 Y 0.005 0.003 0.092 0.251 0.399 0.027 0.068 0.156 135 R 0.008 0.001 0.078 0.398 0.351 0.023 0.040 0.101 136 R 0.008 0.001 0.068 0.277 0.477 0.025 0.025 0.120 137 I 0.030 0.003 0.052 0.233 0.230 0.074 0.037 0.342 138 G 0.108 0.012 0.047 0.085 0.128 0.110 0.070 0.440 139 S 0.062 0.020 0.024 0.063 0.080 0.121 0.055 0.576 140 S 0.052 0.028 0.028 0.072 0.113 0.122 0.048 0.537 141 D 0.169 0.029 0.029 0.051 0.073 0.104 0.086 0.459 142 Q 0.091 0.011 0.036 0.079 0.116 0.118 0.044 0.505 143 R 0.039 0.004 0.021 0.050 0.099 0.108 0.036 0.644 144 C 0.041 0.003 0.021 0.028 0.046 0.149 0.046 0.666 145 V 0.084 0.014 0.025 0.027 0.039 0.140 0.094 0.577