# TARGET T0557 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 113.814 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.271 0.111 0.065 0.107 0.100 0.077 0.113 0.073 0.043 0.025 0.014 2 R 0.160 0.105 0.083 0.146 0.120 0.095 0.120 0.071 0.050 0.032 0.018 3 S 0.120 0.126 0.084 0.131 0.116 0.106 0.130 0.079 0.057 0.035 0.017 4 A 0.116 0.177 0.100 0.191 0.131 0.085 0.091 0.053 0.032 0.016 0.008 5 T 0.117 0.053 0.067 0.117 0.123 0.125 0.177 0.102 0.064 0.036 0.018 6 D 0.148 0.127 0.199 0.222 0.127 0.070 0.057 0.027 0.013 0.007 0.003 7 L 0.008 0.024 0.050 0.070 0.084 0.155 0.225 0.138 0.125 0.089 0.032 8 L 0.010 0.013 0.035 0.055 0.084 0.141 0.252 0.159 0.130 0.088 0.033 9 D 0.067 0.068 0.436 0.196 0.097 0.055 0.049 0.019 0.008 0.004 0.001 10 E 0.017 0.046 0.293 0.204 0.147 0.117 0.106 0.042 0.016 0.008 0.003 11 L 0.010 0.010 0.027 0.026 0.040 0.077 0.200 0.178 0.187 0.163 0.080 12 N 0.076 0.105 0.232 0.179 0.132 0.095 0.100 0.046 0.021 0.011 0.004 13 A 0.060 0.107 0.484 0.183 0.085 0.036 0.026 0.012 0.004 0.002 0.001 14 V 0.153 0.106 0.149 0.118 0.110 0.096 0.143 0.072 0.030 0.017 0.007 15 D 0.221 0.191 0.139 0.133 0.089 0.068 0.085 0.042 0.019 0.009 0.003 16 E 0.240 0.217 0.236 0.148 0.071 0.036 0.030 0.014 0.005 0.002 0.001 17 S 0.203 0.116 0.189 0.154 0.115 0.076 0.086 0.037 0.014 0.007 0.003 18 A 0.213 0.186 0.239 0.156 0.078 0.046 0.050 0.021 0.007 0.003 0.001 19 R 0.053 0.052 0.206 0.163 0.146 0.137 0.138 0.062 0.026 0.012 0.004 20 I 0.056 0.062 0.331 0.179 0.124 0.083 0.093 0.047 0.015 0.007 0.002 21 E 0.015 0.037 0.289 0.171 0.126 0.113 0.137 0.067 0.027 0.014 0.003 22 A 0.013 0.024 0.216 0.100 0.103 0.138 0.204 0.104 0.054 0.035 0.010 23 K 0.029 0.069 0.550 0.197 0.088 0.029 0.020 0.011 0.004 0.002 0.001 24 R 0.032 0.029 0.146 0.093 0.101 0.157 0.221 0.121 0.055 0.036 0.010 25 A 0.047 0.195 0.226 0.146 0.093 0.083 0.100 0.055 0.030 0.019 0.007 26 S 0.169 0.098 0.173 0.153 0.138 0.089 0.099 0.049 0.019 0.008 0.004 27 D 0.663 0.156 0.107 0.047 0.015 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 28 M 0.048 0.053 0.032 0.068 0.083 0.124 0.204 0.132 0.128 0.083 0.046 29 G 0.206 0.185 0.050 0.103 0.099 0.085 0.112 0.074 0.043 0.031 0.013 30 K 0.151 0.137 0.201 0.240 0.121 0.073 0.043 0.019 0.009 0.004 0.002 31 S 0.155 0.160 0.161 0.200 0.120 0.080 0.073 0.031 0.011 0.006 0.003 32 V 0.004 0.007 0.010 0.028 0.043 0.065 0.123 0.143 0.219 0.180 0.178 33 M 0.012 0.015 0.028 0.052 0.086 0.128 0.232 0.169 0.130 0.098 0.051 34 E 0.008 0.033 0.217 0.210 0.149 0.131 0.119 0.054 0.043 0.025 0.011 35 T 0.002 0.004 0.017 0.019 0.033 0.054 0.150 0.163 0.208 0.189 0.160 36 V 0.001 0.004 0.007 0.016 0.029 0.039 0.104 0.151 0.239 0.230 0.180 37 I 0.001 0.002 0.008 0.013 0.025 0.028 0.072 0.140 0.218 0.255 0.237 38 A 0.001 0.002 0.008 0.013 0.030 0.043 0.097 0.183 0.215 0.233 0.175 39 F 0.003 0.004 0.012 0.023 0.042 0.048 0.128 0.194 0.216 0.196 0.134 40 A 0.001 0.002 0.008 0.011 0.020 0.025 0.059 0.115 0.209 0.258 0.291 41 N 0.006 0.007 0.018 0.036 0.057 0.086 0.160 0.150 0.207 0.166 0.107 42 E 0.016 0.034 0.040 0.082 0.086 0.127 0.208 0.121 0.134 0.094 0.057 43 P 0.074 0.085 0.076 0.153 0.142 0.106 0.129 0.093 0.065 0.038 0.038 44 G 0.427 0.185 0.051 0.093 0.061 0.049 0.060 0.030 0.020 0.014 0.011 45 L 0.094 0.083 0.028 0.106 0.097 0.103 0.132 0.101 0.093 0.072 0.092 46 D 0.495 0.218 0.032 0.079 0.059 0.036 0.038 0.020 0.011 0.007 0.005 47 G 0.122 0.075 0.034 0.117 0.102 0.103 0.122 0.083 0.100 0.077 0.065 48 G 0.040 0.049 0.029 0.072 0.075 0.091 0.153 0.127 0.157 0.131 0.077 49 Y 0.005 0.024 0.017 0.086 0.098 0.149 0.177 0.126 0.155 0.107 0.056 50 L 0.001 0.003 0.003 0.007 0.012 0.017 0.044 0.105 0.205 0.268 0.336 51 L 0.002 0.004 0.005 0.019 0.040 0.049 0.080 0.144 0.190 0.257 0.210 52 L 0.002 0.002 0.004 0.009 0.021 0.027 0.066 0.140 0.237 0.272 0.220 53 G 0.007 0.017 0.024 0.069 0.111 0.080 0.136 0.159 0.161 0.147 0.090 54 V 0.004 0.005 0.008 0.020 0.035 0.066 0.156 0.141 0.243 0.194 0.127 55 D 0.212 0.235 0.117 0.209 0.094 0.052 0.043 0.016 0.012 0.006 0.003 56 W 0.041 0.033 0.038 0.089 0.106 0.145 0.220 0.130 0.097 0.059 0.042 57 A 0.253 0.260 0.084 0.146 0.083 0.053 0.052 0.030 0.018 0.015 0.007 58 I 0.074 0.096 0.044 0.116 0.104 0.144 0.173 0.095 0.074 0.053 0.027 59 N 0.393 0.228 0.085 0.136 0.068 0.032 0.025 0.016 0.008 0.006 0.003 60 D 0.178 0.120 0.058 0.146 0.104 0.105 0.109 0.073 0.051 0.038 0.019 61 K 0.140 0.158 0.051 0.141 0.119 0.111 0.098 0.076 0.052 0.035 0.020 62 G 0.111 0.083 0.030 0.106 0.106 0.109 0.140 0.120 0.092 0.065 0.038 63 D 0.078 0.053 0.036 0.100 0.105 0.123 0.147 0.119 0.106 0.084 0.048 64 T 0.067 0.079 0.053 0.142 0.130 0.141 0.150 0.097 0.073 0.048 0.021 65 V 0.036 0.034 0.024 0.092 0.096 0.132 0.165 0.129 0.134 0.098 0.061 66 Y 0.010 0.011 0.008 0.021 0.030 0.058 0.107 0.119 0.209 0.225 0.204 67 R 0.068 0.083 0.050 0.168 0.166 0.127 0.134 0.085 0.062 0.037 0.021 68 P 0.262 0.143 0.058 0.151 0.106 0.077 0.083 0.051 0.032 0.023 0.013 69 V 0.143 0.071 0.023 0.090 0.087 0.104 0.136 0.103 0.103 0.079 0.060 70 G 0.309 0.237 0.034 0.124 0.087 0.053 0.064 0.043 0.025 0.017 0.009 71 L 0.097 0.070 0.031 0.104 0.107 0.138 0.147 0.099 0.093 0.067 0.046 72 P 0.488 0.194 0.049 0.096 0.065 0.034 0.034 0.019 0.010 0.007 0.004 73 D 0.107 0.204 0.042 0.149 0.118 0.110 0.109 0.067 0.047 0.031 0.016 74 P 0.126 0.109 0.028 0.097 0.114 0.113 0.152 0.106 0.076 0.051 0.027 75 D 0.452 0.109 0.073 0.138 0.082 0.055 0.051 0.024 0.010 0.005 0.002 76 K 0.116 0.138 0.182 0.266 0.137 0.075 0.051 0.020 0.008 0.004 0.002 77 V 0.004 0.009 0.012 0.024 0.040 0.070 0.131 0.143 0.213 0.208 0.145 78 Q 0.008 0.017 0.031 0.077 0.127 0.155 0.241 0.159 0.096 0.068 0.020 79 R 0.016 0.049 0.509 0.214 0.095 0.057 0.033 0.016 0.007 0.004 0.001 80 D 0.025 0.043 0.188 0.203 0.164 0.155 0.129 0.056 0.020 0.011 0.005 81 L 0.006 0.007 0.013 0.015 0.023 0.054 0.131 0.157 0.230 0.220 0.143 82 A 0.026 0.034 0.060 0.094 0.126 0.134 0.203 0.134 0.094 0.061 0.031 83 S 0.065 0.067 0.310 0.175 0.124 0.082 0.081 0.043 0.027 0.017 0.009 84 Q 0.110 0.088 0.140 0.171 0.148 0.109 0.123 0.059 0.028 0.015 0.008 85 C 0.031 0.041 0.035 0.064 0.073 0.095 0.190 0.165 0.139 0.107 0.061 86 A 0.033 0.038 0.053 0.112 0.140 0.150 0.175 0.122 0.084 0.060 0.033 87 S 0.131 0.122 0.203 0.186 0.116 0.083 0.077 0.041 0.022 0.013 0.006 88 M 0.056 0.082 0.088 0.169 0.141 0.124 0.147 0.083 0.056 0.035 0.020 89 L 0.016 0.014 0.011 0.020 0.028 0.052 0.121 0.130 0.216 0.222 0.170 90 N 0.135 0.196 0.130 0.250 0.140 0.063 0.039 0.022 0.013 0.007 0.004 91 V 0.063 0.038 0.048 0.078 0.089 0.114 0.165 0.138 0.118 0.088 0.061 92 A 0.106 0.095 0.045 0.139 0.138 0.105 0.123 0.094 0.072 0.048 0.037 93 L 0.024 0.026 0.017 0.038 0.055 0.078 0.162 0.161 0.179 0.147 0.113 94 R 0.088 0.148 0.092 0.215 0.177 0.103 0.075 0.044 0.028 0.019 0.011 95 P 0.227 0.094 0.049 0.105 0.092 0.090 0.145 0.089 0.060 0.033 0.017 96 E 0.344 0.237 0.059 0.184 0.079 0.036 0.031 0.014 0.008 0.004 0.002 97 M 0.027 0.012 0.011 0.022 0.031 0.041 0.094 0.114 0.197 0.203 0.248 98 Q 0.091 0.234 0.120 0.280 0.162 0.054 0.031 0.016 0.007 0.003 0.002 99 L 0.038 0.038 0.050 0.093 0.109 0.123 0.171 0.137 0.113 0.084 0.045 100 E 0.139 0.089 0.077 0.150 0.132 0.115 0.129 0.082 0.046 0.027 0.014 101 Q 0.098 0.187 0.128 0.244 0.129 0.070 0.073 0.038 0.020 0.010 0.004 102 V 0.058 0.073 0.047 0.066 0.077 0.113 0.162 0.108 0.110 0.110 0.076 103 G 0.314 0.343 0.076 0.150 0.064 0.023 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 104 G 0.561 0.138 0.046 0.093 0.049 0.031 0.035 0.022 0.013 0.008 0.003 105 K 0.051 0.052 0.041 0.112 0.114 0.145 0.171 0.117 0.094 0.069 0.034 106 T 0.022 0.115 0.087 0.218 0.157 0.160 0.125 0.061 0.032 0.017 0.006 107 L 0.001 0.003 0.008 0.014 0.029 0.062 0.099 0.145 0.205 0.227 0.209 108 L 0.002 0.003 0.008 0.012 0.023 0.040 0.108 0.157 0.233 0.240 0.173 109 V 0.006 0.015 0.036 0.127 0.160 0.129 0.159 0.122 0.109 0.086 0.051 110 V 0.002 0.001 0.005 0.004 0.010 0.022 0.048 0.085 0.200 0.275 0.347 111 Y 0.014 0.034 0.028 0.144 0.203 0.131 0.200 0.129 0.067 0.034 0.016 112 V 0.002 0.003 0.005 0.007 0.013 0.021 0.057 0.088 0.198 0.259 0.347 113 P 0.150 0.185 0.102 0.247 0.175 0.061 0.043 0.020 0.009 0.004 0.003 114 E 0.411 0.223 0.060 0.141 0.063 0.035 0.036 0.016 0.008 0.004 0.002 115 A 0.044 0.023 0.012 0.033 0.049 0.057 0.107 0.116 0.158 0.148 0.252 116 D 0.231 0.387 0.079 0.154 0.079 0.030 0.021 0.010 0.005 0.003 0.001 117 V 0.081 0.085 0.062 0.136 0.125 0.148 0.137 0.081 0.068 0.047 0.031 118 T 0.399 0.198 0.063 0.130 0.074 0.042 0.042 0.025 0.015 0.008 0.004 119 H 0.069 0.072 0.046 0.141 0.104 0.113 0.149 0.112 0.099 0.066 0.028 120 K 0.024 0.055 0.057 0.137 0.141 0.170 0.146 0.107 0.080 0.054 0.029 121 P 0.034 0.041 0.049 0.100 0.107 0.130 0.165 0.141 0.110 0.082 0.043 122 I 0.009 0.011 0.021 0.040 0.062 0.108 0.184 0.179 0.169 0.137 0.081 123 Y 0.020 0.022 0.039 0.076 0.087 0.079 0.140 0.145 0.163 0.143 0.087 124 K 0.035 0.038 0.055 0.105 0.119 0.142 0.187 0.116 0.101 0.070 0.032 125 K 0.116 0.129 0.117 0.210 0.136 0.085 0.089 0.053 0.034 0.020 0.011 126 A 0.099 0.099 0.041 0.097 0.084 0.113 0.165 0.112 0.084 0.069 0.036 127 T 0.279 0.237 0.068 0.159 0.097 0.053 0.044 0.028 0.017 0.010 0.007 128 G 0.632 0.143 0.032 0.069 0.041 0.023 0.024 0.017 0.009 0.007 0.004 129 L 0.087 0.092 0.028 0.091 0.088 0.113 0.129 0.100 0.107 0.095 0.071 130 P 0.162 0.180 0.036 0.120 0.123 0.108 0.116 0.071 0.043 0.026 0.014 131 G 0.275 0.117 0.049 0.154 0.117 0.096 0.083 0.053 0.029 0.017 0.010 132 G 0.172 0.112 0.049 0.134 0.109 0.102 0.135 0.078 0.057 0.034 0.018 133 A 0.019 0.028 0.016 0.061 0.066 0.067 0.111 0.119 0.194 0.170 0.149 134 Y 0.007 0.011 0.010 0.035 0.058 0.096 0.135 0.141 0.188 0.183 0.136 135 R 0.040 0.068 0.091 0.181 0.164 0.133 0.118 0.079 0.062 0.042 0.023 136 R 0.010 0.014 0.018 0.045 0.077 0.096 0.165 0.187 0.158 0.127 0.103 137 I 0.018 0.024 0.017 0.046 0.059 0.065 0.130 0.149 0.192 0.170 0.130 138 G 0.218 0.152 0.069 0.150 0.109 0.080 0.102 0.050 0.038 0.021 0.011 139 S 0.385 0.206 0.089 0.158 0.072 0.034 0.026 0.014 0.009 0.005 0.003 140 S 0.345 0.175 0.041 0.104 0.077 0.056 0.079 0.053 0.035 0.022 0.013 141 D 0.130 0.134 0.045 0.135 0.113 0.101 0.116 0.091 0.067 0.044 0.026 142 Q 0.142 0.119 0.104 0.167 0.130 0.114 0.099 0.063 0.034 0.018 0.010 143 R 0.150 0.113 0.114 0.189 0.139 0.095 0.099 0.056 0.026 0.012 0.007 144 C 0.040 0.042 0.038 0.057 0.067 0.080 0.169 0.156 0.156 0.114 0.081 145 V 0.103 0.105 0.082 0.170 0.155 0.093 0.116 0.077 0.051 0.030 0.016