# TARGET T0557 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 113.814 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.052 0.032 0.005 0.045 0.015 0.035 0.034 0.002 0.001 0.003 0.776 2 R 0.044 0.031 0.007 0.059 0.026 0.070 0.083 0.002 0.001 0.003 0.675 3 S 0.039 0.037 0.004 0.027 0.016 0.031 0.127 0.002 0.001 0.005 0.712 4 A 0.070 0.085 0.008 0.021 0.008 0.022 0.117 0.002 0.001 0.004 0.663 5 T 0.045 0.141 0.002 0.011 0.006 0.014 0.264 0.002 0.001 0.003 0.510 6 D 0.065 0.255 0.002 0.006 0.004 0.005 0.245 0.001 0.001 0.004 0.411 7 L 0.037 0.715 0.002 0.003 0.001 0.003 0.065 0.002 0.001 0.001 0.171 8 L 0.026 0.884 0.001 0.001 0.002 0.002 0.026 0.002 0.001 0.001 0.055 9 D 0.019 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.035 10 E 0.011 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.017 11 L 0.016 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 12 N 0.019 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.017 13 A 0.049 0.861 0.019 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 0.001 0.001 0.044 14 V 0.093 0.768 0.013 0.002 0.004 0.003 0.014 0.029 0.001 0.001 0.074 15 D 0.096 0.559 0.025 0.004 0.004 0.004 0.025 0.017 0.001 0.002 0.265 16 E 0.046 0.545 0.023 0.005 0.004 0.007 0.054 0.012 0.001 0.002 0.304 17 S 0.170 0.356 0.010 0.006 0.008 0.012 0.096 0.023 0.001 0.007 0.311 18 A 0.226 0.300 0.018 0.006 0.005 0.008 0.056 0.008 0.001 0.005 0.368 19 R 0.038 0.322 0.035 0.010 0.019 0.023 0.075 0.004 0.001 0.002 0.473 20 I 0.034 0.323 0.014 0.013 0.038 0.047 0.076 0.002 0.001 0.003 0.449 21 E 0.030 0.594 0.003 0.007 0.031 0.033 0.044 0.002 0.001 0.001 0.255 22 A 0.067 0.629 0.001 0.005 0.044 0.043 0.013 0.001 0.001 0.001 0.197 23 K 0.015 0.870 0.001 0.002 0.023 0.017 0.009 0.002 0.001 0.001 0.061 24 R 0.036 0.855 0.002 0.002 0.016 0.017 0.010 0.006 0.001 0.001 0.056 25 A 0.080 0.796 0.004 0.003 0.007 0.017 0.012 0.020 0.001 0.001 0.060 26 S 0.161 0.529 0.013 0.003 0.008 0.012 0.015 0.045 0.001 0.003 0.211 27 D 0.253 0.171 0.045 0.004 0.006 0.009 0.032 0.042 0.001 0.005 0.432 28 M 0.181 0.118 0.150 0.008 0.006 0.008 0.071 0.016 0.001 0.005 0.437 29 G 0.035 0.045 0.015 0.009 0.005 0.012 0.094 0.006 0.001 0.002 0.778 30 K 0.042 0.049 0.005 0.009 0.009 0.016 0.105 0.002 0.001 0.004 0.759 31 S 0.063 0.123 0.003 0.007 0.005 0.007 0.116 0.002 0.001 0.004 0.671 32 V 0.117 0.258 0.005 0.013 0.009 0.018 0.132 0.003 0.001 0.003 0.442 33 M 0.053 0.531 0.005 0.020 0.024 0.036 0.074 0.003 0.001 0.003 0.250 34 E 0.055 0.562 0.008 0.014 0.028 0.037 0.080 0.003 0.001 0.002 0.212 35 T 0.046 0.750 0.004 0.009 0.033 0.029 0.016 0.002 0.001 0.001 0.109 36 V 0.017 0.790 0.003 0.007 0.063 0.041 0.006 0.001 0.001 0.001 0.071 37 I 0.021 0.685 0.007 0.018 0.066 0.096 0.014 0.004 0.001 0.001 0.087 38 A 0.048 0.550 0.003 0.019 0.131 0.147 0.012 0.004 0.001 0.001 0.085 39 F 0.063 0.574 0.004 0.019 0.133 0.115 0.012 0.012 0.001 0.002 0.066 40 A 0.121 0.296 0.013 0.024 0.100 0.156 0.026 0.031 0.001 0.002 0.232 41 N 0.105 0.112 0.008 0.038 0.163 0.221 0.031 0.023 0.001 0.005 0.293 42 E 0.133 0.081 0.048 0.028 0.080 0.101 0.067 0.012 0.001 0.016 0.434 43 P 0.009 0.015 0.005 0.010 0.023 0.025 0.162 0.003 0.001 0.004 0.744 44 G 0.119 0.004 0.010 0.014 0.019 0.033 0.298 0.004 0.001 0.078 0.420 45 L 0.441 0.015 0.030 0.016 0.019 0.017 0.186 0.001 0.001 0.028 0.246 46 D 0.004 0.003 0.001 0.008 0.008 0.011 0.060 0.001 0.001 0.002 0.902 47 G 0.023 0.002 0.002 0.039 0.072 0.125 0.121 0.001 0.001 0.026 0.588 48 G 0.184 0.006 0.006 0.088 0.167 0.151 0.143 0.001 0.001 0.013 0.240 49 Y 0.012 0.005 0.004 0.143 0.291 0.254 0.119 0.001 0.001 0.005 0.168 50 L 0.003 0.002 0.001 0.180 0.296 0.464 0.015 0.001 0.001 0.002 0.038 51 L 0.004 0.004 0.001 0.244 0.219 0.434 0.011 0.001 0.001 0.001 0.083 52 L 0.002 0.004 0.001 0.278 0.277 0.357 0.010 0.001 0.001 0.001 0.071 53 G 0.002 0.002 0.001 0.185 0.218 0.438 0.025 0.001 0.001 0.002 0.128 54 V 0.011 0.002 0.003 0.157 0.170 0.411 0.046 0.001 0.001 0.002 0.197 55 D 0.004 0.003 0.001 0.045 0.223 0.316 0.114 0.001 0.001 0.004 0.290 56 W 0.018 0.003 0.001 0.018 0.038 0.082 0.045 0.001 0.001 0.005 0.789 57 A 0.042 0.038 0.001 0.018 0.033 0.063 0.421 0.003 0.001 0.006 0.374 58 I 0.367 0.037 0.002 0.016 0.016 0.039 0.103 0.006 0.001 0.013 0.401 59 N 0.205 0.099 0.006 0.023 0.040 0.043 0.047 0.012 0.001 0.014 0.510 60 D 0.281 0.017 0.105 0.018 0.019 0.022 0.051 0.004 0.001 0.014 0.470 61 K 0.060 0.021 0.028 0.050 0.037 0.044 0.187 0.003 0.001 0.008 0.563 62 G 0.035 0.007 0.005 0.059 0.122 0.197 0.086 0.003 0.001 0.013 0.474 63 D 0.045 0.010 0.007 0.064 0.094 0.137 0.080 0.001 0.001 0.005 0.556 64 T 0.018 0.008 0.002 0.101 0.143 0.135 0.093 0.001 0.001 0.003 0.496 65 V 0.031 0.004 0.002 0.103 0.119 0.172 0.082 0.001 0.001 0.006 0.480 66 Y 0.040 0.010 0.004 0.131 0.134 0.239 0.061 0.001 0.001 0.006 0.374 67 R 0.020 0.006 0.002 0.079 0.152 0.197 0.090 0.001 0.001 0.002 0.450 68 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 69 V 0.017 0.003 0.001 0.031 0.047 0.132 0.114 0.001 0.001 0.004 0.650 70 G 0.135 0.003 0.001 0.014 0.007 0.016 0.052 0.002 0.001 0.005 0.765 71 L 0.298 0.006 0.004 0.015 0.015 0.028 0.039 0.001 0.001 0.002 0.593 72 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 73 D 0.013 0.002 0.001 0.005 0.013 0.030 0.161 0.001 0.001 0.002 0.773 74 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 75 D 0.008 0.011 0.001 0.003 0.005 0.010 0.375 0.001 0.001 0.001 0.588 76 K 0.189 0.051 0.001 0.004 0.001 0.002 0.279 0.001 0.001 0.003 0.469 77 V 0.085 0.788 0.001 0.002 0.002 0.002 0.025 0.001 0.001 0.001 0.094 78 Q 0.031 0.918 0.002 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.028 79 R 0.028 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.024 80 D 0.019 0.938 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.032 81 L 0.025 0.927 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.029 82 A 0.084 0.778 0.011 0.001 0.001 0.002 0.020 0.046 0.001 0.001 0.057 83 S 0.120 0.706 0.014 0.002 0.002 0.002 0.023 0.039 0.001 0.001 0.091 84 Q 0.192 0.545 0.031 0.003 0.002 0.002 0.011 0.026 0.001 0.002 0.186 85 C 0.079 0.529 0.047 0.006 0.003 0.005 0.062 0.028 0.001 0.002 0.239 86 A 0.121 0.439 0.030 0.019 0.008 0.014 0.087 0.020 0.001 0.004 0.259 87 S 0.118 0.554 0.008 0.018 0.011 0.014 0.029 0.016 0.001 0.003 0.229 88 M 0.196 0.431 0.025 0.029 0.010 0.016 0.033 0.024 0.001 0.004 0.231 89 L 0.168 0.363 0.052 0.067 0.026 0.036 0.039 0.017 0.001 0.005 0.226 90 N 0.097 0.179 0.030 0.107 0.051 0.072 0.061 0.016 0.001 0.006 0.383 91 V 0.044 0.076 0.025 0.070 0.023 0.039 0.029 0.006 0.001 0.003 0.686 92 A 0.049 0.037 0.007 0.117 0.030 0.060 0.122 0.007 0.001 0.006 0.567 93 L 0.103 0.022 0.012 0.071 0.020 0.042 0.082 0.007 0.001 0.011 0.631 94 R 0.109 0.038 0.009 0.119 0.067 0.103 0.080 0.003 0.001 0.006 0.466 95 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 96 E 0.023 0.004 0.001 0.126 0.058 0.178 0.150 0.001 0.001 0.007 0.451 97 M 0.255 0.011 0.008 0.139 0.094 0.137 0.038 0.001 0.001 0.006 0.312 98 Q 0.028 0.014 0.002 0.215 0.235 0.309 0.036 0.001 0.001 0.003 0.156 99 L 0.012 0.006 0.002 0.063 0.124 0.164 0.022 0.001 0.001 0.001 0.606 100 E 0.006 0.004 0.001 0.098 0.343 0.422 0.022 0.001 0.001 0.001 0.104 101 Q 0.013 0.005 0.001 0.046 0.147 0.192 0.062 0.001 0.001 0.003 0.530 102 V 0.026 0.015 0.001 0.111 0.263 0.316 0.049 0.001 0.001 0.003 0.216 103 G 0.018 0.010 0.001 0.039 0.050 0.113 0.132 0.003 0.001 0.011 0.624 104 G 0.183 0.004 0.005 0.031 0.039 0.031 0.061 0.002 0.001 0.052 0.593 105 K 0.521 0.002 0.038 0.028 0.023 0.010 0.185 0.001 0.001 0.024 0.171 106 T 0.005 0.001 0.001 0.155 0.094 0.056 0.152 0.001 0.001 0.005 0.531 107 L 0.002 0.001 0.001 0.207 0.249 0.429 0.035 0.001 0.001 0.004 0.073 108 L 0.001 0.001 0.001 0.732 0.075 0.164 0.014 0.001 0.001 0.001 0.014 109 V 0.001 0.001 0.001 0.633 0.131 0.176 0.013 0.001 0.001 0.001 0.046 110 V 0.001 0.001 0.001 0.675 0.103 0.202 0.007 0.001 0.001 0.001 0.013 111 Y 0.001 0.001 0.001 0.524 0.068 0.173 0.019 0.001 0.001 0.001 0.214 112 V 0.002 0.001 0.001 0.350 0.150 0.275 0.023 0.001 0.001 0.001 0.199 113 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 114 E 0.004 0.001 0.001 0.026 0.022 0.088 0.051 0.001 0.001 0.002 0.806 115 A 0.152 0.001 0.001 0.043 0.021 0.070 0.059 0.001 0.001 0.005 0.649 116 D 0.096 0.003 0.001 0.012 0.056 0.060 0.093 0.001 0.001 0.005 0.674 117 V 0.066 0.012 0.004 0.014 0.024 0.030 0.044 0.001 0.001 0.005 0.800 118 T 0.031 0.009 0.001 0.011 0.014 0.032 0.569 0.002 0.001 0.003 0.328 119 H 0.371 0.009 0.006 0.016 0.014 0.028 0.193 0.006 0.001 0.039 0.319 120 K 0.220 0.051 0.016 0.056 0.140 0.107 0.071 0.001 0.001 0.005 0.332 121 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 122 I 0.027 0.003 0.001 0.097 0.219 0.419 0.024 0.001 0.001 0.001 0.210 123 Y 0.034 0.022 0.001 0.118 0.253 0.267 0.035 0.001 0.001 0.004 0.264 124 K 0.019 0.019 0.001 0.048 0.311 0.310 0.023 0.001 0.001 0.001 0.268 125 K 0.011 0.023 0.001 0.121 0.139 0.368 0.071 0.001 0.001 0.003 0.263 126 A 0.049 0.017 0.001 0.036 0.082 0.124 0.154 0.002 0.001 0.007 0.526 127 T 0.068 0.020 0.002 0.029 0.063 0.080 0.128 0.004 0.001 0.010 0.596 128 G 0.098 0.004 0.008 0.014 0.016 0.024 0.067 0.004 0.001 0.021 0.744 129 L 0.144 0.009 0.030 0.020 0.031 0.032 0.239 0.001 0.001 0.013 0.482 130 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 131 G 0.005 0.001 0.001 0.009 0.035 0.093 0.028 0.001 0.001 0.007 0.822 132 G 0.431 0.002 0.005 0.019 0.040 0.045 0.068 0.001 0.001 0.015 0.375 133 A 0.172 0.005 0.007 0.045 0.124 0.109 0.136 0.001 0.001 0.004 0.397 134 Y 0.011 0.003 0.001 0.058 0.268 0.344 0.045 0.001 0.001 0.005 0.264 135 R 0.011 0.002 0.001 0.044 0.382 0.419 0.019 0.001 0.001 0.001 0.121 136 R 0.009 0.003 0.001 0.059 0.271 0.361 0.035 0.001 0.001 0.001 0.261 137 I 0.008 0.003 0.001 0.042 0.306 0.432 0.028 0.001 0.001 0.002 0.178 138 G 0.008 0.005 0.001 0.051 0.177 0.287 0.095 0.001 0.001 0.009 0.367 139 S 0.055 0.004 0.007 0.031 0.088 0.121 0.162 0.001 0.001 0.026 0.505 140 S 0.044 0.004 0.003 0.017 0.017 0.039 0.196 0.001 0.001 0.015 0.665 141 D 0.033 0.005 0.003 0.012 0.043 0.079 0.245 0.001 0.001 0.038 0.541 142 Q 0.141 0.015 0.011 0.025 0.062 0.073 0.223 0.001 0.001 0.026 0.423 143 R 0.061 0.030 0.005 0.025 0.053 0.089 0.309 0.002 0.001 0.009 0.418 144 C 0.114 0.042 0.008 0.055 0.132 0.283 0.105 0.002 0.001 0.009 0.251 145 V 0.039 0.057 0.002 0.027 0.153 0.223 0.070 0.003 0.001 0.006 0.421