# TARGET T0557 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 113.814 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.301 0.250 0.206 0.085 0.063 0.051 0.014 0.002 0.026 0.002 0.001 2 R 0.515 0.157 0.187 0.054 0.025 0.037 0.009 0.001 0.013 0.001 0.001 3 S 0.633 0.072 0.120 0.084 0.032 0.034 0.010 0.001 0.011 0.002 0.001 4 A 0.820 0.031 0.048 0.051 0.015 0.020 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 5 T 0.963 0.006 0.010 0.013 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 6 D 0.974 0.002 0.003 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.965 0.007 0.003 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 8 L 0.992 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 D 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.967 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.916 0.004 0.006 0.068 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 12 N 0.821 0.013 0.012 0.114 0.003 0.003 0.029 0.001 0.003 0.001 0.001 13 A 0.602 0.036 0.077 0.194 0.015 0.023 0.039 0.002 0.011 0.001 0.001 14 V 0.598 0.068 0.139 0.144 0.009 0.019 0.010 0.001 0.011 0.001 0.001 15 D 0.649 0.030 0.111 0.110 0.013 0.039 0.034 0.002 0.009 0.003 0.001 16 E 0.645 0.035 0.053 0.214 0.010 0.016 0.017 0.003 0.006 0.001 0.001 17 S 0.661 0.053 0.083 0.111 0.019 0.017 0.038 0.006 0.009 0.002 0.001 18 A 0.711 0.069 0.098 0.063 0.015 0.019 0.015 0.001 0.008 0.001 0.001 19 R 0.774 0.107 0.065 0.026 0.012 0.007 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 20 I 0.766 0.130 0.047 0.023 0.018 0.007 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 21 E 0.816 0.087 0.043 0.019 0.019 0.007 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 22 A 0.870 0.051 0.036 0.021 0.009 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 23 K 0.848 0.038 0.038 0.046 0.013 0.005 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 24 R 0.679 0.076 0.057 0.123 0.028 0.010 0.009 0.001 0.017 0.001 0.001 25 A 0.644 0.060 0.094 0.135 0.020 0.014 0.018 0.001 0.014 0.001 0.001 26 S 0.533 0.047 0.090 0.233 0.021 0.017 0.038 0.007 0.009 0.006 0.001 27 D 0.457 0.049 0.137 0.203 0.029 0.030 0.057 0.011 0.017 0.010 0.001 28 M 0.240 0.068 0.200 0.398 0.015 0.023 0.037 0.004 0.010 0.003 0.001 29 G 0.153 0.038 0.187 0.064 0.052 0.046 0.191 0.109 0.024 0.135 0.001 30 K 0.748 0.024 0.154 0.048 0.008 0.008 0.003 0.001 0.003 0.002 0.002 31 S 0.529 0.059 0.148 0.167 0.022 0.037 0.021 0.005 0.010 0.003 0.001 32 V 0.599 0.137 0.106 0.098 0.022 0.014 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 33 M 0.535 0.218 0.161 0.033 0.023 0.012 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 34 E 0.532 0.172 0.130 0.074 0.050 0.022 0.008 0.001 0.010 0.001 0.001 35 T 0.323 0.437 0.079 0.022 0.087 0.010 0.002 0.001 0.039 0.001 0.001 36 V 0.361 0.274 0.269 0.023 0.012 0.053 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 37 I 0.291 0.540 0.076 0.020 0.032 0.017 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 38 A 0.331 0.323 0.098 0.048 0.144 0.021 0.004 0.001 0.029 0.001 0.001 39 F 0.177 0.379 0.122 0.143 0.077 0.037 0.014 0.001 0.048 0.001 0.001 40 A 0.349 0.210 0.183 0.112 0.068 0.027 0.021 0.002 0.023 0.004 0.001 41 N 0.159 0.087 0.171 0.306 0.081 0.073 0.072 0.014 0.015 0.022 0.001 42 E 0.090 0.332 0.210 0.077 0.062 0.028 0.021 0.003 0.167 0.008 0.001 43 P 0.347 0.023 0.499 0.074 0.006 0.017 0.009 0.001 0.006 0.002 0.016 44 G 0.028 0.007 0.030 0.040 0.037 0.013 0.043 0.557 0.004 0.243 0.001 45 L 0.156 0.211 0.387 0.147 0.030 0.022 0.012 0.003 0.021 0.008 0.002 46 D 0.039 0.087 0.315 0.199 0.035 0.035 0.204 0.018 0.026 0.040 0.002 47 G 0.008 0.016 0.045 0.029 0.082 0.004 0.077 0.434 0.002 0.303 0.001 48 G 0.020 0.126 0.166 0.034 0.385 0.019 0.028 0.115 0.005 0.101 0.001 49 Y 0.006 0.811 0.128 0.004 0.034 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 50 L 0.008 0.728 0.182 0.003 0.027 0.045 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 51 L 0.009 0.719 0.165 0.005 0.035 0.048 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 52 L 0.024 0.651 0.189 0.021 0.056 0.018 0.006 0.001 0.034 0.001 0.001 53 G 0.012 0.085 0.130 0.018 0.388 0.040 0.069 0.096 0.019 0.142 0.001 54 V 0.074 0.572 0.215 0.041 0.052 0.020 0.004 0.001 0.018 0.002 0.001 55 D 0.107 0.161 0.463 0.052 0.047 0.109 0.017 0.001 0.035 0.006 0.002 56 W 0.592 0.082 0.122 0.110 0.039 0.016 0.009 0.003 0.017 0.006 0.003 57 A 0.439 0.100 0.112 0.198 0.051 0.031 0.036 0.006 0.021 0.005 0.001 58 I 0.253 0.088 0.127 0.430 0.018 0.017 0.038 0.005 0.019 0.004 0.002 59 N 0.143 0.064 0.156 0.153 0.050 0.029 0.253 0.072 0.019 0.060 0.001 60 D 0.178 0.166 0.270 0.184 0.049 0.048 0.050 0.010 0.030 0.011 0.003 61 K 0.160 0.186 0.267 0.276 0.029 0.019 0.030 0.006 0.020 0.005 0.002 62 G 0.049 0.081 0.136 0.046 0.166 0.024 0.075 0.237 0.016 0.169 0.001 63 D 0.122 0.306 0.353 0.090 0.062 0.033 0.008 0.002 0.018 0.002 0.004 64 T 0.085 0.441 0.250 0.086 0.067 0.035 0.009 0.002 0.022 0.002 0.001 65 V 0.079 0.502 0.199 0.048 0.103 0.033 0.009 0.001 0.022 0.002 0.002 66 Y 0.063 0.483 0.260 0.057 0.045 0.061 0.006 0.001 0.020 0.001 0.003 67 R 0.028 0.238 0.533 0.005 0.038 0.022 0.004 0.001 0.124 0.005 0.001 68 P 0.401 0.013 0.460 0.025 0.004 0.026 0.002 0.001 0.008 0.002 0.059 69 V 0.157 0.056 0.274 0.375 0.017 0.019 0.082 0.006 0.008 0.002 0.002 70 G 0.012 0.006 0.026 0.030 0.026 0.009 0.097 0.665 0.002 0.127 0.001 71 L 0.028 0.243 0.611 0.011 0.025 0.014 0.004 0.001 0.061 0.002 0.001 72 P 0.119 0.012 0.744 0.022 0.002 0.054 0.001 0.001 0.002 0.002 0.041 73 D 0.031 0.150 0.535 0.015 0.038 0.051 0.006 0.001 0.166 0.007 0.001 74 P 0.882 0.001 0.089 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 75 D 0.931 0.002 0.009 0.048 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 76 K 0.914 0.006 0.013 0.051 0.004 0.005 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 77 V 0.936 0.011 0.011 0.036 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.970 0.007 0.005 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.981 0.002 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 D 0.958 0.002 0.003 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.906 0.007 0.008 0.071 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 82 A 0.884 0.008 0.012 0.078 0.002 0.002 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 83 S 0.783 0.010 0.020 0.122 0.006 0.008 0.042 0.004 0.003 0.002 0.001 84 Q 0.840 0.018 0.042 0.072 0.005 0.008 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 85 C 0.798 0.038 0.043 0.093 0.005 0.011 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 86 A 0.852 0.030 0.042 0.042 0.010 0.008 0.009 0.001 0.006 0.001 0.001 87 S 0.812 0.040 0.028 0.089 0.010 0.007 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 88 M 0.518 0.088 0.059 0.245 0.038 0.013 0.018 0.002 0.018 0.001 0.001 89 L 0.258 0.246 0.154 0.245 0.030 0.018 0.027 0.002 0.020 0.001 0.001 90 N 0.123 0.226 0.276 0.100 0.073 0.067 0.087 0.006 0.034 0.006 0.002 91 V 0.161 0.308 0.402 0.038 0.027 0.022 0.003 0.001 0.034 0.001 0.002 92 A 0.140 0.082 0.621 0.040 0.012 0.086 0.004 0.001 0.008 0.001 0.007 93 L 0.147 0.321 0.352 0.073 0.021 0.052 0.007 0.002 0.021 0.001 0.003 94 R 0.023 0.231 0.478 0.005 0.034 0.016 0.008 0.001 0.199 0.004 0.001 95 P 0.458 0.005 0.432 0.021 0.006 0.012 0.002 0.001 0.003 0.002 0.061 96 E 0.184 0.231 0.156 0.265 0.072 0.037 0.021 0.012 0.020 0.001 0.001 97 M 0.036 0.637 0.230 0.029 0.037 0.012 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 98 Q 0.027 0.418 0.410 0.017 0.041 0.066 0.006 0.001 0.012 0.001 0.002 99 L 0.037 0.727 0.139 0.016 0.041 0.019 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 100 E 0.040 0.690 0.124 0.010 0.099 0.014 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 101 Q 0.037 0.432 0.394 0.018 0.036 0.065 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 102 V 0.049 0.657 0.169 0.033 0.030 0.018 0.007 0.001 0.034 0.001 0.001 103 G 0.021 0.039 0.172 0.047 0.094 0.016 0.348 0.091 0.007 0.165 0.001 104 G 0.003 0.004 0.008 0.012 0.033 0.002 0.046 0.787 0.001 0.104 0.001 105 K 0.012 0.407 0.482 0.017 0.060 0.005 0.004 0.001 0.008 0.003 0.001 106 T 0.009 0.526 0.329 0.018 0.060 0.036 0.006 0.001 0.012 0.001 0.003 107 L 0.002 0.897 0.056 0.003 0.032 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 108 L 0.001 0.848 0.087 0.001 0.040 0.016 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 109 V 0.001 0.850 0.101 0.001 0.013 0.029 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 110 V 0.001 0.900 0.064 0.001 0.019 0.010 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 111 Y 0.003 0.632 0.216 0.004 0.027 0.101 0.003 0.001 0.012 0.001 0.002 112 V 0.001 0.538 0.252 0.001 0.045 0.011 0.002 0.001 0.149 0.001 0.001 113 P 0.052 0.006 0.834 0.004 0.007 0.027 0.001 0.001 0.009 0.004 0.057 114 E 0.309 0.126 0.320 0.128 0.057 0.023 0.009 0.004 0.015 0.002 0.007 115 A 0.156 0.273 0.246 0.140 0.091 0.034 0.013 0.012 0.023 0.010 0.001 116 D 0.068 0.136 0.583 0.051 0.033 0.073 0.013 0.001 0.036 0.002 0.004 117 V 0.602 0.084 0.181 0.081 0.012 0.016 0.005 0.001 0.009 0.002 0.008 118 T 0.447 0.072 0.142 0.227 0.027 0.030 0.038 0.004 0.008 0.004 0.001 119 H 0.131 0.109 0.111 0.454 0.048 0.026 0.083 0.014 0.019 0.003 0.002 120 K 0.027 0.503 0.339 0.006 0.023 0.007 0.008 0.001 0.086 0.001 0.001 121 P 0.035 0.029 0.836 0.006 0.003 0.061 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 122 I 0.029 0.798 0.112 0.013 0.023 0.010 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 123 Y 0.028 0.568 0.207 0.010 0.129 0.029 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 124 K 0.075 0.571 0.210 0.025 0.047 0.046 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 125 K 0.187 0.355 0.262 0.049 0.085 0.026 0.011 0.002 0.020 0.004 0.001 126 A 0.382 0.180 0.096 0.103 0.104 0.029 0.041 0.009 0.034 0.019 0.002 127 T 0.077 0.028 0.079 0.679 0.011 0.007 0.108 0.002 0.005 0.002 0.001 128 G 0.005 0.004 0.015 0.010 0.013 0.003 0.150 0.667 0.001 0.132 0.001 129 L 0.009 0.269 0.630 0.003 0.018 0.007 0.002 0.001 0.058 0.004 0.001 130 P 0.053 0.005 0.840 0.012 0.001 0.024 0.001 0.001 0.002 0.001 0.061 131 G 0.070 0.073 0.215 0.111 0.080 0.013 0.071 0.296 0.006 0.064 0.001 132 G 0.032 0.040 0.098 0.024 0.230 0.012 0.042 0.337 0.005 0.179 0.001 133 A 0.125 0.446 0.277 0.053 0.068 0.013 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 134 Y 0.071 0.539 0.231 0.029 0.070 0.025 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 135 R 0.053 0.645 0.178 0.015 0.067 0.015 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 136 R 0.035 0.376 0.413 0.020 0.049 0.065 0.003 0.001 0.035 0.001 0.003 137 I 0.064 0.460 0.321 0.055 0.042 0.014 0.006 0.001 0.035 0.001 0.001 138 G 0.038 0.054 0.106 0.031 0.233 0.022 0.061 0.198 0.012 0.243 0.001 139 S 0.170 0.181 0.240 0.186 0.119 0.036 0.029 0.007 0.021 0.011 0.001 140 S 0.223 0.175 0.161 0.186 0.101 0.029 0.039 0.026 0.022 0.036 0.001 141 D 0.196 0.155 0.217 0.219 0.081 0.050 0.042 0.006 0.025 0.008 0.002 142 Q 0.270 0.275 0.191 0.126 0.064 0.022 0.018 0.005 0.023 0.003 0.002 143 R 0.225 0.290 0.254 0.106 0.050 0.035 0.014 0.002 0.020 0.002 0.002 144 C 0.144 0.298 0.278 0.078 0.088 0.049 0.015 0.005 0.039 0.005 0.001 145 V 0.177 0.265 0.363 0.068 0.035 0.049 0.010 0.001 0.028 0.002 0.002