# TARGET T0557 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 113.814 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.144 0.135 0.025 0.006 0.240 0.008 0.019 0.230 0.056 0.088 0.049 2 R 0.090 0.095 0.027 0.016 0.142 0.021 0.028 0.403 0.080 0.057 0.043 3 S 0.021 0.099 0.040 0.010 0.046 0.011 0.020 0.631 0.088 0.023 0.012 4 A 0.011 0.008 0.002 0.001 0.010 0.001 0.008 0.800 0.118 0.035 0.007 5 T 0.003 0.009 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.908 0.060 0.008 0.002 6 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.956 0.029 0.004 0.001 7 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.024 0.010 0.001 8 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.055 0.004 0.001 9 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.909 0.083 0.002 0.001 10 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.882 0.087 0.013 0.001 11 L 0.005 0.033 0.007 0.001 0.008 0.002 0.038 0.739 0.126 0.038 0.003 12 N 0.016 0.028 0.013 0.006 0.019 0.009 0.045 0.558 0.195 0.087 0.023 13 A 0.048 0.059 0.020 0.003 0.060 0.005 0.039 0.449 0.099 0.193 0.026 14 V 0.049 0.195 0.078 0.010 0.107 0.011 0.033 0.340 0.081 0.074 0.024 15 D 0.050 0.052 0.033 0.012 0.061 0.016 0.043 0.492 0.148 0.065 0.028 16 E 0.028 0.047 0.016 0.006 0.041 0.010 0.033 0.598 0.138 0.068 0.016 17 S 0.023 0.072 0.030 0.013 0.042 0.015 0.034 0.555 0.105 0.087 0.024 18 A 0.044 0.064 0.017 0.005 0.066 0.006 0.013 0.575 0.094 0.085 0.032 19 R 0.055 0.052 0.006 0.002 0.080 0.003 0.009 0.680 0.073 0.027 0.013 20 I 0.036 0.048 0.005 0.001 0.063 0.004 0.012 0.763 0.044 0.018 0.007 21 E 0.053 0.044 0.005 0.001 0.065 0.003 0.012 0.716 0.058 0.032 0.010 22 A 0.033 0.030 0.004 0.001 0.042 0.003 0.012 0.724 0.111 0.028 0.011 23 K 0.012 0.017 0.005 0.003 0.017 0.006 0.045 0.718 0.144 0.027 0.007 24 R 0.023 0.039 0.021 0.005 0.029 0.008 0.098 0.532 0.149 0.083 0.015 25 A 0.044 0.101 0.055 0.016 0.065 0.021 0.054 0.306 0.125 0.175 0.038 26 S 0.031 0.200 0.105 0.046 0.061 0.040 0.076 0.219 0.108 0.080 0.033 27 D 0.050 0.047 0.045 0.042 0.049 0.025 0.068 0.168 0.091 0.334 0.081 28 M 0.045 0.334 0.157 0.026 0.119 0.020 0.032 0.093 0.050 0.097 0.028 29 G 0.070 0.144 0.115 0.041 0.109 0.021 0.025 0.208 0.130 0.084 0.051 30 K 0.025 0.044 0.023 0.012 0.034 0.019 0.051 0.460 0.276 0.044 0.013 31 S 0.043 0.083 0.041 0.011 0.069 0.014 0.045 0.392 0.128 0.147 0.029 32 V 0.081 0.070 0.012 0.003 0.107 0.005 0.017 0.424 0.140 0.102 0.039 33 M 0.075 0.052 0.014 0.009 0.117 0.017 0.036 0.520 0.094 0.038 0.028 34 E 0.090 0.095 0.027 0.008 0.146 0.015 0.029 0.455 0.070 0.042 0.023 35 T 0.171 0.119 0.009 0.001 0.251 0.003 0.011 0.336 0.031 0.042 0.026 36 V 0.214 0.068 0.007 0.003 0.290 0.007 0.021 0.286 0.054 0.016 0.033 37 I 0.123 0.061 0.009 0.005 0.164 0.016 0.034 0.436 0.079 0.032 0.039 38 A 0.089 0.077 0.013 0.004 0.120 0.009 0.035 0.478 0.083 0.061 0.030 39 F 0.084 0.065 0.023 0.010 0.125 0.015 0.069 0.363 0.097 0.105 0.044 40 A 0.074 0.134 0.040 0.017 0.138 0.019 0.052 0.298 0.116 0.077 0.036 41 N 0.115 0.052 0.052 0.028 0.117 0.029 0.087 0.163 0.096 0.182 0.078 42 E 0.068 0.147 0.195 0.050 0.116 0.032 0.048 0.143 0.090 0.076 0.034 43 P 0.033 0.209 0.093 0.059 0.076 0.061 0.209 0.109 0.077 0.054 0.020 44 G 0.115 0.079 0.132 0.064 0.098 0.019 0.023 0.038 0.052 0.261 0.118 45 L 0.093 0.092 0.068 0.046 0.113 0.047 0.060 0.163 0.162 0.103 0.054 46 D 0.045 0.066 0.065 0.217 0.072 0.128 0.180 0.069 0.049 0.083 0.026 47 G 0.078 0.062 0.094 0.183 0.092 0.057 0.030 0.029 0.024 0.281 0.070 48 G 0.113 0.241 0.103 0.029 0.361 0.021 0.027 0.017 0.022 0.037 0.030 49 Y 0.185 0.097 0.006 0.001 0.703 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 50 L 0.252 0.029 0.001 0.001 0.710 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 51 L 0.369 0.056 0.008 0.003 0.480 0.004 0.002 0.002 0.001 0.004 0.070 52 L 0.154 0.190 0.061 0.086 0.212 0.072 0.052 0.016 0.011 0.027 0.118 53 G 0.204 0.100 0.074 0.054 0.223 0.018 0.016 0.017 0.015 0.147 0.133 54 V 0.098 0.297 0.094 0.025 0.229 0.018 0.020 0.059 0.057 0.068 0.034 55 D 0.100 0.219 0.091 0.025 0.236 0.023 0.038 0.104 0.072 0.056 0.035 56 W 0.084 0.093 0.061 0.015 0.103 0.015 0.044 0.303 0.175 0.068 0.040 57 A 0.044 0.042 0.061 0.043 0.048 0.053 0.096 0.352 0.127 0.103 0.032 58 I 0.030 0.329 0.102 0.054 0.061 0.054 0.124 0.115 0.060 0.052 0.019 59 N 0.040 0.041 0.052 0.125 0.035 0.039 0.024 0.049 0.057 0.361 0.177 60 D 0.120 0.183 0.096 0.031 0.212 0.021 0.032 0.069 0.053 0.124 0.060 61 K 0.125 0.256 0.108 0.042 0.213 0.026 0.035 0.044 0.033 0.067 0.052 62 G 0.091 0.182 0.137 0.097 0.138 0.057 0.053 0.057 0.043 0.087 0.058 63 D 0.155 0.182 0.095 0.031 0.271 0.022 0.024 0.044 0.042 0.082 0.052 64 T 0.126 0.266 0.098 0.018 0.319 0.014 0.018 0.035 0.031 0.040 0.035 65 V 0.182 0.162 0.049 0.009 0.392 0.010 0.019 0.041 0.026 0.050 0.059 66 Y 0.167 0.208 0.067 0.018 0.309 0.019 0.020 0.025 0.023 0.079 0.064 67 R 0.064 0.349 0.321 0.024 0.158 0.008 0.011 0.017 0.013 0.015 0.020 68 P 0.083 0.117 0.095 0.037 0.112 0.047 0.056 0.154 0.169 0.078 0.052 69 V 0.020 0.375 0.116 0.048 0.072 0.041 0.105 0.078 0.082 0.049 0.013 70 G 0.036 0.038 0.031 0.040 0.038 0.022 0.016 0.018 0.040 0.583 0.138 71 L 0.041 0.399 0.284 0.015 0.157 0.006 0.009 0.023 0.022 0.024 0.019 72 P 0.032 0.204 0.106 0.059 0.068 0.064 0.105 0.137 0.088 0.109 0.028 73 D 0.025 0.480 0.317 0.007 0.124 0.002 0.002 0.018 0.009 0.011 0.006 74 P 0.002 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.610 0.363 0.005 0.002 75 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.883 0.093 0.010 0.001 76 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.920 0.059 0.012 0.001 77 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.022 0.008 0.001 78 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.918 0.073 0.006 0.001 79 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.930 0.065 0.002 0.001 80 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.883 0.086 0.014 0.001 81 L 0.003 0.010 0.002 0.001 0.003 0.001 0.008 0.855 0.090 0.027 0.002 82 A 0.005 0.010 0.003 0.002 0.005 0.004 0.033 0.774 0.115 0.044 0.005 83 S 0.012 0.023 0.011 0.002 0.017 0.002 0.011 0.751 0.119 0.046 0.006 84 Q 0.004 0.008 0.002 0.001 0.006 0.001 0.018 0.782 0.151 0.023 0.003 85 C 0.018 0.018 0.005 0.001 0.019 0.004 0.041 0.679 0.143 0.063 0.009 86 A 0.026 0.037 0.010 0.004 0.031 0.008 0.043 0.559 0.186 0.081 0.015 87 S 0.020 0.037 0.019 0.011 0.033 0.016 0.064 0.492 0.222 0.070 0.017 88 M 0.088 0.038 0.020 0.005 0.090 0.008 0.088 0.318 0.126 0.182 0.036 89 L 0.083 0.246 0.074 0.013 0.190 0.023 0.055 0.114 0.061 0.104 0.038 90 N 0.188 0.168 0.061 0.016 0.339 0.014 0.020 0.051 0.032 0.063 0.048 91 V 0.136 0.174 0.057 0.010 0.313 0.015 0.027 0.093 0.096 0.046 0.034 92 A 0.140 0.167 0.063 0.011 0.294 0.017 0.061 0.085 0.053 0.062 0.047 93 L 0.198 0.170 0.047 0.009 0.301 0.014 0.033 0.033 0.037 0.096 0.063 94 R 0.139 0.280 0.119 0.022 0.347 0.012 0.010 0.016 0.013 0.018 0.025 95 P 0.063 0.251 0.097 0.019 0.195 0.032 0.059 0.129 0.108 0.029 0.018 96 E 0.209 0.102 0.023 0.008 0.318 0.009 0.028 0.043 0.035 0.137 0.090 97 M 0.194 0.209 0.027 0.003 0.508 0.005 0.007 0.009 0.007 0.009 0.022 98 Q 0.240 0.087 0.011 0.002 0.588 0.006 0.007 0.010 0.004 0.007 0.035 99 L 0.360 0.067 0.009 0.002 0.465 0.003 0.006 0.014 0.009 0.013 0.052 100 E 0.106 0.278 0.043 0.009 0.476 0.016 0.020 0.019 0.004 0.007 0.022 101 Q 0.505 0.043 0.022 0.003 0.296 0.004 0.007 0.014 0.005 0.029 0.072 102 V 0.070 0.066 0.077 0.273 0.062 0.219 0.041 0.063 0.035 0.041 0.052 103 G 0.009 0.073 0.060 0.361 0.017 0.215 0.236 0.009 0.006 0.010 0.003 104 G 0.033 0.015 0.031 0.095 0.026 0.010 0.004 0.003 0.009 0.604 0.169 105 K 0.100 0.386 0.047 0.005 0.416 0.005 0.015 0.002 0.007 0.006 0.011 106 T 0.224 0.077 0.003 0.001 0.679 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 107 L 0.282 0.042 0.001 0.001 0.671 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 108 L 0.162 0.014 0.001 0.001 0.822 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 V 0.328 0.017 0.001 0.001 0.639 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 110 V 0.182 0.131 0.008 0.001 0.642 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 111 Y 0.364 0.055 0.007 0.001 0.513 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.049 112 V 0.033 0.612 0.204 0.019 0.095 0.007 0.003 0.001 0.002 0.008 0.016 113 P 0.012 0.619 0.275 0.011 0.054 0.005 0.010 0.003 0.005 0.002 0.004 114 E 0.074 0.102 0.042 0.014 0.081 0.015 0.037 0.096 0.240 0.226 0.074 115 A 0.032 0.437 0.171 0.031 0.113 0.029 0.030 0.026 0.031 0.084 0.016 116 D 0.101 0.318 0.182 0.017 0.218 0.008 0.012 0.035 0.046 0.035 0.029 117 V 0.028 0.031 0.017 0.007 0.038 0.015 0.041 0.248 0.495 0.060 0.019 118 T 0.046 0.105 0.050 0.019 0.115 0.029 0.107 0.166 0.124 0.205 0.034 119 H 0.172 0.108 0.047 0.013 0.194 0.014 0.025 0.049 0.044 0.230 0.104 120 K 0.032 0.477 0.208 0.024 0.149 0.015 0.016 0.032 0.016 0.017 0.015 121 P 0.319 0.074 0.010 0.002 0.530 0.003 0.007 0.023 0.011 0.009 0.013 122 I 0.200 0.165 0.014 0.001 0.554 0.003 0.006 0.021 0.012 0.007 0.016 123 Y 0.277 0.110 0.009 0.002 0.479 0.006 0.009 0.036 0.007 0.016 0.049 124 K 0.211 0.138 0.028 0.016 0.316 0.024 0.025 0.074 0.026 0.051 0.092 125 K 0.120 0.111 0.138 0.067 0.157 0.037 0.055 0.108 0.050 0.073 0.085 126 A 0.075 0.061 0.091 0.110 0.085 0.101 0.051 0.138 0.076 0.150 0.062 127 T 0.014 0.475 0.193 0.066 0.056 0.036 0.081 0.027 0.018 0.023 0.012 128 G 0.046 0.054 0.065 0.088 0.039 0.022 0.016 0.015 0.027 0.392 0.237 129 L 0.045 0.369 0.402 0.021 0.100 0.008 0.009 0.012 0.009 0.011 0.014 130 P 0.038 0.118 0.114 0.191 0.045 0.110 0.101 0.124 0.092 0.038 0.029 131 G 0.026 0.106 0.089 0.290 0.040 0.114 0.137 0.048 0.039 0.092 0.019 132 G 0.030 0.063 0.096 0.161 0.047 0.044 0.015 0.026 0.039 0.381 0.097 133 A 0.149 0.282 0.060 0.006 0.404 0.005 0.008 0.017 0.016 0.025 0.027 134 Y 0.284 0.071 0.010 0.002 0.583 0.003 0.006 0.008 0.006 0.007 0.020 135 R 0.218 0.178 0.037 0.007 0.485 0.009 0.008 0.007 0.004 0.009 0.037 136 R 0.243 0.181 0.073 0.013 0.374 0.010 0.007 0.010 0.005 0.015 0.069 137 I 0.109 0.150 0.064 0.089 0.121 0.074 0.100 0.072 0.061 0.076 0.084 138 G 0.046 0.075 0.101 0.278 0.060 0.076 0.052 0.040 0.036 0.180 0.056 139 S 0.111 0.130 0.107 0.070 0.179 0.030 0.030 0.073 0.074 0.147 0.050 140 S 0.060 0.166 0.096 0.053 0.125 0.045 0.066 0.122 0.133 0.098 0.036 141 D 0.146 0.120 0.061 0.030 0.223 0.025 0.034 0.080 0.079 0.135 0.066 142 Q 0.140 0.179 0.057 0.012 0.298 0.015 0.025 0.105 0.080 0.052 0.038 143 R 0.191 0.121 0.043 0.013 0.296 0.015 0.040 0.101 0.045 0.072 0.063 144 C 0.182 0.200 0.061 0.015 0.296 0.017 0.023 0.052 0.031 0.067 0.056 145 V 0.140 0.225 0.097 0.023 0.293 0.018 0.021 0.062 0.032 0.043 0.044