# TARGET T0557 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 113.814 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.236 0.103 0.119 0.139 0.153 0.110 0.067 0.037 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 2 R 0.264 0.157 0.146 0.153 0.119 0.075 0.045 0.021 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 3 S 0.314 0.135 0.130 0.138 0.125 0.076 0.041 0.021 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 4 A 0.321 0.201 0.138 0.120 0.096 0.055 0.040 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 5 T 0.216 0.140 0.158 0.166 0.137 0.091 0.044 0.025 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 6 D 0.572 0.217 0.094 0.055 0.032 0.015 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.172 0.130 0.158 0.195 0.164 0.097 0.043 0.023 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 8 L 0.117 0.081 0.123 0.184 0.194 0.143 0.087 0.042 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 9 D 0.545 0.224 0.110 0.064 0.029 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.515 0.234 0.108 0.067 0.039 0.018 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.123 0.088 0.141 0.206 0.196 0.131 0.065 0.031 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 12 N 0.354 0.167 0.156 0.149 0.088 0.047 0.024 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.654 0.158 0.076 0.052 0.029 0.014 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 V 0.369 0.139 0.141 0.151 0.099 0.054 0.031 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 D 0.635 0.153 0.090 0.054 0.033 0.016 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.535 0.165 0.113 0.085 0.053 0.025 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 S 0.556 0.143 0.093 0.094 0.059 0.028 0.016 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.563 0.140 0.095 0.083 0.056 0.030 0.020 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.330 0.129 0.134 0.142 0.112 0.075 0.042 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 20 I 0.129 0.082 0.127 0.186 0.179 0.133 0.074 0.048 0.023 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 21 E 0.235 0.130 0.155 0.167 0.121 0.086 0.058 0.024 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 22 A 0.287 0.139 0.137 0.141 0.113 0.085 0.055 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 23 K 0.444 0.188 0.124 0.087 0.071 0.039 0.030 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 R 0.323 0.166 0.148 0.150 0.113 0.054 0.023 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 25 A 0.562 0.156 0.087 0.086 0.055 0.028 0.015 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 S 0.640 0.138 0.087 0.068 0.035 0.017 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 D 0.731 0.158 0.058 0.027 0.013 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 M 0.177 0.153 0.194 0.186 0.137 0.085 0.041 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 29 G 0.176 0.117 0.133 0.151 0.164 0.120 0.083 0.031 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 30 K 0.252 0.224 0.174 0.143 0.096 0.058 0.029 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 31 S 0.230 0.211 0.177 0.129 0.106 0.070 0.042 0.021 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 32 V 0.022 0.017 0.033 0.069 0.140 0.198 0.199 0.177 0.079 0.036 0.017 0.009 0.003 0.001 33 M 0.026 0.031 0.047 0.110 0.163 0.183 0.160 0.146 0.072 0.038 0.016 0.005 0.002 0.001 34 E 0.063 0.088 0.122 0.160 0.147 0.132 0.106 0.081 0.049 0.029 0.013 0.006 0.004 0.002 35 T 0.019 0.021 0.038 0.068 0.105 0.147 0.154 0.153 0.128 0.072 0.044 0.031 0.015 0.007 36 V 0.006 0.005 0.009 0.021 0.038 0.088 0.170 0.193 0.184 0.125 0.085 0.048 0.019 0.010 37 I 0.010 0.010 0.014 0.022 0.039 0.063 0.108 0.133 0.165 0.156 0.111 0.090 0.042 0.036 38 A 0.016 0.017 0.023 0.022 0.033 0.053 0.077 0.096 0.128 0.156 0.134 0.122 0.076 0.047 39 F 0.009 0.010 0.015 0.026 0.042 0.066 0.121 0.151 0.140 0.142 0.110 0.092 0.052 0.025 40 A 0.013 0.016 0.026 0.045 0.065 0.089 0.109 0.149 0.163 0.131 0.092 0.052 0.028 0.023 41 N 0.024 0.033 0.045 0.063 0.106 0.120 0.143 0.143 0.103 0.085 0.061 0.041 0.019 0.014 42 E 0.037 0.064 0.105 0.154 0.145 0.158 0.109 0.093 0.061 0.037 0.021 0.009 0.005 0.003 43 P 0.049 0.063 0.116 0.129 0.159 0.146 0.130 0.091 0.055 0.032 0.017 0.008 0.004 0.002 44 G 0.226 0.220 0.145 0.141 0.101 0.066 0.039 0.024 0.023 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 45 L 0.117 0.092 0.140 0.147 0.147 0.135 0.097 0.055 0.035 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 46 D 0.094 0.150 0.144 0.173 0.123 0.099 0.082 0.048 0.043 0.022 0.012 0.004 0.002 0.002 47 G 0.017 0.029 0.060 0.100 0.132 0.156 0.138 0.125 0.104 0.065 0.038 0.019 0.011 0.007 48 G 0.002 0.005 0.011 0.022 0.045 0.089 0.135 0.140 0.165 0.151 0.115 0.060 0.035 0.024 49 Y 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.022 0.045 0.092 0.163 0.195 0.176 0.149 0.081 0.059 50 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.052 0.148 0.258 0.286 0.142 0.091 51 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.043 0.129 0.206 0.295 0.189 0.122 52 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.015 0.053 0.163 0.206 0.245 0.210 0.098 53 G 0.001 0.001 0.003 0.006 0.014 0.024 0.048 0.103 0.165 0.213 0.182 0.110 0.077 0.052 54 V 0.001 0.004 0.007 0.018 0.040 0.060 0.108 0.164 0.160 0.180 0.128 0.067 0.036 0.027 55 D 0.025 0.064 0.084 0.119 0.141 0.131 0.136 0.101 0.097 0.054 0.028 0.011 0.004 0.005 56 W 0.056 0.107 0.164 0.176 0.147 0.123 0.082 0.057 0.049 0.023 0.010 0.003 0.002 0.001 57 A 0.308 0.221 0.138 0.123 0.082 0.050 0.039 0.015 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 58 I 0.268 0.157 0.179 0.151 0.107 0.069 0.041 0.014 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 59 N 0.517 0.212 0.109 0.073 0.040 0.021 0.017 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 D 0.289 0.179 0.161 0.128 0.101 0.065 0.039 0.019 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 61 K 0.149 0.114 0.128 0.159 0.146 0.124 0.086 0.044 0.028 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 62 G 0.113 0.084 0.106 0.113 0.141 0.133 0.120 0.085 0.049 0.030 0.015 0.007 0.004 0.002 63 D 0.105 0.087 0.092 0.113 0.131 0.123 0.101 0.091 0.070 0.041 0.025 0.011 0.006 0.003 64 T 0.075 0.061 0.073 0.093 0.123 0.117 0.106 0.111 0.098 0.067 0.040 0.021 0.011 0.005 65 V 0.042 0.041 0.060 0.095 0.121 0.135 0.132 0.130 0.090 0.072 0.043 0.022 0.011 0.005 66 Y 0.038 0.041 0.065 0.078 0.114 0.132 0.130 0.132 0.096 0.086 0.048 0.023 0.012 0.005 67 R 0.104 0.116 0.115 0.136 0.143 0.115 0.087 0.075 0.053 0.029 0.016 0.006 0.003 0.002 68 P 0.159 0.147 0.127 0.126 0.123 0.099 0.084 0.057 0.041 0.021 0.010 0.003 0.002 0.001 69 V 0.176 0.159 0.162 0.158 0.130 0.089 0.057 0.031 0.023 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 70 G 0.374 0.230 0.130 0.094 0.080 0.039 0.029 0.011 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 71 L 0.290 0.199 0.159 0.140 0.096 0.058 0.032 0.013 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 72 P 0.577 0.206 0.097 0.054 0.036 0.015 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 D 0.414 0.247 0.133 0.093 0.059 0.026 0.015 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 P 0.183 0.154 0.186 0.176 0.137 0.082 0.051 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 75 D 0.599 0.222 0.085 0.044 0.027 0.011 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 K 0.317 0.319 0.165 0.089 0.063 0.026 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 V 0.042 0.050 0.124 0.193 0.233 0.180 0.095 0.053 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.160 0.150 0.161 0.172 0.169 0.094 0.052 0.024 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.720 0.177 0.051 0.025 0.013 0.006 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 D 0.343 0.295 0.157 0.093 0.054 0.026 0.018 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.058 0.053 0.106 0.162 0.228 0.174 0.112 0.064 0.026 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 82 A 0.143 0.112 0.132 0.153 0.187 0.121 0.078 0.041 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 83 S 0.505 0.197 0.102 0.079 0.050 0.027 0.018 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 84 Q 0.244 0.176 0.148 0.152 0.115 0.070 0.043 0.024 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 85 C 0.080 0.055 0.092 0.137 0.187 0.174 0.126 0.074 0.039 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 86 A 0.134 0.106 0.115 0.156 0.166 0.126 0.081 0.055 0.031 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 87 S 0.243 0.144 0.119 0.120 0.105 0.085 0.064 0.046 0.035 0.018 0.012 0.006 0.003 0.001 88 M 0.100 0.084 0.094 0.141 0.156 0.130 0.101 0.080 0.054 0.026 0.017 0.009 0.005 0.002 89 L 0.041 0.031 0.046 0.061 0.103 0.130 0.156 0.134 0.105 0.080 0.056 0.035 0.016 0.005 90 N 0.110 0.102 0.115 0.150 0.157 0.113 0.086 0.072 0.047 0.023 0.013 0.006 0.003 0.002 91 V 0.061 0.031 0.039 0.064 0.095 0.110 0.118 0.128 0.124 0.094 0.070 0.041 0.018 0.008 92 A 0.046 0.044 0.061 0.112 0.140 0.153 0.133 0.123 0.079 0.049 0.033 0.017 0.007 0.004 93 L 0.030 0.022 0.034 0.050 0.083 0.110 0.125 0.143 0.123 0.110 0.082 0.055 0.023 0.010 94 R 0.066 0.069 0.081 0.114 0.140 0.132 0.117 0.101 0.077 0.045 0.032 0.016 0.006 0.003 95 P 0.062 0.046 0.052 0.072 0.107 0.115 0.124 0.119 0.103 0.078 0.059 0.040 0.016 0.006 96 E 0.092 0.095 0.092 0.140 0.164 0.116 0.107 0.083 0.052 0.028 0.018 0.007 0.004 0.002 97 M 0.054 0.032 0.047 0.061 0.098 0.111 0.127 0.132 0.119 0.085 0.063 0.044 0.020 0.006 98 Q 0.120 0.092 0.117 0.168 0.172 0.122 0.092 0.058 0.032 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 99 L 0.066 0.041 0.067 0.109 0.141 0.138 0.130 0.120 0.082 0.060 0.027 0.011 0.005 0.002 100 E 0.227 0.155 0.144 0.172 0.123 0.084 0.041 0.025 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 101 Q 0.338 0.207 0.152 0.122 0.073 0.049 0.030 0.012 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 102 V 0.076 0.062 0.106 0.172 0.197 0.168 0.120 0.056 0.026 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 103 G 0.209 0.233 0.202 0.182 0.082 0.046 0.026 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 104 G 0.250 0.166 0.145 0.138 0.104 0.078 0.057 0.026 0.021 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 105 K 0.013 0.023 0.048 0.128 0.160 0.201 0.171 0.114 0.071 0.033 0.020 0.011 0.005 0.002 106 T 0.005 0.009 0.021 0.048 0.098 0.122 0.144 0.156 0.165 0.109 0.064 0.031 0.017 0.012 107 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 0.038 0.064 0.117 0.188 0.223 0.204 0.092 0.051 108 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.014 0.062 0.164 0.246 0.236 0.198 0.071 109 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.020 0.045 0.105 0.167 0.211 0.237 0.121 0.078 110 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.014 0.060 0.157 0.219 0.227 0.175 0.136 111 Y 0.001 0.003 0.006 0.015 0.035 0.052 0.100 0.175 0.169 0.146 0.127 0.090 0.050 0.032 112 V 0.001 0.003 0.006 0.019 0.037 0.058 0.093 0.146 0.194 0.204 0.134 0.059 0.028 0.017 113 P 0.016 0.042 0.077 0.110 0.161 0.153 0.127 0.122 0.095 0.050 0.027 0.012 0.004 0.004 114 E 0.076 0.167 0.167 0.165 0.135 0.097 0.076 0.045 0.041 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 115 A 0.092 0.087 0.136 0.152 0.173 0.149 0.105 0.054 0.033 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 116 D 0.371 0.269 0.149 0.091 0.057 0.028 0.021 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 V 0.193 0.127 0.144 0.179 0.152 0.096 0.053 0.030 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 118 T 0.291 0.183 0.151 0.168 0.082 0.057 0.040 0.014 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 119 H 0.210 0.136 0.136 0.136 0.119 0.095 0.080 0.039 0.028 0.011 0.005 0.003 0.002 0.001 120 K 0.036 0.033 0.054 0.089 0.124 0.164 0.156 0.136 0.089 0.051 0.034 0.020 0.009 0.003 121 P 0.029 0.026 0.041 0.060 0.092 0.107 0.125 0.147 0.120 0.111 0.070 0.043 0.020 0.008 122 I 0.017 0.013 0.019 0.028 0.047 0.067 0.085 0.130 0.127 0.173 0.139 0.095 0.041 0.018 123 Y 0.017 0.020 0.030 0.038 0.059 0.078 0.089 0.128 0.131 0.168 0.120 0.067 0.038 0.017 124 K 0.042 0.048 0.067 0.101 0.125 0.128 0.119 0.122 0.095 0.072 0.044 0.021 0.011 0.006 125 K 0.128 0.130 0.104 0.135 0.125 0.106 0.090 0.062 0.055 0.031 0.018 0.008 0.004 0.004 126 A 0.160 0.126 0.134 0.135 0.137 0.106 0.085 0.049 0.035 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 127 T 0.360 0.222 0.136 0.118 0.072 0.039 0.022 0.012 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 128 G 0.434 0.202 0.127 0.094 0.058 0.035 0.024 0.010 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 129 L 0.127 0.105 0.155 0.177 0.139 0.127 0.094 0.039 0.022 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 130 P 0.143 0.129 0.139 0.133 0.140 0.118 0.095 0.050 0.029 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 131 G 0.167 0.131 0.109 0.102 0.114 0.105 0.089 0.067 0.055 0.028 0.017 0.008 0.005 0.002 132 G 0.066 0.056 0.067 0.096 0.116 0.117 0.109 0.110 0.098 0.065 0.046 0.031 0.018 0.007 133 A 0.022 0.017 0.028 0.037 0.062 0.088 0.119 0.130 0.119 0.129 0.104 0.084 0.043 0.018 134 Y 0.024 0.024 0.033 0.043 0.071 0.091 0.110 0.144 0.128 0.125 0.098 0.057 0.036 0.017 135 R 0.045 0.036 0.042 0.065 0.089 0.091 0.092 0.131 0.139 0.109 0.082 0.044 0.022 0.013 136 R 0.042 0.039 0.051 0.089 0.111 0.116 0.110 0.119 0.105 0.086 0.068 0.038 0.017 0.011 137 I 0.031 0.033 0.049 0.066 0.100 0.132 0.137 0.130 0.101 0.092 0.063 0.039 0.018 0.009 138 G 0.100 0.108 0.132 0.137 0.128 0.121 0.095 0.067 0.049 0.031 0.018 0.009 0.004 0.002 139 S 0.299 0.187 0.131 0.110 0.084 0.058 0.049 0.029 0.028 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 140 S 0.195 0.124 0.125 0.148 0.139 0.103 0.069 0.040 0.029 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 141 D 0.172 0.125 0.141 0.149 0.146 0.106 0.071 0.041 0.025 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 142 Q 0.204 0.119 0.120 0.128 0.127 0.103 0.069 0.055 0.038 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 143 R 0.197 0.123 0.131 0.145 0.141 0.103 0.066 0.044 0.026 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 144 C 0.109 0.054 0.069 0.089 0.141 0.143 0.120 0.104 0.073 0.049 0.027 0.014 0.006 0.002 145 V 0.255 0.159 0.140 0.144 0.111 0.079 0.052 0.028 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001