# TARGET T0557 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 914 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.037 0.691 0.002 0.017 0.055 0.001 0.001 0.028 0.090 0.029 0.021 0.026 2 R 0.001 0.025 0.782 0.001 0.006 0.041 0.001 0.001 0.019 0.081 0.012 0.014 0.017 3 S 0.001 0.020 0.684 0.002 0.017 0.096 0.001 0.001 0.010 0.116 0.031 0.004 0.020 4 A 0.001 0.002 0.069 0.001 0.048 0.837 0.001 0.001 0.001 0.025 0.015 0.001 0.001 5 T 0.001 0.001 0.006 0.001 0.062 0.913 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 6 D 0.001 0.001 0.005 0.001 0.056 0.927 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 7 L 0.001 0.001 0.012 0.001 0.021 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 8 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 9 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 10 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.018 0.952 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.001 0.001 12 N 0.001 0.001 0.028 0.001 0.035 0.750 0.001 0.001 0.001 0.016 0.165 0.002 0.001 13 A 0.001 0.005 0.079 0.001 0.039 0.401 0.001 0.001 0.001 0.039 0.429 0.002 0.005 14 V 0.001 0.009 0.378 0.001 0.018 0.140 0.001 0.001 0.005 0.201 0.232 0.006 0.010 15 D 0.001 0.004 0.679 0.002 0.016 0.033 0.001 0.001 0.004 0.123 0.122 0.006 0.011 16 E 0.001 0.006 0.170 0.007 0.074 0.107 0.001 0.001 0.004 0.160 0.444 0.014 0.011 17 S 0.003 0.007 0.205 0.015 0.053 0.080 0.001 0.001 0.007 0.168 0.413 0.009 0.038 18 A 0.024 0.012 0.295 0.018 0.031 0.122 0.003 0.002 0.023 0.144 0.070 0.174 0.081 19 R 0.100 0.013 0.158 0.012 0.008 0.067 0.013 0.003 0.040 0.015 0.014 0.072 0.484 20 I 0.249 0.006 0.047 0.042 0.008 0.059 0.018 0.003 0.021 0.006 0.004 0.387 0.151 21 E 0.303 0.004 0.030 0.048 0.007 0.075 0.017 0.002 0.021 0.004 0.007 0.196 0.287 22 A 0.302 0.003 0.034 0.021 0.012 0.106 0.011 0.001 0.009 0.004 0.007 0.092 0.399 23 K 0.196 0.002 0.039 0.040 0.014 0.155 0.008 0.001 0.009 0.007 0.015 0.399 0.114 24 R 0.107 0.005 0.056 0.005 0.026 0.170 0.004 0.001 0.005 0.015 0.044 0.068 0.494 25 A 0.030 0.009 0.176 0.016 0.053 0.337 0.002 0.001 0.004 0.058 0.091 0.136 0.087 26 S 0.005 0.008 0.138 0.004 0.043 0.386 0.001 0.001 0.002 0.112 0.235 0.026 0.041 27 D 0.001 0.011 0.194 0.002 0.041 0.385 0.001 0.001 0.001 0.093 0.244 0.009 0.018 28 M 0.001 0.008 0.214 0.002 0.043 0.476 0.001 0.001 0.001 0.085 0.154 0.006 0.010 29 G 0.001 0.004 0.131 0.001 0.040 0.696 0.001 0.001 0.001 0.043 0.077 0.002 0.005 30 K 0.001 0.004 0.044 0.001 0.044 0.835 0.001 0.001 0.001 0.027 0.038 0.003 0.003 31 S 0.001 0.005 0.049 0.001 0.041 0.823 0.001 0.001 0.002 0.018 0.043 0.003 0.014 32 V 0.001 0.003 0.037 0.002 0.025 0.882 0.001 0.001 0.002 0.015 0.023 0.004 0.006 33 M 0.001 0.001 0.012 0.002 0.013 0.947 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.003 34 E 0.002 0.001 0.008 0.003 0.015 0.936 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 0.002 0.002 35 T 0.004 0.001 0.004 0.001 0.008 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.006 36 V 0.018 0.001 0.003 0.002 0.006 0.942 0.002 0.002 0.003 0.002 0.004 0.007 0.008 37 I 0.076 0.001 0.006 0.015 0.013 0.821 0.007 0.007 0.005 0.003 0.016 0.011 0.019 38 A 0.095 0.002 0.011 0.007 0.018 0.744 0.006 0.005 0.009 0.005 0.061 0.020 0.018 39 F 0.064 0.003 0.032 0.010 0.036 0.645 0.005 0.003 0.009 0.024 0.121 0.008 0.042 40 A 0.055 0.010 0.172 0.005 0.038 0.249 0.003 0.002 0.015 0.076 0.224 0.112 0.040 41 N 0.015 0.020 0.189 0.004 0.025 0.057 0.002 0.002 0.009 0.284 0.282 0.019 0.093 42 E 0.001 0.008 0.525 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.003 0.363 0.060 0.019 0.007 43 P 0.001 0.009 0.191 0.001 0.055 0.017 0.001 0.001 0.002 0.177 0.536 0.003 0.008 44 G 0.001 0.013 0.191 0.002 0.084 0.010 0.001 0.001 0.001 0.160 0.528 0.005 0.005 45 L 0.001 0.004 0.144 0.006 0.096 0.007 0.001 0.001 0.001 0.322 0.408 0.004 0.006 46 D 0.003 0.009 0.117 0.019 0.040 0.003 0.001 0.001 0.002 0.268 0.514 0.011 0.013 47 G 0.026 0.016 0.199 0.050 0.014 0.003 0.005 0.003 0.012 0.407 0.176 0.039 0.049 48 G 0.160 0.012 0.156 0.054 0.002 0.002 0.049 0.029 0.070 0.165 0.026 0.141 0.133 49 Y 0.346 0.001 0.015 0.008 0.001 0.001 0.238 0.190 0.047 0.004 0.001 0.040 0.108 50 L 0.295 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.334 0.294 0.027 0.001 0.001 0.031 0.012 51 L 0.346 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.278 0.291 0.044 0.001 0.001 0.016 0.019 52 L 0.366 0.001 0.010 0.033 0.001 0.001 0.226 0.159 0.113 0.002 0.001 0.041 0.047 53 G 0.202 0.005 0.090 0.026 0.002 0.002 0.066 0.035 0.303 0.022 0.009 0.112 0.125 54 V 0.141 0.016 0.240 0.017 0.019 0.011 0.019 0.008 0.096 0.055 0.041 0.037 0.301 55 D 0.059 0.013 0.236 0.026 0.066 0.025 0.006 0.002 0.056 0.086 0.062 0.283 0.081 56 W 0.026 0.023 0.207 0.007 0.128 0.050 0.002 0.002 0.010 0.177 0.176 0.028 0.164 57 A 0.026 0.044 0.342 0.009 0.112 0.039 0.002 0.001 0.005 0.137 0.183 0.065 0.035 58 I 0.012 0.036 0.309 0.005 0.086 0.041 0.001 0.001 0.003 0.118 0.248 0.027 0.113 59 N 0.002 0.016 0.235 0.005 0.037 0.010 0.001 0.001 0.001 0.134 0.524 0.015 0.020 60 D 0.001 0.007 0.114 0.015 0.030 0.009 0.001 0.001 0.001 0.231 0.573 0.014 0.006 61 K 0.001 0.007 0.087 0.007 0.020 0.006 0.001 0.001 0.001 0.145 0.705 0.004 0.017 62 G 0.003 0.011 0.230 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.003 0.359 0.317 0.037 0.020 63 D 0.031 0.045 0.368 0.013 0.004 0.004 0.008 0.004 0.035 0.091 0.018 0.285 0.093 64 T 0.086 0.040 0.100 0.011 0.005 0.004 0.032 0.017 0.057 0.017 0.009 0.046 0.576 65 V 0.095 0.018 0.078 0.099 0.004 0.004 0.043 0.019 0.088 0.021 0.007 0.478 0.047 66 Y 0.061 0.022 0.114 0.020 0.005 0.002 0.031 0.011 0.045 0.025 0.012 0.032 0.620 67 R 0.038 0.019 0.247 0.025 0.006 0.003 0.011 0.006 0.034 0.093 0.024 0.431 0.063 68 P 0.014 0.019 0.472 0.013 0.023 0.011 0.007 0.007 0.042 0.108 0.078 0.023 0.183 69 V 0.004 0.018 0.287 0.007 0.073 0.021 0.003 0.004 0.015 0.182 0.347 0.025 0.015 70 G 0.002 0.015 0.301 0.003 0.039 0.008 0.001 0.002 0.011 0.302 0.291 0.011 0.015 71 L 0.001 0.036 0.516 0.001 0.021 0.008 0.001 0.001 0.006 0.305 0.081 0.009 0.014 72 P 0.001 0.054 0.551 0.001 0.008 0.010 0.001 0.001 0.005 0.274 0.079 0.007 0.009 73 D 0.001 0.029 0.694 0.001 0.009 0.048 0.001 0.001 0.002 0.186 0.020 0.002 0.008 74 P 0.001 0.002 0.040 0.001 0.041 0.854 0.001 0.001 0.001 0.018 0.043 0.001 0.001 75 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 76 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 77 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 78 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 80 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 84 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 85 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 86 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.042 0.895 0.001 0.001 0.001 0.003 0.054 0.001 0.001 87 S 0.001 0.001 0.005 0.001 0.073 0.669 0.001 0.001 0.001 0.011 0.241 0.001 0.001 88 M 0.001 0.001 0.037 0.001 0.051 0.450 0.001 0.001 0.002 0.047 0.408 0.001 0.002 89 L 0.002 0.008 0.301 0.005 0.049 0.212 0.001 0.001 0.017 0.153 0.234 0.005 0.013 90 N 0.002 0.009 0.624 0.008 0.014 0.052 0.001 0.001 0.042 0.144 0.053 0.041 0.009 91 V 0.005 0.018 0.407 0.012 0.026 0.053 0.004 0.006 0.118 0.147 0.109 0.011 0.085 92 A 0.004 0.012 0.447 0.020 0.010 0.018 0.004 0.008 0.209 0.147 0.040 0.065 0.016 93 L 0.006 0.011 0.359 0.012 0.008 0.008 0.011 0.013 0.326 0.063 0.025 0.010 0.149 94 R 0.004 0.006 0.427 0.037 0.002 0.001 0.004 0.012 0.256 0.072 0.006 0.161 0.013 95 P 0.015 0.006 0.157 0.011 0.002 0.001 0.024 0.030 0.401 0.020 0.005 0.015 0.313 96 E 0.035 0.008 0.117 0.074 0.003 0.002 0.020 0.044 0.347 0.025 0.004 0.280 0.040 97 M 0.098 0.003 0.031 0.020 0.003 0.001 0.062 0.028 0.258 0.004 0.002 0.024 0.467 98 Q 0.130 0.002 0.026 0.072 0.002 0.001 0.019 0.009 0.101 0.004 0.002 0.595 0.037 99 L 0.163 0.002 0.019 0.008 0.001 0.001 0.016 0.003 0.017 0.002 0.001 0.021 0.747 100 E 0.101 0.002 0.017 0.007 0.001 0.001 0.007 0.001 0.014 0.002 0.001 0.817 0.031 101 Q 0.067 0.006 0.030 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.002 0.001 0.019 0.856 102 V 0.016 0.002 0.171 0.049 0.006 0.001 0.002 0.001 0.008 0.040 0.055 0.582 0.066 103 G 0.001 0.001 0.028 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.780 0.017 0.041 104 G 0.002 0.001 0.053 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.406 0.488 0.019 0.010 105 K 0.052 0.011 0.317 0.040 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.185 0.013 0.276 0.100 106 T 0.174 0.004 0.044 0.006 0.001 0.001 0.054 0.004 0.027 0.006 0.002 0.043 0.636 107 L 0.375 0.001 0.006 0.062 0.001 0.001 0.340 0.057 0.034 0.001 0.001 0.075 0.049 108 L 0.435 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.278 0.139 0.026 0.001 0.001 0.079 0.016 109 V 0.487 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.245 0.185 0.019 0.001 0.001 0.016 0.040 110 V 0.241 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.510 0.148 0.076 0.001 0.001 0.016 0.007 111 Y 0.372 0.003 0.015 0.003 0.001 0.001 0.308 0.139 0.074 0.002 0.001 0.012 0.071 112 V 0.058 0.007 0.405 0.004 0.001 0.001 0.016 0.011 0.174 0.027 0.002 0.252 0.045 113 P 0.005 0.006 0.631 0.007 0.005 0.003 0.002 0.002 0.053 0.160 0.059 0.004 0.062 114 E 0.001 0.013 0.315 0.005 0.108 0.012 0.001 0.001 0.006 0.229 0.298 0.006 0.006 115 A 0.002 0.010 0.276 0.004 0.137 0.010 0.001 0.001 0.003 0.273 0.266 0.008 0.009 116 D 0.005 0.017 0.452 0.002 0.173 0.019 0.001 0.001 0.002 0.161 0.137 0.009 0.022 117 V 0.005 0.022 0.264 0.004 0.179 0.064 0.001 0.001 0.003 0.110 0.324 0.006 0.017 118 T 0.007 0.032 0.302 0.008 0.077 0.040 0.002 0.001 0.005 0.149 0.314 0.036 0.028 119 H 0.007 0.030 0.492 0.009 0.018 0.015 0.002 0.001 0.009 0.192 0.102 0.029 0.094 120 K 0.007 0.016 0.658 0.011 0.005 0.007 0.001 0.001 0.009 0.132 0.025 0.092 0.037 121 P 0.023 0.020 0.525 0.016 0.020 0.025 0.004 0.001 0.023 0.054 0.041 0.059 0.189 122 I 0.090 0.024 0.238 0.029 0.043 0.049 0.015 0.005 0.043 0.034 0.028 0.199 0.204 123 Y 0.188 0.022 0.100 0.024 0.031 0.038 0.025 0.007 0.054 0.016 0.014 0.232 0.250 124 K 0.136 0.034 0.145 0.025 0.034 0.033 0.018 0.006 0.037 0.018 0.027 0.129 0.357 125 K 0.055 0.019 0.263 0.028 0.040 0.029 0.006 0.003 0.023 0.066 0.107 0.196 0.165 126 A 0.020 0.010 0.206 0.013 0.047 0.019 0.002 0.001 0.005 0.145 0.361 0.053 0.119 127 T 0.008 0.018 0.199 0.005 0.048 0.013 0.001 0.001 0.003 0.162 0.421 0.065 0.056 128 G 0.005 0.051 0.260 0.002 0.014 0.005 0.001 0.001 0.002 0.362 0.202 0.037 0.058 129 L 0.002 0.023 0.635 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.003 0.205 0.040 0.037 0.042 130 P 0.001 0.008 0.111 0.014 0.030 0.006 0.001 0.001 0.001 0.123 0.664 0.007 0.033 131 G 0.002 0.004 0.060 0.022 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.228 0.639 0.026 0.008 132 G 0.072 0.018 0.335 0.037 0.012 0.003 0.005 0.001 0.005 0.173 0.037 0.093 0.208 133 A 0.315 0.010 0.063 0.009 0.002 0.003 0.027 0.003 0.015 0.014 0.004 0.278 0.256 134 Y 0.475 0.006 0.020 0.010 0.001 0.003 0.059 0.008 0.010 0.002 0.001 0.098 0.308 135 R 0.447 0.004 0.019 0.021 0.001 0.003 0.038 0.006 0.012 0.002 0.001 0.358 0.089 136 R 0.357 0.005 0.036 0.017 0.002 0.004 0.036 0.005 0.022 0.005 0.004 0.178 0.329 137 I 0.149 0.010 0.148 0.039 0.010 0.008 0.018 0.004 0.021 0.039 0.054 0.197 0.302 138 G 0.040 0.009 0.193 0.024 0.009 0.005 0.005 0.001 0.010 0.212 0.206 0.148 0.139 139 S 0.020 0.014 0.264 0.012 0.023 0.009 0.002 0.001 0.004 0.248 0.194 0.052 0.157 140 S 0.013 0.020 0.188 0.017 0.056 0.023 0.002 0.001 0.003 0.241 0.297 0.088 0.050 141 D 0.014 0.031 0.367 0.009 0.069 0.029 0.002 0.001 0.004 0.161 0.176 0.018 0.117 142 Q 0.022 0.021 0.422 0.022 0.080 0.050 0.004 0.001 0.007 0.144 0.072 0.107 0.047 143 R 0.030 0.032 0.378 0.012 0.048 0.049 0.008 0.001 0.015 0.115 0.111 0.086 0.116 144 C 0.024 0.066 0.527 0.011 0.030 0.023 0.005 0.002 0.015 0.084 0.065 0.042 0.107 145 V 0.006 0.017 0.786 0.005 0.003 0.005 0.001 0.001 0.015 0.057 0.003 0.075 0.028