# TARGET T0557 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 914 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.137 0.077 0.196 0.183 0.007 0.069 0.015 0.004 0.022 0.009 0.039 0.034 0.110 0.004 0.006 0.090 2 R 0.060 0.104 0.323 0.379 0.002 0.015 0.004 0.006 0.001 0.003 0.016 0.033 0.039 0.001 0.004 0.010 3 S 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.948 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.023 0.001 0.001 0.001 4 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.003 0.021 0.001 0.001 0.001 5 T 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.962 0.025 0.001 0.001 0.001 6 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.976 0.001 0.001 0.002 7 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 8 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.987 0.001 0.001 0.001 9 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 10 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.978 0.011 0.001 0.006 11 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.017 0.012 0.006 12 N 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.922 0.006 0.018 0.028 13 A 0.010 0.003 0.021 0.004 0.001 0.004 0.047 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.428 0.264 0.010 0.201 14 V 0.017 0.037 0.210 0.014 0.001 0.008 0.050 0.007 0.001 0.001 0.017 0.007 0.330 0.011 0.257 0.032 15 D 0.010 0.048 0.094 0.012 0.004 0.178 0.034 0.005 0.005 0.008 0.028 0.029 0.346 0.011 0.016 0.173 16 E 0.114 0.101 0.064 0.027 0.002 0.033 0.018 0.009 0.003 0.001 0.365 0.039 0.166 0.019 0.013 0.025 17 S 0.018 0.234 0.166 0.037 0.001 0.073 0.013 0.005 0.007 0.002 0.018 0.269 0.089 0.004 0.048 0.017 18 A 0.039 0.074 0.279 0.099 0.001 0.053 0.006 0.005 0.008 0.002 0.090 0.022 0.193 0.003 0.014 0.113 19 R 0.051 0.136 0.364 0.192 0.001 0.041 0.005 0.001 0.005 0.001 0.021 0.076 0.083 0.002 0.002 0.018 20 I 0.014 0.023 0.408 0.333 0.001 0.048 0.003 0.004 0.001 0.001 0.034 0.010 0.112 0.001 0.002 0.006 21 E 0.003 0.077 0.198 0.633 0.002 0.018 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.009 0.041 0.001 0.001 0.007 22 A 0.004 0.006 0.056 0.745 0.006 0.101 0.002 0.003 0.001 0.001 0.013 0.003 0.055 0.001 0.001 0.003 23 K 0.003 0.089 0.135 0.607 0.013 0.047 0.004 0.005 0.001 0.001 0.028 0.007 0.051 0.001 0.001 0.006 24 R 0.009 0.040 0.019 0.537 0.023 0.244 0.005 0.010 0.003 0.003 0.013 0.031 0.053 0.004 0.002 0.004 25 A 0.006 0.108 0.062 0.168 0.040 0.246 0.025 0.027 0.005 0.006 0.149 0.022 0.100 0.014 0.009 0.014 26 S 0.013 0.104 0.027 0.066 0.012 0.177 0.009 0.043 0.010 0.008 0.186 0.146 0.159 0.004 0.022 0.014 27 D 0.025 0.057 0.054 0.034 0.029 0.030 0.050 0.015 0.018 0.020 0.225 0.149 0.142 0.096 0.007 0.048 28 M 0.018 0.033 0.041 0.020 0.001 0.057 0.007 0.043 0.002 0.002 0.042 0.218 0.329 0.003 0.174 0.009 29 G 0.003 0.004 0.015 0.004 0.001 0.060 0.002 0.002 0.008 0.013 0.127 0.046 0.642 0.002 0.003 0.069 30 K 0.037 0.010 0.006 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.139 0.240 0.549 0.001 0.001 0.002 31 S 0.002 0.003 0.011 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.161 0.787 0.001 0.001 0.003 32 V 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.014 0.948 0.001 0.001 0.001 33 M 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.958 0.001 0.001 0.001 34 E 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.973 0.001 0.001 0.001 35 T 0.001 0.002 0.002 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.975 0.001 0.001 0.003 36 V 0.001 0.002 0.011 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.967 0.001 0.001 0.001 37 I 0.001 0.011 0.011 0.048 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.910 0.002 0.001 0.004 38 A 0.001 0.003 0.009 0.103 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.851 0.006 0.003 0.008 39 F 0.003 0.015 0.077 0.140 0.010 0.015 0.029 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.592 0.041 0.016 0.051 40 A 0.011 0.038 0.066 0.287 0.019 0.056 0.031 0.016 0.003 0.002 0.013 0.007 0.329 0.026 0.033 0.062 41 N 0.026 0.107 0.094 0.196 0.024 0.135 0.018 0.017 0.014 0.010 0.027 0.018 0.221 0.011 0.011 0.070 42 E 0.018 0.028 0.036 0.044 0.318 0.030 0.222 0.006 0.004 0.005 0.056 0.013 0.040 0.165 0.003 0.013 43 P 0.007 0.056 0.050 0.041 0.011 0.025 0.008 0.400 0.003 0.002 0.030 0.026 0.027 0.004 0.303 0.006 44 G 0.008 0.021 0.021 0.022 0.048 0.052 0.014 0.022 0.203 0.275 0.056 0.031 0.059 0.010 0.008 0.152 45 L 0.393 0.036 0.020 0.018 0.106 0.025 0.076 0.036 0.010 0.006 0.114 0.043 0.031 0.063 0.015 0.009 46 D 0.021 0.071 0.136 0.036 0.006 0.020 0.022 0.267 0.025 0.010 0.020 0.036 0.016 0.008 0.283 0.024 47 G 0.059 0.061 0.123 0.158 0.001 0.004 0.001 0.007 0.364 0.019 0.001 0.004 0.007 0.001 0.007 0.185 48 G 0.498 0.016 0.209 0.258 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 49 Y 0.009 0.001 0.443 0.545 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.001 0.001 0.039 0.958 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.001 0.001 0.002 0.881 0.112 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.001 0.005 0.002 0.922 0.005 0.010 0.001 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 G 0.001 0.026 0.003 0.770 0.010 0.083 0.001 0.001 0.034 0.065 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 54 V 0.069 0.070 0.011 0.727 0.013 0.083 0.001 0.006 0.001 0.001 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 55 D 0.001 0.040 0.026 0.142 0.010 0.730 0.001 0.010 0.002 0.003 0.021 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 56 W 0.003 0.207 0.014 0.240 0.016 0.116 0.002 0.018 0.006 0.003 0.323 0.038 0.012 0.001 0.001 0.002 57 A 0.007 0.168 0.036 0.178 0.030 0.086 0.019 0.012 0.020 0.004 0.077 0.287 0.049 0.011 0.005 0.008 58 I 0.013 0.044 0.180 0.096 0.024 0.074 0.061 0.050 0.007 0.005 0.075 0.071 0.179 0.019 0.073 0.029 59 N 0.015 0.040 0.070 0.030 0.034 0.118 0.021 0.048 0.019 0.019 0.126 0.066 0.275 0.015 0.042 0.063 60 D 0.012 0.009 0.007 0.003 0.052 0.005 0.153 0.003 0.004 0.003 0.048 0.010 0.018 0.658 0.003 0.014 61 K 0.004 0.013 0.015 0.005 0.001 0.002 0.004 0.066 0.002 0.001 0.002 0.010 0.007 0.001 0.868 0.002 62 G 0.003 0.006 0.031 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.013 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.813 63 D 0.888 0.005 0.054 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 64 T 0.008 0.003 0.445 0.084 0.057 0.373 0.016 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 65 V 0.001 0.390 0.022 0.433 0.005 0.027 0.001 0.081 0.001 0.001 0.029 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 66 Y 0.001 0.024 0.012 0.809 0.008 0.024 0.001 0.005 0.069 0.011 0.011 0.015 0.004 0.001 0.001 0.006 67 R 0.104 0.021 0.361 0.358 0.028 0.045 0.007 0.010 0.003 0.004 0.016 0.010 0.029 0.001 0.002 0.004 68 P 0.008 0.019 0.067 0.188 0.442 0.078 0.058 0.009 0.004 0.009 0.027 0.012 0.009 0.063 0.001 0.005 69 V 0.008 0.107 0.029 0.403 0.018 0.047 0.005 0.251 0.006 0.002 0.015 0.015 0.009 0.002 0.081 0.002 70 G 0.007 0.054 0.032 0.222 0.006 0.051 0.005 0.011 0.236 0.200 0.020 0.020 0.017 0.001 0.003 0.116 71 L 0.564 0.029 0.049 0.120 0.011 0.080 0.009 0.004 0.008 0.007 0.054 0.031 0.023 0.001 0.002 0.009 72 P 0.021 0.214 0.292 0.260 0.002 0.025 0.002 0.026 0.002 0.005 0.047 0.067 0.025 0.001 0.005 0.006 73 D 0.001 0.002 0.003 0.011 0.002 0.897 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.032 0.036 0.001 0.001 0.001 74 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.926 0.008 0.050 0.001 0.001 0.001 75 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.947 0.039 0.001 0.001 0.001 76 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 0.964 0.001 0.001 0.005 77 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.975 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 79 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.983 0.001 0.001 0.001 80 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.003 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 83 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.003 84 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.977 0.005 0.001 0.010 85 C 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.972 0.008 0.002 0.002 86 A 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.913 0.022 0.016 0.012 87 S 0.003 0.003 0.007 0.004 0.001 0.003 0.008 0.002 0.001 0.001 0.005 0.005 0.810 0.019 0.060 0.069 88 M 0.021 0.011 0.114 0.004 0.002 0.003 0.101 0.001 0.003 0.001 0.007 0.003 0.220 0.212 0.025 0.273 89 L 0.079 0.032 0.267 0.045 0.001 0.013 0.041 0.023 0.001 0.001 0.010 0.015 0.220 0.007 0.211 0.033 90 N 0.029 0.086 0.312 0.076 0.001 0.019 0.014 0.001 0.031 0.007 0.002 0.005 0.065 0.004 0.004 0.344 91 V 0.319 0.020 0.119 0.475 0.001 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.017 0.003 0.016 0.001 0.002 0.009 92 A 0.009 0.053 0.524 0.347 0.003 0.044 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.004 93 L 0.005 0.015 0.024 0.937 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 R 0.005 0.044 0.093 0.774 0.004 0.068 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 95 P 0.004 0.018 0.029 0.890 0.001 0.026 0.001 0.002 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 E 0.001 0.063 0.045 0.875 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 97 M 0.002 0.004 0.028 0.952 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 Q 0.001 0.032 0.075 0.866 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 L 0.001 0.007 0.008 0.940 0.010 0.022 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 E 0.001 0.031 0.029 0.876 0.027 0.021 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 101 Q 0.001 0.004 0.003 0.078 0.824 0.071 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 102 V 0.001 0.014 0.003 0.018 0.714 0.017 0.019 0.170 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.016 0.003 0.001 103 G 0.001 0.015 0.001 0.010 0.001 0.006 0.001 0.840 0.036 0.029 0.005 0.003 0.001 0.001 0.050 0.002 104 G 0.043 0.015 0.006 0.024 0.001 0.001 0.001 0.003 0.762 0.057 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.082 105 K 0.868 0.011 0.073 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 106 T 0.012 0.003 0.720 0.260 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 L 0.001 0.005 0.065 0.927 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 L 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 V 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 V 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 Y 0.001 0.002 0.001 0.991 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 V 0.001 0.007 0.003 0.951 0.013 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 P 0.001 0.015 0.001 0.120 0.017 0.836 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 E 0.001 0.269 0.001 0.111 0.010 0.053 0.001 0.022 0.009 0.003 0.516 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 115 A 0.011 0.190 0.019 0.166 0.008 0.050 0.004 0.016 0.032 0.007 0.030 0.459 0.004 0.001 0.003 0.001 116 D 0.017 0.070 0.187 0.064 0.012 0.272 0.019 0.022 0.009 0.010 0.082 0.071 0.125 0.003 0.017 0.019 117 V 0.018 0.055 0.056 0.070 0.015 0.063 0.024 0.021 0.012 0.005 0.463 0.059 0.070 0.033 0.006 0.030 118 T 0.035 0.225 0.134 0.189 0.002 0.020 0.013 0.021 0.015 0.003 0.014 0.185 0.060 0.003 0.069 0.013 119 H 0.028 0.042 0.335 0.245 0.001 0.009 0.008 0.002 0.025 0.005 0.003 0.006 0.050 0.002 0.005 0.234 120 K 0.074 0.013 0.471 0.400 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.012 0.001 0.001 0.006 121 P 0.013 0.013 0.259 0.564 0.005 0.112 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 0.003 0.013 0.001 0.001 0.002 122 I 0.002 0.069 0.020 0.854 0.003 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 123 Y 0.002 0.026 0.018 0.876 0.006 0.049 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 124 K 0.004 0.040 0.082 0.597 0.034 0.168 0.005 0.008 0.001 0.002 0.023 0.007 0.025 0.001 0.001 0.002 125 K 0.004 0.076 0.028 0.256 0.078 0.347 0.005 0.029 0.005 0.006 0.088 0.025 0.045 0.003 0.002 0.004 126 A 0.002 0.026 0.009 0.031 0.427 0.016 0.109 0.011 0.005 0.003 0.084 0.014 0.011 0.248 0.002 0.002 127 T 0.002 0.028 0.018 0.021 0.005 0.006 0.007 0.252 0.005 0.001 0.006 0.014 0.010 0.002 0.619 0.003 128 G 0.008 0.010 0.031 0.019 0.004 0.003 0.003 0.004 0.254 0.110 0.005 0.003 0.012 0.002 0.003 0.528 129 L 0.667 0.005 0.015 0.014 0.160 0.011 0.077 0.002 0.002 0.003 0.006 0.007 0.005 0.023 0.001 0.003 130 P 0.008 0.036 0.100 0.033 0.019 0.055 0.013 0.612 0.002 0.002 0.019 0.006 0.006 0.004 0.083 0.002 131 G 0.004 0.124 0.020 0.199 0.001 0.008 0.001 0.025 0.479 0.069 0.005 0.009 0.003 0.001 0.006 0.046 132 G 0.448 0.021 0.066 0.426 0.001 0.003 0.001 0.001 0.019 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.007 133 A 0.028 0.004 0.726 0.232 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 Y 0.001 0.007 0.114 0.862 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 R 0.001 0.002 0.006 0.985 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 R 0.001 0.003 0.006 0.353 0.590 0.034 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 137 I 0.001 0.082 0.008 0.518 0.025 0.080 0.001 0.270 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 138 G 0.002 0.085 0.007 0.224 0.028 0.176 0.003 0.019 0.113 0.291 0.034 0.009 0.002 0.001 0.001 0.009 139 S 0.151 0.155 0.019 0.101 0.011 0.286 0.004 0.034 0.010 0.009 0.141 0.068 0.007 0.001 0.003 0.001 140 S 0.009 0.111 0.085 0.067 0.006 0.146 0.005 0.019 0.019 0.011 0.343 0.145 0.020 0.002 0.005 0.008 141 D 0.025 0.344 0.091 0.132 0.003 0.030 0.005 0.006 0.016 0.002 0.025 0.263 0.033 0.002 0.012 0.012 142 Q 0.035 0.033 0.296 0.232 0.015 0.061 0.028 0.005 0.011 0.004 0.047 0.031 0.144 0.009 0.007 0.041 143 R 0.025 0.049 0.471 0.209 0.017 0.030 0.021 0.016 0.003 0.002 0.023 0.021 0.083 0.006 0.009 0.015 144 C 0.019 0.043 0.097 0.383 0.074 0.105 0.042 0.014 0.017 0.014 0.020 0.024 0.094 0.016 0.006 0.031 145 V 0.025 0.069 0.106 0.356 0.100 0.068 0.049 0.038 0.009 0.007 0.044 0.020 0.065 0.014 0.013 0.017