# TARGET T0557 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 904 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.054 0.044 0.002 0.031 0.015 0.029 0.122 0.003 0.001 0.161 0.539 2 R 0.006 0.104 0.004 0.055 0.023 0.026 0.135 0.001 0.001 0.035 0.611 3 S 0.063 0.789 0.001 0.002 0.003 0.002 0.012 0.011 0.001 0.019 0.098 4 A 0.069 0.885 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.001 0.006 0.024 5 T 0.026 0.709 0.003 0.004 0.002 0.003 0.021 0.002 0.001 0.091 0.139 6 D 0.014 0.849 0.005 0.003 0.002 0.003 0.010 0.002 0.001 0.024 0.087 7 L 0.055 0.896 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.007 0.017 8 L 0.061 0.644 0.011 0.002 0.002 0.003 0.021 0.008 0.003 0.168 0.077 9 D 0.036 0.746 0.010 0.003 0.003 0.004 0.023 0.006 0.002 0.035 0.133 10 E 0.218 0.487 0.011 0.006 0.002 0.006 0.034 0.023 0.002 0.042 0.170 11 L 0.115 0.107 0.184 0.013 0.011 0.016 0.084 0.040 0.054 0.149 0.227 12 N 0.201 0.037 0.003 0.011 0.006 0.013 0.077 0.007 0.002 0.030 0.613 13 A 0.090 0.014 0.002 0.008 0.005 0.009 0.063 0.003 0.001 0.046 0.757 14 V 0.018 0.009 0.002 0.020 0.010 0.013 0.127 0.002 0.001 0.030 0.768 15 D 0.143 0.027 0.002 0.009 0.007 0.013 0.101 0.005 0.001 0.058 0.635 16 E 0.049 0.030 0.001 0.008 0.035 0.030 0.112 0.004 0.001 0.022 0.710 17 S 0.026 0.050 0.001 0.026 0.023 0.071 0.129 0.002 0.001 0.031 0.641 18 A 0.011 0.082 0.001 0.028 0.161 0.288 0.074 0.003 0.001 0.037 0.314 19 R 0.014 0.084 0.002 0.031 0.145 0.328 0.050 0.004 0.001 0.039 0.303 20 I 0.011 0.068 0.002 0.022 0.292 0.298 0.031 0.002 0.001 0.042 0.232 21 E 0.012 0.049 0.002 0.023 0.315 0.410 0.021 0.002 0.001 0.042 0.122 22 A 0.022 0.031 0.003 0.028 0.205 0.303 0.037 0.003 0.001 0.124 0.243 23 K 0.015 0.015 0.008 0.038 0.314 0.275 0.048 0.003 0.004 0.086 0.195 24 R 0.134 0.029 0.003 0.020 0.107 0.119 0.058 0.006 0.002 0.038 0.485 25 A 0.137 0.018 0.005 0.013 0.034 0.031 0.069 0.007 0.002 0.050 0.634 26 S 0.073 0.024 0.001 0.008 0.009 0.014 0.076 0.003 0.001 0.019 0.772 27 D 0.080 0.033 0.001 0.006 0.005 0.008 0.089 0.002 0.001 0.045 0.730 28 M 0.047 0.103 0.003 0.012 0.012 0.006 0.109 0.005 0.001 0.037 0.665 29 G 0.083 0.341 0.002 0.007 0.004 0.005 0.053 0.017 0.001 0.056 0.430 30 K 0.059 0.553 0.003 0.009 0.011 0.009 0.050 0.005 0.001 0.062 0.239 31 S 0.009 0.125 0.002 0.007 0.004 0.006 0.026 0.001 0.001 0.726 0.095 32 V 0.009 0.647 0.002 0.008 0.005 0.006 0.041 0.003 0.001 0.204 0.074 33 M 0.019 0.896 0.001 0.005 0.004 0.004 0.010 0.007 0.001 0.018 0.035 34 E 0.010 0.844 0.003 0.015 0.010 0.020 0.014 0.001 0.001 0.022 0.062 35 T 0.014 0.708 0.004 0.037 0.015 0.036 0.034 0.003 0.001 0.054 0.094 36 V 0.049 0.475 0.009 0.109 0.021 0.095 0.047 0.013 0.003 0.094 0.086 37 I 0.070 0.224 0.032 0.129 0.044 0.102 0.061 0.013 0.012 0.153 0.161 38 A 0.122 0.040 0.011 0.100 0.079 0.119 0.081 0.008 0.003 0.086 0.351 39 F 0.078 0.009 0.003 0.075 0.048 0.097 0.112 0.004 0.001 0.100 0.472 40 A 0.007 0.005 0.002 0.080 0.050 0.136 0.146 0.002 0.001 0.051 0.520 41 N 0.017 0.010 0.001 0.030 0.033 0.083 0.117 0.003 0.001 0.054 0.650 42 E 0.129 0.009 0.002 0.011 0.041 0.038 0.115 0.008 0.003 0.130 0.513 43 P 0.099 0.003 0.003 0.012 0.014 0.023 0.107 0.004 0.004 0.062 0.668 44 G 0.243 0.002 0.001 0.010 0.006 0.017 0.075 0.003 0.001 0.039 0.602 45 L 0.207 0.001 0.001 0.010 0.007 0.009 0.092 0.002 0.001 0.035 0.637 46 D 0.008 0.001 0.001 0.015 0.006 0.016 0.131 0.001 0.001 0.021 0.801 47 G 0.003 0.001 0.001 0.057 0.033 0.059 0.155 0.001 0.001 0.045 0.647 48 G 0.001 0.001 0.001 0.167 0.221 0.362 0.049 0.001 0.001 0.064 0.134 49 Y 0.002 0.001 0.001 0.249 0.188 0.268 0.028 0.001 0.001 0.103 0.161 50 L 0.001 0.001 0.001 0.347 0.271 0.293 0.009 0.001 0.001 0.032 0.046 51 L 0.002 0.001 0.001 0.430 0.185 0.258 0.013 0.001 0.001 0.035 0.074 52 L 0.002 0.001 0.001 0.441 0.217 0.246 0.015 0.001 0.001 0.015 0.062 53 G 0.014 0.014 0.003 0.257 0.164 0.313 0.040 0.003 0.001 0.043 0.148 54 V 0.098 0.033 0.003 0.106 0.105 0.151 0.098 0.015 0.002 0.055 0.333 55 D 0.166 0.041 0.006 0.046 0.048 0.065 0.102 0.016 0.004 0.094 0.411 56 W 0.082 0.035 0.003 0.029 0.016 0.050 0.139 0.010 0.002 0.048 0.587 57 A 0.132 0.033 0.003 0.020 0.018 0.037 0.096 0.012 0.002 0.068 0.579 58 I 0.119 0.011 0.007 0.021 0.037 0.047 0.091 0.007 0.005 0.085 0.572 59 N 0.093 0.006 0.001 0.011 0.007 0.019 0.083 0.003 0.001 0.041 0.736 60 D 0.147 0.004 0.001 0.007 0.011 0.014 0.083 0.003 0.001 0.043 0.686 61 K 0.037 0.002 0.001 0.007 0.006 0.007 0.093 0.001 0.001 0.021 0.825 62 G 0.015 0.002 0.001 0.005 0.005 0.011 0.107 0.001 0.001 0.022 0.831 63 D 0.030 0.003 0.001 0.014 0.029 0.027 0.132 0.002 0.001 0.031 0.730 64 T 0.064 0.003 0.001 0.026 0.034 0.045 0.137 0.002 0.001 0.068 0.620 65 V 0.008 0.002 0.001 0.028 0.028 0.050 0.123 0.001 0.001 0.030 0.729 66 Y 0.009 0.003 0.001 0.033 0.043 0.076 0.111 0.002 0.001 0.045 0.677 67 R 0.026 0.003 0.001 0.063 0.161 0.153 0.106 0.002 0.001 0.057 0.428 68 P 0.056 0.003 0.001 0.042 0.042 0.084 0.114 0.003 0.001 0.072 0.584 69 V 0.012 0.002 0.001 0.074 0.070 0.154 0.126 0.002 0.001 0.041 0.519 70 G 0.028 0.001 0.001 0.042 0.035 0.082 0.118 0.001 0.001 0.045 0.649 71 L 0.003 0.001 0.001 0.027 0.042 0.059 0.174 0.001 0.001 0.011 0.682 72 P 0.008 0.010 0.001 0.025 0.013 0.013 0.130 0.001 0.001 0.005 0.795 73 D 0.405 0.453 0.001 0.002 0.003 0.002 0.017 0.019 0.001 0.023 0.076 74 P 0.042 0.872 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.001 0.006 0.067 75 D 0.017 0.821 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.001 0.001 0.051 0.095 76 K 0.019 0.810 0.003 0.004 0.005 0.003 0.017 0.002 0.001 0.067 0.069 77 V 0.011 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.011 0.014 78 Q 0.006 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 79 R 0.003 0.333 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.626 0.028 80 D 0.003 0.683 0.005 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.276 0.016 81 L 0.011 0.950 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.012 0.007 82 A 0.011 0.916 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.029 0.032 83 S 0.008 0.337 0.003 0.002 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 0.562 0.066 84 Q 0.043 0.426 0.067 0.004 0.003 0.003 0.041 0.018 0.013 0.286 0.096 85 C 0.379 0.255 0.041 0.005 0.002 0.003 0.037 0.061 0.016 0.050 0.152 86 A 0.173 0.036 0.019 0.006 0.003 0.005 0.076 0.008 0.013 0.050 0.612 87 S 0.077 0.010 0.002 0.008 0.003 0.005 0.095 0.001 0.001 0.015 0.783 88 M 0.022 0.005 0.002 0.010 0.003 0.008 0.115 0.002 0.001 0.026 0.807 89 L 0.025 0.004 0.003 0.015 0.011 0.010 0.142 0.002 0.001 0.019 0.768 90 N 0.128 0.008 0.001 0.020 0.008 0.012 0.101 0.004 0.001 0.047 0.670 91 V 0.061 0.003 0.001 0.027 0.013 0.014 0.126 0.001 0.001 0.033 0.720 92 A 0.015 0.005 0.001 0.071 0.009 0.024 0.122 0.001 0.001 0.030 0.722 93 L 0.021 0.010 0.001 0.041 0.028 0.031 0.123 0.003 0.001 0.027 0.716 94 R 0.070 0.026 0.002 0.063 0.032 0.046 0.151 0.007 0.001 0.071 0.531 95 P 0.022 0.019 0.002 0.081 0.123 0.221 0.121 0.004 0.001 0.051 0.355 96 E 0.014 0.013 0.001 0.104 0.077 0.435 0.057 0.003 0.001 0.044 0.251 97 M 0.022 0.011 0.002 0.048 0.207 0.266 0.052 0.002 0.001 0.065 0.323 98 Q 0.009 0.007 0.001 0.074 0.227 0.495 0.034 0.002 0.001 0.036 0.117 99 L 0.018 0.004 0.001 0.041 0.198 0.284 0.039 0.001 0.001 0.052 0.361 100 E 0.003 0.001 0.006 0.046 0.281 0.449 0.031 0.001 0.007 0.041 0.134 101 Q 0.073 0.002 0.001 0.019 0.063 0.112 0.058 0.002 0.002 0.055 0.613 102 V 0.889 0.001 0.001 0.002 0.007 0.005 0.010 0.002 0.001 0.018 0.066 103 G 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.053 0.001 0.001 0.003 0.932 104 G 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.015 0.107 0.001 0.001 0.006 0.861 105 K 0.001 0.001 0.001 0.049 0.413 0.188 0.075 0.001 0.001 0.038 0.234 106 T 0.001 0.001 0.001 0.256 0.138 0.331 0.026 0.001 0.001 0.072 0.176 107 L 0.001 0.001 0.001 0.261 0.205 0.267 0.013 0.001 0.001 0.114 0.139 108 L 0.001 0.001 0.001 0.413 0.307 0.225 0.003 0.001 0.001 0.031 0.021 109 V 0.001 0.001 0.001 0.565 0.175 0.167 0.003 0.001 0.001 0.056 0.034 110 V 0.001 0.001 0.001 0.553 0.235 0.166 0.004 0.001 0.001 0.018 0.024 111 Y 0.001 0.001 0.001 0.491 0.181 0.208 0.016 0.001 0.001 0.025 0.077 112 V 0.019 0.002 0.001 0.181 0.170 0.157 0.071 0.003 0.001 0.053 0.342 113 P 0.124 0.011 0.001 0.047 0.028 0.039 0.126 0.013 0.001 0.072 0.538 114 E 0.077 0.009 0.001 0.015 0.007 0.016 0.155 0.005 0.001 0.090 0.625 115 A 0.023 0.007 0.006 0.010 0.012 0.017 0.114 0.003 0.003 0.080 0.726 116 D 0.211 0.008 0.001 0.011 0.021 0.024 0.094 0.006 0.001 0.042 0.581 117 V 0.318 0.005 0.001 0.010 0.013 0.019 0.083 0.003 0.001 0.064 0.484 118 T 0.008 0.004 0.001 0.013 0.013 0.034 0.100 0.001 0.001 0.015 0.811 119 H 0.013 0.011 0.001 0.012 0.016 0.041 0.094 0.002 0.001 0.018 0.793 120 K 0.037 0.025 0.002 0.027 0.207 0.123 0.110 0.005 0.001 0.053 0.410 121 P 0.035 0.032 0.001 0.044 0.073 0.115 0.094 0.003 0.001 0.065 0.538 122 I 0.025 0.030 0.002 0.060 0.138 0.270 0.074 0.005 0.001 0.062 0.334 123 Y 0.039 0.017 0.002 0.075 0.118 0.218 0.070 0.004 0.002 0.083 0.372 124 K 0.033 0.007 0.018 0.032 0.094 0.125 0.073 0.006 0.013 0.116 0.484 125 K 0.176 0.004 0.001 0.020 0.029 0.043 0.078 0.007 0.001 0.040 0.602 126 A 0.400 0.001 0.001 0.006 0.012 0.016 0.049 0.002 0.001 0.054 0.459 127 T 0.003 0.001 0.001 0.008 0.005 0.012 0.079 0.001 0.001 0.012 0.880 128 G 0.018 0.002 0.001 0.006 0.009 0.016 0.077 0.001 0.001 0.024 0.847 129 L 0.258 0.003 0.001 0.008 0.101 0.023 0.120 0.003 0.001 0.057 0.424 130 P 0.012 0.003 0.001 0.014 0.008 0.029 0.141 0.001 0.001 0.019 0.773 131 G 0.008 0.007 0.001 0.022 0.058 0.196 0.123 0.001 0.001 0.034 0.551 132 G 0.002 0.003 0.001 0.046 0.220 0.546 0.036 0.001 0.001 0.032 0.114 133 A 0.004 0.003 0.001 0.068 0.241 0.402 0.031 0.001 0.001 0.039 0.211 134 Y 0.002 0.001 0.001 0.076 0.378 0.401 0.015 0.001 0.001 0.027 0.098 135 R 0.005 0.001 0.001 0.059 0.300 0.434 0.021 0.001 0.001 0.037 0.140 136 R 0.026 0.002 0.001 0.051 0.238 0.317 0.047 0.001 0.001 0.086 0.230 137 I 0.009 0.002 0.001 0.038 0.113 0.170 0.088 0.001 0.001 0.048 0.529 138 G 0.056 0.009 0.001 0.015 0.046 0.068 0.087 0.003 0.001 0.040 0.674 139 S 0.134 0.016 0.001 0.010 0.049 0.034 0.103 0.007 0.001 0.055 0.590 140 S 0.048 0.017 0.001 0.011 0.017 0.026 0.103 0.004 0.001 0.028 0.744 141 D 0.104 0.019 0.003 0.013 0.029 0.046 0.100 0.007 0.002 0.053 0.623 142 Q 0.085 0.007 0.001 0.019 0.039 0.042 0.112 0.003 0.001 0.049 0.642 143 R 0.036 0.006 0.001 0.027 0.029 0.047 0.109 0.002 0.001 0.042 0.700 144 C 0.020 0.005 0.001 0.029 0.023 0.032 0.120 0.001 0.001 0.029 0.741 145 V 0.051 0.011 0.002 0.032 0.031 0.037 0.135 0.003 0.001 0.050 0.647