# TARGET T0557 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 904 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.054 0.065 0.020 0.012 0.020 0.094 0.332 0.403 2 R 0.022 0.147 0.016 0.019 0.016 0.110 0.222 0.447 3 S 0.040 0.739 0.003 0.002 0.003 0.022 0.051 0.140 4 A 0.021 0.934 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.024 5 T 0.027 0.860 0.004 0.001 0.001 0.008 0.064 0.035 6 D 0.014 0.911 0.005 0.001 0.001 0.008 0.030 0.031 7 L 0.034 0.932 0.004 0.001 0.001 0.004 0.011 0.014 8 L 0.079 0.616 0.028 0.001 0.001 0.011 0.231 0.034 9 D 0.032 0.750 0.018 0.001 0.001 0.014 0.070 0.113 10 E 0.160 0.519 0.038 0.001 0.001 0.027 0.043 0.210 11 L 0.145 0.157 0.131 0.015 0.008 0.077 0.161 0.308 12 N 0.243 0.069 0.018 0.003 0.004 0.067 0.035 0.561 13 A 0.054 0.015 0.012 0.002 0.002 0.062 0.037 0.817 14 V 0.026 0.018 0.023 0.005 0.007 0.166 0.043 0.713 15 D 0.170 0.039 0.018 0.006 0.008 0.091 0.073 0.596 16 E 0.103 0.044 0.013 0.008 0.011 0.101 0.019 0.700 17 S 0.059 0.072 0.042 0.014 0.032 0.082 0.044 0.655 18 A 0.019 0.138 0.038 0.060 0.102 0.106 0.029 0.508 19 R 0.020 0.099 0.057 0.082 0.159 0.067 0.038 0.479 20 I 0.023 0.133 0.061 0.242 0.141 0.050 0.049 0.300 21 E 0.036 0.308 0.050 0.136 0.211 0.034 0.056 0.169 22 A 0.089 0.147 0.061 0.108 0.140 0.042 0.129 0.282 23 K 0.028 0.086 0.059 0.268 0.160 0.049 0.125 0.225 24 R 0.133 0.108 0.018 0.031 0.043 0.059 0.041 0.567 25 A 0.217 0.094 0.015 0.035 0.034 0.074 0.096 0.434 26 S 0.064 0.059 0.006 0.009 0.012 0.074 0.038 0.737 27 D 0.076 0.071 0.004 0.005 0.005 0.079 0.090 0.669 28 M 0.056 0.341 0.004 0.006 0.004 0.074 0.060 0.455 29 G 0.075 0.685 0.002 0.001 0.002 0.021 0.056 0.157 30 K 0.044 0.697 0.004 0.003 0.005 0.030 0.050 0.168 31 S 0.009 0.166 0.010 0.006 0.009 0.034 0.656 0.110 32 V 0.010 0.591 0.009 0.006 0.007 0.025 0.301 0.052 33 M 0.015 0.816 0.010 0.004 0.011 0.021 0.066 0.058 34 E 0.007 0.836 0.013 0.010 0.017 0.016 0.047 0.054 35 T 0.012 0.723 0.086 0.009 0.024 0.022 0.083 0.041 36 V 0.041 0.517 0.131 0.040 0.040 0.036 0.127 0.069 37 I 0.061 0.110 0.262 0.052 0.061 0.042 0.311 0.102 38 A 0.145 0.117 0.151 0.041 0.068 0.113 0.113 0.252 39 F 0.111 0.043 0.085 0.044 0.075 0.145 0.054 0.443 40 A 0.007 0.011 0.067 0.034 0.059 0.111 0.054 0.657 41 N 0.063 0.031 0.028 0.048 0.070 0.134 0.044 0.581 42 E 0.334 0.020 0.019 0.047 0.047 0.125 0.085 0.322 43 P 0.051 0.005 0.019 0.015 0.021 0.164 0.063 0.662 44 G 0.317 0.005 0.009 0.004 0.009 0.085 0.065 0.506 45 L 0.262 0.004 0.008 0.004 0.004 0.134 0.042 0.543 46 D 0.016 0.003 0.020 0.005 0.021 0.225 0.018 0.691 47 G 0.004 0.002 0.067 0.016 0.099 0.162 0.032 0.619 48 G 0.002 0.002 0.331 0.192 0.245 0.067 0.066 0.095 49 Y 0.001 0.001 0.578 0.124 0.147 0.013 0.069 0.067 50 L 0.001 0.001 0.621 0.186 0.130 0.009 0.026 0.026 51 L 0.003 0.002 0.705 0.094 0.127 0.011 0.027 0.031 52 L 0.011 0.007 0.531 0.124 0.203 0.031 0.029 0.064 53 G 0.020 0.033 0.302 0.104 0.267 0.068 0.047 0.159 54 V 0.036 0.080 0.121 0.064 0.132 0.113 0.060 0.394 55 D 0.098 0.133 0.094 0.093 0.103 0.101 0.129 0.247 56 W 0.075 0.083 0.060 0.044 0.053 0.132 0.113 0.439 57 A 0.280 0.066 0.029 0.029 0.035 0.093 0.097 0.371 58 I 0.178 0.018 0.019 0.023 0.026 0.094 0.092 0.550 59 N 0.081 0.007 0.007 0.008 0.016 0.094 0.042 0.747 60 D 0.095 0.004 0.006 0.009 0.011 0.090 0.045 0.740 61 K 0.044 0.003 0.005 0.008 0.013 0.133 0.024 0.770 62 G 0.032 0.003 0.011 0.011 0.031 0.110 0.037 0.765 63 D 0.031 0.003 0.026 0.035 0.068 0.145 0.044 0.648 64 T 0.026 0.003 0.070 0.113 0.121 0.101 0.060 0.507 65 V 0.008 0.002 0.088 0.068 0.111 0.116 0.044 0.562 66 Y 0.004 0.001 0.171 0.088 0.148 0.092 0.046 0.449 67 R 0.030 0.002 0.151 0.163 0.179 0.096 0.090 0.290 68 P 0.056 0.002 0.083 0.079 0.089 0.081 0.065 0.544 69 V 0.012 0.001 0.160 0.107 0.212 0.093 0.036 0.378 70 G 0.021 0.004 0.051 0.022 0.059 0.118 0.039 0.685 71 L 0.014 0.007 0.048 0.075 0.057 0.173 0.023 0.603 72 P 0.029 0.026 0.011 0.006 0.007 0.111 0.017 0.794 73 D 0.307 0.549 0.002 0.002 0.002 0.022 0.048 0.069 74 P 0.095 0.656 0.004 0.001 0.001 0.030 0.040 0.172 75 D 0.034 0.831 0.002 0.001 0.001 0.011 0.054 0.065 76 K 0.017 0.893 0.003 0.001 0.001 0.013 0.027 0.044 77 V 0.011 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.011 78 Q 0.023 0.926 0.001 0.001 0.001 0.003 0.032 0.015 79 R 0.004 0.261 0.002 0.001 0.001 0.007 0.691 0.033 80 D 0.004 0.712 0.002 0.001 0.001 0.007 0.254 0.020 81 L 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 82 A 0.013 0.933 0.003 0.001 0.001 0.004 0.027 0.019 83 S 0.022 0.422 0.010 0.002 0.002 0.016 0.468 0.058 84 Q 0.051 0.489 0.034 0.003 0.002 0.030 0.310 0.080 85 C 0.310 0.260 0.037 0.004 0.005 0.050 0.137 0.197 86 A 0.174 0.037 0.029 0.003 0.004 0.078 0.096 0.578 87 S 0.043 0.022 0.026 0.003 0.007 0.089 0.052 0.759 88 M 0.019 0.007 0.064 0.007 0.012 0.127 0.046 0.718 89 L 0.033 0.004 0.073 0.029 0.034 0.165 0.049 0.613 90 N 0.057 0.003 0.049 0.016 0.020 0.089 0.046 0.719 91 V 0.041 0.003 0.069 0.027 0.036 0.117 0.039 0.668 92 A 0.011 0.002 0.100 0.025 0.051 0.118 0.035 0.659 93 L 0.021 0.003 0.067 0.043 0.062 0.102 0.037 0.664 94 R 0.042 0.008 0.118 0.060 0.071 0.104 0.070 0.526 95 P 0.029 0.015 0.094 0.077 0.111 0.086 0.050 0.536 96 E 0.029 0.014 0.108 0.096 0.251 0.072 0.062 0.369 97 M 0.017 0.008 0.080 0.157 0.216 0.052 0.052 0.418 98 Q 0.010 0.004 0.059 0.385 0.341 0.029 0.025 0.148 99 L 0.011 0.002 0.033 0.229 0.280 0.046 0.047 0.352 100 E 0.005 0.001 0.041 0.349 0.306 0.041 0.048 0.210 101 Q 0.151 0.001 0.016 0.052 0.091 0.048 0.046 0.596 102 V 0.723 0.001 0.004 0.010 0.007 0.025 0.047 0.184 103 G 0.029 0.001 0.006 0.006 0.022 0.086 0.004 0.847 104 G 0.002 0.001 0.018 0.006 0.075 0.135 0.013 0.753 105 K 0.001 0.001 0.132 0.188 0.300 0.103 0.036 0.240 106 T 0.001 0.001 0.413 0.270 0.235 0.012 0.037 0.033 107 L 0.001 0.001 0.396 0.229 0.172 0.007 0.050 0.146 108 L 0.001 0.001 0.858 0.082 0.054 0.001 0.004 0.002 109 V 0.001 0.001 0.672 0.119 0.155 0.003 0.023 0.027 110 V 0.001 0.001 0.664 0.175 0.119 0.007 0.010 0.025 111 Y 0.008 0.001 0.441 0.108 0.197 0.051 0.029 0.165 112 V 0.034 0.003 0.160 0.067 0.095 0.176 0.073 0.391 113 P 0.069 0.007 0.042 0.022 0.030 0.134 0.039 0.657 114 E 0.145 0.013 0.019 0.011 0.018 0.148 0.124 0.522 115 A 0.064 0.015 0.023 0.019 0.026 0.138 0.110 0.604 116 D 0.239 0.015 0.013 0.018 0.035 0.081 0.045 0.553 117 V 0.157 0.007 0.013 0.026 0.034 0.109 0.040 0.613 118 T 0.012 0.005 0.017 0.021 0.071 0.121 0.016 0.737 119 H 0.012 0.005 0.018 0.025 0.085 0.090 0.020 0.745 120 K 0.044 0.014 0.037 0.159 0.144 0.112 0.044 0.446 121 P 0.024 0.019 0.079 0.117 0.215 0.067 0.042 0.437 122 I 0.019 0.015 0.078 0.201 0.303 0.060 0.032 0.293 123 Y 0.010 0.004 0.093 0.207 0.286 0.047 0.093 0.257 124 K 0.018 0.003 0.072 0.199 0.178 0.059 0.096 0.374 125 K 0.389 0.006 0.021 0.074 0.075 0.053 0.046 0.335 126 A 0.215 0.002 0.005 0.022 0.025 0.068 0.019 0.645 127 T 0.003 0.001 0.006 0.010 0.037 0.127 0.009 0.807 128 G 0.015 0.001 0.006 0.007 0.020 0.099 0.014 0.837 129 L 0.598 0.007 0.005 0.036 0.014 0.061 0.045 0.234 130 P 0.051 0.012 0.011 0.011 0.022 0.103 0.018 0.772 131 G 0.013 0.009 0.037 0.024 0.224 0.106 0.024 0.562 132 G 0.005 0.004 0.068 0.255 0.450 0.033 0.043 0.142 133 A 0.002 0.003 0.076 0.370 0.409 0.019 0.029 0.092 134 Y 0.001 0.002 0.079 0.305 0.517 0.010 0.020 0.066 135 R 0.004 0.001 0.076 0.442 0.375 0.015 0.018 0.070 136 R 0.018 0.002 0.078 0.310 0.326 0.041 0.052 0.173 137 I 0.016 0.004 0.036 0.120 0.215 0.099 0.033 0.477 138 G 0.084 0.010 0.023 0.050 0.089 0.099 0.039 0.606 139 S 0.170 0.025 0.015 0.046 0.047 0.094 0.061 0.541 140 S 0.062 0.031 0.016 0.034 0.061 0.101 0.046 0.648 141 D 0.072 0.022 0.020 0.046 0.102 0.107 0.060 0.571 142 Q 0.047 0.011 0.026 0.096 0.115 0.095 0.066 0.544 143 R 0.023 0.007 0.032 0.096 0.144 0.103 0.045 0.550 144 C 0.020 0.006 0.033 0.069 0.138 0.108 0.047 0.580 145 V 0.042 0.009 0.039 0.092 0.122 0.098 0.055 0.544