# TARGET T0557 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0557.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 914 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.238 0.086 0.045 0.114 0.105 0.095 0.132 0.074 0.055 0.036 0.020 2 R 0.204 0.113 0.066 0.126 0.132 0.084 0.102 0.069 0.049 0.033 0.021 3 S 0.094 0.469 0.090 0.143 0.082 0.037 0.043 0.018 0.012 0.008 0.003 4 A 0.041 0.062 0.025 0.077 0.113 0.150 0.236 0.159 0.078 0.036 0.023 5 T 0.648 0.099 0.089 0.098 0.030 0.018 0.009 0.005 0.002 0.002 0.001 6 D 0.121 0.089 0.152 0.326 0.159 0.088 0.045 0.012 0.004 0.002 0.001 7 L 0.002 0.012 0.015 0.024 0.028 0.049 0.151 0.181 0.217 0.180 0.142 8 L 0.001 0.004 0.018 0.032 0.058 0.147 0.255 0.200 0.137 0.091 0.058 9 D 0.036 0.032 0.775 0.109 0.028 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 10 E 0.015 0.033 0.146 0.213 0.202 0.199 0.140 0.029 0.015 0.007 0.002 11 L 0.009 0.007 0.011 0.012 0.012 0.022 0.084 0.128 0.236 0.260 0.217 12 N 0.025 0.058 0.097 0.139 0.154 0.185 0.181 0.075 0.047 0.028 0.011 13 A 0.058 0.139 0.505 0.140 0.067 0.033 0.024 0.012 0.010 0.008 0.003 14 V 0.151 0.059 0.061 0.097 0.127 0.156 0.196 0.079 0.042 0.022 0.010 15 D 0.414 0.237 0.104 0.111 0.058 0.026 0.022 0.012 0.008 0.006 0.002 16 E 0.021 0.028 0.031 0.057 0.061 0.111 0.198 0.195 0.138 0.097 0.064 17 S 0.104 0.106 0.148 0.154 0.129 0.113 0.105 0.064 0.040 0.027 0.010 18 A 0.194 0.129 0.214 0.165 0.087 0.090 0.065 0.025 0.016 0.011 0.004 19 R 0.059 0.062 0.100 0.216 0.173 0.171 0.126 0.044 0.030 0.015 0.006 20 I 0.005 0.005 0.013 0.018 0.028 0.047 0.131 0.179 0.232 0.196 0.146 21 E 0.011 0.040 0.173 0.212 0.222 0.119 0.114 0.053 0.032 0.019 0.006 22 A 0.005 0.016 0.160 0.078 0.069 0.089 0.165 0.103 0.135 0.117 0.061 23 K 0.006 0.011 0.049 0.072 0.099 0.104 0.236 0.161 0.136 0.083 0.042 24 R 0.028 0.064 0.130 0.153 0.147 0.107 0.172 0.084 0.062 0.040 0.013 25 A 0.029 0.060 0.082 0.145 0.158 0.159 0.190 0.080 0.051 0.032 0.014 26 S 0.435 0.115 0.088 0.114 0.081 0.053 0.060 0.026 0.016 0.009 0.004 27 D 0.466 0.195 0.067 0.105 0.065 0.031 0.034 0.017 0.010 0.007 0.003 28 M 0.105 0.238 0.052 0.124 0.096 0.096 0.121 0.067 0.053 0.030 0.018 29 G 0.191 0.234 0.053 0.128 0.132 0.083 0.095 0.047 0.023 0.010 0.005 30 K 0.507 0.140 0.111 0.108 0.055 0.038 0.024 0.010 0.004 0.002 0.001 31 S 0.121 0.115 0.093 0.286 0.172 0.116 0.067 0.019 0.007 0.003 0.001 32 V 0.001 0.002 0.005 0.007 0.009 0.017 0.077 0.129 0.232 0.250 0.272 33 M 0.001 0.003 0.021 0.035 0.066 0.132 0.254 0.171 0.146 0.098 0.073 34 E 0.007 0.025 0.540 0.210 0.121 0.049 0.027 0.009 0.006 0.004 0.001 35 T 0.001 0.004 0.029 0.041 0.073 0.254 0.342 0.143 0.071 0.027 0.014 36 V 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.005 0.025 0.076 0.222 0.328 0.336 37 I 0.001 0.001 0.009 0.008 0.014 0.031 0.122 0.197 0.264 0.218 0.135 38 A 0.001 0.005 0.091 0.035 0.042 0.055 0.118 0.172 0.205 0.172 0.104 39 F 0.001 0.003 0.016 0.009 0.013 0.039 0.172 0.168 0.227 0.223 0.126 40 A 0.003 0.005 0.011 0.013 0.014 0.024 0.096 0.133 0.220 0.234 0.247 41 N 0.006 0.008 0.013 0.043 0.059 0.110 0.203 0.207 0.158 0.110 0.085 42 E 0.082 0.110 0.098 0.201 0.192 0.094 0.094 0.056 0.037 0.022 0.014 43 P 0.179 0.125 0.053 0.132 0.132 0.108 0.136 0.060 0.039 0.024 0.013 44 G 0.281 0.083 0.037 0.122 0.088 0.079 0.098 0.057 0.059 0.050 0.045 45 L 0.056 0.044 0.024 0.075 0.076 0.098 0.138 0.108 0.133 0.113 0.134 46 D 0.133 0.330 0.062 0.178 0.126 0.062 0.055 0.023 0.016 0.008 0.006 47 G 0.146 0.081 0.028 0.105 0.124 0.108 0.148 0.101 0.078 0.044 0.037 48 G 0.008 0.010 0.010 0.030 0.050 0.087 0.166 0.162 0.192 0.148 0.136 49 Y 0.004 0.013 0.017 0.063 0.087 0.147 0.240 0.170 0.130 0.072 0.056 50 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.033 0.119 0.228 0.308 0.299 51 L 0.001 0.002 0.005 0.008 0.011 0.018 0.061 0.122 0.216 0.269 0.287 52 L 0.001 0.002 0.006 0.006 0.009 0.020 0.059 0.140 0.215 0.290 0.253 53 G 0.003 0.008 0.016 0.038 0.055 0.086 0.183 0.183 0.155 0.154 0.120 54 V 0.003 0.004 0.006 0.015 0.028 0.044 0.129 0.225 0.209 0.199 0.139 55 D 0.083 0.227 0.077 0.238 0.192 0.064 0.050 0.030 0.018 0.016 0.006 56 W 0.139 0.058 0.036 0.132 0.145 0.115 0.150 0.092 0.061 0.043 0.029 57 A 0.204 0.310 0.068 0.165 0.105 0.051 0.036 0.019 0.019 0.015 0.008 58 I 0.198 0.144 0.044 0.127 0.109 0.089 0.121 0.060 0.047 0.034 0.026 59 N 0.400 0.183 0.056 0.110 0.078 0.051 0.049 0.030 0.020 0.014 0.009 60 D 0.241 0.213 0.060 0.147 0.100 0.086 0.071 0.034 0.024 0.014 0.009 61 K 0.321 0.252 0.049 0.136 0.100 0.047 0.044 0.024 0.014 0.008 0.005 62 G 0.226 0.075 0.027 0.081 0.095 0.117 0.141 0.106 0.067 0.040 0.025 63 D 0.147 0.169 0.087 0.232 0.157 0.086 0.057 0.027 0.020 0.012 0.006 64 T 0.026 0.019 0.018 0.032 0.032 0.048 0.132 0.167 0.189 0.171 0.165 65 V 0.087 0.079 0.046 0.158 0.151 0.132 0.141 0.079 0.064 0.040 0.024 66 Y 0.083 0.076 0.058 0.111 0.083 0.087 0.118 0.094 0.113 0.102 0.076 67 R 0.062 0.060 0.037 0.127 0.136 0.151 0.167 0.099 0.078 0.053 0.030 68 P 0.496 0.149 0.038 0.100 0.060 0.042 0.045 0.027 0.021 0.013 0.008 69 V 0.069 0.055 0.025 0.081 0.091 0.110 0.145 0.132 0.129 0.100 0.063 70 G 0.217 0.218 0.054 0.120 0.102 0.078 0.091 0.046 0.035 0.027 0.012 71 L 0.052 0.042 0.027 0.087 0.105 0.126 0.188 0.153 0.100 0.073 0.047 72 P 0.576 0.191 0.069 0.072 0.035 0.017 0.014 0.011 0.007 0.005 0.003 73 D 0.170 0.328 0.052 0.134 0.103 0.068 0.074 0.033 0.019 0.013 0.006 74 P 0.123 0.087 0.025 0.094 0.128 0.155 0.168 0.111 0.060 0.031 0.018 75 D 0.675 0.095 0.090 0.074 0.029 0.016 0.011 0.004 0.003 0.002 0.001 76 K 0.087 0.119 0.154 0.280 0.165 0.096 0.064 0.022 0.008 0.004 0.001 77 V 0.002 0.007 0.010 0.014 0.017 0.037 0.150 0.166 0.243 0.209 0.144 78 Q 0.004 0.014 0.055 0.114 0.204 0.250 0.223 0.076 0.036 0.017 0.006 79 R 0.107 0.040 0.706 0.096 0.024 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 80 D 0.011 0.019 0.097 0.186 0.205 0.224 0.187 0.043 0.018 0.009 0.003 81 L 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.006 0.043 0.147 0.245 0.283 0.267 82 A 0.003 0.011 0.132 0.129 0.204 0.207 0.187 0.064 0.031 0.024 0.006 83 S 0.032 0.024 0.818 0.081 0.023 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 84 Q 0.006 0.013 0.041 0.079 0.108 0.252 0.333 0.089 0.049 0.021 0.008 85 C 0.002 0.002 0.005 0.003 0.003 0.007 0.042 0.087 0.214 0.285 0.349 86 A 0.008 0.021 0.123 0.157 0.201 0.203 0.155 0.064 0.037 0.022 0.010 87 S 0.039 0.075 0.569 0.163 0.072 0.041 0.022 0.008 0.006 0.003 0.001 88 M 0.027 0.032 0.034 0.073 0.080 0.153 0.254 0.142 0.096 0.069 0.040 89 L 0.021 0.013 0.012 0.022 0.020 0.043 0.118 0.177 0.206 0.193 0.175 90 N 0.135 0.242 0.155 0.221 0.126 0.052 0.031 0.015 0.011 0.008 0.004 91 V 0.058 0.049 0.061 0.076 0.066 0.112 0.160 0.113 0.121 0.103 0.081 92 A 0.254 0.197 0.053 0.193 0.127 0.067 0.047 0.020 0.019 0.014 0.007 93 L 0.017 0.018 0.010 0.026 0.027 0.058 0.113 0.154 0.193 0.191 0.193 94 R 0.074 0.204 0.073 0.252 0.190 0.089 0.054 0.025 0.017 0.013 0.007 95 P 0.023 0.020 0.015 0.027 0.035 0.060 0.125 0.153 0.187 0.183 0.170 96 E 0.155 0.264 0.076 0.274 0.156 0.038 0.019 0.008 0.006 0.004 0.002 97 M 0.010 0.007 0.007 0.015 0.015 0.028 0.070 0.119 0.216 0.262 0.252 98 Q 0.070 0.171 0.072 0.295 0.216 0.071 0.051 0.022 0.016 0.011 0.004 99 L 0.032 0.069 0.048 0.141 0.108 0.113 0.167 0.098 0.112 0.070 0.044 100 E 0.061 0.065 0.055 0.142 0.167 0.139 0.158 0.078 0.069 0.043 0.023 101 Q 0.154 0.168 0.083 0.233 0.165 0.075 0.068 0.024 0.016 0.009 0.004 102 V 0.027 0.025 0.019 0.052 0.050 0.083 0.146 0.137 0.166 0.133 0.162 103 G 0.326 0.348 0.053 0.152 0.074 0.020 0.014 0.006 0.004 0.002 0.001 104 G 0.464 0.205 0.034 0.119 0.078 0.035 0.031 0.016 0.011 0.005 0.003 105 K 0.109 0.107 0.031 0.136 0.181 0.130 0.115 0.066 0.059 0.040 0.025 106 T 0.022 0.058 0.020 0.166 0.167 0.218 0.219 0.074 0.037 0.013 0.007 107 L 0.002 0.005 0.013 0.023 0.029 0.046 0.107 0.141 0.213 0.247 0.173 108 L 0.001 0.003 0.006 0.016 0.023 0.064 0.161 0.256 0.201 0.136 0.133 109 V 0.002 0.013 0.038 0.119 0.095 0.108 0.136 0.126 0.138 0.136 0.088 110 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.008 0.031 0.140 0.201 0.286 0.325 111 Y 0.012 0.045 0.061 0.159 0.159 0.121 0.148 0.104 0.079 0.079 0.031 112 V 0.001 0.002 0.004 0.007 0.008 0.019 0.049 0.113 0.196 0.335 0.267 113 P 0.082 0.193 0.068 0.259 0.204 0.085 0.055 0.024 0.015 0.010 0.004 114 E 0.339 0.309 0.053 0.139 0.079 0.027 0.023 0.012 0.009 0.007 0.003 115 A 0.165 0.068 0.019 0.072 0.079 0.093 0.125 0.098 0.108 0.089 0.085 116 D 0.207 0.239 0.062 0.186 0.132 0.057 0.055 0.025 0.020 0.012 0.006 117 V 0.076 0.080 0.053 0.115 0.080 0.103 0.147 0.095 0.110 0.079 0.062 118 T 0.150 0.148 0.057 0.197 0.172 0.104 0.085 0.039 0.026 0.015 0.009 119 H 0.234 0.145 0.046 0.149 0.111 0.096 0.095 0.052 0.038 0.021 0.012 120 K 0.071 0.070 0.040 0.155 0.159 0.145 0.141 0.083 0.068 0.045 0.025 121 P 0.020 0.021 0.022 0.049 0.050 0.081 0.172 0.171 0.178 0.134 0.101 122 I 0.015 0.026 0.040 0.091 0.099 0.104 0.176 0.150 0.133 0.106 0.061 123 Y 0.007 0.014 0.030 0.047 0.049 0.073 0.147 0.164 0.188 0.158 0.123 124 K 0.022 0.042 0.052 0.103 0.111 0.107 0.170 0.124 0.110 0.100 0.057 125 K 0.076 0.080 0.060 0.173 0.153 0.116 0.140 0.086 0.055 0.039 0.022 126 A 0.211 0.130 0.056 0.158 0.119 0.093 0.094 0.054 0.044 0.025 0.016 127 T 0.321 0.212 0.053 0.128 0.106 0.055 0.057 0.028 0.020 0.012 0.006 128 G 0.403 0.144 0.039 0.114 0.088 0.055 0.068 0.037 0.026 0.016 0.010 129 L 0.073 0.066 0.030 0.087 0.085 0.121 0.148 0.107 0.127 0.087 0.070 130 P 0.214 0.339 0.061 0.157 0.102 0.045 0.041 0.019 0.012 0.006 0.004 131 G 0.345 0.132 0.032 0.095 0.105 0.080 0.083 0.059 0.035 0.021 0.012 132 G 0.095 0.097 0.040 0.167 0.177 0.152 0.118 0.068 0.046 0.027 0.014 133 A 0.016 0.022 0.028 0.096 0.080 0.109 0.196 0.138 0.143 0.101 0.071 134 Y 0.007 0.010 0.016 0.035 0.045 0.064 0.166 0.209 0.203 0.130 0.114 135 R 0.012 0.033 0.070 0.180 0.158 0.146 0.145 0.091 0.086 0.054 0.025 136 R 0.008 0.016 0.029 0.055 0.052 0.090 0.170 0.154 0.188 0.143 0.096 137 I 0.027 0.045 0.037 0.104 0.109 0.122 0.184 0.141 0.114 0.080 0.038 138 G 0.179 0.133 0.063 0.117 0.098 0.092 0.110 0.075 0.059 0.048 0.026 139 S 0.227 0.208 0.063 0.159 0.119 0.070 0.062 0.037 0.025 0.020 0.012 140 S 0.376 0.193 0.045 0.115 0.084 0.049 0.054 0.035 0.025 0.015 0.010 141 D 0.394 0.228 0.043 0.136 0.099 0.035 0.029 0.017 0.010 0.006 0.003 142 Q 0.142 0.088 0.048 0.126 0.110 0.130 0.135 0.085 0.067 0.044 0.024 143 R 0.268 0.194 0.076 0.188 0.105 0.068 0.053 0.022 0.015 0.008 0.004 144 C 0.045 0.035 0.024 0.053 0.050 0.082 0.154 0.151 0.165 0.138 0.103 145 V 0.208 0.108 0.052 0.121 0.114 0.108 0.111 0.061 0.054 0.039 0.023